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如何获取染色体长度

我们在做基因组或者转录组数据分析时候,经常需要用到染色体长度。今天我们就来聊聊如何获取染色体长度。...我们以人为例,给大家介绍两种不同方法,都要用到著名公共数据库UCSC(https://www.genome.ucsc.edu/) 方法一 1.在UCSC主页上,点击Genomics, 2....然后点击human图标,当然如果需要获取其他物种染色体长度,这里就点击其他物种图标 3.点击View sequences,你就会看到下面这张表 这张表拖到最底下,你会发现有Download as...file,可以把这张表下载到本地 用文本编辑器打开如下,第一列是染色体号,第二列是每一条染色体长度。...下载hg38.chrom.sizes这个文件即可,跟上面一种方法得到结果是一样

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如何在Bash中获取数组长度

在Bash脚本中,数组是一种常用数据结构,用于存储多个值。在处理数组时,经常需要知道数组长度,即数组中元素个数。本文将详细介绍如何在Bash中获取数组长度方法,以帮助您更好地处理数组操作。...图片声明和初始化数组在讨论如何获取数组长度之前,让我们先了解如何声明和初始化数组。...方法一:使用${#array_name[@]}获取数组长度在Bash中,可以使用${#array_name[@]}形式来获取数组长度。这个表达式会返回数组元素个数。...方法二:使用${#array_name[*]}获取数组长度除了${#array_name[@]}之外,还可以使用${#array_name[*]}来获取数组长度。...总结在Bash脚本中,获取数组长度是一项常见操作。本文介绍了四种方法来获取数组长度:使用${#array_name[@]}:展开数组为元素列表,并返回列表长度

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两种方法获取python列表长度

Python是一种非常具有表现力语言,它提供了不同结构来简化开发人员工作。该列表是python提供最受欢迎数据结构之一。在常规工作流程中,我们在列表中添加元素或从列表中删除元素。...但是在这种浮动情况下,我们需要获取列表长度。我们如何获得列表长度或大小?在本教程中,我们将研究获取长度列表不同方法。...()函数获取多维列表长度 在前面的内容中,我们研究了单个维度列表长度。...我们还可以仅通过提供相关子列表索引来获得此列表一维长度长度,如下所示。在此示例中,我们要获取第一个子数组长度。...len()函数在获取诸如字典之类不同数组类型长度或大小时非常有用。

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Python语言精华:Itertools

前言 你知道PythonItertools库被认为是Python瑰宝吗?一些用户甚至认为它是最酷和最令人惊叹Python库之一。...我们可以使用Itertools模块来丰富我们应用程序,并在更短时间内创建一个可靠工作解决方案。 本文将帮助读者理解如何在项目中使用Itertools模块。...我们可以打开无限数据流(比如读取文件)并获取下一项(比如文件中下一行)。然后我们可以对项目执行一个操作,并继续进行下一个项目。...什么是Itertools? ItertoolsPython模块,是Python 3标准库一部分。它允许我们在迭代器上执行高效内存和计算任务。它灵感来自APL、Haskell和SML构造。...我们可以传入一个参数来指定排列长度。它默认为可迭代长度。 这意味着当缺少长度时,该方法将生成所有可能全长排列。

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Python如何获取字符串长度python填充字符串方法有哪些?

一、获取字符串长度 先看看len()函数构造 def len(*args, **kwargs): # real signature unknown """ Return the number of...二、字符串填充 1. ljust(width, fillchar),width表示填充后字符串总长度,fillchar表示需要填充字符。...name = 'python自学网' res = name.ljust(50, '*')print(res)print(len(res)) 返回结果: python自学网****************...************************* 50 2. rjust(width, fillchar)方法,和ljust()方法类似,唯一不同就是把填充字符串填充在原有字符串前面。...name = 'python自学网' res = name.center(12, '*')print(res)print(len(res)) 返回结果: *python自学网** 12 通过这篇文章相信大家对获取字符串长度和填充概念和用法都有一定认识了

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相见恨晚 Python 内置库:itertools

来源 : 忆先 01 前言 很多人都致力于把Python代码写得更Pythonic,一来更符合规范且容易阅读,二来一般Pythonic代码在执行上也更有效率。...今天就先给大家介绍一下Python系统库itertools。...02 itertools库 迭代器(生成器)在Python中是一种很常用也很好用数据结构,比起列表(list)来说,迭代器最大优势就是延迟计算,按需使用,从而提高开发体验和运行效率,以至于在Python...03 使用itertools itertools函数大多是返回各种迭代器对象,其中很多函数作用我们平时要写很多代码才能达到,而在运行效率上反而更低,毕竟人家是系统库。...类似于zip,不过已较长列表和迭代器长度为准 >>> x = itertools.zip_longest(range(3), range(5)) >>> y = zip(range(3), range

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Pipe -- 让你 Python 代码更简洁

Pipe[1]是一个Python库,使你能够在Python中使用管道。一个管道(|)将一个方法结果传递给另一个方法。...为了看看这个方法是如何工作,把一个数字列表变成一个字典,根据数字是偶数还是奇数来分组。 在上面的代码中,我们使用groupby将数字分组为Even组和Odd组。...应用这个方法后输出看起来像下面这样: [('Even', ), ('Odd', )] 接下来,我们使用select将一个元组变成一个字典列表,其键是元组中第一个元素,值是元组中第二个元素。...在几行代码中,我们可以将多个方法应用于一个迭代器,同时仍然保持代码简洁。 总结 本文中,云朵君和大家一起学会了如何使用管道来保持你代码简洁和简短。

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获取基因有效长度N种方法

参见生信技能树文章: 基因长度之多少 | 生信菜鸟团 (bio-info-trainee.com) 那么问题来了,在计算FPKM/RPKM时,每个基因基因有效长度数据该如何获取呢?...我总结了几种获取基因有效长度(或非冗余总外显子长度、总转录本长度方法,现整理如下: 一、从上游输出文件结果中获取基因有效长度 一般而言,RNA-seq得到原始counts表达矩阵最常用到上游软件就是...首先看看从gtf文件中获取基因有效长度两种方法是否有差异。...gtf中获取efflen比较 总结: 获取基因有效长度最简便方法是直接从featureCounts或salmon输出文件中提取。...在没有上游原始输出文件情况下,也可以采取直接从gtf文件中计算方法,获取每个基因非冗余外显子总长度得到基因有效长度

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