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arXiv|使用深度生成模型在3D空间上生成类药分子

今天给大家介绍的是北京大学来鲁华课题组在arXiv上挂出的预印论文《Learning to design drug-like molecules in three-dimensional space using deep generative models》。近年来,分子图的深度生成模型在药物设计领域受到了越来越多的关注。目前已经开发了多种模型来生成拓扑结构,但在产生三维结构方面的探索仍然有限。现有的方法要么关注于低分子量化合物而不考虑药物相似性,要么利用原子密度图来间接生成三维结构。在这项工作中,作者介绍了配体神经网络(L-Net),一种新的图生成模型,用于设计具有高质量三维结构的类药分子。L-Net直接输出分子(包括氢原子)的拓扑和三维结构,而不需要额外的原子放置或键序推理算法。实验结果表明,L-Net能够产生化学正确、构象有效的类药分子。最后,为了证明其在基于结构的分子设计中的潜力,作者将L-Net与MCTS结合,并测试其产生靶向ABL1激酶的潜在抑制剂的能力。

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