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我正在重新设计一个工作流，基本上它是从一个产生多个其他进程的进程开始的。最初，我在开始工作流程之前就有了这些变量，所以我创建了这些变量的元组，然后将其作为输入传递给进程。该进程获取每个值，并为元组中的每个值生成一个进程。 然而，在我的新架构中，我在processA中获得了“元组”。然后，processB需要将每个值作为输入，并为每个输入派生一个进程。Python列表，以保持传递一个参数并产生多个<e
浏览 34提问于2021-01-05得票数 3
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我有一个Nextflow进程，它使用bash (check_bam.sh)生成文本文件。该文本文件内容的唯一选项是0或任何其他数字。我希望提取该0或其他值，并将其保存到Nextflow变量中，以便能够使用条件，如果文件的内容为0，Nextflow脚本应该跳过一些进程，如果它是任何其他不是零的数字，则应该完全执行执行。我在使用Nextflow条件和将通道设置为空方面没有问题，但是在将脚本部分中生成的值保存到Nextflow</e
浏览 1提问于2021-08-23得票数 4
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作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从一个进程获取输出，该进程是一个.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列后续条件进程的变量。我可以在Perl中使用类似下面的内容来管理它，尽管我似乎不能将该变量添加到Nextflow脚本中： my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';
open (RESLIST@topresults = split (&q
浏览 17提问于2020-07-22得票数 1
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我正在NextFlow上执行一个分散-聚集操作。(https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html)建议的所有基准测试选项运行此代码：nextflow run main.nf -with-reportnextflow_report -with-trace nextflow_trace -with-timeline nextflow_timeline -with-dag <e
浏览 23提问于2021-02-09得票数 2
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我正在使用以下命令运行我的Nextflow工作流： ./nextflow kuberun user/repo -c nextflow.config -profile kubernetes -v my_pvc:/mounted_path -with-report_report.html -with-trace _trace 我想在一组特定的节点上运行我的nextflow工作流。kubectl label nodes node2 disktype=my_experiment
kubectl lab
浏览 84提问于2021-08-11得票数 1
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我使用NextFlow和DSL2语法。我想将最后的结果路径定义为命令行参数。然而，据我所知，NextFlow进程不识别directive作用域中的input变量(参见下面的最小示例)。终极问题：我如何将“基本目录”传递给一个进程，然后该进程可以附加到该路径(例如，publishDir("${results_dir}/MY_PROC_RESULTS/", mode = "copy"))下面是一个很小的例子：
MY_WORKFLOW
浏览 23提问于2022-01-12得票数 1
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我是NextFlow新手，我想知道在我的新管道中调用NextFlow管道的最佳方法是什么？我知道我可以单独调用进程，但是我对调用整个管道很感兴趣，这样我就可以组合多个nf脚本。
浏览 8提问于2022-10-17得票数 1
当我使用nextflow提交作业时，其中一个进程失败，文件已损坏。显然，我可以将该文件从作业列表中删除，但我不希望在将来扩展它时发生这种情况。默认情况下，这会停止所有其他进程(9)的运行，并且nextflow作业结束。
如何阻止这个失败的作业影响其他作业？
浏览 4提问于2017-04-25得票数 3
我试图运行我的nextflow脚本，前两个过程的措辞很好，但是第三个进程Conbinevcf报告了一个错误，显示没有找到变量前缀。
浏览 8提问于2022-06-10得票数 0
我目前正在开始使用Nextflow开发生物信息学管道。下面，我创建了一个包含FASTQ文件的params.files变量，然后将其输入到fasta_files通道中。当我运行这个脚本时，我会得到以下错误：我试图运行的nextflow/usr/bin/env nextflow
params.files = files("$baseDir
浏览 12提问于2022-03-07得票数 1
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我有一个nextflow脚本，它从文本文件中创建一个变量，并且我需要将该变量的值传递给命令行顺序(这是一个bioconda包)。这两个进程发生在“脚本”部分中。我尝试使用'$‘符号调用变量，没有任何结果，我想是因为在nextflow脚本的脚本部分使用该符号是为了调用输入部分中定义的变量。-- Make sure it is not misspelt and defined somewhere in the script before usin
浏览 4提问于2021-03-10得票数 2
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这里是NextFlow的新手，并在一些基本概念上苦苦挣扎。我正在将一组bash脚本从转换为NextFlow工作流。终极问题：将此脚本集成到NextFlow工作流(最好使用新的DSL2模式)的最类似NextFlow的方法是什么？
可能的子问题：可以根据bash变量发出列表吗？我已经看到了将列表从工作流传递到流程中的方法，而不是进程之外的列表。我可以将每组参数打印到一个文件中，然后发出该文件，但这似乎不太像NextFlow。我很想知道如何将下面的bash脚本集成到N
浏览 5提问于2022-01-15得票数 3
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我在nextflow脚本中运行两个进程(如下所示)。第一个进程输出一些绘图，第二个进程必须包含这些绘图才能生成pdf文件。这两个进程都在docker容器(docimage:1.0.0)中运行。当我运行这个nextflow脚本时，第一个进程运行得很好，但是第二个进程没有完成，因为latex文件找不到绘图，因为包含绘图的输出目录没有在docker容器中创建。但是，包含绘图的输出目录在运行nextflow
浏览 63提问于2021-01-15得票数 0
我是Nextflow的新手，我尝试在Nextflow中运行Python脚本。因此，我将Python脚本存储在与Nextflow Pipeline相同的文件夹中，并尝试运行它，但总是收到这个错误：.command.sh: line 2: .我的进程如下所示： #!/usr/bin/env nextflow
process fo
浏览 125提问于2020-07-26得票数 3
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我已经在两台电脑上运行过了。这两台计算机都安装了nextflow (v22.04.5)和docker。但是，一台计算机显示错误消息。请看所附的截图。我检查了日志文件，它只有一个“命令未找到”。nextflow脚本params.outdir = '.
浏览 39提问于2022-10-03得票数 1
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我有一个进程iterate_list。Process iterate_list获取一个列表，并对列表中的每个项目执行某些操作。当运行脚本时，它需要两个输入。我想知道，如何才能使python脚本每次处理单个项目时都返回该项目，我将其从列表中删除，然后将新列表传递给进程。因此，在系统重新启动/崩溃的情况下，nextflow知道它在哪里停止，并可以从那里继续。"""
} 基本上，进程"iterate_list“从消息代理的队列中获取一个”项“。
浏览 10提问于2019-10-02得票数 0
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/usr/bin/env nextflow
params.db = ""
python3 psi_blast_output_to_fasta_next.py $top_hits }
第二个进程有问题，Nextflow</e
浏览 0提问于2018-11-23得票数 2
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awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output
如果我将这一行放入Nextflow (用groovy(Java)编写)管道脚本，它将显示一个错误，其中提到了变量表示法的问题它在Nextflow之外运行很好。不然我怎么能在这里放变量才能起作用呢？期望的输出是它只在Nextflow中工作。
浏览 1提问于2020-02-13得票数 1
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问题是，当我在docker容器中运行相同的python命令(在交互模式下)时，它可以正常工作。但是，当我使用带有码头容器的nextflow启动它时，它会抛出错误。#!但是，当我简单地在docker容器中运行上面的python代码时，它就会无形中运行。有趣的是，但,nextflow的pwd ->工作目录的输出
当我们在ne
浏览 5提问于2021-03-01得票数 2
我已经创建了一个进程create_parallel_params，其输出是包含{0..9}.json的parallel_params文件夹。这些都将由parallel_paramgen.py创建。
浏览 15提问于2022-09-28得票数 0
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