PBS批量作业提交

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pbs

我有100个脚本与.bash扩展，我想在一个镜头中提交所有这些在pbs脚本。我使用了qsub *.bash，但它不起作用。有人能帮帮我吗？

浏览 9提问于2017-08-16得票数 0

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如何使用Shell中的函数将批处理作业发送到PBS？

shell、batch-processing、jobs、pbs

我可以使用非交互式批处理作业和/或交互式批处理作业这两种方法向PBS提交作业。但是，我需要在函数中使用pbs命令。在另一个世界里，我需要这样的结构：pbs_setup () { #PBS -N $2 #PBS<

浏览 5提问于2015-06-03得票数 0

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如何使用qsub实现java程序

java、hpc、qsub

我想在hpc中提交一个作业，该作业正在运行java应用程序。我编辑pbs_script文件如下：#/bin/sh #PBS -q序列#PBS -l nodes=1:ppn=4模块加载java-jdk/1.7.0-17 java myjavapp 我提交了作业$qsubpbs_script，但是作业返回一个错误:找不到或加载主类myjava。

浏览 0提问于2014-04-03得票数 1

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如何知道PBS批作业提交时间内的脚本正在执行？

bash、cluster-computing、pbs

我使用PBS qsub在集群上运行一个脚本，该脚本必须输出一个带有批处理作业提交时间的报告文件。我想知道如何在不创建新的输入变量的情况下得到这一次。谢谢。

浏览 2提问于2013-06-21得票数 1

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编辑pbs提交作业的Job ID号，实现队列中其他作业先提交

linux、unix、hpc、pbs

尊敬的UNIX/PBS专家：我是UNIX HPC系统(CentOS Linux7(核心)，Linux3.10.0-693.5.2.el7.x86_64)的用户，我没有任何根权限。在HPC系统中提交了各种作业，几乎所有资源都在使用中。其他用户的作业可能会运行数周，而我提交的作业将在不到一天的时间内完成。我的目标是在第一批资源释放后运行我的作业，而不是等待所有其他用户完成他们的作业。我提交的作业的编号为qi

浏览 38提问于2019-12-15得票数 0

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便携式批处理系统负载均衡器输出仅用于一项任务

linux、bash、parallel-processing、cluster-computing

我正在使用一个集群，该集群在Linux上使用作业管理软件，并按照以下步骤提交作业通常情况下，我的script.sh是如下形式的，例如，当使用R运行作业时#PBS -o output-log#PBS -t 1-10 #PBS -l walltime=12:00:00R --no-save

浏览 3提问于2017-09-04得票数 1

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用于OpenMPI作业的Unix时间命令

bash、unix、openmpi

我正在尝试使用Unix中的time命令来计时我的作业。下面是我正在使用的Bash文件：#PBS -N MPITest #PBS -l nodes=5,walltime=0

浏览 0提问于2014-05-01得票数 1

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如何在作业提交过程中动态选择PBS队列

bash、shell、scripting、job-scheduling、pbs

我在远程集群中运行了许多小型计算作业，其中作业提交由PBS管理。通常，在PBS (bash)脚本中，我指定要通过命令提交作业的队列。#PBS -q <queue_name>queue2 -- --

浏览 4提问于2014-07-15得票数 1

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.pbs文件中的朴素并行

parallel-processing、job-scheduling、pbs、qsub、supercomputers

是否可以在PBS文件中的for循环中执行并行化？#!/bin/bash#PBS -l nodes=4:ppn=16:native #PBS</

浏览 3提问于2013-09-23得票数 1

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链式数组PBS作业

arrays、bash、hpc、qsub、pbs

我试图使用PBS高性能计算机作业调度程序链接两个计算作业。我的脚本如下： #!/bin/bash #PBS -q thin #PBS -l select=1:ncpus=1 #PBS -J 1-10 echo &

浏览 4提问于2017-06-28得票数 0

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EnvironmentError:不是在公共广播公司工作

python、apache-spark、pbs

/bin/bash#PBS -l select=2:ncpus=4:mem=2G# Scheduler: PBS export JAVA_HOME=/some/path/to/jdk/1.8.0_112 export SPARK_HOME-0.1/pbs-sp

浏览 3提问于2019-12-02得票数 0

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提交pbs作业时，无法正确执行.bashrc文件中的命令

bash、shell、module、pbs

我有一个在bash shell中提交作业的脚本，如下所示# PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -N xxxxx 但是，在我提交作业后，我在xxxxx.e8980文件中收到如下错误消息

浏览 0提问于2014-04-29得票数 1

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PBS作业返回队列时间和运行时间

php、time、pbs

我正在创建一个网站，它产生PBS-作业，基于表单输入的用户.我还想创建一个页面，用户可以在其中查看某个项目的状态。这包括以下内容：这个已经起作用了。当提交作业时，表单中的所有信息都将使用INSERT INTO ...发送到数据库，包括sysdate()作为提交日期。队列时间(作业进入队列的日期/时间)；

浏览 7提问于2014-02-13得票数 2

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从父文件夹运行qsub命令到包含文件.dat的以下所有目录*

command-line、qsub

我正在使用Redhat和pbs排队系统向有限元分析代码提交作业。我通常有一个文件夹，其中包含我想要运行的.dat文件和将提交.dat文件的.pbs文件。要提交.dat文件，我将在包含这两个文件的目录中运行命令"qsub *.pbs“。谢谢

浏览 2提问于2013-06-05得票数 0

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在模拟文件排队时编辑它

pbs、qsub

假设我向PBS提交了一个文件(file1.pbs)，它就会排队。在这个文件中，我指的是计算机将运行的第二个文件(file2.namd)。然后，当file1.pbs排队时，我在file2.namd中做了一个重要的更改。保存file2.namd后，检查作业，它仍然是排队的(尚未运行)。我的问题是:更改是实现的，还是计算机已经读取了file2.namd，即使作业排队了？谢谢

浏览 5提问于2016-06-13得票数 0

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PBS编程

scripting、job-scheduling、pbs、qsub、torque

关于PBS的一些简短而愚蠢的问题：qsub job_file 是否可以在作业文件中提交(子)作业？

浏览 2提问于2010-03-03得票数 1

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在unix中运行作业

bash、unix

/bin/sh -login#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -N myrun05168我确实通过以下方式使其可执行：当我尝试运行时，将目录更改为可执行文件的文件夹，然后对作业求和：

浏览 5提问于2012-08-14得票数 2

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如何知道我的qsub作业正在运行/正在写入的位置

qsub

我通过脚本提交作业#PBS -l select=1:ncpus=20:mpiprocs=20,walltime=01:00:00 #PBS -q smp#PBS -M myemail@address #PBS

浏览 2提问于2016-10-11得票数 1

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在PBS作业脚本中获取壁时

pbs

当向PBS队列系统提交作业脚本时，会自动或由用户指定壁时间，例如问题是这一次是否可以从作业脚本中访问。是否有环境变量或其他方法来获取此壁时间。最后，作业脚本应该不时地决定是否有足够的时间来做更多的工作，这样作业就不会被排队系统杀死。更新：read _ _ PBS_WALLTIME <<< `qstat

浏览 5提问于2013-04-05得票数 7

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向PBS/Torque提交SGE作业

converter、sungridengine、pbs、qsub、torque

嗨，我正在建立一个软件管道(一个广泛的生物信息注释工具)，最初是为了提交SGE作业而编写的，但我在PBS/Torque集群中。对于如何将这些脚本从SGE转换为PBS，有什么想法吗？还是一款可以将SGE工作提交给PBS的软件？谢谢，马库斯

浏览 5提问于2014-09-29得票数 1

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