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DNA语言基础模型,从DNA序列中准确预测分子表型 | Nat.Methods

这些转换器模型生成了特定上下文的核苷酸序列表示,即使在数据量较少的情况下也能进行准确预测。 我们展示了开发的模型可以以低成本进行微调,以解决各种基因组学应用问题。...尽管没有监督,这些模型学会了关注关键基因组元素,并可用于改进遗传变异的优先排序。 基因组学中基础模型的训练和应用提供了一种广泛适用的方法,可以从DNA序列中准确预测分子表型。...我们使用了一个包含数百个增强子序列中五种不同TF基序类型的数百个单独实例的实验突变数据集,并评估了该模型在预测这些突变效应方面的准确性。...在本研究中,我们的目标是通过对不同变压器层、下游模型和超参数扫描进行计算密集型和彻底的探测来评估下游准确性。...仅对于HyenaDNA,我们进行了完整的微调,因为我们的参数高效微调方法与该模型架构不兼容。 Para_02 请注意,Enformer 最初是通过监督学习来解决染色质和基因表达任务的。

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MIT机器学习模型对ICU患者死亡风险的预测更为准确

该技术优于“全球”死亡率预测模型,并揭示了这些模型在特定患者亚群中的性能差异。 在重症监护室,患者出现各种健康状况,急救分类在很大程度上依赖于临床判断。...近年来已经开发了许多机器学习模型来帮助预测ICU中的患者死亡率,基于他们逗留期间的各种健康因素。然而,这些模型具有性能缺陷。一种常见类型的“全球”模型是针对单个大型患者群体进行训练的。...当患者被分成亚群时,为每个亚群分配不同的调整模型。然后,每个变体模型可以更准确地对其个性化患者组进行预测。这种方法还允许模型在进行预测时在所有子群体之间共享数据。...因为这样,他们的待遇会非常不同。临床决策辅助工具应该考虑到这些患者群体的异质性并确保有足够的数据进行准确的预测。...本文测试的全球模型总体上相当准确地预测了死亡率,但在对个体亚群进行测试时,准确度下降了几个百分点。

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    Airbnb欺诈预测机器学习模型设计:准确率和召回率的故事

    在这篇文章中,我们假设想要构建一个这样的模型:预测某些虚构的角色是否是反面人物。 试图预测的是什么? 在模型建立中最基本的问题就是明确你想要用这个模型来预测什么。...评估准确率和召回率 对于模型评估的两种主要的评估度量是准确率(Precision)和召回率(Recall)。在我们的例子当中,准确率是预测结果为反面角色中被正确预测为反面角色的比例。...Negatives(TN):角色是正面人物,模型预测为正面人物; False Negatives(FN):角色是反面人物,模型预测为正面人物; 准确率计算:在所有被预测为反面人物中,模型正确预测的比例...召回率计算:在所有原本就是反面人物中,模型正确预测的比例,即TP/(TP+FN)。 通过观察可以看出,尽管准确率和召回率的分子是相同的,但分母不同。 通常在选择高准确率和高召回率之间总有一种权衡。...这要取决于构建模型的最终目的,对于某些情况而言,高准确率的选择可能会优于高召回率。然而,对于欺诈预测模型,通常要偏向于高召回率,即使会牺牲掉一些准确率。 有许多的方式可以用来改善模型的准确度和召回率。

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    预测金融时间序列——Keras 中的 MLP 模型

    “预测”的问题必须首先更接近机器学习的问题来描述。 我们可以简单地预测市场中股票价格的变动——或多或少——这将是一个二元分类问题。...在准备训练样本时,原始数据(例如收盘价和简单算法)的准确性太高很可能表明模型过度拟合了。...预测金融时间序列 - 分类问题 让我们训练我们的第一个模型并查看图表: 可以看到,测试样本的准确率一直保持在±1值的误差,训练样本的误差下降,准确率增加,说明过拟合了。...因此,值得使用近年来流行的 Dropout 技术为我们的模型添加更多的正则化——粗略地说,这是在学习过程中随机“忽略”一些权重,以避免神经元的共同适应(以便他们不学习相同的功能)。...在我们的例子中,我们设法使用前 30 天的价格窗口以 60% 的准确率预测了 5 天的趋势,这可以被认为是一个很好的结果。

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    灰色预测模型在matlab数据预测中的应用【编程算法】

    概述算法:灰色预测模型用于对原始数据(≥4个)做中短期预测,其中,GM(1,1)模型适用于具有较强的指数规律的序列,只能描述单调的变化过程,而GM(2,1)模型适用于非单调的摆动发展序列或具有饱和的...7.计算模型拟合值 ? 8.模型精度评定(后验差检验) ①计算残差 ? ②计算标准差 ? ③计算后验差比值、小误差概率 ? ④查表定级 ?...下面就一起来看看如何将优雅的数学语言转换成matlab语言吧。...通过学习相关算法并将算法转变为实际的编程语言是练习编程的一种重要途径,这不仅可以提升理论认知,还能提高实践动手能力。...鉴于此,matlab爱好者公众号计划推出【编程算法】系列,将逐一介绍各类算法在matlab中实现,与大家一起来在算法的海洋里畅游。

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    股票预测中模型复杂性的利弊

    量化投资与机器学习公众号出品 前言 量化投资中预测很重要,但预测的准确性却并没有那么重要,有的时候较低的预测准确率可能会带来较高的夏普比率。...比起预测的准确性,重要的是预测在最重要的时候是否正确。所以,基于提升预测准确性的复杂模型的夏普可能还不如简单模型。在这种情况下,以降低夏普比率和可理解性为前提的更好的准确性可能并不具有什么吸引力。...本文对不同复杂程度的模型进行了比较。这些比较不仅基于它们产生准确预测的能力,而且基于交易策略的夏普比率。我们还考虑了信息集是否实际上是实时的,我们比较了不同的信息的滞后性,使策略更现实。...下表1给出了不同模型基于不同处理方法的结果,其中括号外的数值表示基于预测值做多指数(预测为负时持有现金)的策略的夏普比率,括号里的百分比为预测的准确度。...在19%的月份中,国债收益率是被选择的变量。在17%的月份中,一年期股票风险溢价是被选择的变量。仅使用二次判别分析对股息收益率进行预测,使用一天的滞后,准确率为58.0%,年化夏普比率为0.827。

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    如何基于Paddle快速训练一个98%准确率的抑郁文本预测模型?

    可以看到我的模型准确率大概有98%,还是挺不错的。...5.预测 我们随意各取10条抑郁言论和普通言论,命名为test.txt存入senta_data文件夹中,输入以下命令进行预测: $ sh run.sh test 这二十条句子如下,前十条是抑郁言论,后十条是普通言论...这歌可以啊 用一个更坏的消息掩盖这一个坏消息 请尊重他人隐私这种行为必须严惩不贷 这个要转发 ??...(0代表抑郁文本),第二列是预测为抑郁的可能性,第三列是预测为正常微博的可能性。...我们可以根据这个模型,构建一个自杀预测监控系统,一旦发现重度抑郁的文本迹象,即可实行干预,不过这不是我们能一下子做到的事情,需要随着时间推移慢慢改进这个识别算法,并和相关机构联动实行干预。

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    《C++与AI共舞:模型压缩率与预测准确率的平衡之路》

    而在这一过程中,如何巧妙地平衡模型压缩率与预测准确率,恰似一场精妙绝伦的共舞,考验着每一位开发者的智慧与技艺。...常见的压缩手段如参数修剪、量化和低秩分解等,虽各显神通,但无一不触动着预测准确率这根敏感的神经。以参数修剪为例,这一方法犹如对神经网络进行“瘦身”,剪掉那些被认为对模型贡献较小的连接或参数。...同样,量化操作在降低数据精度以节省存储空间时,若处理不当,也会引入量化误差,像细微的图像纹理、语音信号中的微妙变化等信息可能在量化过程中丢失,使得模型在面对复杂数据时“力不从心”,预测准确率大打折扣。...例如,对于实时性要求极高的语音助手应用,可先采用轻量级的量化方法快速降低模型规模,再结合低秩分解进一步优化计算复杂度,同时利用知识蒸馏技术将大型高精度模型的知识迁移到压缩后的小模型中,提升其准确率。...四、持续评估与优化:追求卓越的平衡艺术平衡模型压缩率和预测准确率并非一蹴而就的任务,而是一个持续迭代的过程。

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    Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测

    因此,准确地进行预测很重要,以节省成本,这对于成功至关重要。 不仅在制造业中,时间序列预测背后的技术和概念还适用于任何业务。 现在,预测时间序列可以大致分为两种类型。...预测与实际 从图表中,ARIMA(1,1,1)模型似乎给出了方向正确的预测。实际观察值在95%置信区间内。 但是每个预测的预测始终低于实际。...11.时间序列预测的准确性指标 用来判断预测的常用准确性指标是: 平均绝对百分比误差(MAPE) 平均误差(ME) 平均绝对误差(MAE) 平均百分比误差(MPE) 均方根误差(RMSE) 滞后1自相关误差...表示该模型在预测接下来的15个观测值时的准确性约为97.8%。...但是为了完整起见,让我们尝试将外部预测变量(也称为“外生变量”)强加到模型中。该模型称为SARIMAX模型。 使用外生变量的唯一要求是您还需要在预测期内知道变量的值。

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    Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测

    为什么要预测? 因为预测时间序列(如需求和销售)通常具有巨大的商业价值。 在大多数制造公司中,它驱动基本的业务计划,采购和生产活动。预测中的任何错误都会在整个供应链或与此相关的任何业务环境中蔓延。...因此,准确地进行预测很重要,以节省成本,这对于成功至关重要。 不仅在制造业中,时间序列预测背后的技术和概念还适用于任何业务。 现在,预测时间序列可以大致分为两种类型。...从图表中,ARIMA(1,1,1)模型似乎给出了方向正确的预测。...11.时间序列预测的准确性指标 用来判断预测的常用准确性指标是: 平均绝对百分比误差(MAPE) 平均误差(ME) 平均绝对误差(MAE) 平均百分比误差(MPE) 均方根误差(RMSE) 滞后1自相关误差...表示该模型在预测接下来的15个观测值时的准确性约为97.8%。

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    【DeepMind 公开课-深度强化学习教程笔记04】不基于模型的预测

    简介 《强化学习》第二讲 马尔科夫决策过程 《强化学习》第三讲 动态规划寻找最优策略 《强化学习》第四讲 不基于模型的预测 《强化学习》第五讲 不基于模型的控制 《强化学习》第六讲 价值函数的近似表示...(λ)算法实现 强化学习实践六 给Agent添加记忆功能 强化学习实践七 DQN的实现 今天《强化学习》第四讲 不基于模型的预测; 简介 Introduction 通过先前的讲解,我们明白了如何从理论上解决一个已知的...蒙特卡洛强化学习有如下特点:不基于模型本身,直接从经历过的Episode中学习,必须是完整的Episode,使用的思想就是用平均收获值代替价值。理论上Episode越多,结果越准确。...注:图中空心大圆圈表示状态,实心小圆圈表示行为 n-步收获 TD或TD(0)是基于1-步预测的,MC则是基于∞-步预测的: ? 注意:n=2时不写成TD(2)。 定义n-步收获: ?...通过引入这个新的参数,可以做到在不增加计算复杂度的情况下综合考虑所有步数的预测。这就是λ预测和λ收获。 λ-收获 λ-收获 ? 综合考虑了从 1到 ? 的所有步收获,它给其中的任意一个 ?

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    机器学习工具可以发现肿瘤中的突变,比现有模型更准确

    但根据发表在“Science Translational Medicine”上的一份报告,这些现有工具都不是完全准确的。...“在临床肿瘤标本中识别真正的突变非常困难,” 巴尔的摩个人基因组诊断报告和首席信息官Samuel Angiuoli说,“ 与现有技术相比,我们的机器学习方法提高了该识别准确性。”...有了肿瘤中突变的类型,数量和位置这些信息,医生可以选择一种特定于肿瘤类型的治疗方法。其中一些疗法已经存在于市场上。一种名为vemurafenib的药物专门治疗一种名为BRAF的基因突变的皮肤癌细胞。...许多其他突变特异性疗法正在开发中。 当然,如果可以正确识别肿瘤中的突变,这些疗法更有可能起作用。这并不像听起来那么简单。测序数据的庞大规模使得很容易错过小的遗传变化。此外,该数据中存在大量噪音。...Angiuoli和他的团队使用数百万个真实世界和计算机模拟突变训练了Cerebro。然后,他们将Cerebro与几种现有的癌症突变鉴定方法进行了直接对抗,发现机器学习技术在几乎所有情况下都更准确。

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    YOLO & GhostNet | 实现了准确定位和分类,同时实现在复杂环境中的模型准确性和性能!

    安全头盔在建筑工地等潜在危险普遍存在的环境中对保护工人 Head 受伤起着至关重要的作用。 然而,目前尚无方法能同时实现在复杂环境中的模型准确性和性能。...作者方法的基础是著名的YOLO算法,这是一个以速度和准确性著称的实时目标检测系统。YOLO将图像划分为网格,每个网格单元预测边界框和类别概率。...在主干网络和 Neck 组件中引入注意力机制,具体为自校准卷积和坐标注意力,使模型能更好地关注相关信息,在处理各种环境时提高准确性。 在原始优化方法中添加梯度范数感知优化器,增强模型的泛化能力。...此外,它还基于全连接层结合了DFC注意力[34]来解决小卷积局部感受野的问题。GhostNetV2通过幽灵块强调参数效率,在深度神经网络中擅长特征提取。其设计优先考虑性能,同时不牺牲计算资源。...同时,直接采用SCNet并不能有效提高模型准确度,但SCNet的空间捕捉能力可以有效补偿因减小模型尺寸而导致的准确度损失。总之,作者提出的模型可以在显著减少参数数量的同时保持高准确度。

    1.1K10

    使用基于语言模型的深度学习方法进行准确的 RNA 三维结构预测 | Nat.Methods

    在这里,我们介绍了RhoFold+,这是一种基于RNA语言模型的深度学习方法,能够从序列中准确预测单链RNA的3D结构。...这种差异可能是由于 RNA 连接处的动态和灵活性,它们通常采用多种构象,这使得完全自动化的模型难以准确表示(图 2k,l 和补充信息中的详细讨论)。...j,RhoFold+在跨家族验证中的r.m.s.d.值的小提琴图。这里,测试家族中的所有结构在模型训练期间都被屏蔽,RhoFold+准确预测了大多数未见家族的RNA结构。...此外,RhoFold+能够在跨家族和跨类型验证中准确预测未见过的RNA结构。 虽然RhoFold+设计用于预测3D结构,但它也能准确预测RNA二级结构。...和 TM 分数测量,虽然这一最终的放松不会提高模型的准确性,但它消除了分散注意力的立体化学违规,而不损害准确性。

    10210

    Scikit中的特征选择,XGboost进行回归预测,模型优化的实战

    本次数据练习的目的是根据球员的各项信息和能力值来预测该球员的市场价值。 ? 根据以上描述,我们很容易可以判断出这是一个回归预测类的问题。...巧合的是刚好这些字段都没有缺失值,我很开心啊,心想着可以直接利用XGBoost模型进行预测了。具体XGBoost的使用方法,可以参考:XGBoost以及官方文档XGBoost Parameters。...我当然不满意啦,一直想着怎么能提高准确率呢?后来就想到了可以利用一下scikit这个库啊!...,我选取了rw,st,lw,cf,cam,cm(选取F值相对大的)几个特征加入模型之中。...由于这两个字段是标签,需要进行处理以后(标签标准化)才用到模型中。

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    说到深度学习架构中的预测编码模型,还得看PredNet

    具体来说,预测编码首先确定预测值和实际输入之间的差异(称为预测误差),然后启动后续学习过程,以改进所学的更高层次表征的预测准确度。...而非贝叶斯预测编码模型(不遵循 RB 协议)一般用于减少信息传输要求和取消自身行动的影响,而不是用于预测。 预测编码可以看作是一种表征学习(representation learning)。...如果大脑已经有了一个相当准确的默认预测,那么用预测误差来更新默认预测就可以创造一个最新的、信息传输需求较低的表征。此外,预测误差可以提供很好的信息来指导学习,以改善表征并减少未来的预测误差。...具体而言,PredNet 不遵循 RB 协议。这在图 5 中不容易看出,但在图 6(a)中很明显,图 6(a)给出了 PredNet 模型的两层版本,模块互连模式不同于 RB 协议。...关于模型的更多信息可以通过在表 3 中查询模型 ID 找到 5、小结 我们在这篇文章中对经典预测编码模型和深度学习架构中的预测编码模型进行了简单回顾。

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    Scikit中的特征选择,XGboost进行回归预测,模型优化的实战

    前天偶然在一个网站上看到一个数据分析的比赛(sofasofa),自己虽然学习一些关于机器学习的内容,但是并没有在比赛中实践过,于是我带着一种好奇心参加了这次比赛。...本次数据练习的目的是根据球员的各项信息和能力值来预测该球员的市场价值。 根据以上描述,我们很容易可以判断出这是一个回归预测类的问题。...巧合的是刚好这些字段都没有缺失值,我很开心啊,心想着可以直接利用XGBoost模型进行预测了。具体XGBoost的使用方法,可以参考:XGBoost以及官方文档XGBoost Parameters。...,我选取了rw,st,lw,cf,cam,cm(选取F值相对大的)几个特征加入模型之中。...接下来,我们来处理一下下面这个字段: 由于这两个字段是标签,需要进行处理以后(标签标准化)才用到模型中。

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    【视频】广义相加模型(GAM)在电力负荷预测中的应用

    (GAM)在电力负荷预测中的应用 1导言 这篇文章探讨了为什么使用广义相加模型 是一个不错的选择。...2回归模型 假设我们有一些带有两个属性Y和X的数据。如果它们是线性相关的,则它们可能看起来像这样: 为了检查这种关系,我们可以使用回归模型。线性回归是一种使用X来预测变量Y的方法。...我在下面的图中使用了三个,这是一个合理的选择。同样,我们可能处于数据某些部分之下或之上,而在类别之间的边界附近似乎是准确的。例如,如果x = 49时,与x = 50相比,y是否有很大不同?...6广义相加模型(GAM) 广义加性模型(GAM)(Hastie,1984)使用光滑函数(如样条曲线)作为回归模型中的预测因子。...本文摘选《R语言广义相加模型(GAM)在电力负荷预测中的应用》

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    Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测|附代码数据

    因此,准确地进行预测很重要,以节省成本,这对于成功至关重要。 不仅在制造业中,时间序列预测背后的技术和概念还适用于任何业务。 现在,预测时间序列可以大致分为两种类型。...时间序列预测的准确性指标 用来判断预测的常用准确性指标是: 平均绝对百分比误差(MAPE) 平均误差(ME) 平均绝对误差(MAE) 平均百分比误差(MPE) 均方根误差(RMSE) 滞后1自相关误差(...表示该模型在预测接下来的15个观测值时的准确性约为97.8%。...如果您的模型具有明确定义的季节性模式,则对给定的频率“ x”强制执行D = 1。 这是有关构建SARIMA模型的一些实用建议: 通常,将模型参数设置为D不得超过1。并且总的分'd + D'不超过2。...模型对时间序列预测|附代码数据Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测|附代码数据

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    Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测|附代码数据

    因此,准确地进行预测很重要,以节省成本,这对于成功至关重要。 不仅在制造业中,时间序列预测背后的技术和概念还适用于任何业务。 现在,预测时间序列可以大致分为两种类型。...时间序列预测的准确性指标 用来判断预测的常用准确性指标是: 平均绝对百分比误差(MAPE) 平均误差(ME) 平均绝对误差(MAE) 平均百分比误差(MPE) 均方根误差(RMSE) 滞后1自相关误差(...表示该模型在预测接下来的15个观测值时的准确性约为97.8%。...如果您的模型具有明确定义的季节性模式,则对给定的频率“ x”强制执行D = 1。 这是有关构建SARIMA模型的一些实用建议: 通常,将模型参数设置为D不得超过1。并且总的分'd + D'不超过2。...模型对时间序列预测|附代码数据Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测|附代码数据

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