在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...这是一种好的策略，哪怕几乎所有的元素都要替换，如果不这样做会让我们通过添加元素优化主题变得困难。ggthemes[4]包中有很多好的主题作为参考。...在Suggests 如果你在包中使用ggplot2，大概率你会想要将它列入Imports。
首先是构造一份数据集 library(ggplot2) df<-data.frame(x=c(1,1), y=c(1,2), label=c(...image.png 文本框的四周默认是带有圆角的，如果不想要圆角可以使用参label.r ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label=label...image.png 这样就变成了直角 如果不想要文本框四周的黑线，可以使用label.size=NA参数 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label...image.png 调整带颜色的背景的大小，可以使用label.padding参数 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_label(aes(label=label,...公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...primitive.R 代码中添加上一段代码 else if (starshape == 28){ data.frame(x=c(0,-1,-2,-1,0,1,2,1,-1,-1,1,1,0),...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
非常有意思的数据可视化案例 ，原文提出的问题是 学术论文中的作者数量有逐年增加的趋势 ；于是利用R语言里的 rplos 包抓取了 Plos 系列的6本期刊的2006年至2013年的每篇论文里的作者数量...https://github.com/blmoore/blogR 原始代码中抓取数据的部分好像不能用了，我稍微改动了一下，选取了2006年到2020年的数据，获取数据的代码这里就不放了，如果需要本文的示例数据可以知己在文末留言...image.png 作图代码 ibrary(ggplot2) ggplot(df, aes(x=year, y=auth_num, col=journal, fill=journal)) + stat_summary...image.png 根据上图确实可以看出学术期刊的作者数量确实是有增加的趋势的 这里新学到的知识点是使用stat_summary()函数添加置信区间，之前自己也实现过这个图，但是需要提前算好置信区间和平均值...，比如之前的推文 R语言ggplot2画带有置信区间的折线图和分组求均值遇到的一个问题，如果换成 stat_summary() 这个函数以后就方便很多 好了，今天的内容就到这里了 大家如果需要推文的示例数据和代码的话可以直接在公众号
因为之前自己已经学习过R语言基础的一些内容，包括：数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等，今天的学习内容主要是《R数据科学》这本书的第一章——使用ggplot2进行数据可视化。...geom_point向图中添加一个点层mapping参数定义如何将数据集中的变量映射为图形属性，mapping参数总是与aes()函数成对出现注意：geom_point是函数，而mapping是它的参数...见上图（2）在使用facet_grid(drv ~ cyl)生成的图中，空白单元的意义是什么？它们和以下代码生成的图有什么关系？...1.6 几何对象1.6.1 几何对象的定义几何对象：图中用来表示数据的几何图形对象条形图：使用了条形几何对象折线图：使用了直线几何对象箱线图：使用了矩形和直线几何对象可以使用不同的几何对象来表示同样的数据...不使用统计变换函数的话，如何使用几何对象函数重新生成下列图形？
今天的推文没有详细介绍代码，代码的介绍会以视频形式放到B站，欢迎大家关注我的B站 小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式...画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfa.1 head(dfa.1) 读取添加文本的数据 dfb...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
箱线图展示的就是分位数，中间的线表示的是中位数，也就是50%分位数，如果非要在箱线图上画上表示平均值的线段也是可以实现的，今天介绍一下实现代码 示例数据集我们用R语言的内置数据集PlantGrowth...image.png 首先是画一个最普通的箱线图 df<-read.csv("PlantGrowth.csv") library(ggplot2) library(tidyverse) p1<-ggplot...ggplot_build(p1)$data[[1]] image.png 我们利用原始数据计算一下平均值，然后将数据集的平均值添加到这组数据中 df %>% group_by(group...不知道有没有比较好的办法 （猜测geom_boxplot函数里应该是有一个步骤计算中位数的，试着看看源代码，看能不能把中位数的代码改为平均值） 还有一个问题是如果是分组的箱线图那么应该如何来实现呢？...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
今天要给大家介绍的是点图（Dot plot)，点图展示的数据比较简单，但胜在好看啊。 ? ? 作图数据如下： ? （数据框中的第一列行名在本次作图中暂时用不到） Step1....绘图数据的准备 首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。 Step2....使用之前需要调用 # 今天要用到stat_summary()函数需要调用Hmisc包 Step4.绘图 data_melt<-melt (data[,-1]) #注释：melt()函数把表格中的宽数据变成长数据...添加平均值 p + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "crossbar", mapping = aes(ymin = ..y.., ymax...添加误差线 p + stat_summary(fun.y = "mean", geom = "crossbar", mapping = aes(ymin = ..y.., ymax = ..y
本教程介绍如何使用R软件和ggplot2包创建带有误差棒的图形。...可以使用以下函数创建不同类型的错误栏： geom_errorbar（） geom_linerange（） geom_pointrange（） geom_crossbar（） geom_errorbarh...使用三种剂量水平的维生素C（0.5mg,1mg和2 mg）和两种递送方法[橙汁（OJ）或抗坏血酸（VC）]中的每一种： > library(ggplot2) > df <- ToothGrowth >...标准差用于绘制图形上的误差线。首先，使用下面的辅助函数将用于计算每组感兴趣变量的均值和标准差。...geom="pointrange", color="red") 使用函数geom_dotplot（）和stat_summary（）： 平均值+/- SD可以添加为误差条或点范围
给直方图和线图添加误差棒 准备数据 这里使用ToothGrowth 数据集。它描述了维他命C对Guinea猪牙齿的生长影响。...包含了三种不同的剂量（Vitamin C (0.5, 1, and 2 mg)）和相应的两种不同使用方法（ [orange juice (OJ) or ascorbic acid (VC)]）。...阅读ggplot2线图更多信息: ggplot2 line plots 有均值和误差棒的点图 使用函数 geom_dotplot() and stat_summary() ： The mean +/-...线程信息 This analysis has been performed using R software (ver. 3.2.4) and ggplot2 (ver. 2.1.0) ---- 原英文链接...仅作翻译学习使用。
----- Hadley Wickham 一 ggplot2 背景介绍 ggplot2是由Hadley Wickham创建的一个十分强大的可视化R包。...本文将从ggplot2的八大基本要素逐步介绍这个强大的R可视化包。...三 几何对象（Geometric） 几何对象代表我们在图中实际看到的图形元素，如点、线、多边形等。...R预设调色板 p + scale_color_gradientn(colours =rainbow(10)) #legeng展示指定标签 p + scale_color_gradient(low = "...七 图层（Layer） ggplot的强大之处在于直接使用+号即可实现叠加图层，前面散点图添加拟合曲线即为图层叠加。
加载需要的R包 使用pacman[1]软件包中的p_load函数通过以下代码一次性加载。 #安装pcaman软件包并对其他R包进行加载 if(!...下面的代码显示了如何在标准图表制作工作流程中使用bbc_style（）。这是一个非常简单的折线图的示例，使用了gapminder程序包中的数据。...它能按照BBC图形的标准将标题和副标题左对齐，在绘图的右下角添加页脚，也可以在左下角添加来源。它还可以将图表保存到指定的位置。...使用panel.grid.major.x = element_line添加x轴上的网格线。...breaks = seq(0, 80, by = 20), labels = c("0","20", "40", "60", "80 years")) bars 在轴标签上添加千位分隔符
我们担心学员没那么快hold住R语言可视化高级技巧，所以介绍了两个小白神包： 新手绘图一站式R包ggstatsplot 新手绘图一站式R包之ggpubr 但是学生的表现实在是太超出我意料了，能超脱于现有的工具...mapping:使用aes函数指定，为aesthetic attributes的缩写。但字符串映射使用aes_string。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...identity表示条形的高度是变量的值；对于连续性变量使用bin，转换的结果使用变量density来表示。...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary
本文是回答B站关注者的提问，他的问题如下 原始数据存储在一个excel文件里，这个excel文件里有三个子表格，每一个子表格的数据如下： 总的数据格式 现在的需要是做如下的图 接下来就介绍如何利用原始数据到最终的图的...ggplot2的代码 首先是将3个子表格的数据整理到一张表格里 比如这里我新建了一个子表格sheet4,数据最终的格式如下（原始数据里第一列的编号是没有用的，可以直接删掉） 接下来R语言里操作 首先是读取数据...) } ebbottom<-function(x){ return(mean(x)-sd(x)/sqrt(length(x))) } ggplot2作图 library(ggplot2) ggplot...position = position_dodge(0.9))+ stat_summary(geom = "errorbar", fun.min = ebbottom,...如果要贴底使用函数scale_y_continuous(expand = expansion(mult = c(0,0.1))) mult对应的两个值一个是控制下面，一个是控制上面，贴底就设置为0 就可以了
基本上每个研究的发表，都伴随着精美的图表，比如： ? 能制作这样图表的工具很多， 我比较喜欢ggplot2+AI， 当然，或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，不过，我做不到。...✦ 数据（Data），最基础的是可视化的数据和一系列图形映射（aesthetic mappings），该映射描述了数据中的变量如何映射到可见的图形属性。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...✦ 分面（faceting）如何将数据分解为子集，以及如何对子集作图并展示。 ✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。...用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（上）：https://mp.weixin.qq.com/s/WN4TSMNjH4b6vZgYVjaRvQ 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化（下）：https
箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...geom_boxplot() + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=4, col = "red") + #添加均值 scale_x_discrete...5)箱线图添加点 geom_point函数，向箱线图中添加点； ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot() + geom_dotplot...三 图例，标题设置 1）设置legeng Legend是对箱线图的解释性描述，默认的位置是在画布的右侧中间位置，可以通过theme()函数修改Legend的位置 p + theme(legend.position...ggplot2：数据分析与图形艺术 好了，就是这么简单，输出基本图形后，根据自己的喜好进行细节的调整即可。
V1) %>% select(V1,value) %>% na.omit() -> dfb.1 最基本的柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=dfb.1,aes...") image.png 添加误差线 这里误差线采用的是mean+-sem library(ggplot2) ebtop<-function(x){ return(mean(x)+sd(x)...fun.min = ebbottom, fun.max = ebtop, width=0.2) image.png 添加图上的散点...y_position = c(1.1,1.3,1.5), #annotations = c(""), parse = T) image.png 如何在...geom_signif()函数里调整P值的文字格式暂时想不到办法了，使用annotate()函数吧 ggplot(data=dfb.1,aes(x=V1,y=value))+ stat_summary
主要内容： 准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图...定制的点图 相关信息 第一步：准备数据，使用的数据包括三列，len长度，supp是分类变量，dose是0.5mg,1mg和2mg三个变量。...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot p<-ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) +...第三步：在点图上添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。
在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。 例如： ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...以下代码显示了在标准图表制作工作流程中应如何使用bbc_style（）。 这是一个非常简单的折线图的示例，使用了来自gapminder包的数据。...使用\ n在标签中的必要位置添加换行，并使用lineheight设置行高。...它们的值可以在0到1之间，其中0左对齐，而1右对齐（或垂直对齐的底部和顶部对齐）。 根据数据添加标签 上面的向图表添加注释的方法使您可以精确地指定x和y坐标。...将左对齐标签添加到条形图 如果您想为条形图添加左对齐标签，只需根据数据设置x参数，而是直接使用数字值指定y参数。y的确切值将取决于数据范围。
我们在单细胞天地公众号分享过几百篇单细胞CNS文章阅读笔记，大家可以看得到： 单细胞助力分析靶向治疗药物性超敏反应综合征 使用scHCL探索单细胞转录组细胞类型 溃疡性结肠炎患者的细胞内和细胞间重排 一文了解单细胞基因调控网络...能制作这样图表的工具很多， 我比较喜欢ggplot2+AI， 当然，或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，不过，我做不到。...✦ 数据（Data），最基础的是可视化的数据和一系列图形映射（aesthetic mappings），该映射描述了数据中的变量如何映射到可见的图形属性。...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...✦ 分面（faceting）如何将数据分解为子集，以及如何对子集作图并展示。 ✦ 主题（theme）控制细节显示，例如字体大小和图形的背景色。
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