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Biopython中与BioPerl的Bio::DB::Fasta等效的函数是什么?

在Biopython中,与BioPerl的Bio::DB::Fasta等效的函数是SeqIO.index()。

SeqIO.index()函数是Biopython中用于创建索引的函数,它可以将FASTA文件中的序列读取到内存中,并创建一个索引,以便可以通过序列的ID快速访问序列。这个函数可以接受一个FASTA文件路径作为输入,并返回一个字典,其中键是序列的ID,值是对应的序列对象。

使用SeqIO.index()函数可以方便地从FASTA文件中获取特定序列,而不需要将整个文件加载到内存中。这在处理大型基因组数据时非常有用。

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