我有以下FASTA文件,original.fasta
>foo
GCTCACACATAGTTGATGCAGATGTTGAATTCACTATGAGGTGGGAGGATGTAGGGCCA
我需要将记录id从foo更改为bar,所以我编写了以下代码:
from Bio import SeqIO
original_file = r"path\to\original.fasta"
corrected_file = r"path\to\corrected.fasta"
with open(original_file) as original, open(corre
我正在寻找一种方法来读取Biopython中的.fasta文件,并有包估计,如果我们是处理脱氧核糖核酸,核糖核酸或蛋白质。到目前为止,我像这样读取数据:
with open('file.fasta', 'r') as f:
for seq in sio.parse(f, 'fasta'):
# do stuff, depending on alphabet
我的问题是现在我不知道我将在.fasta文件中找到什么样的序列。它可以是蛋白质、DNA或RNA,但我必须知道字母表中的字母数。
有没有办法用Biopython从序列中“
我试图用python编写一个脚本来解析一个大型的fasta文件,因为我正在学习脚本,所以我不想使用biopython。脚本需要将登录号、序列长度和序列gc内容打印到控制台。我已经能够提取登录号,但无法提取序列,因为它们被读取为行,这使我无法计算序列长度和gc内容。
有人能帮我吗?我尝试在列表中对行进行分组,但是这会在一个列表中创建多个列表,我也不知道如何加入它们。
seq=""
seqcount=0
seqlen=0
gc=0
#prompt user for file name
infile=input("Enter the name of your designa
我有一个小的fasta文件,格式如下:
>gene_1 + other data
seq 1
>gene_1 + other data
seq2
>gene_1 + other data
seq3
我想删除文件的第一个元素。这是一个大型Python脚本的一部分,一旦我使用了这个seq,并提取了其中有趣的部分,我想从文件中删除它。最后,文件将被清空,这样我就可以从文件夹中删除它。因为我一直在使用Biopython,所以我想看看是否可以在Biopython中找到函数,但是我找不到任何关于如何从fasta文件中删除记录的提示。由于SeqIO有一种列表,所以我尝试使用list.rem
我正在尝试创建一个python脚本,用户可以在其中键入他们的FASTA文件,然后该文件将使用Biopython进行解析。我正在努力让它工作。到目前为止,我的脚本是这样的:
#!/usr/bin/python3
file_name = input("Insert full file name including the fasta extension: ")
with open(file_name, "r") as inf:
seq = inf.read()
from Bio.SeqIO.FastaIO import SimpleFastaParser
c
我想开始使用Biopython来对齐序列文件,但是库总是给我错误。我的代码如下:
from Bio import AlignIO
import Bio
alignment = AlignIO.read("A_prot.fasta","fasta")
print alignment
我确保将A_prot.fasta放在与我的程序相同的目录中,但我收到一个错误消息:
Traceback (most recent call last):
File "bio_seq_align.py", line 5, in <module>
a
我目前正在使用BioPython从PMID中查询抽象记录。然后,我将所需的信息存储在一个名为PubMed的变量中,数据类型为:
class 'Bio.Entrez.Parser.StructureElement'>
例如,如果我打印它,我会收到这样的信息:
{u'AbstractText': ['Hypercholesterolemia and hypertension are frequently associated with elevated sympathetic activity. Both are independent cardiov
我是个新手,使用biopython。我正在试着用biopython把字典写到一个文件里。下面是我的代码: with open("file_in.fasta") as original, open("file_out.fasta", "w") as corrected:
for seq_record in SeqIO.parse(original,'fasta'):
desc=seq_record.description
seq_dict={seq_record.id + '_1
我正在尝试在一个文件中获得正确的反向序列。代码如下:
import os
import sys import pysam
from Bio import SeqIO, Seq, SeqRecord
def main(in_file):
out_file = "%s.fa" % os.path.splitext(in_file)[0]
with open(out_file, "w") as out_handle:
# Write records from the BAM file one at a time to the outp
大家好,
我开始用Biopython编程,我想知道如何从具有所有特征坐标的基因组GenBank文件(*.gb)中提取基因序列和蛋白质标识符。
我的想法是创建一个包含蛋白质标识符、基因坐标和基因序列的文本文件。
如果你有任何想法,我将不胜感激。
到目前为止,我已经尝试过了:
for seq_record in seq_record.features:
if seq_record.type == 'CDS':
x=seq_record.qualifiers['protein_id']
i=seq_record.location.
我尝试过BioPython、SeqIO和其他解析器,但找不到任何好的工具来解析DAT文件。
https://omics.pnl.gov/software/uniprot-dat-file-parser
我试过这个,但它们不提供任何基因注释
http://biopython.org/wiki/SeqIO
他们主要讨论的是接受FASTA的输入,而不是DAT文件。
from Bio import SeqIO
for record in SeqIO.parse("Fasta/f002", "fasta"):
... print("%s %i"
我写了一个程序,它打印一个字符串,其中包含以使文本着色。但它在默认的Windows10控制台上并不能像你在屏幕截图中看到的那样工作。
程序输出以打印字符的形式显示转义序列。如果我通过变量或管道将该字符串提供给PowerShell,则输出将按预期显示(红色文本)。
我如何才能实现程序打印彩色文本而不使用任何变通方法?
这是我的程序源代码(Haskell) --但是语言并不重要,只是为了让你看看转义序列是如何编写的。
main = do
let red = "\ESC[31m"
let reset = "\ESC[39m"
putS
输入fasta格式文本文件:
#!/usr/bin/python
from Bio import AlignIO
seq_file = open('/path/to/fa_alignment_PF00205.txt')
alignment = AlignIO.read(seq_file, "fasta")
错误:
ValueError: Sequences must all be the same length
输入序列不应该是相同的长度,因为在ClustalOmega上,您可以对齐不同长度的序列。
这也不会work...gets相同的错误:
alignm
我有一个包含DNA序列和序列名称的FASTA文件,我需要建立一个重叠分数的矩阵。我在Biopython中找到了模块pairwise2,它似乎做得很好。除了我的序列已经对齐,当我使用pairwise2时,它再次尝试对齐序列,这花费了很长的时间,显然每次对齐都得到相同的重叠分数。因此,我的问题是,如何获得重叠评分,而不试图再次对齐序列?以下是我到目前为止所拥有的:
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio import SeqIO
from Bio import pairwise2
fasta_file = SeqIO.parse('unambigu
我使用Biopython删除了一些序列,因为它们太短了。但是,我不知道如何将打印的新序列保存在txt文件中。
这是我的代码:
from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("aminoacid_example.txt", "fasta"):
if len(seq_record.seq)>=30:
print(">",seq_record.id)
print(seq_record.seq)
输出:
">NP_414584.1
"> N