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1
回答
PBS
多
节点
上
的
Julia
并行
处理
、
、
我正在寻找一种方法来跨
PBS
集群中
的
多个
节点
运行简单
的
并行
进程(一个函数使用不同
的
参数多次运行,进程之间没有通信)。目前,我可以在单个
节点
上
运行它,在
PBS
脚本中使用环境变量来设置线程数,并在@thread.threads中使用for循环 我找到了对clustermanager.jl
的
引用,但没有明确
的
工作示例来说明如何在
PBS
上
使用它。例如:文件中
的</
浏览 60
提问于2020-12-11
得票数 2
1
回答
在集群
上
运行
Julia
代码
、
、
、
我
的
目标是使用.
pbs
文件(和qsub)在集群
上
运行一些朱莉娅编码
的
模拟(不涉及复杂
的
并行
处理
)。/path/to/
julia
myscript.jlexec '/Applications/bla/bla/
julia
/bin/
julia
浏览 2
提问于2015-01-09
得票数 1
回答已采纳
1
回答
每个
处理
器
并行
一个任务
、
、
、
我试图使用gnu
并行
GNU
并行
(版本20160922)来启动大量
的
蛋白质对接作业(使用UCSF 6.7)。我在一个高性能集群
上
运行,每个
节点
有几十个
节点
,每个
节点
有28-40个核心。但是,当我扩展到,比方说,300个
处理
器(使用-l procs=300)跨越几个
节点
时,我就开始得到以下错误: parallel: Warning: ssh to node026 only allows我不明白
的
是为什么会有这么
多
浏览 5
提问于2016-10-12
得票数 1
2
回答
GNU
并行
--在集群中使用多个
节点
的
作业选项,每个
节点
具有多个cpus
、
我使用gnu
并行
在一个高性能(HPC)计算集群
上
启动代码,该集群每个
节点
有2个CPU。集群使用扭矩便携式批
处理
系统(
PBS
)。我
的
问题是澄清GNU
并行
的
--作业选项在这个场景中是如何工作
的
。当我运行一个调用GNU
并行
的
PBS
脚本时,没有--作业选项,如下所示:... parallel --env $
PBS</em
浏览 6
提问于2014-03-06
得票数 9
回答已采纳
1
回答
在
Julia
中设置所有进程
的
环境变量
、
、
、
我目前正在使用
Julia
(1.0)在HPC
的
集群
上
运行一些
并行
代码。HPC通过
PBS
进行管理。我正在尝试寻找一种在所有进程中广播环境变量
的
方法,即自动广播特定环境变量列表
的
方法,以便在每个
Julia
worker中访问它们。 #!/bin/bash
julia
--machine-file=$
PBS
_NODEFILE my_sc
浏览 22
提问于2019-05-16
得票数 3
回答已采纳
1
回答
PBS
: GNU
并行
:分配
的
主机不同,
多
CPU作业,多个作业给一些主机
、
、
为了获得集群
的
最佳使用,并在任何有空间
的
地方挤压我
的
任务,我将资源请求放置到
PBS
,如下所示:
PBS
-l select=60:ncpus=4:mpiprocs=1。问题在于,PBSpro作业管理器可以将多个作业分配给同一个
节点
,或者只有一个作业分配给一个
节点
,并且该信息必须以某种方式传递给GNU
并行
。使用--sshloginfile $
PBS
_NODEFILE不会传递每个
节点
上
可用
的</e
浏览 2
提问于2018-05-11
得票数 3
回答已采纳
1
回答
Julia
聚类计算中
的
随机数种子
、
、
我有一个
Julia
代码,我想通过
并行
运行大量作业(例如,大约10,000个
并行
作业)将该代码提交到远程计算集群。我通过bash文件提交main.jl,并通过以下方式
并行
运行N个作业我想确保我有一个不同
的
随机数生成器
的
每一个N作业提交,但我不知道如何做到这一点。在MATLAB中,我知道我可以通过但我不知道在朱莉娅那里该怎么做。如果我设法在main.
浏览 3
提问于2021-01-13
得票数 3
回答已采纳
3
回答
使用
PBS
在多
节点
linux集群
上
提交作业。
、
、
、
我正在多
节点
Linux集群
上
运行R。我想运行我
的
分析R使用脚本或批
处理
模式,而不使用
并行
计算软件,如MPI或雪。到目前为止,我一直在使用
PBS
运行我
的
脚本,但是它似乎只运行在一个
节点
上
,因为
浏览 9
提问于2010-06-29
得票数 10
1
回答
.
pbs
文件中
的
朴素
并行
、
、
、
、
是否可以在
PBS
文件中
的
for循环中执行
并行
化?#!/bin/bash#<em
浏览 3
提问于2013-09-23
得票数 1
2
回答
PBS
批
处理
系统是否跨
节点
移动多个串行作业?
、
如果我需要“
并行
”运行多个串行程序(因为问题简单但耗时--我需要为同一个程序读取许多不同
的
数据集),如果我只使用一个
节点
,那么解决方案就是简单
的
。/program4 它自然会在不同
的
处理
器
上
运行每个串行程序。这在登录服务器或独立工作站上运行得很好,当然,对于只请求一个
节点
的
批
处理
作业也是如此。/program#命令
的
脚本提交多个
节点
(例如14个),那么批
浏览 3
提问于2011-03-28
得票数 5
回答已采纳
1
回答
PBS
阵列作业
并行
化
、
我试图在高计算集群
上
提交一个作业,它需要运行python代码,比如说10000次。我使用了gnu
并行
,但随后IT团队给我发了一封邮件,称我
的
工作在他们
的
监控系统中创建了太多ssh登录日志。我
的
代码大约需要12秒才能运行。我认为我需要在我
的
PBS
脚本中使用#
PBS
-J语句。然后,我不确定它是否会
并行
运行。我需要执行我
的
代码,比如在10个
节点
上
,16个核心,即160个
并行</
浏览 4
提问于2021-07-15
得票数 0
1
回答
numpy matmul
并行
化了吗?如何阻止它?
、
、
在我
的
脚本执行过程中查看资源监视器时,我注意到我
的
PC机
的
所有内核都在工作,即使我没有实现任何形式
的
多
处理
。为了找出原因,我发现当使用numpy
的
matmult (或者,如下面的例子中
的
二进制运算符@)时,代码是
并行
的
。,原因似乎是numpy调用了确实
并行
化
的
BLAS/LAPACK例程。尽管我
的
代码运行速度更快,并且使用了所有可用资源,但当我在由
PBS
队
浏览 1
提问于2020-01-28
得票数 1
回答已采纳
3
回答
使用
PBS
脚本
并行
执行
、
、
、
我正在试着写一个
PBS
脚本。#
PBS
-l nodes=4:ppn=1 问题是我不知道如何确保程序是
并行
运行
的
。我该怎么做呢?
浏览 19
提问于2013-10-07
得票数 2
5
回答
如何在命令行中执行
Julia
代码?
我最近把我
的
代码转到了朱莉娅。我想知道如何在命令行中执行
Julia
代码?在集群
上
运行模拟复制
的
最佳实践是什么?
浏览 8
提问于2017-02-03
得票数 4
回答已采纳
1
回答
‘qsub`会按顺序运行我
的
工作吗?
、
假设包含以下内容
的
脚本以qsub myscript.sh
的
形式传递给D1#
PBS
-l walltime=10:30,mem=320kb#step2 arg3 arg4 step1和step2是在不同
的
节点
上
并行
运行,还是在分配
的
资源
上
依次运行?
浏览 0
提问于2022-08-24
得票数 1
1
回答
任务:多个
节点
上
具有一个工作进程
的
作业,仅在一个
节点
上
运行
、
、
、
我正在尝试使用python函数
处理
一些文件,并希望使用dask在
PBS
集群
上
并行
化任务。在集群
上
,我只能启动一个作业,但可以访问10个
节点
,每个
节点
有24个核心。所以我
的
dask PBSCluster看起来是这样
的
:from dask_jobqueue import PBSClusterfrom
浏览 0
提问于2019-05-26
得票数 1
2
回答
并行
运行多个串行相关作业
、
、
、
我正在基于
PBS
的
集群
上
运行一些CFD模拟。我将运行大量案例,因此希望在集群
节点
上进行预
处理
。我需要做两个步骤,第一步是网格化,当网格化完成后,我想运行网格划分例程。为了避免手工工作,我想在
pbs
的
作业脚本编程。#!/usr/bin/env bash#
PBS
-l nodes=1:pp
浏览 2
提问于2014-03-16
得票数 3
1
回答
如何从
节点
SLURM/
PBS
收集
处理
过
的
信息
、
、
、
、
我刚开始使用
并行
计算,我无法理解
PBS
系统
的
使用。我已经成功安装SLURM并设置了
处理
节点
。但无法理解如何在多个
节点
之间分配任务。有很多简单
的
例子,但它们只是运行简单
的
"Hello“程序,仅此而已。#!当我使用sbatch python.slurm运行它时,即使我将数字设置为4,结果也只能保存在第一个
节点
上
。但另一方面,srun -N4 /bin/
浏览 3
提问于2017-04-22
得票数 1
2
回答
SGE未知资源“
节点
”
我在SGE
上
提交一个带有参数-l
的
作业,如下所示:但是,系统会显示: Unable to run job: unknown
浏览 1
提问于2015-01-03
得票数 0
1
回答
是否可以使
PBS
在同一
节点
上
同时调度
并行
和串行作业?
、
、
、
我是第一次接触集群和
PBS
系统。我现在想知道,是否可以使用
PBS
系统在一个集群(集群有多个
节点
)中
的
一个
节点
上
同时调度
并行
(MPI,OpenMP)和串行作业?因为这样可以提高CPU
的
利用率。有人告诉我这是不可能
的
,但没有详细
的
解释。所以,如果这真的是不可能
的
,我
的
问题是为什么?
浏览 3
提问于2015-01-19
得票数 0
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