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基因日签【20211018】lac阻遏物是由两个二聚体组成的四聚体

2021 10/18基因日签 lac阻遏物是由两个二聚体组成的四聚体 .壹. 关键概念 阻遏物单体可以分为三部分：N端DNA结合域、铰链区和核心区。 .贰....关键概念 DNA结合域拥有两个短α螺旋，用来与DNA的大沟结合。 .叁. 关键概念 负责多聚体化的区域和诱导物结合位点都结合于核心区。 .肆....关键概念 两个单体通过核心亚结构域1和2之间的接触形成二聚体。 .伍. 关键概念 二聚体通过四聚体化螺旋之间的相互作用形成四聚体。 .陆....关键概念 不同类型的突变发生于阻遏物的不同结构域。 文字及图片信息均来源于Genes X（中文版），如有侵权请联系删除。 THE END

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医学影像组学特征值（Radiomics Features）提取之Pyradiomics（一）理论篇

，其支持2D和3D中的特征提取，在2.0版开始，pyradiomics还实现了基于voxel-based体素的提取，但提取需要时间较长，输出为由参数映射的SimpleITK图像，而不是针对每个特征的float...、图像变换的滤波器和特征类 4）指定voxel-based基于体素的特定设置，只有在使用PyRadiomics 进行体素提取生成特征图时才需要 1、图像类型 进行影像组学特征提取的图像既可以是原始图像，...目前可用的特征类如下： 1）First Order Statistics（19features）一阶统计量 通过常用的和基本的度量来描述由mask定义的图像区域内的体素强度分布。...getVoxelVolumeFeatureValue（）：体素体积，由体素的个数乘以一个体素的体积得到。 GetSurfaceAreaFeatureValue（）：表面积。...：从图像中删除的离群值 2）Resampling the image图像重采样 ResamplePixelSpacing：设置重采样时的体素大小。

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记忆中的像素块褪色了吗？用开源的体素编辑器重新做个 3D 的吧！

本文适合对图形表现有兴趣的美术或者开发人员 ? 本文作者：HelloGitHub-Joey 早期的的显示设备像素颗粒较大，使得显示内容的颗粒感严重，像是由一堆方块组成的。...这里是 HelloGitHub 推出的《讲解开源项目》系列，今天要介绍的体素编辑器 Goxel 就是一款用来创作 3D 体素艺术作品的编辑器。...笔刷模式包括： 增加体素模式，鼠标拖动添加当前设定颜色的体素 删减体素模式，鼠标拖动删减轨迹上的体素 修改颜色模式，鼠标拖动将轨迹上体素的颜色修改为当前设定颜色 2.2 左边栏按钮简介 根据图中标识的序号对各个按钮进行功能简介...： 工具栏分页，点击后会弹出具体的工具列表，包括笔刷，平面蒙板，模糊选择，颜色拾取，程序化生成等工具 色板分页，点击后会弹出常用的预设颜色列表 图层管理页，非常类似 Photoshop 中的图层概念，可以在各个图层中单独绘制体素...五、最后 曾在各种视频内容中看到过作者在 MC 中创造各种美丽的景观，实现各种有趣的想法，现在使用这款编辑器亦可做到相同的事情，加上编辑器内提供的各种操作工具，能够使创作者们更加方便快捷地去绘制添加体素

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神经辐射场去掉「神经」，训练速度提升100多倍，3D效果质量不减

具体来说，研究者提出了一个显式的体素表示方法，该方法基于一个不含任何神经网络的 view-dependent 稀疏体素网格。...他们把该模型称为 Plenoxel（plenoptic volume elements），因为它由稀疏体素网格组成，每个体素网格存储不透明度和球谐系数信息。...虽然核心模型是一个有界体素网格，但他们可以通过两种方法来建模无界场景：1）使用标准化设备坐标（用于 forward-facing 场景）；用多球体图像围绕网格来编码背景（用于 360° 场景）。 ‍...该方法表明，我们可以使用标准工具从反问题中进行逼真体素重建，包括数据表示、forward 模型、正则化函数和优化器。这些组件中的每一个都可以非常简单，并且仍然可以实现 SOTA 结果。...实验结果表明，神经辐射场的关键要素不是神经网络，而是可微分的体素渲染器。 ‍框架概览‍ Plenoxel 是一个稀疏体素网格，其中每个被占用的体素角存储一个标量不透明度σ和每个颜色通道的球谐系数向量。

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由问题入手，步步爬出Python中赋值与拷贝的坑

要想进一步弄懂这个问题，就涉及到Python中深浅拷贝的知识，接下来，我们就详细介绍一下。...这里需要注意的一点是，str是不可变类型，所以当修改的时候会替换旧的对象，产生一个新的地址39758496。 上面这段代码的过程可以由下面的图进行解释： ?...但是list的第三个元素是一个可不类型，修改操作不会产生新的对象，所以will的修改结果会相应的反应到wilber上。 上面这段代码的过程可以由下面的图进行解释： ?...除了使用copy模块中的copy方法进行浅拷贝外，python中还有其他几种的浅拷贝方式： 1）使用切片[:]操作 2）使用工厂函数（如list/dir/set） 3）使用copy模块中的copy()函数...上面这段代码的过程可以由下面的图进行解释： ? 6、再回首 首先，我们总结一下Python中的对象赋值和深浅拷贝操作： 1）Python中对象的赋值都是进行对象引用（内存地址）传递。

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单图像三维重建、2D到3D风格迁移和3D DeepDream

现在常见的表示方法有点云、体素和网格，其中多边形网格具有良好的紧致性和几何性质。但是使用神经网络直接由多边形网格生成图像比较困难，因为光栅化的过程阻止了反向传播。...通常有体素、点云和多边形网格。体素难以生成高质量的体素，因为他们是在三维空间有规律地进行采样，并且记忆效率比较低。点云存在纹理和照明难以应用的问题，因为点云没有表面。...相关工作 1.神经网络中的三维表示：三维表示有很多方法，比如前面提到的体素、点云等，但是它们都有一定的不足，或者不适合三维重建。...渲染的近似梯度 1.渲染通道及其派生：一个3D网格由一组顶点和面组成，每个顶点No是一个三维向量，表示这个顶点在3D物体空间中的坐标，每个面F是由三个顶点所围成的三角形。...2.基于梯度的三维网格编辑：在这项工作中，基于其渲染图像R来优化由顶点Vi、面Fi和纹理Ti组成的3D网格m，而不是生成图像进行编辑。

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Python可视化——3D绘图解决方案pyecharts、matplotlib、openpyxl

这篇博客将介绍python中可视化比较棒的3D绘图包，pyecharts、matplotlib、openpyxl。基本的条形图、散点图、饼图、地图都有比较成熟的支持。...、日历图、个性化图，也支持局部放大、数据集、拖动、富文本图；也支持点、线、流、图GL图 官网demo地址：https://gallery.pyecharts.org 热力图、图表效果如下： 3D球体示例如下...3D 误差条 3D 误差线 创建 2D 数据的 3D 直方图 参数曲线 洛伦兹吸引子 2D 和 3D 轴在同一个 图 同一图中的 2D 和 3D 轴 在 3D 绘图中绘制平面对象 生成多边形以填充 3D...3D 图作为子图 3D 表面（颜色图） 3D表面（纯色） 3D表面（棋盘） 具有极坐标的 3D 表面 3D 文本注释 三角形 3D 等高线图 三角形 3D 填充等高线图 三角形 3D 表面图 3D 体素.../体积图 numpy 标志的 3D 体素图 带有 rgb 颜色的 3D 体素/体积图 具有圆柱坐标的 3D 体素/体积图 3D 线框图 旋转 3D 线框图 一个方向的 3D 线框图 matplotlib.org

2.7K00

由__future__中unicode_literals引起的错误来研究python中的编码问题

在py2.7的项目中用了future模块中的 unicode_literals 来为兼容py3.x做准备，今天遇到一个UnicodeEncodeError的错误，跟了下，发现这个小坑值得注意。...总结 这里主要涉及到python中的编码问题，也是很多人在刚接触Python时感到头疼的问题。更多基础的东西，可以到下面的参考链接里看，这里就分析下我的这几段代码。...这时就得想到ASCII了，这是Python2.7运行时默认的编码环境。所谓"编码"就是用来编码的嘛，于是python就通过ASCII来把unicode转为string，遂，抛错了。...错误的原因在Traceback中详细指明了——咱们传进去的u'\u6708' （也就是"月"字）ascii解释不了。这个符号不在ascii的128个字符表当中,因此就抛错了。...上面都是the5fire自己根据资料总结出来的结论，如果有问题欢迎指出。 PS: 同样的问题对于python built-in的getattr方法也适用。

1.2K10

【Unity3D】网格 Mesh ( 网格概念 | 网格示例 | Unity 中 3D 物体渲染模式 | 着色模式 | 线框模式 | 线框着色模式 )

Mesh 简介 ---- 1、网格 Mesh 概念 每个 3D 模型 都是由 很多 小平面 组成的 , 模型 内部 都是空的 ; 网格 Mesh 规定了 3D 模型的形状 , 其中封装了 3D 模型的如下数据...: 顶点坐标 面 面的法向 定义好了 网格 Mesh , 就定义好了 物体 在 3D 空间中的基本形状 ; 2、网格 Mesh 示例 Unity 中的 游戏物体 都是由 三角平面 组成 , 网格 Mesh...中 记录了 这些 三角平面 和 顶点 的数据 ; 立方体 每个面由 2 个三角形组成 , 整个立方体由 12 个三角形构成 ; 球体 是由 很多个 三角形 拼接成的平面 组成的 , 内部是中空的 ;...球体表面不是圆滑的 , 是由一个个平面组成的 ; 组成球体 使用的三角形平面越多 , 其看起来就越平滑 , 显示的越精细 , 但是相应的 GPU 消耗也越来越高 ; 高模 : 非常精细的 3D...模型 , 有非常多的面数 , 如千万级别 ; 低模 : 与高模相对 , 组成模型的面很简单 ; 二、Unity 中 3D 物体渲染模式 ---- Unity 编辑器中 3D 物体的 渲染模式 : 着色模式

1.6K20

用python计算杯子、球、方体的容积或体积

1 问题 在现实生活中我们偶尔会遇到计算杯子、球体或者是方体的容积或者体积，那如何用python计算容积或者体积？...2 方法 运用python定义函数的方法编写计算容积或体积的函数； 运用if判断语句选择函数进行运行； 引入math.pi 代码清单 1 import math def cup(): x = math.pi...def cube(): a = eval(input('请输入方体的高：')) b = eval(input('请输入方体的长：')) c = eval(input('请输入方体的宽：...如果您有什么其他的需求请联系“好像换一个组”工作室') 3 结语 小组成员针对如何用计算杯子、球体或者方体的容积或者体积的问题，提出使用python定义函数和python if判断语句的方法。...通过实验，证明该方法是有效的。通过对定义函数和if判断语句的运用，巩固了课堂上学习的知识，提升了将所学知识运用到实际生活中的能力。

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2023-01-06：给定一个只由小写字母组成的字符串str，长度为N， 给定一个只由0、1组成的数组arr，长度为N， arr == 0表示str中i位

2023-01-06：给定一个只由小写字母组成的字符串str，长度为N，给定一个只由0、1组成的数组arr，长度为N，arri等于 0 表示str中i位置的字符不许修改，arri 等于 1表示str中i...位置的字符允许修改，给定一个正数m，表示在任意允许修改的位置，可以把该位置的字符变成a~z中的任何一个，可以修改m次。...返回在最多修改m次的情况下，全是一种字符的最长子串是多长。1 <= N, M <= 10^5，所有字符都是小写。来自字节。答案2023-01-06：尝试全变成a一直到全变成z，遍历26次。...u8 { // 右边界 // [l..r) let mut r = 0; // 用了几次修改了 // change == m 用完的时候...'a'; aim <='z'; aim = bytes1(uint8(aim)+1)) {// 右边界// [l..r)int32 r = 0;// 用了几次修改了// change == m 用完的时候

1.1K10

通过单细胞RNA序列揭示乳腺癌的功能异质性

随着肿瘤大小的增加，细胞组成随疾病的自然发展而变化。...为了阐明肿瘤中亚群组成与功能多样化之间的联系，作者在发育的第6天和第19天从MCF7 MCTS中进行了单细胞RNA测序，在两个时间点获得了364个细胞的单细胞基因表达谱（13,589个基因）。...在免疫过程的激活中具有28个过表达的基因集，这些基因集主要包含被干扰素途径，HIF1-α和Jak信号传导途径的过度激活所激活的基因。...然后作者对不同亚群之间的富集通路进行比较分析发现，与亚群A相比，亚群B的TCA循环和电子呼吸链被过渡激活，以及干扰素应答基因的激活。在与亚群C相比过程中得出相同的结论。...图7显示了代表性的差异基因，其中在亚群A中最具代表性的核心基因为CXCL10，参与细胞外基质修饰，Jak信号传导，对干扰素的反应，nup98-hox9融合以及HIF1-α介导的干扰素诱导等细胞通路。

62531

英伟达首次实现SDF实时3D渲染，还是细节超清晰的那种

其实，同样是基于大名鼎鼎的神经 SDF（有向距离场）——计算机图形学中，常见的一种隐式曲面表示方法。 不过在这项研究中，大型神经网络的渲染不再必需，这就使得渲染效率提升了2-3个数量级。 ?...用稀疏体素八叉树进行编码 SDF 可以表示为 f(x,y,z)=d，是一个表示位置的函数，返回值是到物体表面的最近距离。 ? 在进行渲染时，SDF 使用的是球体跟踪算法，该算法会沿射线执行距离查询。...而经典的神经 SDF 往往需要大型神经网络来进行编码，以便用隐式曲面来逼近复杂的形状，这就导致球体跟踪算法的代价很高。 ?...△图源：论文一作，twitter@yongyuanxi 为了解决这个问题，来自英伟达、多伦多大学和麦吉尔大学的研究团队提出，改用稀疏体素八叉树（SVO）来对几何形状进行编码。...在两个更复杂的示例中，这种细节方面的优势体现更加明显。 ? 不过，作者也坦言，该方法对于大场景，或者非常薄的几何体并不适用，也无法运用传统方法对渲染出来的几何体进行变形、制作动画。

1.2K11

基于图像的三维物体重建：在深度学习时代的最新技术和趋势综述之三维曲面解码

编码器使用连续卷积运算将输入映射到隐变量x，它可以是离散的或连续的，解码器通常由完全连接的层组成。...Kuryenkov[2]从数据库中检索与输入I最相似的三维模型，然后估算使其变形以匹配输入所需的FFD，而不是对球体或椭圆进行变形。...检索到的模板首先进行体素化，并使用3D CNN编码到另一个隐变量xt中。然后，使用上卷积网络将输入图像的隐表示和检索到的模板的隐表示连接起来并解码为定义在体素网格顶点上的FFD场。...Fan[5]提出了一种结合点集表示和网格表示的生成深度网络（上图a）。该网络由一系列编码器-解码器块组成： •第一个块获取输入图像并将其映射为隐表示，然后将其解码为大小为H×W的三通道图像。...每个像素处的三个值是一个点的坐标。 •随后的每个块获取其先前块的输出，并进一步将其编码和解码为大小为H×W的3通道图像。 •最后一个块是编码器，与前一个块类型相同，然后是由两个分支组成的预测器。

1K10

深度学习3D合成

点云表示 体素（Voxel）或立体像素（volumetric pixel）是空间网格像素到立体网格体素的直接延伸。简单来说，体素只是 3D 空间中的一个像素。...取决于表示的通用性，为了接近一个更真实的表示，网格也可以包括多边形的孔或凹多边形。表面细节对于重建表面模型很重要，和丢失了重要表面细节的体素和点云不同，网格在很多实际应用中更为理想。...基于图的卷积神经网络提取并利用 2D 图像中的感知特征，通过逐步变形椭球体（ellipsoid）生成 3D 网格，直到达到语义正确和优化的几何形状。...网格形变网络的图卷积网络由三个变形块和两个中间图上池化层组成。变形块逐步处理网格模型的输入图，而中间图上池化层逐步增加图顶点，以增加图的信息容纳能力，同时保持数据的三角形网格形成。...模型设计是这样的，它可以输入条件范围的(目标类，体素和 2D 图像)并概率产生输出以捕捉模糊场景的不确定性。该网络由顶点模型和表面模型组成。

1.2K21

深度学习背景下的图像三维重建技术进展综述

体素是三维空间中的正方体，相当于三维空间中的像素；网格是由多个三角形组成的多面体结构，可以表示复杂物体的表面形状；点云是坐标系中的点的集合，包含了三维坐标、颜色、分类值等信息。...在基于体素的三维重建网络中，处理体素的方式与处理图像中的像素的方式类似，二维卷积能够较简单地转变为三维卷积。...基于体素模型的三维重建网络的解码器通常由三维卷积构成，利用三维体素模型进行训练，但重建体素模型通常需要较大的内存，所需内存和计算要求与体素模型的分辨率大小成立方比例，因此重建的体素模型分辨率较低，基于体素模型的方法无法重建物体的细节部位...Kar等人(2017)等通过特征编码器对多张图像进行处理，并根据图像相应的相机参数投影到三维特征中，以循环的方式匹配并生成融合的体积特征，由3D-CNN网络转换为体素模型。...大多数三维重建方法使用由13个类别的44000个模型组成的ShapeNet数据集的子集，数据集中的二维图像由三维模型渲染合成。

3.9K00

由 Python2 和 Python3 中 socket.inet_aton() 实现不同引发的血案

也就是说 Python2.6 和 python3.4 中对于 socket.inet_aton(ip) 的实现是有差异的，查官方文档吧。...str，至于为什么用 gbk，是因为我对比了下，只有 gbk 编码方式解码后的输出才和 python2.6 中的 str 返回值结果一致。...和 Python3.4 中的实现也有差异，继续看文档。...依然是编码格式的问题，Python2.6 中参数传入的是 str，但是 Python3.4 中参数需要传入 bytes，那就继续转码吧。 再次转码后的代码如下： #!...，或者经验主义的去调用(上面例子的最后一步，其实我一开始不是用的 binascii，而是用的现成的 md5 转换函数，导致 encode() 成了 utf-8 格式，而浪费了不少时间去定位)； 解决问题过程中

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偏振镜光学原理和在机器视觉中的应用

这是因为我们所看到的自然光（如太阳光，灯光）是由许多光波串组成的。这些光波串中每一串都是偏振的，但是它们的偏振方向是随机的，不断变化着的。在我们的观察时间段里平均后，在任何一个方向上都没有优势。...园偏振镜是由一块线偏振镜和一块四分之一波片组成的。四分之一波片是用一种各向异性介质做成的。...前面说过，园偏振滤镜就是由线偏振镜加上一块四分之一波片组成的，而且，线偏振镜的偏振方向与四分之一 波片的O光（或E光）成45度的。 在风光摄影中，偏振镜确实有不可替代的用途。...偏振镜的使用方法 偏振镜通常由两个铁环组成，一个铁环可以安装在镜头的前方，拧紧后就不再运动，另一个则承载着一片玻璃，在铁环拧紧之后，它仍然可以自由旋转。...为了达到尽量完美的成像效果，光学设计师费了很大的功夫才终于减少了镜头里用到的玻璃片。这个改进的过程有时很漫长，比如花了十年，才终于把一枚原本由6片镜片组成的镜头减少到5片镜片。

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