linux文本处理命令是一类对文件进行操作的命令,通过使用文本处理命令,可以轻松的对文件进行排序,拆分,合并等操作,熟练掌握文本处理命令,在生物信息文本处理中,有十分重要的意义。
是一个使用awk工具对名为yourFile的文件进行操作的命令。下面对该命令进行详细解释:
作者:Kade Killary 机器之心编译 参与:Nurhachu Null、思源 对很多数据科学家而言,他们的数据操作经常需要使用 Pandas 或者 Tidyverse。理论上,这个说法没有任何错误,毕竟这就是这些工具存在的原因。然而,对于分隔符转换这样的简单任务而言,这些工具往往是大材小用,我们可以直接使用命令行快速处理。 命令行应该是每个开发者都希望掌握的,尤其是数据科学家。熟悉终端的来龙去脉可以毫无疑问地可以让我们变得更加有效率,因此命令行还是计算机技术中的一个很棒的历史课。例如,awk 这个
精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
作者精心整理了生物信息学中常用的 Linux 命令,很不容易。所有命令的用法都经本人亲自测试。掌握这些命令,是每一个生信人基本的自我修养。
去年一年,我写了将近100篇网络日志。 现在这一年结束了,我要统计"访问量排名",看看哪些文章最受欢迎。(隆重预告:本文结尾处将揭晓前5名。) 以往,我用的是AWStats日志分析软件。它可以生成很详
awk复习 awk 中使用外部shell变量 awk 中使用外部shell变量 A=44echo "ABCD" | awk -v GET_A=$A ’{print GET_A}’ 说明:-v选项用于定义参数,这里表示将变量A的值赋予GET_A。 有多少个变量需要赋值,就需要多少个-v选项。与之等价的:应用于脚本中: #! /bin/bash sort -n filename |awk -F ':' '{print $1}'|uniq >id.txt for id in `cat id.txt`; do
原文:https://opensource.com/article/19/10/advanced-awk
扩展 awk 中使用外部shell变量http://ask.apelearn.com/question/199 命令示例:A=44echo "ABCD" | awk -v GET_A=$A '{print GET_A}'
修改工作目录,cd 和 ls 应该是使用最多的两个命令,尤其是对于 Linux 目录结构不熟的用户。
对于许多数据科学家来说,数据操作起始于Pandas或Tidyverse。从理论上看,这个概念没有错。毕竟,这是为什么这些工具首先存在的原因。然而,对于分隔符转换等简单任务来说,这些选项通常可能是过于重量级了。 有意掌握命令行应该在每个开发人员的技能链上,特别是数据科学家。学习shell中的来龙去脉无可否认地会让你更高效。除此之外,命令行还在计算方面有一次伟大的历史记录。例如,awk - 一种数据驱动的脚本语言。Awk首次出现于1977年,它是在传奇的K&R一书中的K,Brian Kernighan的帮助下出现的。在今天,大约50年之后,awk仍然与每年出现的新书保持相关联! 因此,可以肯定的是,对命令行技术的投入不会很快贬值的。
head -2 1.txt | cut -c 5 截取1.txt文件的前两行的第五个字符 head -2 1.txt | cut -d ‘:’ -f 1,2 截取1.txt文件的前两行 以:分割 显示 1 2段内容 cut 从指定文件 截取内容 -c 按字符选取内容 -d ‘分隔符’ 指定分隔符 -f n1,n2 分割以后显示第几段内容,使用,分割 n 只显示n项 n- 显示 从第n项一直到行尾 n-m 显示 从第n项 到 第m项(包括m) Sort 排序 -u 去掉重复的 -n 升序 -n -r 倒序 -
awk 是 Unix 和 Linux 用户工具箱中最古老的工具之一。awk 由 Alfred Aho、Peter Weinberger 和 Brian Kernighan(即工具名称中的 A、W 和 K)在 20 世纪 70 年代创建,用于复杂的文本流处理。它是流编辑器 sed 的配套工具,后者是为逐行处理文本文件而设计的。awk 支持更复杂的结构化程序,是一门完整的编程语言。
本文介绍了如何利用awk命令对日志文件进行统计分析。主要包括三个方面的内容:1.利用awk命令统计日志中IP地址出现次数;2.利用awk命令统计日志中访问来源;3.利用awk命令统计日志中访问站点。
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/home 普通用户的宿主目录,用户数据存放在其主目录中lib 存放必要 的运行库
我正在编写一个脚本,以便打印文件中所有数字的总和。我已经有一个解决方案,但效率不高(运行需要几分钟的时间)。我正在寻找一个更高效的解决方案。有什么建议吗?
chattr 命令用于改变文件属性 这项指令可改变存放在ext2文件系统上的文件或目录属性,这些属性共有以下8种模式:
在Shell编程工具中,四剑客工具的使用更加的广泛,Shell编程四剑客包括:find、sed、grep、awk,熟练掌握四剑客会对Shell编程能力极大的提升。
touch -t 0712250000 file1 修改一个文件或目录的时间戳 – (YYMMDDhhmm)
awk -F ‘:’ ‘BEGIN{语句} {if(条件){语句1;语句2;语句3} } END{语句}’ filename
AWK 脚本的结构 1 awk ' BEGIN{ print "start" } pattern { commands } END{ print "end" } file awk 脚本通常由3部分组成。 BEGIN , END 和带模式匹配选项的常见语句块。这3个部分都是可 选项,在脚本中可省略任意部分。 AWK 脚本的执行 一、在命令行中执行 AWK 脚本 AWK 脚本包含在单引号之间 1 awk 'BEGIN { statements } { statements } END { end state
说明:[A][N][P][G]表示第一个支持变量的工具,[A]=awk、[N]=nawk、[P]=POSIXawk、[G]=gawk
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awk是一个处理文本的编程语言工具,能用简短的程序处理标准输入或文件、数据排序、计算以及生成报表等等。 在Linux系统下默认awk是gawk,它是awk的GNU版本。可以通过命令查看应用的版本:ls -l /bin/awk 基本的命令语法:awk option 'pattern {action}' file 其中pattern表示AWK在数据中查找的内容,而action是在找到匹配内容时所执行的一系列命令。花括号用于根据特定的模式对一系列指令进行分组。 awk处理的工作方式与数据库类似,支持对记录和字段处理,这也是grep和sed不能实现的。 在awk中,缺省的情况下将文本文件中的一行视为一个记录,逐行放到内存中处理,而将一行中的某一部分作为记录中的一个字段。用1,2,3...数字的方式顺序的表示行(记录)中的不同字段。用$后跟数字,引用对应的字段,以逗号分隔,0表示整个行。
它是专门为文本处理设计的编程语言,也是行处理软件,通常用于扫描、过滤、统计汇总工作数据可以来自标准输入也可以是管道或文件
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
----------文本操作命令---------- sed命令:文本编辑工具 sed是一个很好的文件处理工具,本身是一个管道命令,主要是以行为单位进行处理,可以将数据行进行替换、删除、新增、选取等特定工作,下面先了解一下sed的用法 sed命令行格式为: sed [-nefri] ‘command’ 输入文本 常用选项: -n∶使用安静(silent)模式。在一般 sed 的用法中,所有来自 STDIN的资料一般都会被列出到萤幕上。但如果加上 -n 参数
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;提供的例子和参数都是最常用和最为实用的;对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行;如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧.
本文将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具:find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是最常用和最为实用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧; find 文件查找 查找txt和pdf文件 find . \( -name "*.txt" -o -name "*.pdf" \) -print 正则方式查找.txt和pdf find . -
Linux Shell是一种基本功,由于怪异的语法加之较差的可读性,通常被Python等脚本代替。既然是基本功,那就需要掌握,毕竟学习Shell脚本的过程中,还是能了解到很多Linux系统的内容。
find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk;
# tar tf data.tar.gz #t是列出存档文件目录,f是指定存档文件
sed是Linux中最常用的"文本处理工具"之一,常规情况下,每次匹配一行内容到模式空间,经过处理变化之后,输出结果
大数据文摘作品 编译:汪小七、Katrine Ren、夏雅薇 本篇文章作者是Matthew Mayo,选自KDnuggets(一个著名的数据挖掘网站)。简要介绍了12种类Unix操作系统命令行工具,以及这些命令行工具对数据科学研究和数据科学家的价值。 这篇文章概述了十二个可以用于数据科学项目的类Unix操作系统命令行工具。 这一系列工具不包括任何基本的文件管理命令(pwd、ls、mkdir、rm……)和远程桌面管理工具(rsh、ssh……),但是从数据科学角度来看,这些命令行工具都是比较实用的,通常用来进行
本节将介绍Linux下使用Shell处理文本时最常用的工具: find、grep、xargs、sort、uniq、tr、cut、paste、wc、sed、awk; 提供的例子和参数都是常用的; 我对shell脚本使用的原则是命令单行书写,尽量不要超过2行; 如果有更为复杂的任务需求,还是考虑python吧;
这里使用-e,可以使用多个规则,发现sip,host,uri等替换成了—-,再次删除即可
history # 表示上一条 !! # 上一条命令的最后一个参数 !$ # 执行history的第555条 !!555 # 执行最近的一条以vi开头的 !vi # 键补全 vi 按两下出来全部v
概述:sed是流式编辑器,非交互式的基于模式匹配过滤及修改文本,可实现对文本的输出删除复制替换剪切等各种操作
当我们在 Unix/Linux 中运行某些命令来读取或编辑字符串或文件中的文本时,我们很多时候都会查找指定特征的字符串。这可能会使用正则表达式。 什么是正则表达式? 正则表达式可以定义为表示多个字符序列的字符串。关于正则表达式的最重要的事情之一是它们允许你过滤命令或文件的输出、编辑文本或配置文件的一部分等等。 正则表达式的特点 正则表达式由以下组成: Ordinary characters 例如空格、下划线(_)、AZ、az、0-9。 Meta characters 扩展为普通字符,它们包括: (.) 它匹
cut cut 动作 文件 从指定文件截取内容 cut -c 字符 按字符选取内容 cut -d 指定分割符 cut -f n1,n2 分割以后显示第几段内容, 使用 , 分割 cut -n 只显示第n项 cut n- 显示 从第n项 一直到行尾 cut n-m 显示 从第n项 到 第m项(包括m
变量名 含义 ARGC 命令行变元个数 ARGV 命令行变元数组 FILENAME 当前输入文件名 FNR 当前文件中的记录号 FS 输入域分隔符,默认为一个空格 RS 输入记录分隔符 NF 当前记录里域个数 NR 到目前为止记录数 OFS 输出域分隔符 ORS 输出记录分隔符
当我们在 Linux 中运行某些命令来读取或编辑字符串或文件中的文本时,我们经常尝试将输出过滤到感兴趣的特定部分。这就是使用正则表达式派上用场的地方。
文件管理不外乎文件或目录的创建、删除、查询、移动,有mkdir/rm/mv 文件查询是重点,用find来进行查询;find的参数丰富,也非常强大; 有时候,需要给文件创建一个别名,我们需要用到ln,使用这个别名和使用原文件是相同的效果; 2.1. 创建和删除 创建:mkdir 删除:rm 删除非空目录:rm -rf file目录 删除日志 rm *log (等价: $find ./ -name “*log” -exec rm {} ;) 移动:mv 复制:cp (复制目录:cp -r ) 查看当前目录下文件个数: $find ./ | wc -l 复制目录: $cp -r source_dir dest_dir 2.2. 目录切换 找到文件/目录位置:cd 切换到上一个工作目录: cd - 切换到home目录: cd or cd ~ 显示当前路径: pwd 更改当前工作路径为path: $cd path 2.3. 列出目录项 显示当前目录下的文件 ls 按时间排序,以列表的方式显示目录项 ls -lrt 以上这个命令用到的频率如此之高,以至于我们需要为它建立一个快捷命令方式: 在.bashrc 中设置命令别名: alias lsl='ls -lrt' alias lm='ls -al|more' 这样,使用lsl,就可以显示目录中的文件按照修改时间排序;以列表方式显示; 给每项文件前面增加一个id编号(看上去更加整洁): >ls | cat -n 1 a 2 a.out 3 app 4 b 5 bin 6 config 注:.bashrc 在/home/你的用户名/ 文件夹下,以隐藏文件的方式存储;可使用 ls -a 查看; 2.4. 查找目录及文件 find/locate 搜寻文件或目录: $find ./ -name "core*" | xargs file 查找目标文件夹中是否有obj文件: $find ./ -name '*.o' 递归当前目录及子目录删除所有.o文件: $find ./ -name "*.o" -exec rm {} \; find是实时查找,如果需要更快的查询,可试试locate;locate会为文件系统建立索引数据库,如果有文件更新,需要定期执行更新命令来更新索引库: $locate string 寻找包含有string的路径: $updatedb 与find不同,locate并不是实时查找。你需要更新数据库,以获得最新的文件索引信息。 2.5. 查看文件内容 查看文件:cat vi head tail more 显示时同时显示行号: $cat -n 按页显示列表内容: $ls -al | more 只看前10行: $head - 10 ** 显示文件第一行: $head -1 filename 显示文件倒数第五行: $tail -5 filename 查看两个文件间的差别: $diff file1 file2 动态显示文本最新信息: $tail -f crawler.log 2.6. 查找文件内容 使用egrep查询文件内容: egrep '03.1\/CO\/AE' TSF_STAT_111130.log.012 egrep 'A_LMCA777:C' TSF_STAT_111130.log.035 > co.out2 2.7. 文件与目录权限修改 改变文件的拥有者 chown 改变文件读、写、执行等属性 chmod 递归子目录修改: chown -R tuxapp source/ 增加脚本可执行权限: chmod a+x myscript 2.8. 给文件增加别名 创建符号链接/硬链接: ln cc ccAgain :硬连接;删除一个,将仍能找到; ln -s cc ccTo :符号链接(软链接);删除源,另一个无法使用;(后面一个ccTo 为新建的文件) 2.9. 管道和重定向 批处理命令连接执行,使用 | 串联: 使用分号 ; 前面成功,则执行后面一条,否则,不执行:&& 前面失败,则后一条执行: || ls /proc && echo suss! || echo failed. 能够提示命名是否执行成功or失败; 与上述相同效果的是: if ls /proc; then echo suss; else echo fail; fi 重定向: ls proc/*.c > list 2> &l 将标准输出和标准错误重定向
正则表达式: 匹配一组字符: #[ns]a.\.xls //[]用于限定字符;“.”用于匹配任意字符; \.用于转义"." 匹配到s/na*.xls [nN] 匹配大小写;[0-9] 匹配0-9数字;[a-zA-Z0-9] 匹配任意字符数字 注意:"-"(连字符)是一个特殊的元字符,作为元字符只能用在[]中间 用^元字符进行取非操作,但是必须用在[]之间 #[ns]a[^0-9]\.xls 匹配n/sa*.xls *表示任意字符 使用元字符: 元字符自己使用必
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