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R语言：以多列标准筛选特定行

问题提出 在data.table语句中，i是用来进行行选择的重要组成部分，很多情况下我们都需要以很多列的同一个特殊值进行行的选择，大多数情况下，我们可能会针对所有的变量逐一写出条件，例如a==1&b==...这是一个病例数据，包含多个患者的诊断的时间，以及多个诊断的结果，在这里读者便提出，需要在所有这些诊断结果里面筛选出所有出现过醛固酮，但不包括继发性醛固酮的所有行。...那么在这里求每一行的均值，只要出现了醛固酮，那就会至少出现一个TRUE，那么行的均值就肯定大于零，所以就将出现了醛固酮的行全都标记出来了，同理可得下面这行代码： rowMeans(clinic[, 31...= "继发性醛固酮") == 1 标记出了所有没有出现继发性醛固酮的行。...大猫的R语言课堂 我是大猫，一个高中读文科但却在代码、数学的路上狂奔不止的Finance Ph. D Candidate。 我是村长，一个玩了9年指弹吉他，却被代码深深吸引的博士候选人。

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用R来拼图和排版，告别AI和PS(二)：调节宽度和高度

#加载ggplot2和patchwork library(ggplot2) library(patchwork) #图A 散点图 p1 <- ggplot(mtcars) + geom_point...接下来我们就来看看，四张图，两行两列排布，我们来改变宽度。...调节高度 如果你搞清楚了宽度的调节，那么高度的调节就很容易理解了 p1/p2+plot_layout(heights = c(2, 1)) 来看看两行两列的时候，改变高度是什么效果 p1+p2+p3...附加题，综合使用 最后我们来总结一下今天的所有知识点，来个复杂点的，先来看下效果 然后我们来看代码 ( (plot_spacer()/p1/plot_spacer()+ plot_layout...而第二列又分为两行，图B为一行，图C和图D拼成第二行。 今天的分享就先到这里，后面会给大家介绍更复杂的排版方式，敬请期待！ 参考资料： 用R来拼图和排版，告别AI和PS(一)

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【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比

好不容易算好的每个样本中检测到的微生物的百分比含量 发现前面两行一个是没有分类的类型，另外一个是无法比对到微生物物种上的。这两行需要删掉，这样每个样本中微生物的占比就需要重新计算了。...apply函数 #读入数据 a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\t",header=T,row.names=1) #删除前两行...b=a[-(1:2),] #利用apply函数对列做处理，除以每列之和 result <- apply(b,2,function(x)x/(sum(x))*100) #检查每列之和是不是100% colSums...(result) #数据导出 write.table(result,file="remove_recal_percent1.txt",sep="\t",quote=F) 二、使用前面讲到过的☞R中的sweep...函数 #读入数据 a=read.table("sample_bacteria_percentage.txt",header=T,sep="\t",row.names=1) #删除前两行 b=a[-(1

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R语言tidyverse包使用杂记：删除行、设置因子水平、指定列小写转大写

首选是构造一份数据集 image.png 数据是excel存储，读取数据使用R包readxl中的函数read_excel() 读取数据 library(readxl) df<-read_excel...("20210910.xlsx") 删除行 library(tidyverse) df %>% rows_delete(tibble(var="AAA")) 设置因子水平 library...(ggplot2) df %>% ggplot(aes(x=var,y=value))+ geom_col(aes(fill=var)) image.png df %>% arrange...var=fct_relevel(var,var)) %>% ggplot(aes(x=var,y=value))+ geom_col(aes(fill=var)) image.png 指定列大小写转换...df %>% mutate_at("var",toupper) 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子

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R for Data Science - 2.3 Common problems

前面几节学了基本作图和美学映射，虽然有现成的代码，但是对于初学者，可能还是会经常碰到一些报错，这些其实是正常的，即使很熟练了也一样会遇到报错，区别是能否快速找到并解决问题，下面列几个常见的报错类型。 ...没加载R包在运行一个R对话时，除了一些基础函数包会自动加载，其他的函数包都需要手动加载才能使用其中的函数，一般用library()函数，未加载R包会出现找不到函数的报错信息：ggplot(data =...Backtrace: 1. ggplot2:::`+.gg`(geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy)))可以看到这里的两行代码并未连接起来，会被当作两段代码分别运行...ggplot2；或者用光标选中函数后按F1键，很多帮助文档不仅有详细的参数说明，还有一些简单的例子，也可以粘贴这些例子在控制台一行一行的运行，可以加速自己对函数的理解。...r4ds.had.co.nz/index.html

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ggplot2作图共享图例方法一：ggpubr包的ggarrange()函数以及调整图例的布局

当使用ggplot2作图的时候如果多个图拼接到一起，图例互相之间有一样的时候，比如如下的情况（我们用R语言内置的鸢尾花的数据集做三个散点图） ?...image.png 图例放到顶部，默认的布局是3行3列，如果要改成1行6列呢？ggplot2里应该有对应的参数可以修改吧？...但是目前还不知道如何使用ggplot2自带的函数来操作，查资料的时候发现了一个R包lemon里有一个reposition_legend()函数 参考资料的链接是 https://cran.r-project.org...image.png 图例两行，顺序是从上到下依次排，那如果要改成2行从左到右依次排列呢？...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、

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神仙级的配色，为你的文章增光添彩！

这款R包的名字叫做-- ggsci，网址为：https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html ggsci...所有的调色板可以被ggplot2的scale系列函数直接调用，调用命令为：: scale_color_palname() scale_fill_palname() 其中palname用相应的调色板名称替换即可...例如：从柳叶刀杂志的主题配色中提取9个颜色： mypal<-pal_lancet("lanonc",alpha=0.6)(9) #函数pal_lancet在表格中Lancet行所对应的第四列；参数lanonc...在表格中Lancet行所对应的第二列；alpha参数控制图形的透明度水平 print(mypal) #打印9个颜色的十六进制颜色代码："#00468B99" "#ED000099" "#42B54099..." "#0099B499" "#925E9F99" "#FDAF9199" "#AD002A99" "#ADB6B699" "#1B191999" 若想进一步将这9个颜色可视化出来，需要两行代码： library

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R语言ggplot2画带有置信区间的折线图和分组求均值遇到的一个问题

今天遇到一个分组求均值的问题，愣是看不出问题出在哪了，大家帮我看看文末的代码是哪里出问题了，或者留言说一下自己分组求均值在R语言里是如何实现的。...ci_lower = rnorm(length(LakeHuron),0,1), ci_upper = rnorm(length(LakeHuron),0,1)) R语言...ggplot2画图 library(ggplot2) ggplot(huron,aes(year, value)) + geom_ribbon(aes(ymin = value - ci_lower...Defaulting to continuous.暂时还不知道是啥意思 今天的笔记主要的记录内容是geom_ribbon()函数，主要作用是可以给折线周围添加一定的阴影区间 今天还遇到一个问题是 R语言里分组计算均值方差等...second=c(1,2,3,4)) library(dplyr) df%>% group_by(first)%>% summarise(y=mean(second)) 我记得正常应该返回的数据是两行两列

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数据视化的三大绘图系统概述：base、lattice和ggplot2

)等；还提供了更加高级的图形系统lattice和ggplot2. base基本图形系统相关内容可参照：《R语言 图形初阶：hist、plot和图形布局layout | 第6讲》，作为R语言图形绘制的入门一节...，因此需要将图形存储到对象中，然后利用plot()函数中的split = 或position = 选项来进行控制 split的方法，将第一幅图放置到第二幅图的上面：第一个plot()函数把页面分割为一列两行的矩阵...，并将图形放置到第一列第一行中；第二个plot()函数将图形放置到第一列第二行中，由于plot()函数默认启动新的页面，因此使用newpage = FALSE选项。...2 ggplot2绘图系统 ggplot2将数据、数据到图形要素的映射以及图形要素绘制分离，然后按图层叠加的方式作图，通过+进行叠加。...统计变换（Statistics）：binning / smoothing / descriptive / inferential 坐标系统（Coordinante）：坐标系统控制了图形的坐标轴并影响所有图形元素

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R in action读书笔记（22）第十六章 高级图形进阶（下）

具体来讲，第一个plot()函数把页面分割成一列 两行的矩阵，并将图形放置到第一列、第一行中（自上往下、从左至右地计数）。第二个plot() 函数做同样的分割，但是把图形放置到第一列、第二行中。...它弥补了R中创建图形缺乏一致 性的缺点，使得用户可以创建有创新性的、新颖的图形类型。ggplot2中最简单的绘图方式是利用qplot()函数，即快速绘图函数。...传动类型定义了行分面，而气缸数则定义了列分面。...playwith()函数允许用户识别和标注点、查看一个观测所有的变量值、缩放和旋转图形、 添加标注（文本、箭头、线条、矩形、标题和标签）、修改视觉元素（颜色、文本大小等）、应用先前存储的图形风格，以及以多种格式输出图形结果...依赖于GTK+ GUI，用户可以使用鼠标编辑图形 与identify()函数不同，playwith()既对R基础图形有效，也对lattice和ggplot2 图形有效。

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2023.4生信马拉松day4-函数与R包

本节思维导图图片1.函数与参数-（1）形式参数、实际参数、默认参数如下图所示，形式参数是函数作者设计的，熟练之后可省略；实际参数是使用者定的值，可以随需求改动；默认参数是函数作者预先设置的，使用函数时不是所有参数都需要使用者指定...(1,2)jimmy(3,6)jimmy(3,6,-2)-（3）实例/复习绘图函数plot()注①：函数只区分数据是什么，不管数据是怎么来的；par(mfrow = c(2,2)) #把画板分成四块，两行两列...)x = iris$Sepal.Length;plot(x)注②：用相同的代码画不同的数据——用写函数代替复制粘贴——当一个代码需要复制粘贴3次，就应该写成函数或循环；#思考：plot画iris的前四列？...中文用户名的问题，可以修改环境变量安装问题小结图片8.R包的使用场景-（1）什么时候会需要用到R包——某些流程代码用到某个包；-（2）学绘图——用到ggplot2；-（3）大部分包里的函数规律一致，少部分会有自己的特殊语法...（如ggplot2）；-（4）学习R包——快速查看帮助文档/找R包的帮助界面/搜索引擎；?

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跟着Nature microbiology学画图~堆积柱形图+箱线图以及组合图

第二列：每个组里的不同物种。第三列：每个分组里的每个物种的相对丰度。 这样分清层次后，我就自己生成了以下数据，并存为CSV格式。 ?...需要的R 包即具体实现过程： install.packages('ggplot2') #安装ggplot画图包 library(ggplot2)#导入ggplot包 然后就是要读取数据了,为了方便初学者...或者再原图基础上可以删除横坐标的所有标签： p1<-p1+theme(axis.title.x=element_blank(), axis.text.x=element_blank()...library(ggpubr)#加载包 然后给定参数，进行组合： ggarrange(p0,p1,p2,p3,labels = c("A","B","C","D",ncol=2,nrow=2))#两行两列...axis.ticks.x=element_blank()) 合并的代码 ggarrange(p0,p1,p2,p3,labels = c("A","B","C","D",ncol=2,nrow=2))#两行两列

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Day04 生信马拉松-函数与R packages

1.认识函数1.1 函数的参数图片1.2 默认参数图片补充知识 Plot绘图函数分割画板:par(mfrow = c(2,2)) 把画板分成四块，两行两列#如果报错，把右下角画板拉大一点即可1.3 编写函数的函数图片当一个代码需要复制粘贴多次...，需要用相应的packages实现需要学会的是R包的使用规律,并非某个R包的具体用法2.2 R packages的安装2.2.1 镜像的设置镜像的作用是加快访问速度1.CRAN的镜像设置:options...tidyr")2.来源于Bioconductorinstall.packages('BiocManager') #安装Bioconductor来源必须先安装的包BiocManager::install("ggplot2...stringr3.3 浏览Package作者的在线教程browseVignettes("stringr")不一定每个作者都会写3.4 罗列指定packages中的所有函数ls("package:stringr...")3.5 罗列环境中的所有变量ls()以上内容均引用自生信技能树

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实验2 关系可视化

学习与巩固R+Illustrator可视化绘图模式。 二. 实验内容 1. 根据《鲜活的数据》第6章6.2.1介绍的方法与提供的数据，在R中绘制基本散点图，并存为PDF文件； 2....下载编程工具R, 推荐用RStudio免费版（free），下载地址：https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/； 2....用R绘图，具体如下： （1）安装ggplot2包： 启动RStudio后，菜单栏点击Tools>Install Packages…中输入ggplot2，安装； （2）新建一个R Script文件； （4...）启用ggplot2包： 在新建的R Script文件中输入下面代码来启用ggplot2包： library(ggplot2) 将光标放在上面代码所在行，点击菜单Code->Run Select Lines...（4）数据整理： 通过以下两行代码来剔除掉华盛顿特区和全美平均值，并将剔除后的数据存入crime2变量中： crime2 <- crime[crime$state !

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ggplot2版本的热图-方便拼图！

超详细的R语言热图之complexheatmap系列1 前几天介绍了ggplot2版本的韦恩图，说到现在R语言画图都在ggplot2化,热图当然也不能例外！...今天介绍的ggheatmap，国产R包，必须支持！ 支持图层语法，也是把热图分为好几个部分，然后再拼起来，得到一个ggplot2对象，最大的好处是方便拼图，因为生信文章里就喜欢把热图和其他图片拼一起。...当然用PPT或者PS、AI拼都行，但是也有很多小伙伴喜欢把所有工作都放到R里面做。...使用 找一份差异基因表达矩阵，标准的表达矩阵即可，行是基因，列是样本。或者自己随便编一个数据。...# 添加列注释条,40列，别搞错 col_anno <- data.frame(group1=sample(LETTERS[1:4],40,replace = T),

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R&Python Data Science 系列：数据处理（3）

R实现 library(tidyverse) library(ggplot2) library(dplyr) ##按照price升序排列 diamonds %>% arrange(price) %>%...3.2 偏移函数 两个偏移函数lead()和lag()： lead(column,n)：按照某种分组排序规则之后,向下取某列数据的第n行记录 lag(column,n)：按照某种分组排序规则之后...,向上取某列数据的第n行记录 Python实现 (diamonds >> arrange(X.price) >> select(X.price) >> mutate(price_lead1 = lead...，函数作用于前两行记录，结果记录在第二行，函数作用于前三行记录，结果记录在第三行......注意：Python中n()函数需要传入参数，R中不需要传入参数；Python中输出列按照字段名称升序排列，R中输出的列按照书写顺序输出。

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R入门？从Tidyverse学起！

tidyverse出自于R大神Hadley Wickham之手，他是Rstudio首席科学家，也是ggplot2的作者。...生成的数据框数据每列可以保持原来的数据格式，不会被强制性改变,即字符串，不会莫名其妙的变成因子格式； 2. 查看数据时，不再会一行显示不下，多行显示得非常丑； 3....dplyr包 dplyr基本包含了我们整理数据的所有功能，堪比瑞士军刀，这里介绍以下函数： filter: filters out rows according to some conditions （...根据条件过滤数据） arrange: reorders rows according to some conditions （根据某一列的数据对行排序） select: selects a subset...数据探索 可视化：ggplot2 利用ggplot2实现可视化，具体的ggplot2就不做详细的介绍了，这里提供ggplot2的速查表（cheatsheet），可以很方便的知道哪种图对应的ggplot2

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