我对nextflow有问题，我有一个有3个元素(id，fastq_File，out_file)的元组，我需要将一个新文件连接到每个元组元素(所有元组元素都是同一个文件)。首先我有一个fastq，我把它分成块，在我有一个进程(在这个例子中是简单的进程)之后，用它们的id映射，但是这个进程返回id和其他文件。/exampleillumina.3.out]
现在，我有了一个带有我的id的通道，即fastq文件和来自进程pr1的输出
浏览 17提问于2021-03-11得票数 1
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我正在使用一个nextflow工作流，在某个阶段，使用groupTuple()将一系列文件按它们的示例id分组，从而形成一个如下所示的通道：
[sample_id, [file_A, file_B, .我希望在一个进程中使用这些通道项，以便对每个项，流程从第一个字段读取sample_id，同时从内部元组读取所有文件。nextflow文档对此有点神秘，很难找到如何在通道中声明这种类型的输入，所以我想我会在堆栈溢出时创建一个问题，然后为任何想要找到这个答案的人自己回答。如何在next
浏览 25提问于2022-10-06得票数 1
我正在实现Nextflow工作流，其中每个流程可以提供不同流程下游可能需要的多个输出。previous_process
tuple id, input_for_a, input_for_b, input_for_a_b into downstreamNextflow{ downstream\_a, downstream\_b } // into downstream\_a, downstream\_b // into tuple a, b
将输出重复到重
浏览 9提问于2020-07-03得票数 1
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我正在NextFlow上执行一个分散-聚集操作。(https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html)建议的所有基准测试选项运行此代码：nextflow run main.nf -with-reportnextflow_report -with-trace nextflow_trace -with-timeline nextflow_timeline -with-dag nextflo
浏览 23提问于2021-02-09得票数 2
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是否有办法处理Nextflow中不同数量的输入/输出？有时，在下面的示例中，进程'foo‘将有三个输入(因此，创建三个需要用’bar‘拼接在一起的pngs )，而其他时候则会有两个或四个。我希望进程“bar”能够将'foo.out.files‘中的所有现有文件组合在一起，而不管数量如何。/usr/bin/env nextflow input:
path inpu
浏览 11提问于2022-08-30得票数 1
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将个人读取连接到子目录中，并将它们移到$PWD中。然后，我在下面的Nextflow脚本中使用这些串连读取(每个条形码一个)：
如何获得上述预处理任务(重命名和连接)或在下面的Nextflow脚本开始时添加的Bash脚本？
浏览 4提问于2022-10-12得票数 1
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我有一个nextflow脚本，该脚本源位于./bin目录中，位于我调用nextflow脚本的位置。当我在没有容器的情况下运行工作流时，Nextflow可以找到并执行这些脚本。但是，当我使用容器运行Nextflow时，无法找到脚本，尽管我试图将这些脚本添加到容器文件中。
我想我要么没有正确地将可执行文件添加到容器中，要么没有在Nextflow脚本或配置文件中正确地引用它们。/bin中，我从这里调用Nextfl
浏览 2提问于2022-01-24得票数 1
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这里是NextFlow的新手，并在一些基本概念上苦苦挣扎。我正在将一组bash脚本从转换为NextFlow工作流。终极问题：将此脚本集成到NextFlow工作流(最好使用新的DSL2模式)的最类似NextFlow的方法是什么？
可能的子问题：可以根据bash变量发出列表吗？我已经看到了将列表从工作流传递到流程中的方法，而不是进程之外的列表。我可以将每组参数打印到一个文件中，然后发出该文件，但这似乎不太像NextFlow</em
浏览 5提问于2022-01-15得票数 3
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我有一个Nextflow进程，它使用bash (check_bam.sh)生成文本文件。该文本文件内容的唯一选项是0或任何其他数字。我希望提取该0或其他值，并将其保存到Nextflow变量中，以便能够使用条件，如果文件的内容为0，Nextflow脚本应该跳过一些进程，如果它是任何其他不是零的数字，则应该完全执行执行。我在使用Nextflow条件和将通道设置为空方面没有问题，但是在将脚本部分中生成的值保存到Nextflow</e
浏览 1提问于2021-08-23得票数 4
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我正在使用Nextflow处理文件，它有一个示例Id，并且希望跨进程携带此sampleID，因此我使用元组。reverse \ $read1 $read2 $sampleId问题是，当使用元组作为输出时，我得到以下错误：如果我删除了元组，并且只输出其中一个部分(sampleId或路径)，它就能
浏览 8提问于2021-10-15得票数 0
awk '($1<1)|| ($1>22) {print $2}' $input > $output awk '(${1}<1)|| (${1}>22) {print ${2}}' $input > $output
它输出一个空文件。期望的输出
浏览 1提问于2020-02-13得票数 1
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作为我正在尝试创建的管道的一部分，我需要从一个进程获取输出，该进程是一个.tab结果文件，用作在Nextflow中运行一系列后续条件进程的变量。我可以在Perl中使用类似下面的内容来管理它，尽管我似乎不能将该变量添加到Nextflow脚本中： my $resultsfile = 'path/to/resultsfile';my $topidentity = $topresults
浏览 17提问于2020-07-22得票数 1
我是Nextflow的新手，我尝试在Nextflow中运行Python脚本。因此，我将Python脚本存储在与Nextflow Pipeline相同的文件夹中，并尝试运行它，但总是收到这个错误：.command.sh: line 2: ./usr/bin/env nextflow
f
浏览 125提问于2020-07-26得票数 3
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我正在尝试使用nextflow和docker运行python脚本。我正在使用一个dockerfile (如下面所示)来创建一个docker映像。Nextflow脚本有一个python脚本的简单启动。run main.nf只有当我<e
浏览 5提问于2021-03-01得票数 2
我试图在进程临时目录中创建一个文件，由nextflow检查其输出，使用nextflow的原生脚本语言(Groovy)。#!/usr/bin/env nextflow echo true file()}
workfl
浏览 3提问于2022-02-17得票数 1
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假设我们从Nextflow中调用一个模板脚本。我们如何把参数传递给那个脚本呢？path(someoutput)
template 'myscript.py'
但是，如果我向模板字符串中添加了一个参数，进程就会失败，出现“无法找到模板文件output: template 'myscript.py -someargument'
有没有办法告诉Nextflow
浏览 12提问于2022-07-07得票数 1
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我有100个文件，我想并行我的提交，以节省时间，而不是一个一个地运行作业。如何使用LSF提交系统将此脚本更改为LSF中的作业数组，并每次运行10个作业？
浏览 10提问于2022-10-05得票数 1
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我开始将我的工作流从Nextflow迁移到Snakemake，并且已经在管道开始时碰到了墙壁，这通常是从一个数字列表开始的(从我们的检测器表示一个“运行号”)。run-list.txt的75 6343342 5758442 58998
然后，它需要逐行传递给查询数据库或数据存储系统并将文件检索到本地系统的进程这意味着，例如，75 63433将通过接收detector_id=75和run_number=63433作为输入参数的规则生成输出RUN_000
浏览 2提问于2022-02-16得票数 2
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我在Nextflow中使用Python脚本有问题，我的目标是在python脚本中编写一个文件，并使用nextflow来接受它，并将该文件保存在publishdir中(以及在我在其他进程中使用该文件之后)我在nextflow中的流程类似于这样(文件是在前面定义的)：publishDir "${params.output_dir}/formatted", mode:中获得保存在输出文件中
浏览 0提问于2020-09-28得票数 1
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