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Genome Biol. | 用scINSIGHT解释来自生物异质数据的单细胞基因表达

本文介绍由美国罗格斯大学公共卫生学院生物统计与流行病学系的Wei Vivian Li为通讯作者发表在 Genome Biology 的研究成果。越来越多的scRNA-seq数据强调了集成分析的必要性,以解释单细胞样本之间的相似性和差异。尽管已经开发了多种去除批次效应的方法,但没有一种方法适用于来自多种生物条件的异质性单细胞样本。因此,作者提出了scINSIGHT,用于学习协调的基因表达模式,这些基因表达模式在不同的生物条件下可能是共有的或特定的。该方法可以识别不同生物条件下单细胞样本的细胞特性和过程。作者将scINSIGHT与最先进的方法进行比较,结果表明该方法具有更好的性能。本文的实验结果表明scINSIGHT可以应用于不同的生物医学和临床问题。

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AI降维打击人类画家,文生图引入ControlNet,深度、边缘信息全能复用

机器之心报道 机器之心编辑部 通过「添加额外条件」来控制扩散模型,斯坦福大学最新的一项研究让图生图效果更上了一层楼。 随着大型文本 - 图像模型的出现,生成一幅吸引人的图像已经变得非常简单,用户需要做的就是动动手指输入简单的 prompt 就可以。通过一系列操作得到图像后,我们不免又会产生这样几个问题:基于 prompt 生成的图像能够满足我们的要求吗?我们应该构建怎样的架构来处理用户提出的各种要求?在特定任务中,大型模型是否还能保持从数十亿张图像中获得的优势和能力? 为了回答这些问题,来自斯坦福的研究者

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一个模型搞定元素周期表常见元素:中国团队打造分子模拟预训练模型,最高节省90%数据

白交 发自 凹非寺 量子位 | 公众号 QbitAI 分子模拟领域的预训练模型,来了! DPA-1,中国团队深势科技以及北京科学智能研究院等机构打造,能覆盖元素周期表大多数常见元素。 在各类数据集上的迁移学习结果表明,该模型能大幅降低新场景对数据的依赖,甚至在特定条件下能省去90%的数据。 用大模型的思路打开分子模拟 机器学习辅助下的原子间势能面(PES)建模,与相应的机器学习势函数正在彻底改变分子模拟领域。PES是用于描述化学体系的一个基本量,通过它能得到大量原子间相互作用的信息。 过去传统的分子模拟,

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网络生物学的未来新方向

今天我们介绍2022年在圣母大学组织的一个网络生物学未来方向研讨会,本文由研讨会参与者合著,总结了研讨会的讨论,预计其将帮助塑造网络生物学未来计算和算法研究的短期和长期愿景。网络生物学是一个跨学科领域,集计算科学和生物科学于一体,对于深入理解细胞功能和疾病至关重要。该领域存在约20年,仍处于初级发展阶段。由于多种因素导致该领域发生了快速变化和出现了新的计算挑战,包括数据复杂性的增加和不同组织水平上多种数据类型的出现以及数据量的增长。这意味着该领域的研究方向也需要发展。因此,汇聚了网络生物学各个计算和算法方面的活跃研究者,以确定这个领域的紧迫挑战。讨论的主题包括:生物网络的推断和比较、多模态数据整合和异构网络、高阶网络分析、网络上的机器学习以及基于网络的个体化医学。

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主编推荐 | 学会数据分析背后的挖掘思维,分析就完成了一半!

主编推荐:通过言简意赅的语言把数据挖掘的原理、建模过程、数据分析和数据挖掘关系说的比较清楚,适合入门者了解相关概念。 正文如下: 在数据分析中,模型是非常有用和有效的工具和数据分析应用的场景,在建立模型的过程中,数据挖掘很多时候能够起到非常显著的作用。伴随着计算机科学的发展,模型也越来越向智能化和自动化发展。对数据分析而言,了解数据挖掘背后的思想,可以有助于建立更具稳定性的模型和更高效的模型。 数据挖掘前世今生 数据模型很多时候就是一个类似Y=f(X)的函数,这个函数贯穿了模型从构思到建立,从调试再到最

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