之前使用ggplot2作图遇到的问题，如果图片中的文本包含罗马字符，输出为pdf的时候就显示不出来 简单的代码 library(ggplot2) ggplot()+ #geom_point(aes(...导出为pdf格式的时候 image.png 罗马数字就是显示不出来 windows10 下的字符映射表 win+R快捷键 输入 charmap image.png 今天发现了解决办法，今天的推文在这里介绍给大家...所以使用Rstudio，用ggplot2作图的时候如果问题标签里含有罗马数字，我们必须制定文本的字体是Times New Roman，R语言里对应的字体代码是serif 比如以下代码 library(...文件以后制定字体的就可以显示正常 image.png 这个显示不正常的也可以通过手动修改字体的形式让他显示正常 image.png 你也可以试下如下的代码 library(ggplot2) dat...(file = "abc.pdf",width = 8,height = 4, family = "serif") ggplot(data=dat)+ #geom_point(aes(x=1
温故知新 R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言 - 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化 热图美化 上一期的绘图命令中，最后一行的操作抹去了之前设定的横轴标记的旋转...实际应用中，异常值的出现会毁掉一张热图，如下是一个例子。...(aes(fill=value)) + scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") p dev.off() 输出的结果是这个样子的 图中只有右上角可以看到红色...如果想保持图中每一行的顺序与输入的数据框一致，需要设置因子的水平。...这也是ggplot2中调整图例或横纵轴字符顺序的常用方式。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...<- function() { mpg_drv_summary() + default_theme() } 测试ggplot2输出 我们建议使用vdiffr[5]测试ggplot2的输出，这是一个管理可视化测试案例的工具...如果ggplot2或者你代码的改变对可视化输出引入了改变，当你在本地或者Travis运行测试时会失败。
最初的想法是左侧的颜色条用堆积柱形图来实现，又看了一遍Y叔公众号关于aplot这个包的推文，发现他是用geom_tile()函数实现的，仔细想想还是geom_tile()函数实现起来比较方便。...首先解决昨天的遗留问题：ggplot2画图添加文字内容的时候如何添加下划线 非常感谢下面这位的留言 文本添加下划线的小例子 df<-data.frame(A=1:10, B...首先是准备热图的数据 如何画这个热图昨天的推文已经介绍过了，点击下方蓝色字可以直达昨天的推文 R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子 接下来是准备分组颜色条的数据 下面是画这个颜色条...(df2$y)) ggplot(df2,aes(x=x,y=y))+ geom_tile(aes(fill=group))+ scale_x_continuous(expand = c(0,0)...接下来是模仿文章开头，拼接三个热图 p3<-p1+ theme(axis.text.y = element_blank()) pdf(file = "123.pdf",width = 12) p1%
热图美化 上一期的绘图命令中，最后一行的操作抹去了之前设定的横轴标记的旋转，最后出来的图比较难看。...实际应用中，异常值的出现会毁掉一张热图，如下是一个例子。...(aes(fill=value)) + scale_fill_gradient(low = "white", high = "red") p dev.off() 输出的结果是这个样子的 ?...，也就是值全都一致的行 data 的顺序或列 如果想保持图中每一行的顺序与输入的数据框一致，需要设置因子的水平。这也是ggplot2中调整图例或横纵轴字符顺序的常用方式。
本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。...上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门，后面的命令都可以拷贝到Rstudio中运行，或写成一个R脚本，使用Rscript heatmap.r运行。...p geom_tile(aes(fill=value)) # ggplot2为图层绘制，一层层添加，存储在p中，在输出p的内容时才会出图。...p ## 如果你没有使用Rstudio或其它R图形版工具，而是在远程登录的服务器上运行的交互式R，需要输入下面的语句，获得输出图形 （图形存储于R的工作目录下的Rplots.pdf文件中）。...，以获得不同的输出格式 # colormode支持srgb （屏幕）和cmyk （打印，部分杂志需要，看上去有点褪色的感觉）格式 ggsave(p, filename="heatmap.pdf", width
这一篇我们进行多样本的细胞类型共定位分析。但是要注意，这里的多样本指水平重复的空间样本， 不同组（例如疾病与对照）之间共定位要分开做的。...= "Intermediate\nlesion") %>% ggplot(aes(x = Target, y = Predictor, fill = mean_importance)) + geom_tile...%>% pull(target)cells_R2_tile ggplot(R2_data, aes(x = factor(target,..._box ggplot(R2_data, aes(x = factor(target, levels =...NA, size=1)) + ylab("Explained variance") + xlab("")#Summary plotspdf("Misty_importance_Cell_Types.pdf
今天跟大家分享的是ggplot图表中的一类重要元素——线条。...R语言中ggplot函数系统中涉及到线条的地方有很多，最常见的场景就是我们做geom_line()（折线图）、geom_path（）(路径图),以及图表的绘图区（panel）、图表区、网格系统（grid...今天以一个折线图为例，简要说明ggplot函数中关于线条的主要参数及其效果。...我们使用过ggplot内内置数据集验证我们的猜想。...除了折线图（以及路径图，等图层中的线条之外），在theme系统中存在大量的关于线条的属性设置(网格系统、图表边框、轴线、图例系统)，均可以参照以上参数进行设置。
Chapter 8 R语言ggplot2热图 今天下午7点到9点直播讲解如下代码，腾讯会议，感兴趣的参加，给推文打赏10元获取腾讯会议直播链接 8.1 pheatmap热图 R语言里做热图最快捷的方式是用...pheatmap这个R包,优点是用非常少的代码就可以出一个比较好看的图，缺点是细节修改不是很方便，比如要用热图展示基因表达量的数据，准备数据的格式如下 pheatmap不是R语言自带的R包，第一次使用需要先安装...一个点是热图数据通常需要把第一列的基因名作为整个数据的行名，但是读取excel的函数好像没有指定列为行名的函数，当然可以将数据集读取进来以后再进行转换，另外一种方式就是把数据另存为csv格式，然后用读取...ggplot2也有直接做热图的函数 geom_tile(),ggplot2做热图可能代码稍微繁琐，但是优点是细节调整方便，基本上所有的细节都可以用代码来调整 ggplot2做热图还需要掌握的一个知识点是...R语言里提供了长宽格式数据互相转化的函数，这里我以tidyverse这个R包里的函数作为介绍，tidyverse主要是用来在数据处理的，也不是R语言自带的R包，需要运行安装命令install.packages
假设 是在点 处的数值，等值线是在二维数据场中满足 的空间点集按一定的顺序连接而成的线。...含义：转换前第一行在转换后第一列为1，对应位置在第二列，第三列是对应值。 ? ? >> 设置颜色调色盘，以后详细讲解。...包中的geom_tile()或者geom_raster()绘制热 力分布图。...这里使用geom_tile()进行演示，将三维数据(x,y,z)中(x,y)表示位置信息，z映射到颜色。这里的scale_fill_gradientn()将颜色填充呈n个梯度。...本篇视为《R语言数据可视化之美》学习笔记，并进行函数详细介绍与解释，其他可视化图可参考在菜单命令中搜索得到。对应代码与相关数据，请在我的github中获取（文末原文）。
有时候我们想提取PDF中的文本不得不借助一些转化软件，本次教程给大家介绍一下如何简单从pdf文件中提取文本的R包。 安装R包： install.packages("pdftools")。...当然如果在Windows以外的环境安装需要部署 poppler 环境。...读取文本的命令： txt=pdf_txt(“文件路径”)。 获取每页的内容，命令：txt[n] 获取第n页的内容。 获取pdf文件目录： doc=pdf_toc(“文件路径”)。...当然doc变量中的目录还不是标准化的格式，那么我们需要一个通用json格式，需要安装R包jsoblite。...也就拿到了文档的整个目录。 综上步骤，我们便可以随便获取任意章节的任意内容。那么接下来就是对这些文字的应用，各位集思广益吧。
associated with human height https://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y s41586-022-05275-y.pdf...代码没有公开，但是作图数据基本都公开了，争取把每个图都重复一遍 今天的推文重复论文中的extended Figure8 热图 image.png 这里是三个热图，我们做三个图，然后将3个图拼接到一起...论文中提供的数据如下 image.png 作图的话需要对数据进行简单的整理，比如第一个图的数据 image.png 加载需要用到的R包 library(readxl) library(tidyverse..."" ), value=round(value,2), x=str_replace(x,"\\(","\n"), x=str_replace(x,"\\)","")) %>% ggplot...(aes(x=x,y=y))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_gradient2(low="blue",
今天跟大家分享ggplot图表系统中形状。 在ggplot函数系统中，形状是一类重要的映射属性，如同颜色一样，它可以被赋予给变量，当然也可以直接指定实际的形状类别。...以上函数通过一个简单的折线图+散点图的形式展现了默认状态下输出的散点形状。...ggplot函数的图层理念中，修改局部图层的元素，需要在局部图层内进行设定，这里需要在geom_point（）函数内部进行形状设定。 R绘图系统中存储着的形状符号多达25种： ?...作用于单个图层的映射属性要放在对应图层中，（比如作用于线条的属性要放在geom_line()内，作用于形状的属性要放在geom_point()内）,作用于全局的属性要放在全局系统函数层内【ggplot（...（比如本例中同时作用于折线图和散点图的数据集、x轴y轴变量以及分组变量等） 以上是个人学习ggplot函数过程中所获得的一些体会和心得，希望能够帮助大家在学习R语言可视化过程中少走一些弯路，限于个人能力和水平
Date : [[2022-01-03_Mon]] Tags : #R/index/02 #R/R可视化 #R/R数据科学 #R/R包 参考： R中的图片注释神包aplot - 简书 (jianshu.com...在[[88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案]] 中，我们刚刚介绍了aplot 这种天然适合注释图的解决方案。 这里来实际上手操作一下。...给注释图添加文本 其实就是借助[[66-R可视化10-自由的在ggplot上添加文本（柱状图加计数）]] 的geom_text 手动添加。...如果你并不在乎对齐，暴力的patchwork 其实也非常方便了：[[88-R可视化20-R的几种基于ggplot的拼图解决方案]] 只是这里存在一个硬伤：因为是两个独立的ggplot 对象，因此注释图中的背景主题存在被我们...参考资料 [1]R中的图片注释神包aplot - 简书 (jianshu.com): https://www.jianshu.com/p/904166e52ea1
但是感觉R语言里应该有现成的包来做这幅图。这幅图和ggplot2做的热图有点像。试着用ggplot2来实现这张图。...通常用ggplot2做热图会用geom_tile()函数 首先是geom_tile()函数的一个例子 参考 https://www.r-bloggers.com/how-to-make-a-simple-heatmap-in-ggplot2...=sample(c("Yes","No"),100,replace = T)) head(df1) p1ggplot(df1,aes(x=A,y=B))+ geom_tile(aes(fill=...接下来调整图片的一些细节：去掉x轴的文字标签；去掉x轴和y轴的小短线；去掉边框 p1ggplot(df1,aes(x=A,y=B))+ geom_tile(aes(fill=D))+ scale_y_discrete...每个单独的小图有些高，可以输出图片时压缩整体的高 p1.2<-p1+theme(plot.margin = unit(c(0,-0.3,-0.3,-0.3),'cm')) p2.2<-p2+theme(
(aes(x=x,y=y))+ geom_tile(aes(fill=perID_by_events)) 把这个图旋转90度，参考 公众号推文 矩形旋转问题之风波再起（老俊俊的生信笔记）这里用到了一个函数...getRotatedPolygon 把原始数据进行转换（这里转换的逻辑我暂时还没想明白），这个函数来源于R包BioSeqUtils，我安装这个R包的时候遇到报错，DescTools 这个R包一直没有安装成功...不按照这个R包，把这个函数单独复制出来也可以用 https://github.com/junjunlab/BioSeqUtils/blob/master/R/createGraphFuncs.R getRotatedPolygon...(aes(x=x,y=y))+ geom_tile(aes(fill=value)) 这个图里有很多0，最深蓝色的位置都是0，可以把这些0全部过滤掉 dfr pdf",width = 10,height = 10) ggplot() + geom_polygon(data=new.df.polygon_coods,
，自己这个伪球迷也来了解一下足球世界杯的相关知识。...R语言后可以用代码再次替换成图例的文本 三个图的作图代码是一样的，只是需要换一下数据就可以了 第一个图 library(readxl) library(ggplot2) library(tidyverse...()+ geom_tile(data=new.dat01, aes(y=year,x=country,fill=`Best Achievement`),...Winner'='#fde624'))+ ggtitle("Other")+ coord_equal() -> p3 p3 image.png 最后是拼图 library(patchwork) pdf...(file = "worldcup1982-2018.pdf", width = 9.4,height = 4,family = "serif") p1+p2+theme(axis.text.y
image.png 之前的推文已经介绍过 上半部分的基因结果的画法， 今天的推文介绍下半部分SNP位点的碱基类型的实现办法，背景颜色这里借助的是ggplot2包中的geom_tile()函数；表示碱基的文本借助的是...，使用ggbio这个包做的图可以继续使用ggplot2的函数叠加，但是如果使用ggplot2的拼图方式却不行。...使用ggbio这个包做的图也不能使用ggsave()函数保存 上半部分具体的数据格式可以参考之前的推文 跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图 下半部分的数据格式 ?...第五列是碱基的分类 A代表 变异的碱基，R是参考序列的碱基 第一步是加载需要用到的R包 library(ggh4x) library(ggplot2) library(ggbio) library(GenomicRanges...，后面争取出视频内容进行介绍 最后是画图代码 pdf(file = "NG/waxy-2.pdf",width = 12,height = 4) autoplot(waxy,aes(fill=group
首先是示例数据 image.png 使用R语言的ggplot2做一个热图 #install.packages("see") df<-read.csv("20210809_example.csv") library...(ggplot2) library(see) ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+ scale_fill_social_c...() image.png 增加y轴的上下空白 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value))+...这个有啥用，其中一个用途是画环状热图的时候可以增加中间的空白区域 比如默认环状热图 ggplot(data=df,aes(x=gene_name,y=variable))+ geom_tile(aes...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
library(ggplot2) library(tidyverse) library(reshape2) library(RColorBrewer) clinical.df=data.frame(...画方块图之前，需要将宽数据转换为长数据，使用到reshape2中的melt函数 clinical.df2=melt(clinical.df,id="patient") # head(clinical.df2...，表示颜色的字符串都是通过R包RColorBrewer查询的，可以参考我之前的一篇笔记：ColorBrewer配色方案 cols=c( "level1"="#E5F5E0","level2"="#A1D99B...(aes(x=patient,y=variable))+ geom_tile(aes(fill=value),color="white",size=1)+ #color和size分别指定方块边线的颜色和粗细...",device = "pdf",width = 21,height = 7,units = "cm") 图中右侧的图例并不是我们想要的，这时还需要用AI稍微编辑一下。
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