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R语言meta分析(10)功能强大的metafor

介绍 Metafor 程序包由Viechtbauer 开发,除可完成 二分类及连续性变量的Meta 分析外,还可行Meta 回归分析、累积Meta 分析及对发表偏倚的Begg’s 检验和Egger’s...此外,Metafor 程序包是R 软件Meta 分析程序包中唯一可以进行混合效应模型(包括单 个、多个分类或连续性变量)拟合运算的程序包, 还可以检验模型系数并获得可信区间,以及对参数 进行精确检验如置换检验...rm(list=ls()) options(stringsAsFactors = F) my_data <- read.csv('da.csv', header = T) library(metafor...= n_controls, n2i = n_patients, m1i = mean_controls, m2i = mean_patients, sd1i = sd_controls..., sd2i = sd_patients, data = my_data, measure = "SMD", append = TRUE) ma_model_1

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R语言实现meta分析过程中的可视化展示

大家应该很熟悉meta分析,所谓meta分析就是一个全面收集所有相关研究并逐个进行严格评价和分析,再用定量合成的方法对资料进行统计学处理得出综合结论的整个过程。...今天我们给大家介绍一个在R语言中进行meta分析的工具metafor包。我们通过这个包把相应的meta分析的常规的一些图为大家介绍下。 1....具体的每一个变量的解释如下: ? 然后,我们利用meta分析模型对数据进行评估,此处我们需要用到一个函数rma,主要是利用线性模型对数据进行一致性评估。 ?...(formatC(res.a$I2, digits=1, format="f")), "%)"))) ? 以上的森林图对子集合照样做了相关的分析。如果一个整体的进行累积的结果展示。...Plot ofInfluence Diagnostics 主要是评估模型的中研究质量,从而发现对分析主要的影响的研究以及偏差很大的研究。

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    R语言中固定与随机效应Meta分析 - 效率和置信区间覆盖

    在进行Meta分析 时必须做出的选择是固定效应和随机效应之间的选择。在这篇文章中,我们将看看这种选择的一些后果,实际上研究正在测量不同的效果。...设置 我们假设我们对n个研究对我们感兴趣的影响进行了估计。 固定效应Meta分析 在固定效应荟萃分析中,我们假设所包含的每项研究都在估计相同的基础参数。...随机效应Meta分析 相比之下,在随机效应荟萃分析中,我们假设每项研究都在估计研究特定的真实效果。观察到的估计异质性归因于两个来源:1)研究之间的真实效应异质性,以及2)研究内抽样误差。...固定与随机效应Meta分析 我们使用哪种方法会影响我们获得的估计总体效果及其相应的95%置信区间,因此决定哪种方法适合在任何给定情况下使用是很重要的。...结论 我从这个小型模拟研究中得出的结论是,应该警惕使用固定效应分析,除非人们相信meta分析中的研究正在估计相同的共同效应。

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    「R」元分析:谁更能从治疗中获益?

    metawho是一个非常简单的R包,实现了deft 元分析方法(见后面参考文献),相比于之前的元分析方法,deft方法先在研究内进行比较,然后再评估所有研究结论的一致性。...该方法被我用于19年发表的文章(见参考文献)中,不过当时我是基于metafor包用几行代码试了一下,然后用邮件咨询文章作者,他使用的是Stata,开发了一个叫ipdmetan的包(比我厉害多了~),最后也是使用...因为对元分析一知半解,当时对包开发也是力不从心,后面请教作者想了解下它开发的stata包的结构也没用回信,此时就不了了之了。...I'm writing to you since I see you developed the metawho R package, and I would love to use it....I downloaded it from github, but I can't install it, I think there are some issues.

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    R语言meta分析⑴meta包

    从那时起,meta分析不仅成为医学的基本工具,而且在经济学,金融学,社会科学和工程学中也越来越受欢迎。负责制定循证医学标准的组织,如英国国家健康和护理卓越研究所(NICE),广泛使用meta分析。...meta分析在医学中的应用目的是直观的,一般旨在测试相对于标准治疗的新疗法的功效,倾向于基于相对小的样品。...优点 1)能对同一课题的多项研究结果的一致性进行评价; 2)对同一课题的多项研究结果作系统性评价和总结; 3)提出一些新的研究问题,为进一步研究指明方向; 4)当受制于某些条件时,如时间或研究对象的限制...处理方法 a.异质性检验(齐性检验,即通过最常用的Q检验,I2,和H值等进行 [2] )。 b.统计合并效应量(加权合并,计算效应尺度及95%的置信区间)并进行统计推断。...level选项为选择单个研究的置信区间范围。leve1.comb命令为选择合并效应量的置信区间的范围。comb.fixed与comb.random分别为选择固定效应模型或随机效应模型。

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    漏斗图(Funnel Plots)这下介绍的够全面了吧!推荐收藏~~

    理论上讲,被纳入Meta分析的各独立研究效应的点估计,在平面坐标系中的集合应为一个倒置的漏斗形,因此称为漏斗图。...漏斗图主要用于观察某个系统评价或Meta分析结果是否存在偏倚,样例图如下: 漏斗图(Funnel Plots)样例 更多关于漏斗图(Funnel Plots)含义介绍,大家可参考:漏斗图(Funnel...,则可以通过plot() 函数对其进行更好的定制化操作(如介绍的例子) R-metafor包绘制 有一种表现形式更加易被理解的漏斗图形式(contour-enhanced funnel plots),这里用到...漏斗图 更多 详细例子可参考:R-metafor包绘图介绍[3] Python-funnelpy库绘制 Python绘制类似的图小编也是找到了一个专门绘制的Python库-funnelpy,这里简单进行介绍...[3]R-metafor包: https://www.metafor-project.org/doku.php/plots。

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    漏斗图(Funnel Plots)这下介绍的够全面了吧~

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    漏斗图(Funnel Plots)这下介绍的够全面了吧~

    理论上讲,被纳入Meta分析的各独立研究效应的点估计,在平面坐标系中的集合应为一个倒置的漏斗形,因此称为漏斗图。...漏斗图主要用于观察某个系统评价或Meta分析结果是否存在偏倚,样例图如下: 漏斗图(Funnel Plots)样例 更多关于漏斗图(Funnel Plots)含义介绍,大家可参考:漏斗图(Funnel...,则可以通过plot() 函数对其进行更好的定制化操作(如介绍的例子) R-metafor包绘制 有一种表现形式更加易被理解的漏斗图形式(contour-enhanced funnel plots),这里用到...R-metafor包进行绘制,首先,我们构建数据,如下: library("metafor") # Load dataset dat <- get(data(dat.molloy2014)) dat...漏斗图 更多 详细例子可参考:R-metafor包绘图介绍[3] Python-funnelpy库绘制 Python绘制类似的图小编也是找到了一个专门绘制的Python库-funnelpy,这里简单进行介绍

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    R语言对苏格兰独立民意调查的Meta分析

    由于上周进行了一系列民意调查,结果略有不同,我决定对其进行简单的Meta分析。根据现有证据,调查结果,估计当前的状态。...此函数结合了和被调查数字(不包括未定数)的数量,以给出对选民的平均比例的总体估计。进行两项分析,一项是所谓的固定效应分析,第二项是随机效应分析。 结果 下面所谓的森林图显示了分析的结果。...来自不同研究的95%置信区间与每个基本上重叠,说明了在每个研究中给出(相对)小数量的点,结果的微小差异可能纯粹是由于抽样误差。 ? 这里提出的简单分析可能存在许多缺陷。...R输出 对于那些感兴趣的人,如下所示是分析的R输出,给出每个民意调查的比例,每个民意调查的95%CI,分配给每个民意调查的权重(在固定和随机效应分析中),估计I ^ 2(可归因于真实异质性的变异比例)...= 0.0045; H = 1.42 [1; 2.25]; I^2 = 50.3% [0%; 80.3%] Test of heterogeneity: Q d.f.

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    概率论--置信区间和置信度

    2​×β0∗​​se​​ 适用情况:用于估计参数的单侧置信区间,例如在回归分析中估计回归系数的单侧置信区间。...在实际统计分析中,如何确定一个样本的标准误差以确保置信区间的准确性?...在实际统计分析中,确定一个样本的标准误差以确保置信区间的准确性,需要遵循以下步骤和公式: 样本标准差(s)是衡量样本数据离散程度的一个重要指标。...例如,基于卡尔曼滤波的小样本噪声数据处理方法可以通过预测模型和观测数据修正模型数据,达到平滑数据噪声的效果。 小样本数据分析还可以采用描述性统计、缺失值填充等方法来描述数据的集中趋势和离散趋势。...不过,这种方法更多是用于改善样本质量而非直接改变置信区间的宽度。 调整标准误差:通过在估计值周围加上或减去固定倍数的标准误差来获得更好的置信区间。

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    数据分析:宏基因组数据的荟萃分析

    数据分析:宏基因组数据的荟萃分析​介绍宏基因组数据的荟萃分析是一种综合多个独立宏基因组研究结果的方法,目的是揭示不同人群或样本中微生物群落的共同特征和差异。...meta 包中的 metagen 函数用于进行宏基因组数据的荟萃分析,其核心原理是综合多个独立研究的结果,以评估不同组别间在微生物群落组成上的差异性,并得出更加全面和可靠的结论。...固定效应和随机效应模型:根据异质性的大小,选择使用固定效应模型(假设所有研究共享相同的效应量)或随机效应模型(允许不同研究有不同的效应量)。...获取该模型中微生物物种的效应值和效应值误差,它们将用于后续荟萃分析。...a$I2) names(final_vector) 2", "I^2")

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    模型是啥不知道?!这个方法让你更好理解模型参数

    今天这篇推文小编继续推出easystats中的parameters包,该包可以帮助使用者更好的理解自己构建模型的参数,主要作用如下: 提供用于处理各种统计模型参数(p值、CI和贝叶斯指数等)。...: plot(resulit01) Example01 Of parameters::model_parameters() 「样例二」:Meta-Analysis 模型参数 library(metafor...iris) lm3 <- lm(Sepal.Length ~ Species * Length, data = iris) result03 2,...,更多关于其他函数的可视化操作,可参考:R-parameters 函数可视化案例[1] 总结 小编今天介绍了easystats体系中的parameters模型参数统计包,该包可以帮助使用者更好的理解自己构建的模型参数...喜欢统计分析和感兴趣的小伙伴可以学习下哈~

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    深度解析机器学习中的置信区间(附代码)

    在这篇教程中,你会了解置信区间以及如何在实践中计算置信区间。...相反,对于总体参数,如平均值,标准差等等,置信区间提供了一个界限。 在应用机器学习中,我们可能想在展示一个预测模型的能力时使用置信区间。...或者,我们可能不知道计算性能分数置信区间的分析方法。 ? 参数型置信区间的假设经常不成立。预测变量有时不是正态分布的,即使是,正态分布的方差在预测变量的所有等级上可能也不相同。...bootstrap是一种模拟蒙特卡罗方法,其中样本是从固定的有限数据集中有放回的抽取出来的,并且在每个样本上估计一个参数。该过程通过采样得到了对真实总体参数的一个健壮的(robust)估计。...你探索了置信区间以及如何在实践中计算置信区间。

    4.4K30

    孟德尔随机化之纤维蛋白原与冠心病的因果关系

    这个meta分析包括20个测量β-纤维蛋白原基因型的研究,总共有12 220例冠心病和18 716例对照组。...统计学方法 在单独研究和meta分析中,研究人员评估了纤维蛋白原对冠心病风险的因果影响,但没有估计因果参数。...在meta分析中,研究人员使用每个研究的summary数据来估计每个研究中该变异与冠心病风险的关系,然后使用固定效应的逆方差加权法将特定研究的估计值进行合并。...结果 分析表明,该变异与冠心病风险无关联,与疾病风险的遗传关联有一个窄的置信区间(CI):每增加一‍个导致纤维蛋白原升高的遗传变异拷贝,其风险比为1.06(95% 置信区间为 0.96 到 1.16)。...在meta分析中,每增加一个身高纤维蛋白原的遗传变异,其增加的风险比为:1.00(95% 置信区间为0.95到1.04)。

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    数据分析36计 :Uber的 AB 实验平台搭建

    Uber的实验平台(XP)在此过程中扮演着重要角色,使我们能够启动,调试,衡量和监视新创意,产品功能,营销活动,促销乃至机器学习模型的效果。...在统计分析中计算 I 类和 II 类错误的可能性时,我们还应用分块抽样和增量法来估计标准误差,以及回归法来测量偏差校正。...本质上,经典的A/B测试将用户随机分为对照组和处理组,以比较这些组之间的决策指标并确定实验的治疗效果。 ? 图2....图3.我们的XP分析仪表板使数据科学家和其他用户可以轻松访问和解释其A / B测试结果。 2. 统计引擎 我们团队的主要目标之一是提供适用于整个公司用例的假设检验分析场景。...由于其规模和全球影响力,随着我们方法的发展,我们渴望建立一个更加智能的实验平台。将来,该平台将不仅提供从当前实验中获得的见解,而且还可以提供先前的见解,并随着时间的推移主动预测指标。

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    meta分析一般步骤

    在筛选过程中,需要记录你每个步骤的选择和排除原因。至于被排除的文章,则需要在灵敏度分析中进行分析。...第五步:数据整合 系统评价过程中,对上述数据进行定量统计合并的流行病学方法称为Meta分析(Meta analysis) 。Meta意思是more comprehensive,即更加全面综合。...提高了统计检验的power和精度; 2. 统计结合各研究结果给出一个“平均”干预效果的合并估计值,改进对作用效应的估计; 3. 评价结果一致性,解决单个研究间的矛盾; 4....Q检验,若同时I2的,采用固定效应模型(fixed effect model)分析;反之说明研究间存在实际异质性,需要查找一致性的来源,之后采用随机效应模型(...敏感性分析是必要的,无论是采用不同的统计模型或进行亚组分析,都可以帮助我们找到可能的偏倚来源,更加正确的理解获得的结论。

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    Meta分析系列之传统meta分析

    传统的meta分析(直接meta分析,也称直接比较)是一个有效获取临床证据的方法,它是在系统评价各个临床试验的基础上,运用统计学合并效应量的方法,获得不同方法在治疗某一疾病方面的有效证据。...举个简单的例子,他汀类(statin)药物被广泛运用于各种高血脂疾病的治疗之中,是一线抗高血脂药,而这类药物有不同的衍生物,这些衍生物的临床要用却不完全一致,现在已有大量的临床试验去评价他汀类和非他汀类药物在高血脂中治疗效果的差异...可以看出这三部分都属于直接比较的传统meta分析。...那么对于上述不同试验研究中存在的差异,meta分析就是一个很好的方法去根据现有的实验结果给出一个更加科学的结论。...在第一部分中,meta分析的结果(第一个Subtotal部分)是RR = 0.77,95%CI (confidence interval)为 (0.71,0.83),从这个结果看与服用非他汀类药物相比,

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    有赞推荐系统关键技术

    一、场景介绍 目前接入个性化推荐的入口有微商城商详页、购物车、订单列表、物流信息等7个系统固定页面,除此之外,我们也封装了插件用于店铺装修接入个性化推荐,如微页面、个人中心、日历签到,也用于店铺活动页面...目前一些用于实时召回的其他模型也正在研发中,另外针对用户的实时行为分析更多的维度,如收藏、加购等行为,结合对用户实时意图的分析进行推荐,应该效果会更好些。...协同过滤的基本算法虽然简单,但是要获得更好的效果,往往需要根据实际的业务场景进行调优。...3.2.4 Produce&Word2Vec(基于产品词的Word2Vec) 这个算法结合了产品词和语义分析,首先基于 Word2Vec 召回候选集,利用商品标题信息进行 embedding,然后计算余弦相似度...3.2.6 Seq&Word2Vec(基于用户行为序列的Word2Vec) 计算所有用户一定时间窗口范围内对每个商品的浏览次数,同时考虑浏览顺序,挖掘得到商品直接的关联模式,如商品 A 和商品 B 在

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    「Workshop」第三十八期 Bootstrap

    其基本思路如下: (1) 采用再抽样技术(有返还的抽样(sampling with replacement)方式)从原始样本中抽取一定数量(自己给定)的样本,此过程允许重复抽样; (2) 根据抽出的样本计算给定的统计量...常规的假设检验程序通常假定数据遵循特殊的分布,如T检验、方差分析等参数检验要求正态分布,并使用样本数据的性质、实验设计和检验统计量来估计抽样分布的方程式。...对于bootstrap估计抽样分布的方法,将一项研究获得的样本数据进行多次重抽样,创建多个模拟样本集,该方法中不考虑原数据集的固有分布特征,以及特定的前提假设等。...因此所获得的每个模拟数据集都允许有自己的任意的属性,例如均值,使用直方图表示这些均值的分布时,可以观察到均值的抽样分布特征。随后,使用获得的抽样分布作为置信区间和假设检验的基础。...(2) 为生成R中自助法所需的有效统计量重复数,使用boot()函数对上面所写的函数进行处理。(3) 使用boot.ci()函数获取(2)生成的统计量的置信区间。

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    空间分析 | 莫兰指数的计算

    图4 权重矩阵设置 空间关系的概念化: 空间统计分析和传统(非空间)统计分析的一个重要区别是空间统计分析将空间和空间关系直接整合到算法中。...因此,空间统计工具箱中的很多工具都要求用户在执行分析之前为空间关系的概念化表述参数选择一个值。...选中一个邻接空间关系的概念化后,将向每个面分配至少该最小数目的相邻要素。对于具有少于此相邻要素数目的面,将根据要素质心邻近性获得附加相邻要素。...3、通过空间权重矩阵计算莫兰I指数,分析毒品犯罪与空间位置的相关性。...在统计学中,一个概率样本的置信区间是对这个样本的某个总体参数的区间估计。置信区间展现的是这个参数的真实值有一定概率落在测量结果的周围的程度。

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