我正在尝试对一些感兴趣的区域神经成像数据进行FDR校正。我总共运行了18个线性混合效果模型，并确保每个模型中输出系数的顺序都是相同的。) 我现在正试图让我的生活变得更轻松，并创建一个循环，该循环遍历具有上述模型对象名称的列表，并为每个系数创建一个p值矢量，然后我将在p.adjust函数中输入该
浏览 55提问于2020-07-01得票数 0
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但是，使用我从第二个lsmeans语句中选择的行以及第一个lsmeans语句的结果，我有56个比较。我尝试使用t.ratio和使用TL_lsmeans1of2_df$p.val.adjusted = pt(TL_lsmeans1of2_df$t.ratio，TL_lsmeans1of2_df$df)的pt命令调整p-值。值，使用一个适当的更正56比较，将不胜感激。
浏览 2提问于2017-12-15得票数 0
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调整相关图中多个测试的显着性水平
、、、、
心理包中的corr.test运行得很好，但没有很好的图形输出。我对使用GGally包中的ggpairs特别感兴趣，因为它允许每个cell有多个关联(例如，在下面的示例中按物种拆分)。但是我似乎找不到一种方法来添加p.adjust或类似的语句。但据我所知，这也导致在显着性检验中没有区别-似乎p.adjust语句被忽略了。 1)是否被忽略？如何访问实际的p值而不仅仅是
浏览 22提问于2020-06-09得票数 1
我有一个p值的单元格数组，必须针对多个比较进行调整。我如何在Matlab中做到这一点？我找不到内置函数。在R中，我会这样做：Matlab有没有类似的功能？理想情况下，可以执行不同的调整方法(Bonferroni，Benjamini-Hochberg，FDR ...)？
浏览 2提问于2011-08-25得票数 8
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我想在R中应用p.adjust函数，其中n是<p-值的个数。独立检验的实际数量低于p值的数目，因为它是从基因组数据中提取的，具有连锁不平衡状态(有效的独立测试数，Meff)。但是，p.adjust函数不允许它：number of comparisons, must be at least length(p
浏览 9提问于2015-05-07得票数 1
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q <- p.adjust(tframe$p, "fdr")DF <- data.frame(CpGId, tframe$t, tframe$p, q)DFred <- DF[DF$q < 0.
浏览 1提问于2016-02-18得票数 1
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我使用modelsummary来显示几个多项式模型的结果，每个模型使用mice::pool function汇集了5个以上的数据集。它工作得很好，但我想添加q-value /调整后的p-value来表示错误发现率。 我知道我需要创建一个tidy_custom.mipo函数来添加这个统计数据，但是我不能让它工作。下面是获取mipo对象的“pool_univariate”列表的代码，然后我将其传递给modelsummary。它工
浏览 30提问于2021-08-04得票数 1
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我有一个p值列表，我想为的多次比较计算调整后的p值。在R中，我可以使用：pval <- pval[,1]print(length(pval[
浏览 0提问于2011-09-17得票数 20
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我正在尝试使用R包的multtest来调整多个测试的p值列表。但是，multtest只会将长度相等的"1“字符列表返回给所分析的p值列表。0.1829426020.2820002060.161501682
我从Bioconductor下
浏览 0提问于2013-03-14得票数 1
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$spA, type="spearman"))$rtmp <-print(rvalues[[i]][2])
r<
浏览 2提问于2021-05-25得票数 0
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很抱歉，如果我的问题有点傻，但我无法找到一种方法来制作一个使用reactiveValues作为选项的自定义函数。 variables$stat$rank <<- rank(p)
variables$stat$q.value <<- p
浏览 1提问于2022-11-20得票数 0
我有一个使用blmer创建的回归模型的列表，但是我无法提取p-值，因为它们不在anova(model)中，或者使用summary(model)$coefficients，因为我需要为多个系数提取p-值。只有当它是一个lmer模型时，我才可以提取p值列。从blmer的这些回归模
浏览 1提问于2019-09-23得票数 1
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通过使用Hmisc库中的aregImpute函数，我在R中使用了多次填充来处理缺少的值。为了进行分析，我使用fit.mult.impute函数来校正多重补偿过程的方差。我想创建一个包含系数和p值的表。可以使用$coef后缀从fit.mult.impute中提取系数，但我无法提取</em
浏览 1提问于2013-10-28得票数 0
在运行下面的代码时，我无法给出geom_text中文本的颜色。有人看到错误在哪里了吗？它在我的其他数据中起作用。theme_bw(base_size=8) + geom_text(aes(x, y, label=FDR"
[29] "red" "black" "red" "red" "red" &quo
浏览 3提问于2015-09-20得票数 1
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data.frame(region=unique.regions,pval=pvals.vec,G1=Meds.1,G2=Meds.2,dB=Meds.1-Meds.2)}
该代码基本上通过样本将矩阵分成两组，然后提取定义为区域内的所有探测的值，调用一个wilcox.test和一个中间总结步骤，并使用它填充预先创建的向量。我曾经尝试用for
浏览 2提问于2014-10-18得票数 0
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我试着用Benjamini &Hochberg的方法计算一组FDR校正的p值。但是，我试图运行的向量包含超过100亿个值。是否有办法做到这一点
浏览 3提问于2015-06-10得票数 6
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我之前的问题是关于使用plyr来允许我为这些组合中的每一个运行t.tests。然而，有人指出，需要考虑多重比较的问题。value adjustment method: holm
我担心调整后的p值是错误的，因为我们没有将材料n与l或l与c进行比较-当在两个实验室测试时，我们总是查看相同的材料(即，实验室"B“和”S“中的材料'l‘)。虽然以这
浏览 0提问于2013-04-22得票数 0
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我正在试图找到一个包来计算Efron的本地FDR来进行一系列测试。我有超过1000个协变量，所以多次修正是肯定的。我确实找到了fdrtool，但它不能从p值计算本地FDR。我发现的其他软件包在3.1.1-LocalFDR、LocalFDR、kerfdr、twilight<
浏览 3提问于2014-10-06得票数 0
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我使用来自lmer()包的lme4函数构建了一个混合效应模型。由于一些好的哲学原因，lme4软件包没有输出系数的p值.然而，我仍然需要p值在我的出版物中报告.我知道使用lmer()创建的模型计算p值有多种方法，例如。我的问题是:我想使用tidy()函数从br
浏览 3提问于2016-05-12得票数 3
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我是R的新手，我有一个关于从多个组的列表中提取数据的问题。例如，我有一组这样的数据：iris = iris[sample(nrow(iris)),]1.5 virginica Low
141 6.7 3.1 5.6 2.4 virginica H
浏览 0提问于2018-09-19得票数 0
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