前言 我经常使用R的dplyr软件包进行探索性数据分析和数据处理。...dplyr除了提供一组可用于解决最常见数据操作问题的一致函数外，dplyr还允许用户使用管道函数编写优雅的可链接的数据操作代码。...现在，Python是我的主要语言，pandas是我用于数据分析的助手，但我经常希望有一个Python包允许直接在pandas DataFrame上进行dplyr风格的数据操作。...diamond数据集，通过上面的代码我们筛选了carat，cut和color三列然后删除了cut列 还可以通过在要删除的列的前面放置一个波浪号〜来删除select（）方法中的列。...arrange（）对行进行排序 arrange（）允许您根据一列或多列来排序行; 默认行为是按升序对行进行排序。
接下来，我就为大家分享几个我在工作当中最常用来做数据分析用到的包，dplyr和data.table，我保证你get到这两个包后，就再也不想用R里面自带的基础包函数进行数据分析了！！...(V2),V3) 对V1，V3升序排序，对V2降序排序 ※arrange的语法非常简单，功能也很强大，我们再也不要用order()函数了 select( ) 选择列 select(df,V1,V2,V3..."B")] 使用j DT[,v1] #选择v1列 那如果我要选择多列呢，大家注意一下这里不是用c()来选取了， 而是通过.()来选取，注意前面有一个”.”号，所以我说data.table的语法有点奇怪呢...(sum_v1=sum(v1),sd_v3=sd(v3))] 还可以直接给计算的列赋予名称哦！！功能强大得我都要笑开花了！ 使用by 这还只是小试牛刀，你忘了我们还有个by吗！！ DT[,....以上讲的这些只是我工作中data.table用得最多的功能，它的强大之处还远远不止这些！如果你想深入，可以去官网下载文档，你绝对值得拥有！
这一点，我想大部分使用EXCEL的童鞋都深有体会，写论文时，这么多的数据进行处理，手动汇总、筛选、变换，工作量实在是太大。...带着这个问题，我们将首先使用dplyr包对给出的航班数据进行处理。...在处理数据之前，让我们再来回顾一下数据处理的一般步骤： 选择子集、列名重命名、删除缺失数据、处理日期、数据类型转换、数据排序 接下来，就可以进行数据处理了： 2.数据处理 2.1 选择子集 所谓选择子集...2.4 数据排序 为了数据的整齐性，我们可以选择相应的变量进行排序。这里要穿插一个排序函数arrange()，默认情况下，为升序排列，也可以对列名加desc()进行降序排序。...3.2 应用函数及组合结果 我们使用dplyr包中的summarize()函数，进行数据统计指标的获取及组合。计算出不同目的地的平行航行距离以及平均延误时间。
看到吗？一列是一列，是魔鬼的步伐。不要让sample1，2，3当列名，让他们多重复几遍，合并到一列。 数据由九宫格变成了一列，就可以用来跨包处理啦。 这就是实现了数据框的变形?。...1.Reshape Data 哦，我知道你想要魔法棒，来。 gather：我就是刚才的魔法棒 spread：我能让tidy data一夜回到解放前。 ?...（正常来说列名不需要加‘’，大概是因为示例中这个列名是纯数字的缘故。） 其中，需合并的列名也可以列在最后，这样，key=和value=可以省略。...二、Dplyr能实现的小动作 1.arrange 排序 按某一/两列值的大小，按照升/降对行排序。...这是根据相同的列名进行合并，当在两个表格中列名不一样时，需要在括号内加 by=c("col1"="col2") 其中col1和2分别是在两个表格中的需合并的列名 semi_join，anti_join
今天继续学习R语言基础的R包使用，以R包：dplyr为例 数据准备 01 R包的安装 install.packages(“dplyr”) 或BiocManager::install(“dplyr”)...:102),] 这里的“,”怎么理解呢，在我们上一期推文中提到，提取元素时z[x,y]指代提取z中第x行，第y列，如果我们只需要提取行，则应该写作z[x,],同理，如果只需要提取列，应该写作z[,y]...setosa"&Sepal.Length > 5 ) filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor")) 4.arrange() 按某1列或某几列对整个表格进行排序...的两个实用技能 1.count统计某列各元素出现的次数 count(test,Species) 2.管道操作 %>%（CTRL+SHIFT+M） 加载任意一个tidyverse包都可以使用管道符号...其核心包有ggplot、readr、tibble、purrr、 tidyr 、dplyr、ggplot、forcats 和stringr8个. 我们这里用的是dplyr包，因此可以使用管道。
说说你对kafka的理解 kafka是一个流式数据处理平台，他具有消息系统的能力，也有实时流式数据处理分析能力，只是我们更多的偏向于把他当做消息队列系统来使用。...详细说说消费者组和消费者重平衡？ Kafka中的消费者组订阅topic主题的消息，一般来说消费者的数量最好要和所有主题分区的数量保持一致最好（举例子用一个主题，实际上当然是可以订阅多个主题）。...大概意思就是对分区进行排序，排序越靠前的分区能够分配到更多的分区。 比如有3个分区，消费者A排序更靠前，所以能够分配到P0\P1两个分区，消费者B就只能分配到一个P2。...如下图所示，0~4绿色表示已经提交的消息，这些消息已经在副本之间进行同步，消费者可以看见这些消息并且进行消费，4~6黄色的则是表示未提交的消息，可能还没有在副本间同步，这些消息对于消费者是不可见的。...此时，Follower再次向Leader拉取数据，这时候Leader会更新自己的HW值，取Follower中的最小的LEO值来更新。
-（1）arrange(test, Sepal.Length)默认按照某列对整行进行排序，不改变列与列之间的对应关系； -（2）默认从小到大排序；要改为从大到小排序的话改成arrange(test,...select() 、filter()筛选列、行 5.补充知识：管道符%>% -（1）当遇到连续的步骤时：多次赋值，会产生多个中间的变量； -（2）用多次嵌套避免中间变量不直观，且容易出错； ——设置彩虹括号，可以在多层嵌套时看清楚哪个括号和哪个括号是一对...()【王炸】 str_detect()可以检测样本中是不是含有某个字符，然后返回逻辑值，ifelse()对逻辑值T/F进行替换 samples = c("tumor1","tumor2","tumor3...如何挑出30个数里最大的五个 -（1）排序 -（2）取最后五个 图片 3.向量/列表的隐式循环-lapply() 对列表/向量中的每个元素实施相同的操作 lapply(1:4,rnorm) #批量画图...，但顺序不同；对比之后发现我的是按排序前原本的先后顺序列出的（因为要一个一个检查是否是最大/最小的前十个）；如果先arrange一下再%in%就可以跟老师的顺序一样了。
所以在画图的时候，也需要区分这三类。下面这张表就是GO富集分析得到的结果，我们可以根据ONTOLOGY这一列来分组，就可以得到BP，CC和MF三个组。...然后取每一个组的前10个条目或者前5个条目来绘制柱形图或者气泡图。 那么问题来了，如何分组取前几行。今天小编就跟大家分享一个专业处理数据框的函数dplyr。...% head(n = 5) 虽然，我们使用了group_by进行了分组，但是head并没有应用到三个分组上面，而是直接应用到了整个数据框上，事与愿违。...接下来我们来看正解 方法一、通过do来执行 #通过do来执行 r1=GO_result %>% group_by(ONTOLOGY) %>% do(head(., n = 5)) r1 可以看到15条结果...top_n这个函数来输出每个组的前五行，wt是排序的依据，根据校正之后的p值来排序，n=-5是按从小到大排序。
函数用于对数据框按照指定变量进行排序，可以根据一个或多个变量对数据进行升序或降序排列，帮助用户重新整理数据框中的观测顺序。...Dplyr Count the observations count 函数用于统计数据框中各个组的频数，可以对指定变量进行计数，得到每个类别的观测数目，支持根据需要对结果进行排序。...Dplyr Distinct keep unique rows distinct 函数用于去除数据框中的重复观测，仅保留唯一的观测。它可以基于指定的列对数据框进行去重操作，确保每个观测都是唯一的。...Dplyr Select keep or drop columns select 函数用于选择数据框中的特定列，可以保留感兴趣的变量，并且能够根据列名、位置或条件表达式进行灵活的变量选择操作。...Dplyr Slice select rows by position slice 函数用于按行数进行切片，能够从数据框中提取特定的行，支持根据行数或行号选择需要的行，也支持使用负数表示从末尾开始计算的行数
A：使用上节建立的predictvals函数和来自dplyr包的group_by()以及do()函数即可 library(dplyr) # 依然是heightweight数据集，通过性别分成男女两组，分别使用数据集的内容对身高年龄做拟合...当x轴y轴都是分类变量的时候，气泡图可以表示网格点上的变量值 ##使用数据集HairEyeColor包含了592个学生头发眼睛颜色的分布 # 创建一个数据框，对男性组和女性组计数求和 hec <- HairEyeColor...() #默认情况下，数据将被切分为30组，此时可以通过调整组距binwidth或者调整数据的极差进行调整 #除此之外调整边框以及填充色可以看上去更加清晰明了 # 设定组距为5(每个条形跨五个单位) ggplot...A：使用geom_violin()函数即可 小提琴图是一种用来对多个数据分布进行比较的方法.使用普通的密度曲线来对数个分布进行比较往往有一定困难，因为图中的线条会彼此干扰。...系统默认最大组距是数据范围的1/30，可以通过binwidth进行调整。 geom_dotplot（）函数沿着x轴方向对数据进行分组，并在y轴方向上对点进行堆叠。
由于业务中接触的数据量很大，于是不得不转战开始寻求数据操作的效率。于是，data.table这个包就可以很好的满足对大数据量的数据操作的需求。...在dplyr分组求和的过程中，还是挺有用的。...SD只能在位置j中使用。 .SDcols常于.SD用在一起，他可以指定.SD中所包含的列，也就是对.SD取子集。...在data.table行操作跟data.frame很像，可以data[1,]就可以获得第一行的数据，同时也可以用，data[1]来获得行信息，这个是data.table特有的。...2016-11-28补充： 留言区大神给了一个比较好的选中列的方式，其中主要就是对with的使用： data.table取列时，可以用data[,1,with=FALSE]取data的第一列
在 R 包中，我有看到过 maftools 中可以绘制这样的图，用来表示新的数据队列与 TCGA 数据的比较，这也是应用于 TMB 分析。因为研究问题，我最近也想尝试使用改种图形来展示数据。...下面是一个使用示例，通过构建一个示例数据进行绘图，展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及点的透明度等： set.seed(1234) data <- data.frame( yval...使用 ggplot2 实现这个图我遇到了不少难点，在实现的过程中除了深入理解了 ggplot2，我也同时感受到了它的灵活和限制。...难度有以下几点，感兴趣的读者不妨带着这些问题阅读源代码： 怎么对点排序，构建绘图坐标？ 怎么对不同的 panel 展示不同的背景颜色？theme() 中的选项都不支持向量化，所以必须另辟蹊径。...我尝试过 geom_ribbon() 和 geom_area() 来实现都不行。我最后使用了 geom_rect()，我是怎么保证矩形画出来的填充跟背景效果一致的？
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集（2013）。...（我们可以使用View(flights）在Rstudio中查看数据集的所有信息。...Tibbles都是数据框data.frame，但经过改良以便于更好（在tidyverse生态中）工作。现在我们不必纠结于这些差异，在后续内容中我们会进行学习。...，只含TRUE和FALSE fctr代表因子，R用它来代表含固定可能值的分类变量 date代表日期 dplyr基础 这部分我们学习5个关键的dplyr函数，它可以让我们解决遇到的大部分数据操作问题：...() 这些函数都可以通过group_by()衔接起来，该函数改变上述每个函数的作用域，从操作整个数据集到按组与组操作。
三、split – apply – combine模式——分组处理模式 对数据的转换，可以采用split – apply – combine模式来进行处理： split：把要处理的数据分割成小片断； apply...：对每个小片断独立进行操作； combine：把片断重新组合。...在base包里和split功能接近的函数有cut(对属性数据分划)，strsplit(对字符串分划)以及subset（对向量，矩阵或数据框按给定条件取子集）等。...在使用data.table时候，需要预先布置一下环境： data<-data.table(data) 如果不布置环境，很多内容用不了。...data.table比较简洁一步搞定，dplyr花了两步，不过也dplyr也可以通过%>%来实现一步搞定。%>%的功能是用于实现将一个函数的输出传递给下一个函数的第一个参数。
安装和加载R包1.镜像设置生信星球公众号：你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？...可以谷歌搜到。3.加载library和require，两个函数均可。使用一个包，是需要先安装再加载，才能使用包里的函数。...")#安装R包`library(dplyr)#`加载函数dplyr五个基础函数test 5 )filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))图片图片4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序...arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小图片5.summarise()：汇总summarise
在三维数据中，axis = 0表示组，1表示行，2表示列。这是为什么呢？提示一下，三位数组的shape中组、行和列是怎样排序的？...(x,y) #取x与y的并集 算术运算 Code 我们可以通过+、-、*、/或np.add、np.substract、np.multiply 、np.divide来对两个矩阵进行元素级的加减乘除运算...这里所谓的可广播，就是指虽然A和B两个矩阵的shape不一致，但是A可以拆分为整数个与B具有相同shape的矩阵，这样在进行元素级别的运算时，就会先将A进行拆分，然后与B进行运算，结果再组合一起就可以。...8、ndarray排序 np.sort()和ndarray.sort()来对ndarray进行排序。...Code 相同的是： 二者都可以使用参数axis来决定依照哪个轴进行排序，axis = 0时按照列排序，axis = 1时按照行排序； 不同的是： np.sort()不会更改原数组；ndarray.sort
2.1.3 为什么用Rdata而不是表格文件来衔接？变量，自带变量名称，不需要再次赋值，也没有参数。undefined表格文件需要赋值，读取参数不同导致读取结果不同，不能在后续代码中同等处理。...Rdata可以保存多个变量，下次使用只需要一次load可以的到多个数据。-Rdata不仅可以保存数据框，也可以保存其他任何数据结构，包括复杂的对象！...table(x)2.7 for循环对x里的每个元素进行同一操作for(i in x){CODE}#x是向量；i是代称，i自动等于某个循环里的x元素for( i in 1:4){ print(i)}#for...在表达矩阵中，寻找在不同组有表达差异的基因。...7.5.3 箱线图的应用单个基因在两组之间表达量的差异可视化。分组信息：是一个有重复值的离散型的向量，分组向量的元素和表达矩阵的列是一一对应的。
那么, 如果我需要批量下载的话, 难道我需要一个个的从网页加入Cart获取mata吗, 我不要...... 幸好，已经有人造了非常好用的轮子，当然可以轻松学习一下用起来啦。...图片 图片 图片 图片 图片 过程 下载 首先是更新最新版的 TCGAbiolinks 包, 我使用的办法是使用Clash获得本地代理后对 R session 进行代理流量转发, 而后直接运行 BiocManager...安装成功后，就可以开始使用了。...可见 GDCprepare 函数需要强大的内存和硬盘空间, 我的本地电脑是做不到的, 因此继续使用老方案进行数据处理. 目前为止, 通过 TCGAbiolinks 进行数据下载的目的已经圆满达到....in% pcg) %>% # 使用dplyr::select()方法去掉gene_type列 dplyr::select(-gene_type) %>% # 使用dplyr::distinct
在三维数据中，axis = 0表示组，1表示行，2表示列。这是为什么呢？提示一下，三位数组的shape中组、行和列是怎样排序的？ 所以，axis的赋值一定要考虑数组的shape。...(x,y) #取x与y的并集 算术运算 我们可以通过+、-、*、/或np.add、np.substract、np.multiply 、np.divide来对两个矩阵进行元素级的加减乘除运算，因为是元素级的运算...可以了解下numpy.matmul函数。 ndarray排序 我们使用np.sort()和ndarray.sort()来对ndarray进行排序。...相同的是： 二者都可以使用参数axis来决定依照哪个轴进行排序，axis = 0时按照列排序，axis = 1时按照行排序； 不同的是： np.sort()不会更改原数组；ndarray.sort()会更改原数组...，本文中涉及到的都是偏基础/常用的知识点，大家在学习/工作中，可以多尝试搜索Numpy+你想要实现的功能来对Numpy进行探索，相信你，一定会爱上这个工具的！
我们可以使用tidyverse 系统来操作，其中包括了magrittr 包，readr 包，dplyr 包和 tidyr 包等。.../tidyr 数据管理 2.1 filter 使用逻辑条件对行筛选。...2.6 arrange 按照数据框里的某列或某几列，对所有行进行排序。可以使用 desc 产生倒序，或写入多个列使其按照多个列进行排序。...按列号 select(test,1) select(test,c(1,5)) 按列名 如果想要用向量来存放希望筛选的列名，需要使用函数 one_of 来存放该向量。...extract 除了seperate 外，函数 extract() 可以按照某种正则表达式表示的模式从指定列拆分出对应于正则表达式中捕获组的一列或多列内容。
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