简介 有些分析需要很长时间，因为它在单个处理器上运行并且有大量数据需要处理。如果数据可以分成块并单独处理，那么问题就被认为是可并行化的。...GNU 并行 我们用来并行化生物信息学问题的程序是 GNU 并行。它是“一种使用一个或多个计算节点并行执行作业的 shell 工具”。GNU 并行可帮助您运行原本要按顺序一项一项或循环运行的作业。...您可以查看 GNU Parallel 网站，以确定如何在集群上安装 Parallel 和/或了解如何使用它。...; do gzip $f; done real 0m15.801s user 0m1.414s sys 0m5.045s 然而，我们可以通过使用 GNU 并行来更好地利用所有可用的...该函数的使用方法是： 并行命令 -j10 用于处理的作业或 cpu 数量。这里我们使用 10 个 cpu。
因此，如果一个应用需要高精度浮点运算，最好的选择是要么用处理器实现，要么在大规模的 FPGA 中实现。 有必要正确理解严苛时间驱动功能在可编程逻辑中并行执行的情况。...图 11.2 展 示了并行计算的优势。如果采用软件执行，要得到结果 G 需要 12 个时钟周期 （串行执行），而并行实现只需要 2 个时钟周期 （并行执行）就能得到相同的结果。...我们用 它来测量应用代码的一些属性，包括： • 存储器的使用 • 函数调用的执行时间 • 函数调用的频度 • 指令的使用 剖析可以静态运行 （不执行软件程序），也可以动态运行 （在实际或虚拟的处理器上运行软件应用的时候运行...• 基于 GNU 的编译器工具链 - 用来把应用程序的源代码转换成可执行程序。它是基于 GNU项目所做的编程工具的集合，包括 GCC编译器、GNU调试器（GDB）、工具和库。...提到的所有这些功能都能在基于集成了 C/C++ 开发包 （CDK）的Eclipse 的 IDE 里使用 [2]。
设置变量值为GNU或SEQ。如果您使用的是GNU编译器，可以将变量值设置为GNU；如果您使用的是Intel编译器，可以将变量值设置为SEQ。...确认变量设置后，点击“确定”保存更改，并关闭所有的窗口。 重新运行程序，查看是否还会出现Cannot load mkl_intel_thread.dll错误。...通过设置MKL_THREADING_LAYER环境变量为'GNU'，我们将使用GNU OpenMP线程进行并行计算，而不依赖于MKL库的线程支持。...MKL利用英特尔处理器上的向量化指令和多核并行处理能力，通过高度优化的算法和数据布局来实现高性能计算。...通过使用MKL库，开发人员可以轻松地利用英特尔处理器的优势，实现高性能和高度优化的数值计算。
通用字符串操作 re：正则表达式操作 difflib：差异计算工具 textwrap：文本填充 unicodedata：Unicode字符数据库 stringprep：互联网字符串准备工具 readline：GNU...按行读取接口 rlcompleter：GNU按行读取的实现函数 二进制数据 struct：将字节解析为打包的二进制数据 codecs：注册表与基类的编解码器 数据类型 datetime：基于日期与时间工具...对象序列化 dbm：Unix“数据库”接口 sqlite3：针对SQLite数据库的API2.0 压缩 zlib：兼容gzip的压缩 gzip：对gzip文件的支持 bz2：对bzip2压缩的支持 lzma：使用...multiprocessing：基于进程的并行 concurrent：并发包 concurrent.futures：启动并行任务 subprocess：子进程管理 sched：事件调度 queue：同步队列...asynchat：异步套接字命令 / 响应处理器 signal：异步事务信号处理器 mmap：内存映射文件支持
使用预处理器定义，我们可以根据检测到的宿主处理器架构分支源代码编译。...一旦在代码中确定了性能关键部分，例如使用分析工具，程序员可以添加预处理器指令，这些指令将指示编译器为这些区域生成并行代码。...编译器将根据性能关键部分之前的预处理器指令生成并行代码。在本教程中，我们将构建以下示例源代码（example.cpp）。...在性能关键部分之前的代码注释中再次可以使用并行指令。...其矩阵和向量类型易于使用，甚至在编译时提供类型检查，以确保不混合不兼容的矩阵维度。密集和稀疏矩阵操作，如矩阵-矩阵乘积、线性系统求解器和特征值问题，也使用表达式模板实现效率。
由于宿主机和目标机的系统架构不同，因此需要使用交叉编译器。GNU C/C++（gcc）：是目前广泛使用的交叉编译器，支持多种宿主机和目标机组合。...GNU Debugger (gdb)：是GNU开源组织发布的调试工具，功能强大，可以用于追踪和控制程序执行过程，检查发生错误时的状态。...由于宿主机和目标机通常拥有不同的处理器架构，因此需要在宿主机上使用交叉编译器来生成适用于目标机的可执行代码。D. 调试器与被调试程序必须安装在同一台机器上 - 这个说法是错误的。...选项A：一个时间片内进行处理 - 这种情况更适用于时间片轮转调度算法，但并不适用于所有实时操作系统。...(B) 哈佛结构：DSP（数字信号处理器）通常采用哈佛结构，它有独立的存储器和地址空间用于指令和数据，允许指令和数据的并行访问，这样可以高效地处理数字信号处理任务。
(processpr)” 的概念： 一个进程不必特定于一个处理器上被处理。...一个处理器未必处理特定的进程。 系统中进程数量和处理器数量不需要相等。 fork为上述的核心思想提供了实现的手段。后来fork被引入到UNIX系统，成了创建新进程几十年不变的通用操作。...不使用线程API，只用进程API，若要并行处理多个请求，CreateProcess需要载入一个磁盘程序映像来执行handle_request，该映像程序写出来可能是下面的样子(这不是最高效的写法，这只是一种直接的写法...注意到clone函数的声明依赖于一个宏： #define _GNU_SOURCE 这意味着clone是非标准的。确实，它只是Linux的一个系统调用。...则是退出当前task_struct所在进程的所有task_struct，对于多线程程序，它当然就是退出所有的线程了。
-S：只编译，不汇编 -c：只编译、汇编，不链接 -pipe：使用管道代替临时文件 -combine：将多个原文件一次性传递给汇编器 -g：包含调试信息 -I：指定include包含文件的搜索目录 -...：ISO/IEC 9899:1990以及GNU扩充 -std=gnu99：ISO/IEC 9899:1999以及GNU扩充 -trigraphs：支持ISO C三字符组 -w：忽略所有警告 -Werror...：对所有合法但值得怀疑的表达式发出警告 -O0：关闭所有优化选项 -O1：第一级别优化，使用此选项可使可执行文件更小，运行更快，并不会增加太多编译时间，可以简写为-O -O2：第二级别优化，采用了几乎所有优化技术...对于每个源文件，预处理器输出一个make规则，该规则的目标项（target）是源文件对应的目标文件名，依赖项（dependency）是源文件中#include引用的所有文件。...规则显示在标准输出，不产生预处理过的C程序 -C：告诉预处理器不要丢弃注释。配合-E选项使用 -P：告诉预处理器不要产生#inline命令。
高性能计算： 并行计算：利用多核处理器进行并行算法的开发和测试。 分布式计算：在多个OrangePi Kunpeng Pro之间搭建集群，进行分布式系统的实验和研究。...::: 2.2 背景介绍： 2.2.1 硬件配置： 处理器：搭载华为鲲鹏920处理器，具有4核64位处理器+AI处理器。 内存：支持DDR4内存，配备8GB或16GB可选，速率达到3200Mbps。...2.2.2 特点： 国产处理器：采用华为自主研发的鲲鹏处理器，支持国内处理器生态系统的发展。 高性能计算：鲲鹏处理器具有高性能、低功耗的特点，适合进行高性能计算任务。...适用于企业应用：可以作为服务器使用，适用于企业中的轻量级计算需求。 安全性：华为鲲鹏处理器在硬件层面提供了安全特性，有助于保障系统安全。 节能环保：低功耗设计有助于节约能源，减少碳排放。...[root@openEuler ~]$ gcc -v 使用内建 specs。
GNU Parallel是一个shell工具，为了在一台或多台计算机上并行的执行计算任务。本文简要介绍GNU Parallel的使用。 ? 这个cpu是多核的。 一般两核是这样工作的的： ?...好了不黑了。再黑intel要打我了。 在某个周末的早上百无聊赖之际，花了半天时间过了一遍gnu parallel的man page和tutorial。...本文主要的目的是安利（lure）你使用这个工具，并且告诉你为啥（why）使用和如何（how）使用。 why 使用gnu parallel的目的只要一个，就是为了快！...然后是执行快，它将你的程序并行利用系统的多核执行： 上图： ? grep 一个 1G 大小的log。 使用parallel ，和不使用parallel直接grep。结果显而易见，相差 20 倍。...其他的都只是各个参数具体使用，比如到底用几个核啊，place_holder的替换啊，各种花样传参数啊，并行执行但是保证结果顺序输出(-k)，以及神奇的跨节点并行计算啊，看看man page就知道了。
命令概述 gcc命令使用GNU推出的基于C/C++的编译器，是开放源代码领域应用最广泛的编译器，具有功能强大，编译代码支持性能优化等特点。...gcc是GNU编译器套件(GNU Compiler Collection)，它包括了C、C++、Objective-C、Fortran、Java、Ada、Go语言和D语言的前端，也包括了这些语言的库(如...GCC的初衷是为GNU操作系统专门编写的一款编译器。GNU系统是彻底的自由软件。此处，“自由”的含义是它尊重用户的自由。 02. 命令格式 用法：gcc [选项] 文件… 03....-save-temps= 不删除中间文件 -no-canonical-prefixes 生成其他 gcc 组件的相对路径时不生成规范化的 前缀 -pipe 使用管道代替临时文件 -time 为每个子进程计时...本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 举报，一经查实，本站将立刻删除。
进程调度会涉及实时性、负载均衡等问题，目前研究的热点问题主要集中在以下方面： 程序的并行开发设计 多进程的时间相关性 任务的分配和调度 缓存的错误共享 一致性访问问题 进程间通信 多处理器核内部资源竞争...cat /proc/cpuinfo查看cpu信息，如下两个信息： processor，指明第几个cpu处理器 cpu cores，指明每个处理器的核心数 也可以使用系统调用sysconf获取cpu核心数...，有2个处理器，每个处理器只有一个核，等同于一个处理器两个核心。...#define _GNU_SOURCE /* See feature_test_macros(7) */ #include /* 设置进程号为pid的进程运行在...} for(i=0; i< num; i++) { pthread_join(thread[i],NULL);//等待所有的线程结束
注意：我在本文中使用采用GNU GPL v2许可证的OpenJDK官方docker映像。在Oracle Java SE中，这里描述的docker支持功能在更新191中引入。...# 问题 JVM可以“看到”系统上的整个内存和可用的所有CPU核心，并确保与资源一致。...不妨再次检查，运行一个显示可用处理器数量的小程序。 不妨在一个cpu编号设置为1的docker容器中运行它。 不好，这个系统上的确有12个CPU。...因此，即使可用处理器的数量限制为1，JVM也会尝试使用12――比如说，GC线程数量由该公式设置： 在拥有N个硬件线程（N大于8）的机器上，并行收集器使用N的固定分数作为垃圾收集器线程的数量。...但有时升级不是办法，比如说如果应用程序与新JVM不兼容就不行。 好消息：Docker支持还被向后移植到Java 8。不妨检查标记为8u212的最新openjdk映像。
介绍 GCC（英文全拼：GNU Compiler Collection）是 GNU 工具链的主要组成部分，是一套以 GPL 和 LGPL 许可证发布的程序语言编译器自由软件，由 Richard Stallman...：显示特定类型的命令行选项（使用 -v --help 显示子进程的命令行选项）。 -dumpspecs ：显示所有内置规范字符串。 -dumpversion ：显示编译器的版本。...-Wp, ：将逗号分隔的 传递给预处理器（preprocessor）。...-### ：与 -v 类似，但引用的选项和命令不执行。 -E ：仅执行预处理（不要编译、汇编或链接）。 -S ：只编译（不汇编或链接）。 -c ：编译和汇编，但不链接。...本站仅提供信息存储空间服务，不拥有所有权，不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容， 请发送邮件至 举报，一经查实，本站将立刻删除。
内核代码被认为是与体系架构无关的，它的代码对 Linux 所支持的所有处理器架构都是通用的。在这之下是架构相关的代码，也就是处理器和平台专用的，这部分一般叫做 BSP。...下面列出的只是 GPL 的规则的某些细节 [6]： 当一个软件基于 GNU GPL 作为自由软件发布了，那么之后所有的更新或修改都 必须继续作为自由软件来发布； 如果所做的修改是供组织或公司内部使用，就可以不公开...好吧，一个想要把自己的程序公开给更多人使用的开发者必须考虑他们包含在程序中的原创或修改的代码的许可状态，然后以恰当的许可来发布，以满足所有已有的条款。...你已经对 FPGA 做了编程，把应用下载到了处理器，它运行了，而且所有的功能都如预期！迈着轻快的步伐，你到茶水间做了一杯庆贺的咖啡，吃了块蛋糕。...图 22.3: Git 的操作流程 22.4.4 Linux 下的调试 在开发的某个迭代环节上的代码很可能带有错误，所有应用开发都适用这条论断，Linux 也不例外。
GNU Parallel[1] 是一个用于加速生信分析不可或缺的一个工具。它允许你非常简单地对命令并行化处理。下面我将介绍一些如何使用它以及如何将它应用于生信。...这是并行化的本质：不是所有的任务都会花费相同的时间，所以有的结束的早，有的结束的晚，因此输出顺序并不一致。我们可以使用 -k 选项强制程序执行“先入先出”准则。...parallel -j 100% # 使用 100% 的核心数 parallel -j -1 # 使用比所有核心数少 1 个的核心数 parallel -j +1 # 使用比所有核心数多 1 个的核心数...使用 ::: 传递参数 使用 ::: 指定并行指定的命令参数（列表来源）。...使用 GNU Parallel 进行 Variant Calling 当处理 BAMs 或 VCFs 时，你可以并行处理所有的染色体。大多数变异检测软件或注释工具允许你通过指定区间一次处理一个染色体。
通用字符串操作 re：正则表达式操作 difflib：差异计算工具 textwrap：文本填充 unicodedata：Unicode字符数据库 stringprep：互联网字符串准备工具 readline：GNU...按行读取接口 rlcompleter：GNU按行读取的实现函数 struct：将字节解析为打包的二进制数据 codecs：注册表与基类的编解码器 数据类型 datetime：基于日期与时间工具 calendar...对象序列化 dbm：Unix“数据库”接口 sqlite3：针对SQLite数据库的API2.0 压缩 zlib：兼容gzip的压缩 gzip：对gzip文件的支持 bz2：对bzip2压缩的支持 lzma：使用...multiprocessing：基于进程的并行 concurrent：并发包 concurrent.futures：启动并行任务 subprocess：子进程管理 sched：事件调度 queue：同步队列...asynchat：异步套接字命令 / 响应处理器 signal：异步事务信号处理器 mmap：内存映射文件支持 互联网 email：邮件与MIME处理包 json：JSON编码与解码 mailcap：
现代大部分的计算机系统都使用 ASCII标准 来表示文本字符。实际上就是一个唯一的单字节大小的整数值来表示每个字符。...hello.c #include int main() { printf("hello,world\n"); return 0; } 对于hello.c程序，如果使用...GNU项目和C语言起源 一、GNU项目 GCC是GNU（GNU是GNU's Not Unix的缩写）项目之一。 GNU项目1984年Richard Stallman发起的慈善项目。...GNU项目是除了内核外，依赖Unix操作系统的所有主要部件的环境。 GNU环境包括：EMACS编辑器、GCC编辑器、GDB编译器、汇编器、链接器、处理二进制文件的工具以及其他的一些部件。...大部分Unix内核，以及所有支撑工具和函数库都是用C语言编写的。 C语言小而简单 C语言是为实践目的而设计的。
GPL是GNU的通用公共许可证（GNU General Public License，GPL），即“反版权”概念，是GNU协议之一，目的是保护GNU软件可以自由的使用、复制、研究、修改和发布。...Cache通过缓存文件数据块，解决CPU运算速度与内存读写速度不匹配的矛盾，提高CPU和内存之间的数据交换速度。Cache缓存越大，CPU处理速度越快。.../sbin：基本的系统维护命令,只能由超级用户使用。 /etc：所有的系统配置文件。 /dev：设备文件存储目录.像终端、磁盘、光驱等。 /var：存放经常变动的数据,像日志、邮件等。.../lib：库文件和内核模块存放目录，包含系统程序所需要的所有共享库文件。...RAID级别，不同的RAID组合方式分为不同的RAID级别： RAID 0：称为Stripping条带存储技术，所有磁盘完全地并行读，并行写，是组建磁盘阵列最简单的一种形式，只需要2块以上的硬盘即可，成本低
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