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bcftools进行SNP calling

bcftools也可以进行SNP calling。...需要注意的是mpileup命令虽然也会输出VCF格式的文件，但是并不直接进行snp calling。...call命令才是真正的执行SNP calling的程序，基本用法如下 bcftools call mpileup.vcf -c -v -o variants.vcf 在进行SNP calling 时，...必须选择一种算法，有两种calling算法可供选择，分别对应-c和-m参数。...-c参数对应consensus-caller算法， -m参数对应multiallelic-caller算法，后者更适合多种allel和罕见变异的calling。

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freebayes进行SNP calling

freebayes 是一款snp calling 软件，其灵敏度高，用法简便，所以广受欢迎。

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使用HOMER进行peak calling

本文主要介绍如何通过HOMER来进行peak calling。...在HOMER中，通过findPeaks这个命令来进行peak calling, 这个命令有以下多种模式，对应不同类型的peak的识别 factor 这种模式用于识DNA和蛋白质结合位点，主要用于识别转录因子的结合位点...目的是识别promoter/TSS区域 dnase 这种模式用于分析DNase_seq数据，目的是识别DNase酶超敏位点 mC 这种模式用于识别DNA甲基化区域对于chip_seq的peak calling...2. findPeaks 分别对input和IP样本建立好tagdirectory之后就可以peak calling, 用法如下 findPeaks ip_tagdir/ -i input_tagdir

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OpenAI | Function calling 上手体验

在 OpenAI 发布 Function calling 之前，我们可能会议文本输入的方式，在Prompt中要求LLM格式化输出，或者通过LangChain框架提供的 Parsers 相关的抽象。...现在，OpenAI 提供了 Function calling 用于将LLM的输出格式化成 Function calling 所需要的参数。...Function calling 介绍简单的说， Function calling 就是基于（自定义）函数调用所需要的参数，输出可识别的格式化的输出。...Function calling 使用流程我们以查询指定城市指定日期天气为例，介绍 Function calling 的使用流程, 天气查询使用高德的API。...python 01_function_calling.py {"province": "\\u5e7f\\u4e1c", "city": "\\u6df1\\u5733\\u5e02", "adcode

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snp calling 几张图

all variants of interest locus-wide is a more powerful alternative. image.png 建议读或观看以下内容 1 深入了解snp-calling...Cloud Computing for Next-Generation Sequencing Data Analysis 3 https://en.wikipedia.org/wiki/SNV_calling_from_NGS_data...4Small-Variant Calling and Annotation 5 Hands-on Tutorial on SNP Calling 6 Finding SNPs Using Sequencing

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MCP 和 Function Calling：示例

本文以实际例子来加深对 MCP 和 Function Calling 的理解。实现这样一个场景：和大模型聊天，然后让大模型将回答的内容总结后保存到 flomo 笔记中。...Function Calling 我们知道 Function Calling 和模型的能力有关，我使用的是 qwen2.5:7b 模型，用 ollama 在本地运行。...2、利用 qwen-agent 框架来实现 function calling ，最终调用自定义开发的 api 接口。...json.dumps({"error": error_message}) except Exception as e: error_message = f"Error calling

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聊聊Spring AI的Tool Calling

info for customer with id: " + id); }}Result ConversionSpring AI提供了ToolCallResultConverter用于将tool calling...ID 42", chatOptions);chatModel.call(prompt);Return DirectSpring AI提供了returnDirect参数，设置为true则会将tool calling...ToolCallingManager.javapublic interface ToolCallingManager {/** * Resolve the tool definitions from the model's tool calling...DelegatingToolCallbackResolver把resolve方法委托给了构造器传入的其他toolCallbackResolvers小结Spring AI提供了ToolCallback来实现Tool Calling

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TAD calling 之 insulation score 分析

本文主要对insulation score 的提出与计算方法进行简要的介绍，并展示一个计算insulation score 的过程。

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如何理解 ChatGPT API function calling？

概述函式呼叫(function calling) 可说是这次ChatGPT API 更新的杀手级更新。

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使用SICER进行peak calling

组蛋白修饰中peak长度跨度大，弱信号分散都特点，使得基于转录因子TF结合位点的peak calling软件在分析这类数据时准确度较差。...SICER是一款专门针对组蛋白修饰的chip数据进行peak calling的软件，核心思想也是基于滑动窗口和局部泊松分布的方式来识别富集区域，下图所示为该软件用默认参数识别到的H3K27me3的peak

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TAD calling 之 insulation score 分析

本文主要对insulation score 的提出与计算方法进行简要的介绍，并展示一个计算insulation score 的过程。

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不同的peak calling软件比较

我一般用MACS2做peak calling，但是不知道效果是不是最好的，去搜了一下，发现14年有一篇文章用DNase-seq的数据比较了主流的几个peak caller的效果。

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【Calling Circles UVA - 247 】【Floyd + dfs】

d[i][j] = d[i][j] || (d[i][k] && d[k][j]); memset(vis, 0, sizeof(vis)); cout Calling

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MACS2 peak calling实战

MACS是一款最为流行的peak calling软件，最初是针对转录因子的chip数据来设计的，在最新版本中，也添加了对组蛋白修饰的适配。...本文主要介绍macs2最经典的使用场景peak calling, 基本用法如下 macs2 callpeak \ -t ip.bam \ -c input.bam \ --outdir out_dir...以上就是macs2 peak calling的基本用法，更多详细的参数和用法请参考官方文档。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！

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聊聊Spring AI的Tool Calling

序本文主要研究一下Spring AI的Tool Calling ToolCallback org/springframework/ai/tool/ToolCallback.java public interface...for customer with id: " + id); } } Result Conversion Spring AI提供了ToolCallResultConverter用于将tool calling...42", chatOptions); chatModel.call(prompt); Return Direct Spring AI提供了returnDirect参数，设置为true则会将tool calling...public interface ToolCallingManager { /** * Resolve the tool definitions from the model's tool calling...DelegatingToolCallbackResolver把resolve方法委托给了构造器传入的其他toolCallbackResolvers 小结 Spring AI提供了ToolCallback来实现Tool Calling

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ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

ATACseq 的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如 Greenleaf 论文中定义...

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MCP vs Function Calling，该如何选？

2、Function Calling 设计理念：集成化、模型驱动与轻量级的功能扩展方案集成化与高效性：Function Calling 将函数调用逻辑直接嵌入 LLM 中，从而简化了系统架构并减少了中间层...—04 — MCP vs Function Calling，该如何选？...1、使用 Function-Calling 的场景 Function-Calling 以其结构化和高效的特点，成为许多特定任务的首选方法。...在上述这些场景中，Function-Calling 能够以较低的开发成本和较高的可控性，快速满足业务需求。...例如，在一个客户支持系统中，可以通过以下方式结合两者： Function-Calling 用于工单分类：利用 Function-Calling 的结构化特点，快速将用户提交的工单分类为“账单问题

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ATAC-seq分析：Peak Calling（8）

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HDUOJ-----（1329）Calling Extraterrestrial Intelligence Again

Calling Extraterrestrial Intelligence Again Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) Memory Limit: 65536

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Thymeleaf异常处理Calling methods is forbidden for type

session.SPRING_SECURITY_LAST_EXCEPTION.getMessage()}获取异常消息时报错 Caused by: org.springframework.expression.EvaluationException: Calling...ExpressionUtils.isTypeAllowed(type.getName())) { // We will only specifically allow calling...EvaluationException( String.format( "Calling

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