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R语言ggtree:将进化树序列id改成物种名称

通常我们会使用比对好fasta文件构建进化树,fasta文件中大于号后内容就是最终进化树上文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中一些内容,那该怎么办呢?...本篇推文介绍一下使用R语言ggtree包实现这个目的 这个问题是来源于公众号一位读者提问 ?...大家可以关注我公众号 小明数据分析笔记本 留言相关问题,如果我恰巧会的话,我会抽出时间介绍对应解决办法 首先你已经有了构建好进化树文件 (Synergus:0.1976902387,(((((Periclistus...image.png 第一列x就是进化树中原本序列名称 第二列y是想要替换成id名称 读入进化树文件 library(treeio) tree<-read.newick("ggtree_practice_aligned.fasta.treefile...image.png 把这个新进化树写出到文件里 write.tree(tree1@phylo,file = "pra.nwk") 这样就达成目的了 这里导出进化树文件没有了最初支持率信息,我们再通过一行代码给他加上就好了

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如何快速重命名Gff3文件基因ID名称

在使用EVM或者maker进行基因注释后,通常下一个需求就是对注释gffID进行重命名,一般我们会按照物种名称,按照基因在染色体位置进行命名。这个该如何实现呢?...gff文件除gff1以外均由9列数据组成,前8列在gff3个版本中信息都是相同,只是名称不同: 第9列attributes内容存在很大版本特异性。...type:类型,此处名词是相对自由,建议使用符合SO惯例名称(sequenceontology),如gene,repeat_region,exon,CDS等。...另外,在基因结构注释gff文件,基因包含mRNA,mRNA包含exon, CDS, UTR等信息,同时在注释文件除基因行外,其他行在第9列会通过Parent指明该行从属上一级ID,也就是一个基因...具体例子 小小戏法 这里采用是简书一位小伙伴写脚本,他调用了pythongffutils包。gffutils能以极其简便方式分层方式处理GFF文件。

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Netty线程名称

在之前文章我们讨论过NioEventLoop创建过程. 创建第一个步骤就是创建线程执行器ThreadPerTaskExecutor, 这个线程执行器就是用来创建Netty底层线程....在学习JavaThread时候,线程默认名称类似thread-0,thread-1,thread-2...以此类推....而线程名称对于我们排查问题时候也是起到很大作用, 因此我们在设计线程池, 也会根据一定规则给线程池中线程命名, 这也是一个好习惯....因此我们示例nioEventLoop-2-1数字2就表示第2个线程池意思. 也就是nioEventLoop-2-1这个名字线程是在第2个线程池中....所以示例nioEventLoop-2-1数字1就是表示线程池中第1个线程, 整体就表示第2个线程池中第1个线程.

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查找目录下所有java文件查找Java文件Toast在对应行找出对应id使用id在String查找对应toast提示信息。

背景 最近有个简单迭代需求,需要统计下整个项目内Toastmsg, 这个有人说直接快捷键查找下,但这里比较坑爹是项目中查出对应有1000多处。...妈呀,自己查找,还要根据查找id找到对应string,比较坑。于是就顺带练手写了个python脚本来处理这个问题。当然编码相对不太规范,异常处理也没做。由于lz好久没写过python脚本了,相当生疏。...几乎是边查文档编写,记录写编写过程: 查找目录下所有java文件 查找Java文件中含有Toast相关行 在对应行找出对应id 使用id在String查找对应toast提示信息。...查找Java文件Toast 需要找出Toast特征,项目中有两个Toast类 BannerTips和ToastUtils 两个类。 1.先代码过滤对应行。...在对应行找出对应id 使用id在String查找对应toast提示信息。 最后去重。 最后一个比较简单,可以自己写,也可以解析下xml写。

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MVCM(model)、MVC总结

MVCM(model)、MVC总结 MVC封装message.js(重点明白M封装) 这篇博客源代码是我正在写在线简历,博客是继上一篇写 完整代码(项目暂未完成) 预览地址 在本地预览项目的时候用...将view和model传入controller,对其操作 在controller添加并初始化model 使用model里操纵数据函数(fetch和save),并对返回promise使用.then(...操纵数据交给model,之后成功或失败处理,交给controller.在返回Promise在后面then就好了.至于是成功还是失败,就要看model层返回信息了 message.js分离MVCM...完整代码 MVC总结 MVC就是把代码分为三块 V(view)只负责看得见东西....,也不是任何一种技术,只是组织代码思想,要做就是V和M传给C,C去统筹 至于M,V,C是对象还是类,都不重要.在js里,MVC分别由三个对象去担任三个职责 MVC逻辑顺序(绿色字) ?

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Linux运维必知:如何从其 PID 查找进程名称

如果您知道进程名称,则可以使用 ps 命令轻松获取其进程 ID (PID): ps -p PID -o comm= ps 命令用于进程相关操作,在上面的命令,-p PID提供进程 ID 并-o comm...您可以使用 ps 命令或 top 命令列出所有正在运行进程,并根据需要记下进程 ID 和进程名称。...[202202281053716.png] 如果您知道 PID,则可以简单地使用 grep 命令过滤输出并获取该 PID 详细信息: ps aux | grep PID 但如下图所示,输出提供了其他详细信息以及进程名称...ps -p PID -o comm=是更好命令。 额外提示:既然我们在谈论进程名称和 PID,让我快速向您展示相反方法,即从进程名称中找到 PID。...有一个名为专用命令pidof,如果您知道确切进程名称,则可以像这样使用它: pidof exact_process_name

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LInux查找

grep 命令用于查找文件里符合条件字符串一列。若不指定任何文件名称,或是所给予文件名为 -,则 grep 指令会从标准输入设备读取数据。...参考文章 二、find 2.1 基本用法 用于在文件树(目录结构下)查找文件,并作出相应处理 。 命令参数 pathname: find命令所查找目录路径。...-exec 参数后面跟是command命令,它终止是以;为结束标志,考虑到各个系统中分号会有不同意义,前面加反斜杠\。 示例 在目录查找更改时间在n日以前文件并删除它们 find ....“account”,匹配“root”字段行。...查找系统每一个普通文件,然后使用xargs命令来测试它们分别属于哪类文件 # 显示为: # ./log2013.log: empty # .

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MVC查询语句

查询语句 开发工具与关键技术:MVC 作者:盘洪源 撰写时间:2019年3月30日星期六 查询在MVC做项目必不可少,数据新增、修改、删除都离不开查询。...在做项目的时候你要把一个表数据显示在页面上,这时候你就需要在控制器写一个单表查询方法将数据库里数据查询出来,然后再通过异步提交把数据提交到页面上。 ?...就是你需要显示在页面上数据字段在一个表无法找全,这个时候你就需要用到多表查询。 看下图 ?...首先两个表是通过ID来连接,这两个表是由第一个表外键ID连第二个表主键ID,通过这个ID就能把这两个表连接起来。...,一个表主键ID equals 另外一个表外键ID

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Adobe Analytics 各种ID

Adobe ID Adobe ID 即你登录电子邮件地址,是免费注册,通过同一个 Adobe ID 来管理与单个帐户关联所有 Adobe 计划和产品。...ID服务之前有 s_vi Cookie Customs IDs 自定义ID,其实就是User ID,可以将可以后台ID体系传进Adobe Analytics。...计算而来,分配给站点访客唯一永久 ID,可替代特定于不同解决方案 ID(例如 Analytics AID)。...只要这些 组织 ID 和 Demdex ID 保持不变,为特定用户生成正确 MID 就只是一个数学问题。使用相同组织 ID 和 Demdex ID,每次会获得相同 MID 值。...是自定义,要设置 s.visitorID才会有值,在Adobe Analytics插件设置cookie里访客ID,这个值必须是动态

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JavaScript变量查找

众所周知,JavaScript变量是按照作用域链来进行查找(作用域和作用域链相关知识可参看我另一篇文章,《基于JavaScript作用域链性能调优》), 那么,对于一个简单赋值操作,等号左右两边变量查找方式一样吗...LHS(left-hand-side左查找)和RHS(right-hand-side右查找) 概念如下: LHS查询:试图找到变量容器本身,从而可以对其进行赋值 RHS查询:查找某个变量值 对于一个赋值语句...两者相同之处:都遵循作用域链查找。 2....LHS和RHS查询区别 (1) LHS查询 当JavaScript引擎执行LHS查询时,如果在顶层作用域中无法找到目标变量,那么,就会在全局作用域中创建一个具有该名称变量,并将其返回给引擎(非严格模式下...参考文章首部例子: b = 4; console.log(b); // 4 delete b; console.log(window.b); // undefined 程序并没有声明变量b,但是由于

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解读小程序新能力---获取群ID和群名称等群信息

5月8日微信小程序有公布了一个新功能:获取群ID和群名称等群信息,官方有一句话是这么介绍它用处: 现在,通过最新接口能力,开发者可以通过群ID判断用户是否来自同一个微信群,同一个群内用户之间可以更好地使用小程序进行协作...第二步.在需要获取群信息(id或者群名称地方执行getShareInfo方法,并把shareTicket传进去 ?...然后你就能把小程序分享到某个群里,别人打开时候就能获取相关群信息了,注.群id会以加密方式放在回调函数参数encryptedData里,这个密文一般是传送到服务端,然后服务端用对应解密方法来解密...在这能力出现前,我们要做协同合作类小程序应用的话,往往遵循程序设计思路是: 新建一个事件(具备了一个唯一id)->传播一个带有这个id小程序落地页->打开这个落地页即可参与协同合作 显然,在某些严谨协助交互里...小程序这个新能力出现,就是弥补这个不足,通过这个能力,能实现两个效果:1.群ID会以密文方式传输,这样能保证除了特定群外,别的地方不可能会出现同样小程序落地页,保证了事件不可外传;2.巧妙共用了群权限

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