Biopython:是否有一行程序可以从PDB文件中提取特定链的氨基酸序列？

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python、bioinformatics、biopython

我想从一堆PDB文件中提取特定链的单字母氨基酸序列。我可以使用SeqIO.parse()来做这件事，但在我看来，它感觉很不自然： PDB_file_path = '/full/path/to/some/pdb' # Is there a 1-linerquery_seqres = SeqIO.parse(PDB</em

浏览 64提问于2020-01-20得票数 1

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PDB BioPython-提取坐标

python、biopython

我是Python的新手，在BioPython中是否有任何函数来计算给定一个PDB文件的原子向量，并将坐标作为它的输入？是否有一个BioPython函数来从PDB文件中分别提取坐标？

浏览 0提问于2016-10-17得票数 0

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将核苷酸序列转换为氨基酸序列

python、bioinformatics、biopython

我有一个脚本，它使用一个基因的位置和链信息(补体，向前)来提取核苷酸序列。一旦提取，脚本使用翻译表和密码子起始位置将核苷酸序列转换为氨基酸序列，并将其与原始氨基酸序列进行比较。尽管genbank文件指出该基因从25341位置开始，在位置1(例如codon_start=1)有一个开放的阅读框架，但我检查了从-2、

浏览 1提问于2015-12-22得票数 0

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Biopython :获取resseq

python、biopython

我从pdb文件中分析了一个残留物列表：(Find_chain是一个选择我需要的链的函数)，我正在对所有的残差做一个循环，计算每个残余物的特定因子。但是我也需要"resseq“(因为，如果我理解的话，它就是pdb文件中报告的剩余数)

浏览 3提问于2014-10-31得票数 0

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使用biopython，KeyError：'CA‘的分子内蛋白质残基接触图

python、biopython、pdb

我正在尝试识别3D蛋白质结构中接触的氨基酸残基。我是BioPython新手，但我发现这个网站很有帮助import Bio.PDBpdb_filename = "1qhw.pdb" def calc_res

浏览 1提问于2017-06-08得票数 1

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是否有办法在PDB文件中分离属于每个生物程序集的链？(python脚本)

python、python-3.x、bioinformatics、biopython

我希望在PDB文件中分离属于特定生物程序集的链I。作为一个例子，PDB ID 1 1BRS有3个生物组装:生物组装1：-链A和D生物组装2：-链B和E生物组装3：-链C和F 是否有一种方法(python脚本)可以将属于每个生物程序集的链ID分离，如1BRS_A:D，1BRS_B:E，1BRS_

浏览 7提问于2019-11-11得票数 0

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用python解析PDB头信息(蛋白质结构文件)？

python、bioinformatics、biopython

是否有PDB文件(蛋白质数据库)的解析器，可以从标题/备注部分提取(大多数)信息，如细化统计数据等？可能值得注意的是，我主要感兴趣的是在文件生成后立即访问数据，而不是从已经存放在蛋白质数据库中的结构中访问数据。这意味着有相当多的不同的“适当”格式需要处理，这取决于所

浏览 6提问于2016-08-17得票数 0

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从蛋白质数据库(PDB)文本文件中提取列

python、file、protein-database

我想用Python中的Matplotlib绘制一个图，从而从PDB文件(蛋白质数据库)中读取一些数据。我希望从文件中提取每一列，并将这些列存储在单独的向量中。PDB-文件由包含文本和浮动的列组成。我对Matplotlib非常陌生，我尝试过几种方法来提取这些列，但是似乎没有什么效果。提取这些列的

浏览 5提问于2015-03-18得票数 1

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从蛋白质数据库到Cosmic或Uniprot的蛋白质序列比对

r、alignment、sequence、bioconductor、protein-database

我想将蛋白质数据库中的PDB文件与Cosmic或Uniprot中显示的蛋白质的标准AA序列进行匹配。具体地说，我需要做的是从pdb文件中提取主干中的碳α原子及其xyz位置。我还需要提取它们在蛋白质序列中的实际顺序。对于structure 3GFT (Kras

浏览 8提问于2012-05-28得票数 1

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如何用Biopython解析PQR文件

python、parsing、biopython、protein-database

我想使能够读取文件(修改后的文件被原子电荷和radius替换为占用率和B因子)。ATOM 1 N LEU 1 3.469 24.678 1.940 1.00 48.46 N 1.00为占用，

浏览 6提问于2012-11-13得票数 2

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Biopython翻译输出错误

regex、string、bash、translate、biopython

我的bash脚本使用两个grep函数，后面跟着一个Biopython脚本，它打印与所需区域对应的前几行。BiopythonWarning) 我希望生成的倒数第二个文件只有这些信息然而，当bash脚本运行时，只有警告/错误消息而不是两个氨基酸序列被输出到屏幕上氨基酸序列不应该从蛋氨酸开始，因为蛋氨酸是错误信息的

浏览 5提问于2014-01-21得票数 0

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构建蛋白质数据库(PDB)文件

python、chemistry

我得模拟一种复杂的赖氨酸聚合物。它类似于一种蛋白质，除了赖氨酸并不总是与它们的α胺结合。我的目标是为进一步的计算生成一个。最后，我必须能够生

浏览 6提问于2014-04-29得票数 0

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Numpy和Biopython必须集成吗？

numpy、scipy、bioinformatics、biopython

我有两个脚本来查看一个(多序列对齐) MSA是否有50多个列，缺口小于50%。第一个使用BioPython的是4.2秒，包含16281个序列，列为609列(PF00085格式为fasta格式)。我认为MSA对象的Numpy方法可能更有用、更快，例如，可以使用布尔numpy数组来选择特定的行和列。实际上，删除和选择列(例如，删除具有50%间隙的列)非常耗时，在Biopyth

浏览 8提问于2012-11-25得票数 5

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BioPython在哪里存储与各种化学分子有关的信息？

biopython

如果我们从PDB文件中重建一个蛋白质，有一个PDB文件就足够了，还是需要PDB之外的更多信息？以BioPython框架为例。如果PDB文件外部需要任何信息，这个框架将它们存储在哪里？我能打开看看那些文件吗？

浏览 11提问于2022-11-23得票数 -2

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分隔(X，Y)的列表

python、list、zip、biopython

我正在解析PDB文件，并且我有一个链名列表，以及格式为( chain，format )的XYZ坐标。我有很多坐标，但只有3个不同的链。我想将来自同一个链的所有坐标压缩到一个列表中，这样我就可以得到chain =坐标，坐标，坐标等等。我看了biopython文档，但我很难准确地理解如何获得我想要的坐标，所以我决定手动提取坐标。O

浏览 3提问于2013-07-20得票数 1

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从Swissprot特性元组Python中提取二级结构数据

python、tuples、bioinformatics、biopython

我需要能够确定从Swissprot文件的二级结构(例如，链，螺旋等)和域(例如。(信号)蛋白质中特定位置的信号。在查看了swissprot文件中的FT线后，结果如下：('HELIX', 33, 43, &#x

浏览 4提问于2014-12-10得票数 0

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从Nexus文件中获取路线的排除位置

biopython

我可以成功地使用BioPython的AlignIO模块读取Nexus文件并生成序列和ID的列表。由Mesquite和其他程序生成的Nexus文件可能会定义一个 (称为exset)，这些文件将被忽略或进一步过滤掉。Biopython是否提供了一种从结点文件解析exset的方法？我在文档中找不到一个提法。现在，我已

浏览 2提问于2014-04-02得票数 0

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将大型.cif文件的片段转换为较小的.pdb文件

casting、bioinformatics、biopython

我试图从核糖体晶体结构的cif文件中划出一些与配体的结合位点，但遇到了一个涉及类型错误的恼人问题。TypeError: %c requires int or charfrom Bio.PDB import *io.set_structure(structure) io.save(&

浏览 232提问于2020-02-11得票数 2

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当DNA序列中有某种模式时，检索编码的氨基酸。

regex、perl、bioinformatics、biopython、bioperl

当DNA序列中有某种模式时，我想检索编码的氨基酸。例如，模式可以是: ATAGTA。因此，当有：>sequence1>sequence2理想的输出将是一个表，每一个氨基酸的次数是由模式编码的。我一直在考虑如何做到这一点，但我只想:替换所有与模式不同的核苷酸，翻译剩下的，得到编码<e

浏览 3提问于2013-11-11得票数 1

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使用BioPython的translate()方法识别ORF和氨基酸--翻译错误？

bioinformatics、biopython、dna-sequence、ncbi

我正在努力自学生物信息学，通过计算机科学和高性能计算的方式来参加派对。(从本质上讲，我正在努力学习生物学。)我最近发现了BioPython，到目前为止我认为它很棒，但我很好奇是否有人能帮我找出为什么BioPython中用来将序列数据转换为开放源码候选序列和氨基酸蛋白链的translate()方法的行为与预期的不同以下是今年的DNA60挑战赛，它是在一个序列

浏览 1提问于2013-04-29得票数 0

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