我正在尝试使用EMBOSS的biopython包装器对一组大约100个非常长(>8000个序列)的序列进行局部比对。基本上,我需要将fasta文件中的每个序列与fasta文件中的每个其他序列进行局部比对。module> File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Application\__init__.py", line 495, in __call__ shell=use_shell) File "C:\Python27\Li
我想在expect中自动化一个管道命令cat ~/.ssh/id_rsa.pub | ssh root@host 'cat >> .ssh/authorized_keys'。当使用spawn命令执行命令时,它抛出错误消息,cat ssh: No such file or directory我应该如何生成管道命令?
我有数以千计的DNA序列,范围在100到5000 bp之间,我需要对指定对进行比对并计算身份得分。the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24)
我知道还有其他用于比对的工具,但它们主要只能将比分写入输出文件中,需要再次读取和解析,以便检索和使用比对分数。有没有什么工具可以像pairwise2那样在python环境中对序列进行比对并返回比对分数,而不会造成内存泄漏?