在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...有时候在开发R包时为了保证正常运行，不得不将依赖包列入Depdens。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。...在Suggests 如果你在包中使用ggplot2，大概率你会想要将它列入Imports。
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...geom_tree(aes(color=group))+ geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 这样就把图例去掉了...geom_tiplab(offset = 0.1)+ scale_color_manual(values=colors, na.translate=FALSE) 将图例的线更改的粗一点...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python
常规气泡图的图例 示例数据就直接用内置的鸢尾花的数据集了 library(ggplot2) colnames(iris) ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width...image.png 这里还可以看到图例是带灰色背景的，如果想要去掉怎么办呢？...答案是在主题里设置legend.key参数 ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+ geom_point(aes(size=Petal.Length...image.png 添加椭圆的分组边界 用到的是stat_ellipse()函数 ggplot(data=iris,aes(x=Sepal.Length, y=...image.png 添加圆形的分组边界 用到的是ggforce这个包里的geom_circle()函数 library(ggplot2) library(ggforce) colnames(iris)
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...image.png 修改图例位置 要删除图例，请在theme（）中使用legend.position =“none”。 要更改其位置，但在图表外使用bottom，left，right或top。...或者使用0和1之间的相对坐标放置在图中。 #1: no legend basic + theme(legend.position = "none") ?
MOESM8 没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分组图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图 今天的推文重复一下论文中的Figure2a image.png 主要知识点 如何在山脊图上添加辅助线...#2772a7"))+ theme_classic() + guides(fill="none",color="none") -> p1 p1 image.png 这里有一个问题是辅助线的位置是在平均值...，这里通过一个求平均值的函数实现，如果是任意数值应该怎么做暂时想不到方法 添加文本 new.df %>% group_by(new_col01,new_col02) %>% summarise...label=round(mean_value,2)), hjust=1.5,color="#2772a7")+ labs(x=TeX(r"...unit(c(0.1,0.1,0.1,1),'cm'))+ annotate(geom = "text", x=0.8,y=1.5, label=TeX(r"
今天给大家分享三种在ggplot2包画的图形上添加拟合的线性回归方程和R^2的值的方法。...1 解决方案1 library(ggplot2) set.seed(1234) df <- data.frame(x = c(1:100)) df$y <- 2 + 3 * df$x + rnorm(...b = format(unname(coef(m)[2]), digits = 2), r2 = format(summary(m)$r.squared,...library(ggplot2) library(ggpmisc) set.seed(1234) df <- data.frame(x = c(1:100)) df$y <- 2 + 3 * df$x...library(ggplot2) library(ggpubr) set.seed(1234) df <- data.frame(x = c(1:100)) df$y <- 2 + 3 * df$x
ggpubr 实现了 ggplot2 绘图添加 p 值的良好支持，但读者需要注意它是没有经常矫正的。矫正 p 值需要额外的处理。
今天尝试解决使用ggplot2画图时的一个问题，图例不按规矩出牌。 ggplot2的作者们在测试时发现更新版本也出这问题了，正好可以用于简单说明。 本来是一个这样的图形 ? 新版本变成了 ?...而我是画两个相似的图形时出现这问题，数据结构一样，然后画图后图例的顺序变了~ 根据文档，默认使用了某种“秘密魔法”？！...解决办法是有的，我们可以使用order选项设定。...如果我们要改变图例顺序，按下面的操作，将color变成1，然后fill使用默认排序： # And we can reverse the order p + guides( color = guide_colorbar
在本教程中，我们将深入探讨重建此地图的具体细节。我们将使用全球河流分类 （GloRiC).GloRiC对世界野生动物基金会HydroSHEDS的全球河流网络进行监督分类，以在全球层面创建河流覆盖类型。...我们在下面使用 mutate 来创建宽度，并使用case_when来分配宽度。后者在SQL用户中是众所周知的。在此上下文中，如果满足条件，它会根据宽度列分配一个值。 # 2....边界框 在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东，因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。...在本教程中，我们将使用世界等距圆柱投影来展平地图。因此，我们首先定义此投影，然后转换坐标。 # 3....在本教程中，您学习了如何导入河流空间文件以及如何在 R 中制作欧洲的炫酷河流地图。随时检查完整代码这里，克隆存储库并根据需要重现、重用和修改代码。
欢迎大家关注我的B站 小明的数据分析笔记本 https://space.bilibili.com/355787260 image.png 首先是示例数据的格式 画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据...image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2) library(tidyverse) #install.packages...("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数 读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007...X, names_to = "Y", values_to = "Value") -> dfa.1 head(dfa.1) 读取添加文本的数据 dfb...theme_minimal()+ theme(axis.title = element_blank()) image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
本教程将解释如何使用 Python 在 Plotly 图形上手动添加图例文本大小和颜色。在本教程结束时，您将能够在强大的 Python 数据可视化包 Plotly 的帮助下创建交互式图形和图表。...语法 Plotly 的 update_layout（） 方法以及legend_font_color和legend_font_size参数可用于手动添加图例颜色和字体大小。...这些参数控制图上显示的图例的颜色和字体大小。 最后，使用 Plotly 中的 show（） 函数显示绘图。...legend_font_color='green', legend_font_size=14) # display the plot fig.show() 输出 结论 因此，我们学会了如何在 Python 中手动将图例颜色和图例字体大小添加到绘图图形中...在 Plotly 图形中包含故事是数据可视化的重要组成部分。如果在某些情况下默认设置不足，则可能需要手动调整图例颜色和文本大小。
20220627/ExtendedFig2.xlsx", sheet = "leg") 第一个小图a library(latex2exp) library(ggplot2...coord_cartesian(ylim = c(0,0.5)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im1 image.png 这里新接触到一个R包...latex2exp，用来添加比较复杂的文本公式之类的很方便，需要好好学习一下 第二个小图b im2 <- ggplot(eqtls, aes(x = 1:49,y=V3, size=sample))...coord_cartesian(ylim = c(0,0.25)) + scale_fill_manual(values = as.character(eqtls$cls)) im2 image.png 贡献的图例...作图的图例可以单独提取出来然后和其他图去拼图 最后是拼图 p <- ggarrange(ggarrange(im1, im2, nrow = 2, labels
❝最近看到一篇论文通过系统发育树添加饼图来展示数据，本节来简单介绍一下如何绘制一个类似的图。下面小编通过一个小案例来进行展示，图形过程仅供展示用，希望各位观众老爷能够喜欢，代码可直接复制粘贴运行。...❞ 论文 加载R包 library(ggtree) library(tidyverse) 构建数据 set.seed(1234) # 设置随机数种子以确保结果的可重复性 num_tips <- 15...# 设置叶子的数量 # 生成一个随机树 tr <- rtree(num_tips) p <- ggtree(tr) + xlim(0, 3) 构建饼图数据 # 使用dplyr创建数据框，包含四个变量...dat_long % mutate(id = row_number()) %>% gather(key = "variable", value = "value", -id) # 使用...non" ) + scale_fill_brewer(palette = "Set1") # 设置颜色 }) # 为饼图列表设置名称 names(pies) <- 1:15 将饼图添加到树图中
image.png 我选择使用R语言的ggplot2来实现，这个是箱线图和热图的拼接，右侧的热图可以借助geom_point()函数实现，将点的形状改为正方块，数值按照正负来映射颜色，按照一定的数值来映射大小...image.png 正常做一个柱形图 library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes(fill=x)) ?...image.png 拉大图例与主图的距离 使用theme()函数中的legend.box.margin参数来调节 ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_col(aes...image.png 还有另外两个知识点是调节图例的标题和图例的距离以及图例的文本和图例的距离 分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数 ggplot(data=...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
Python 是当今使用最多流行的编程语言之一，因为：它是开源的，它具有广泛的用途（例如 Web 编程、业务应用、游戏、科学编程等等），它有一个充满活力和专注的社区支持它。...在本系列中，我们将介绍七个可以帮助你解决常见 Python 问题的 PyPI 库。今天，我们将研究 singledispatch，这是一个能让你追溯地向 Python 库添加方法的库。...然而，我们想给库添加一个面积计算。如果我们不会和其他人共享这个库，我们只需添加 area 方法，这样我们就能调用 shape.area() 而无需关心是什么形状。...虽然可以进入类并添加一个方法，但这是一个坏主意：没有人希望他们的类会被添加新的方法，程序会因奇怪的方式出错。 相反，functools 中的 singledispatch 函数可以帮助我们。...在本系列的下一篇文章中，我们将介绍 tox，一个用于自动化 Python 代码测试的工具。
image.png 今天用ggplot2作图y轴的标题想实现上图红框里的形式，查了一下如何实现 记录一下代码 首先是构造一份数据集 df<-data.frame(x=1,y=1) R语言ggplot2...散点图并添加文本 library(extrafont) fonts() library(ggplot2) ggplot(data=df,aes(x=x,y=y))+ geom_text(label=..."\u03c0",size=30, family="Times New Roman", fontface="italic") family参数设置具体使用哪种字体...fontface参数设置斜体 这里\u03c0 是Unicode字符，对应关系可以在链接 https://www.rapidtables.com/code/text/unicode-characters.html...subscripts-and-superscripts-or-with-ggplot2-axis-labels-ionic-chemical 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和
还是使用昨天推文的示例数据：3个品种小麦种子的7个不同的指标，这7个指标分别是 A 面积 B 周长 C紧凑度 LK 长度 WK 宽度 A_coef 偏度系数 LKG 腹沟长度 使用周长和面积构建拟合方程...ggplot2画图 library(ggplot2) ggplot()+ geom_point(data=seed,aes(x=Perimeter,y=Area), size...geom_abline()，直接指定斜率slope和截距intercept 接下来是添加辅助线 他的问题是拟合曲线和y=1相交，根据我自己的实际数据，比如y=15这里相交，首先在y=15这里添加水平线，...geom_point(aes(x=fitted.curve(15),y=15),size=6,shape=17, color="green",alpha=0.9) image.png 在交点位置向下添加垂直线段...geom_point(aes(x=fitted.curve(15),y=15),size=6,shape=17, color="green",alpha=0.9) image.png 在X
ggplot2的主题系统可以让我们更好的控制图形 非数据元素 的细节，通过更加精细的修改来提升图像的美感，ggplot2 的主题系统自带多个 element_ 功能 element_text( ) element_line...( ) element_rect( ) element_blank( ) 本节来介绍主题元素element_text() ,使用它控制绘图中文本元素的许多部分，如字体大小、颜色和字体类型。...axis.text.x : 自定义 x 轴刻度标签 axis.text.y : 自定义 y 轴刻度标签 legend.title: 自定义图例标题文本 legend.text：自定义图例文本 plot.title...: 自定义图像主标题 plot.subtitle: 自定义图像副标题 plot.caption: 自定义图像的脚注 plot.tag: 自定义绘图的标签 加载R包 library(tidyverse)...library(palmerpenguins) 依旧还是使用企鹅的数据集，接下来使用element_text() 函数来调整图像的文本元素 p% drop_na() %>
在小红书看到有的人直接截我公众号的图发，所以想看看能不能在图上添加水印，我搜索了一下看有没有现成的R包可以直接做这个事情。...找到了一个R包 tracee https://github.com/cran/tracee/tree/master 这个R包里有一个函数 ggwater() 示例 Genome assemblies...hjust = 1,vjust=1))+ scale_color_manual(values = c("#0072bd","#edb120","#77ac30")) fig4b.dat.plot 添加水印...library(tracee) fig4b.dat.plot+ ggwater(text = "小明的数据分析笔记本") 但是没有在ggwater()这个函数里找到调整字体的参数，我们看一下这个函数的代码...https://github.com/cran/tracee/blob/master/R/ggwater.R 可以自己添加一个修改字体的参数 ggwater2 <- function(text="Not
这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...ggplot2 绘制散点图： library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(x, y)) + geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth...() 对散点进行平滑拟合，默认使用的是 loess 方法。...，然后使用线条添加在图上也是可以的。...如果你还想要在图中添加公式，可以阅读 Stack Overflow 以下几篇问答： https://stackoverflow.com/questions/7549694/add-regression-line-equation-and-r2
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