首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

Pytorch geometric:如何解释以下代码片段中的输入?

这段代码片段是PyTorch Geometric库的一部分,用于处理图数据

代码语言:javascript
复制
from torch_geometric.datasets import Planetoid
dataset = Planetoid(root='/tmp/Cora', name='Cora')
data = dataset[0]

现在,让我们详细解释此代码片段中的输入:

  1. 导入库:
代码语言:javascript
复制
from torch_geometric.datasets import Planetoid

这行代码导入了Planetoid类,它是PyTorch Geometric库中的一个类,用于下载和处理Planetoid数据集。

  1. 创建Planetoid实例:
代码语言:javascript
复制
dataset = Planetoid(root='/tmp/Cora', name='Cora')

这行代码创建了一个Planetoid实例。root参数指定了数据集下载和存储的路径,这里是/tmp/Coraname参数指定了要下载的数据集名称,这里是Cora。Planetoid数据集包含了关于论文引用网络的信息,其中节点表示论文,边表示论文之间的引用关系。

  1. 加载数据:
代码语言:javascript
复制
data = dataset[0]

这行代码从Planetoid实例中加载数据。dataset[0]表示加载数据集中的第一个数据。在这个例子中,它加载了Cora数据集的第一个分割(通常是训练集)。

现在,让我们看看data对象包含哪些属性:

  • data.x:节点特征矩阵,形状为(num_nodes, num_features)
  • data.edge_index:边的索引矩阵,形状为(2, num_edges),表示边的连接关系。
  • data.y:节点标签向量,形状为(num_nodes,)
  • data.train_maskdata.val_maskdata.test_mask:布尔类型的掩码向量,分别表示训练集、验证集和测试集中的节点。

这些属性可以用于训练图神经网络模型,例如Graph Convolutional Networks(GCN)等。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

如何在50行以下的Python代码中创建Web爬虫

有兴趣了解Google,Bing或Yahoo的工作方式吗?想知道抓取网络需要什么,以及简单的网络抓取工具是什么样的?在不到50行的Python(版本3)代码中,这是一个简单的Web爬虫!...(带有注释的完整源代码位于本文的底部)。 ? image 让我们看看它是如何运行的。请注意,您输入起始网站,要查找的单词以及要搜索的最大页数。 ? image 好的,但它是如何运作的?...这个特殊的机器人不检查任何多媒体,而只是寻找代码中描述的“text / html”。每次访问网页时网页 它收集两组数据:所有的文本页面上,所有的链接页面上。...一次又一次地重复这个过程,直到机器人找到了这个单词或者已经进入了你在spider()函数中输入的限制。 这是谷歌的工作方式吗? 有点。...以下代码应完全适用于Python 3.x. 它是在2011年9月使用Python 3.2.2编写和测试的。继续将其复制并粘贴到您的Python IDE中并运行或修改它!

3.2K20

GraphDTA论文代码复现

论文地址:https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa921 论文就不多过介绍了: 网络结构: 药物分子是smlies分子式为输入,蛋白质的输入是以蛋白质序列为输入...://pytorch-geometric.com/whl/torch-1.4.0.html pip install torch-cluster==latest+cu101 -f https://pytorch-geometric.com...这一步很顺畅 然后下一步就是模型的训练: python training.py 0 0 0 这里解释一下这三个参数,都是0,读者可能好奇这是什么意思,那我们来解释一下: 其中第一个参数是数据集索引,...请注意,您的实际 CUDA 名称可能与上述名称不同,因此请相应修改以下代码: 所以我们这里三个0代表了我们使用davis数据集并且使用的是图同构卷积层,并且使用我本机的第一块cuda显卡 输入指令然后开始训练...我们更focus的是如何将smiles分子式转化成图数据结构: 通过学习代码,可以看到作者是使用rdkit的chem库来实现这一点的: def smile_to_graph(smile): mol

32810
  • PyG 官方教程 | 开箱即用的图神经网络解释框架

    解释在实际机器学习应用程序中的重要性怎么强调都不为过。它们有助于在模型中建立信任和透明度,因为用户可以更好地理解预测是如何进行的以及影响它们的因素。.../tree/master/torch_geometric/explain/metric) 要了解它们是如何组合在一起的,让我们看一下下图: PyG 可解释性框架的高级概述 用户提供解释设置,以及需要解释的模型和数据...我们对数据中从输入到输出的现象感兴趣。在这种情况下,标签用作解释的目标。 explanation_type="model" 旨在为所提供的模型提供事后解释。...此实现与现有代码很好地集成以支持大多数解释配置。...(https://github.com/pyg-team/pytorch_geometric/tree/master/test/explain) 这是 PyG中可解释性的旋风之旅。

    3.3K12

    图神经网络06-基于Graph的传统机器学习方法

    4.3 Data对象 PyTorch Geometric中的每个图形都由单个[Data](https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/modules...得出这样的结论,即GNN引入了强烈的节点偏差,从而导致在输入图中彼此靠近的节点具有相似的嵌入。...让我们看一个示例,该示例如何基于对图中4四种节点的社区分配(每个社区一个)的知识来训练我们的网络参数: 由于模型中的所有内容都是可区分的和参数化的,因此我们可以添加一些标签,训练模型并观察嵌入如何反应。...否则,PyTorch文档会提供[有关如何在PyTorch中训练神经网络的很好的介绍](https://pytorch.org/tutorials/beginner/blitz/cifar10_tutorial.html...现在让我们开始训练,看看我们的节点嵌入随时间如何演变(最好是显式地运行代码,打印出模型的训练效果): import time from IPython.display import Javascript

    78720

    图神经网络的可解释性方法介绍和GNNExplainer解释预测的代码示例(附代码)

    来源:DeepHub IMBA本文约3800字,建议阅读7分钟本文使用pytorch-geometric实现的GNNExplainer作为示例。...所以本文探讨以下5方面: GNN 需要可解释性 解释 GNN 预测的挑战 不同的 GNN 解释方 GNNExplainer的直观解释 使用 GNNExplainer 解释节点分类和图分类的实现 图卷积神经网络...消息游走可以更好地了解 GNN 做出预测的原因,但这与图像和文本相比更具有挑战性。 GNN 解释方法 图可解释性需要回答以下问题: 哪些输入边更关键,对预测贡献最大? 哪些输入节点更重要?...GNNExplainer 学习边和节点特征的软掩码,然后通过掩码的优化来解释预测。 GNNExplainer 会获取输入图并识别紧凑的子图结构和在预测中起关键作用的一小部分节点特征。...本文使用的是pytorch-geometric实现的GNNExplainer作为示例。

    1K10

    使用 PyTorch Geometric 在 Cora 数据集上训练图卷积网络GCN

    已经有很多学习有关图机器学习的相关理论和材料,特别是图神经网络,所以本文将避免在这里解释这些内容。如果你对该方面不太熟悉,推荐先看下CS224W,这会对你的入门有很大的帮助。...我们使用 Glorot & Bengio (2010) 中描述的初始化来初始化权重,并相应地(行)归一化输入特征向量。...Geometric 文档中的实现,甚至是 Thomas Kipf 在该框架中的实现,就会发现有一些不一致的地方(例如有两个 dropout 层)。...实际上这是因为这两个都不完全与 TensorFlow 中的原始实现相同,所以我们这里不考虑原始实现,只使用PyTorch Geometric提供的模型。...这里的一些代码已被注释掉并且未真正使用,这是因为它尝试将 L2 正则化仅应用于原始实现中的第一层。

    2K70

    2022-11-13:以下go语言代码中,如何获取结构体列表以及结构体内的指针方法列表?以下代码应该返回{S1:[M1,

    2022-11-13:以下go语言代码中,如何获取结构体列表以及结构体内的指针方法列表?...以下代码应该返回{"S1":["M1","M2"],"S2":[],"S3":["M1","M3"]},顺序不限。S1的M3方法不是指针方法,S3的M2方法也不是指针方法,所以不能输出。...this *S3) M1() {} func (this S3) M2() {} func (this *S3) M3() {} 答案2022-11-14: 这道题有人说用反射,实际上反射是无法解决这个问题的,...要解析rust的代码,go/ast、go/parser、go/token,要用到这三个包。 使用场景是写框架。 代码用go语言编写。...代码如下: package main import ( "encoding/json" "fmt" "go/ast" "go/parser" "go/token" ) const

    1.1K20

    图神经网络的可解释性方法介绍和GNNExplainer解释预测的代码示例

    所以本文探讨以下5方面 GNN 需要可解释性 解释 GNN 预测的挑战 不同的 GNN 解释方 GNNExplainer的直观解释 使用 GNNExplainer 解释节点分类和图分类的实现 图卷积神经网络...消息游走可以更好地了解 GNN 做出预测的原因,但这与图像和文本相比更具有挑战性。 GNN 解释方法 图可解释性需要回答以下问题: 哪些输入边更关键,对预测贡献最大? 哪些输入节点更重要?...GNNExplainer 学习边和节点特征的软掩码,然后通过掩码的优化来解释预测。 GNNExplainer 会获取输入图并识别紧凑的子图结构和在预测中起关键作用的一小部分节点特征。...GNNExplainer 示例 explain_node() 学习并返回一个节点特征掩码和一个边缘掩码,它们在解释 GNN 对节点分类所做的预测中起着至关重要的作用。...本文使用的是pytorch-geometric实现的GNNExplainer作为示例,有兴趣了解的话可以查看其官方文档 https://pytorch-geometric.readthedocs.io/

    1.4K10

    2022-11-12:以下rust语言代码中,结构体S实现了crate::T1::T2的方法,如何获取方法列表?以下代码应该返回

    2022-11-12:以下rust语言代码中,结构体S实现了crate::T1::T2的方法,如何获取方法列表?以下代码应该返回"m1","m2","m5",顺序不限。...m3是S的方法,但并不属于crate::T1::T2的。m4也是S的方法,但这是实现T3的,也不属于crate::T1::T2的。...for S { fn m4(&mut self){}}impl crate::T1::T2 for S { fn m5(&mut self){}}答案2022-11-12:要解析rust的代码...代码如下:// main.rs文件内容如下:use quote::quote;use std::collections::HashSet;use std::error::Error;use syn::spanned...//visit::visit_impl_item_method(self, node); }}// 遍历服务的实现pub struct ImplVisitor { // 接口名 pub

    87210

    机器学习——图神经网络

    本文将深入探讨图神经网络的基本概念、主要模型及其应用,并通过代码示例展示如何从头实现一个 GNN。 1. 图神经网络基础 1.1 什么是图?...下面是使用 PyTorch 和 PyTorch Geometric 实现 GCN 的示例代码: import torch import torch.nn.functional as F from torch_geometric.nn...以下代码展示了如何实现一个简单的 GAT 模型: from torch_geometric.nn import GATConv class GAT(torch.nn.Module): def...以下是实现 GAE 的示例代码: from torch_geometric.nn import GCNConv, VGAE class Encoder(torch.nn.Module): def...动态图神经网络:现实世界中的图通常是动态变化的,例如社交网络中的好友关系,研究动态 GNN 是一个重要的方向。 可解释性:增强 GNN 的可解释性,帮助人们更好地理解 GNN 的决策过程。 7.

    62110

    2022-11-13:以下go语言代码中,如何获取结构体列表以及结构体内的指针方法列表?以下代码应该返回{“S1“:,“S2“:[],“S

    2022-11-13:以下go语言代码中,如何获取结构体列表以及结构体内的指针方法列表?以下代码应该返回{"S1":"M1","M2","S2":[],"S3":"M1","M3"},顺序不限。...S1的M3方法不是指针方法,S3的M2方法也不是指针方法,所以不能输出。...(this *S3) M1() {}func (this S3) M2() {}func (this *S3) M3() {}答案2022-11-13:这道题有人说用反射,实际上反射是无法解决这个问题的,...要解析rust的代码,go/ast、go/parser、go/token,要用到这三个包。使用场景是写框架。代码用go语言编写。...代码如下:package mainimport ("encoding/json""fmt""go/ast""go/parser""go/token")const content = `package maintype

    1.2K10

    CRSLab: 可能是最适合你的对话推荐系统开源库

    随着对话系统和推荐系统的快速发展,新方向——对话推荐系统(Conversational Recommender System,简称CRS)也开始了蓬勃发展,其关注于如何通过基于自然语言的对话来获得用户的意图和偏好...自动评测的一条龙服务,相关代码和对应论文目前也已经开源。...目前为止,我们支持以下几大功能,还有更多好玩的功能正在路上!...提醒:因为用户可能会因为未正确配置PyTorch,PyTorch Geometric等环境而导致无法使用,这里我们提供了详细的从零开始的安装流程,确保大家能够顺利安装。...比如,对于 PyTorch 1.6.0 和 CUDA 10.1,输入: pip install torch-scatter -f https://pytorch-geometric.com/whl/torch

    1.3K10

    比DGL快14倍:PyTorch图神经网络库PyG上线了

    PyTorch Geometric是基于PyTorch构建的深度学习库,用于处理不规则结构化输入数据(如图、点云、流形)。...通过利用稀疏 GPU 加速、提供专用的 CUDA 内核以及为不同大小的输入样本引入高效的小批量处理,PyTorch Geometric 实现了很高的数据吞吐量。...简单易用 PyTorch Geometric大大简化了实现图卷积网络的过程。比如,它可以用以下几行代码实现一个层(如edge convolution layer): ?...已实现方法多 PyTorch Geometric 目前已实现以下方法,所有实现方法均支持 CPU 和 GPU 计算: ? ?...实践中,r 和 ? 的逐元素计算可以通过收集和散射节点特征、利用广播来实现,如图1所示。尽管该方案处理的是不规则结构化输入,但它依然可以通过GPU实现大幅加速。 ? 图 1:GNN 层计算方法。

    1.3K30

    比DGL快14倍:PyTorch图神经网络库PyG上线了

    PyTorch Geometric是基于PyTorch构建的深度学习库,用于处理不规则结构化输入数据(如图、点云、流形)。...通过利用稀疏 GPU 加速、提供专用的 CUDA 内核以及为不同大小的输入样本引入高效的小批量处理,PyTorch Geometric 实现了很高的数据吞吐量。...简单易用 PyTorch Geometric大大简化了实现图卷积网络的过程。比如,它可以用以下几行代码实现一个层(如edge convolution layer): ?...已实现方法多 PyTorch Geometric 目前已实现以下方法,所有实现方法均支持 CPU 和 GPU 计算: ? ?...实践中,r 和 ? 的逐元素计算可以通过收集和散射节点特征、利用广播来实现,如图1所示。尽管该方案处理的是不规则结构化输入,但它依然可以通过GPU实现大幅加速。 ? 图 1:GNN 层计算方法。

    1.4K20

    使用Pytorch Geometric 进行链接预测代码示例

    为批处理准备专用的图数据加载器。在Torch Geometric中构建一个模型,使用PyTorch Lightning进行训练,并检查模型的性能。...库准备 Torch 这个就不用多介绍了 Torch Geometric 图形神经网络的主要库,也是本文介绍的重点 PyTorch Lightning 用于训练、调优和验证模型。...一般来说,负采样会创建“假”样本(在我们的例子中是节点之间的链接),因此模型学习如何区分真实和虚假的链接。负抽样基于抽样的理论和数学,具有一些很好的统计性质。 首先:让我们创建一个链接拆分对象。...PyG有一些专门的数据加载器类,它们负责正确地生成批处理。我们将使用:tg.loader.LinkNeighborLoader,它接受以下输入: 要批量加载的数据(图)。...当然这只是一个为了演示使用的小型数据集。 总结 图神经网络尽管看起来很复杂,但是PyTorch Geometric为我们提供了一个很好的解决方案。

    63310

    比DGL快14倍:PyTorch图神经网络库PyG上线了

    机器之心编译 项目链接:https://github.com/rusty1s/pytorch_geometric ?...PyTorch Geometric 主要是现有模型快速重新实现的集合,其自定义稀疏/分散操作也非常方便。基于PyTorch构建,用于处理不规则结构化输入数据(如图、点云、流形)。...通过利用稀疏 GPU 加速、提供专用的 CUDA 内核以及为不同大小的输入样本引入高效的小批量处理,PyTorch Geometric 实现了很高的数据吞吐量。...简单易用 大大简化了实现图卷积网络的过程。比如,它可以用以下几行代码实现一个层(如edge convolution layer): ?...但是,实现GNN并不容易,因为它需要在不同大小的高度稀疏与不规则数据上实现较高的GPU吞吐量。PyTorch Geometric (PyG) 是基于Pytorch构建的几何深度学习扩展库。

    92540

    【教程】PyG入门,初步尝试运行第一行GNN代码

    我们只是针对每一类的一个节点进行训练,但允许我们使用完整的输入图数据。         训练我们的模型与任何其他PyTorch模型非常相似。...否则,PyTorch文档提供了一个关于如何在PyTorch中训练神经网络的良好介绍。         请注意,我们的半监督学习方案是由以下一行实现的。...现在让我们开始训练,看看我们的节点嵌入是如何随时间演变的(最好是通过明确地运行代码来体验)。...此外,我们只用了几行代码就完成了这一切,这要感谢PyTorch的PyG库,它在数据处理和GNN的实现方面帮助了我们。...总结         对GNN和PyTorch Geometric世界的第一次介绍到此结束。在后续课程中,你将学习如何在一些真实世界的图数据集上实现最先进的分类结果。

    1.5K40

    图神经网络框架-PyTorch Geometric(PyG)的使用及踩坑

    01 PyG的使用 PyG(PyTorch Geometric)是一个基于PyTorch的图神经网络框架,建议先了解PyTorch的使用再学习PyG,要不然看不懂,关于PyTorch的使用可以看 https...://zhuanlan.zhihu.com/p/369496930 PyG包含图神经网络训练中的数据集处理、多GPU训练、多个经典的图神经网络模型、多个常用的图神经网络训练数据集而且支持自建数据集,主要包含以下几个模块...,导入的data(这个data指的是你导入的具体数据,不是前面那个torch_geometric.data)在PyG中会包含以下属性 data.x:图节点的属性信息,比如社交网络中每个用户是一个节点,这个...如果我们想要控制PyG如何组合一个batch中的数据,我们需要自己重写torch_geometric.data.Data..../graphgym.html(感觉还是自己动手搭吧,不用封装) 1.8 PyG中包含的常用卷积层 PyG中包含多个经典图神经网络论文中的卷积层 我会给出一部分卷积层论文和源代码的解读

    4.3K21
    领券