所以题目中的“single-cell”并非真正意义上的单细胞数据，而是整合了GTEx中49种组织和EyeGEx视网膜组织的e/sQTL数据。
今天给大家介绍的是沙特阿卜杜拉国王科技大学(KAUST)高欣教授课题组（http://sfb.kaust.edu.sa）发表在Genome Biology的一篇文章，“Analysis of transcript-deleterious variants in Mendelian disorders: implications for RNA-based diagnostic“。在全外显子组测序(Whole-exome sequencing, WES) 后，至少有50%的疑似孟德尔疾病患者仍未确诊，而未被WES捕获的非编码变体在多大程度上导致了这个比例还不清楚。全转录组测序(RNA-seq)是一种很有前途的WES的补充，但关于RNA分析对孟德尔疾病诊断的大规模贡献的经验数据很少。在这个研究中，作者对疑似孟德尔疾病的5647个家族进行了研究，描述了关于“转录有害变异（transcript-deleterious variants，TDVs）”的经验，为即将实施的RNA-seq结合基因组测序的临床诊断提供了非常需要的经验数据。
变异测试在1970年被一个学生DickLipton提出，首次发现和公之于众。变异测试最初是为了定位揭示测试单元的弱点。这个理论是：如果一个边缘被引入，同时出现的行为（通常是输出）不受影响的情况下，那么这说明了：变异代码从没有被执行过（产生了过剩代码）或者测试单元无法定位错误。
当我们在处理Python字典时，有时候会遇到KeyError(0)的错误。这个错误通常发生在我们试图通过以下方式访问字典中的某个键的时候：dictionary[0]，其中 dictionary 是一个字典对象。
基于故障复盘的模式成本太高，单测被认为是一种形式，无法有效起到作用。我们希望能够主动创造问题来评估测试用例的有效性，并可以根据发现的问题改进我们的单测用例。
染色质重塑复合体本身不存在针对任何特殊靶位点的专一性，而必须由转录装置的一种成分招募。
然而，全体人类的基因变异体数量远超现有的探测技术，甚至仅仅是不同个体的蛋白质区编码也会展现出巨大的差异性。
在字典中访问值的传统方法是使用方括号表示法。这种语法将术语的名称嵌套在方括号中，如下所示。
今天为大家介绍的是来自Nilah Ioannidis的一篇讨论深度学习模型在基因序列应用的论文。基因组深度学习模型可以直接从DNA序列预测全基因组的表观遗传特征和基因表达水平。尽管当前的模型在从参考基因组预测不同细胞类型的基因表达水平方面表现良好，但它们在解释个体间由于顺式调控基因变异而导致的表达变异能力仍然未被充分探索。在这里，作者对四种最先进的模型进行了个体基因组与转录组数据配对的评估，发现在解释个体间表达变异方面的性能有限。
d = dict(((1,‘a’),(2,‘b’))) d {1: ‘a’, 2: ‘b’}
前言 Python 的数据类型有以下几种，数值类型这里就不再介绍了，本章主要介绍 List、Tuple、Dictionary、Set。 列表 List List 是一种有序的集合，可以随时添加和删除其中的元素。 创建 定义 List 只需要将元素用 [ ] 包含进来即可，元素之间用 , 分割。 1 classmates = ['Michael', 'Bob', 'Tracy'] 由于Python是动态语言，所以 List 中包含的元素并不要求都必须是同一种数据类型，我们完全可以在 List 中包含各种数
在Python中，可以通过异常处理机制来处理代码执行过程中出现的异常，避免程序崩溃或出现错误结果。Python中提供了许多内置的异常类型，常见的异常类型包括：
软件异常(Exception),是指当程序出现错误后程序的处理方法,异常机制提供了程序正常退出的安全通道.当出现错误后,程序执行的流程发生改变,程序的控制权转移到异常处理器,如序列的下标越界、打开不存在的文件、空引用异常等,当异常被引发时,如果没有代码处理该异常,异常将被 Python 接收处理,当异常发生时 Python 解释器将输出一些相关的信息井终止程序的运行,以确保程序不会出现终止执行的情况.
这个方法非常不起眼，用途狭窄，我几乎从未注意过它，然而，当发现它可能是上述“定律”的唯一例外情况时，我认为值得再写一篇文章来详细审视一下它。
参考 http://www.cnblogs.com/wupeiqi/articles/5017742.html
写了 Python 这么久，是不是对 LBYL 和 EAFP 这两个缩写还一无所知？先看一下它们的全称：
此错误可以参考 django 中文文档 其实就是在 request.Post/Get 时，提取的 Key 不存在导致的
大家好，这次分享的是苏黎世联邦理工大学系统与免疫学实验室Sai T. Reddy课题组发表在Natrue Biomedical Engineering上的一篇优化治疗抗体的文章，题目是Optimization of therapeutic antibodies by predicting antigen specificity from antibody sequence via deep learning。
我们在使用字典的时候，往往可能会出现调用的字典的关键词并不存在的情况，那么直接就会报错了。我们以前会使用if语句进行处理，来判断每一个关键词在调用之前，是否存在的判断。
这只是一些常见的错误异常，实际上Python还有很多其他的异常类型。在编写代码时，应该注意捕获和处理这些异常，以便更好地调试和处理错误。
本系列课程是针对无基础的，争取用简单明了的语言来讲解，学习前需要具备基本的电脑操作能力，准备一个已安装python环境的电脑。如果觉得好可以分享转发，有问题的地方也欢迎指出，在此先行谢过。
今天跟大家分享的是2020年3月发表在Nature(IF=43.07)杂志上的一篇文章Patterns of somatic structural variation in human cancer genomes。文章中作者解释了人类癌症基因组中体细胞结构变异的模式。
今天为大家介绍的是来自Eng-King Tan团队的一篇论文。咖啡因的摄入降低帕金森病（PD）的风险，但其与基因的相互作用尚不清楚。咖啡因与高PD风险人群中的基因变异相互作用对于健康具有重要意义。作者研究了咖啡因摄入与亚洲人中发现的基因变异的相互作用，并确定了携带这些变异的咖啡饮用者的PD风险估计。
如果key不存在，dkey会抛出一个KeyError类型的异常，这将导致python程序崩溃，这是非常令人烦恼的事情。
29 Jan 2018 python技巧分享（三） 这是一个系列文章，主要分享python的使用建议和技巧，每次分享3点，希望你能有所收获。 1 如何去掉list中重复元素 my_list = [3, 2, 1, 1, 2, 3] print my_list # [3, 2, 1, 1, 2, 3] unique_list = list(set(my_list)) print unique_list # [1, 2, 3] 或者 from collectio
以下是 Python 内置异常类的层次结构： BaseException +-- SystemExit +-- KeyboardInterrupt +-- GeneratorExit +-- Exception +-- StopIteration +-- ArithmeticError | +-- FloatingPointError | +-- OverflowError | +-- ZeroDivisionError +-- AssertionError +-- AttributeError +-- BufferError +-- EOFError +-- ImportError +-- LookupError | +-- IndexError | +-- KeyError +-- MemoryError +-- NameError | +-- UnboundLocalError +-- OSError | +-- BlockingIOError | +-- ChildProcessError | +-- ConnectionError | | +-- BrokenPipeError | | +-- ConnectionAbortedError | | +-- ConnectionRefusedError | | +-- ConnectionResetError | +-- FileExistsError | +-- FileNotFoundError | +-- InterruptedError | +-- IsADirectoryError | +-- NotADirectoryError | +-- PermissionError | +-- ProcessLookupError | +-- TimeoutError +-- ReferenceError +-- RuntimeError | +-- NotImplementedError +-- SyntaxError | +-- IndentationError | +-- TabError +-- SystemError +-- TypeError +-- ValueError | +-- UnicodeError | +-- UnicodeDecodeError | +-- UnicodeEncodeError | +-- UnicodeTranslateError +-- Warning +-- DeprecationWarning +-- PendingDeprecationWarning +-- RuntimeWarning +-- SyntaxWarning +-- UserWarning +-- FutureWarning +-- ImportWarning +-- UnicodeWarning +-- BytesWarning +-- ResourceWarning
AttributeError试图访问一个类中不存在的成员（包括：成员变量、属性和成员方法）而引发的异常
今天讨论 Python 编程风格，如何写出更加Pythonic的代码是本篇讨论的话题。
在编写程序时，可能会经常报出一些异常，很大一方面原因是自己的疏忽大意导致程序给出错误信息，另一方面是因为有些异常是程序运行时不可避免的，比如：在爬虫时可能有几个网页的结构不一致，这时两种结构的网页用同一套代码就会出错
上面那句话因为缺少冒号:，导致解释器无法解释，于是报错。这个报错行为是由Python的语法分析器完成的，并且检测到了错误所在文件和行号（File "<stdin>", line 1），还以向上箭头^标识错误位置（后面缺少:），最后显示错误类型。
今天为大家介绍的是来自Shiwei Sun, Peter Pak-Hang Cheung和 Xin Gao团队的一篇与SARS-CoV-2相关的论文。SARS-CoV-2的持续演变对公共卫生构成了重大威胁。由于庞大的序列空间，了解潜在的抗原变化具有重要意义，但也具有挑战性。在这里，作者引入了机器学习引导的抗原进化预测（MLAEP）方法，它结合了结构建模、多任务学习和遗传算法，通过体外定向进化模拟来预测病毒的适应性景观并探索抗原进化。通过分析现有的SARS-CoV-2变异，MLAEP准确地推断了抗原进化轨迹上的变异顺序，与相应的采样时间相关联。作者的方法在免疫功能受损的COVID-19患者和新出现的变异（如XBB1.5）中识别出了新的突变。
本文介绍一篇来自于苏黎世联邦理工学院的Joseph M. Taft在Cell上发表的工作——《Deep Mutational Learning Predicts ACE2 Binding and Antibody Escape to Combinatorial Mutations in the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain》。
我们在写python程序的时候经常会遇到一些报错信息(异常)，有一些可能是人为进行的定义，有一些则是python内置的一些异常信息，接下来我们来了解一下这些常见的异常一些，也能够在我们遇到问题的时候能够更好更快的定位到问题。
2、掌握raise和assert语句，会抛出自定义的异常，掌握with和as环境安装器的使用。
raise AttributeError(r"'Dict' has no attribute %s." % key)
来源：cold s world www.linuxzen.com/python-you-ya-de-cao-zuo-zi-dian.html
在编写程序时，可能会经常报出一些异常，很大一方面原因是自己的疏忽大意导致程序给出错误信息，另一方面是因为有些异常是程序运行时不可避免的，比如在爬虫时可能有几个网页的结构不一致，这时两种结构的网页用同一套代码就会出错，所以我们就需要捕获出现的异常，以防止程序因为错误信息而终止运行。
解决方法： 字符串切记要放在引号中，单引号双引号无所谓。当一个字符串中包含单引号或双引号时，很容易出现引号不配对的情况。
输出结果：0 1 2 3 4 5 6 7 [0, 1, 3, 4, 5, 6, 7]
在python中，如果引用的变量未定义，则会报告NameError: name '变量名' is not defined。
代码中的那一串标签代表的大脑区域共同组成了brain structure，这里的示例分析相当于把它当成了结局，也就是a的分析过程。当我们把b和c都跑完，这篇文献的思路就明了了。
在本文中，我将向您展示Python中最常见的5个特性。有经验的Python开发人员可能认识其中一些。然而，这对其他人仍将是未知的。
工具变量（IV）技术是可用于估算因果效应的几种方法之一，而无需完全了解所有可能影响暴露-结局关系的混杂因素。在这一期中，我们继续回顾和讨论IV的特性，并探讨实际研究中的IV假设是如何被违背的。
Python 中的字典是Python中一个键值映射的数据结构,下面介绍一下如何优雅的操作字典.
cmd /k C:WindowsMicrosoft.NETFramework64v4.0.30319csc.exe /out:"$(CURRENT_DIRECTORY)$(NAME_PART)" "$(FULL_CURRENT_PATH)" & PAUSE & EXIT //notepad c#编译 cmd /k C:WindowsMicrosoft.NETFramework64v4.0.30319csc.exe /out:"$(CURRENT_DIRECTORY)$(NAME_PART).e
前面简单介绍了Python字典，以及如何创建字典。今天我们来聊聊如何获取字典中的值。python中有两种方法来获取字典中的值——get() 方法和 [key] 方法，今天我们来简单对比一下这两种方法。我们还是拿上次的car来举例子。
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