R: expss包- "recode into“没有do_if就不能工作？ - 腾讯云开发者社区

CentOS 6.4 + nginx-1.2.5 + php-5.4.15 + MySQL-5.5.31 摘要在工作中，需要经常为新系统安装软件，重复而简单，但又不得不作，我将过去几年中工作中临时写的脚本这里了一下...# redhat 5.6 cp /etc/ntp.conf.original /etc/ntp.conf yum install ntp -y 指定ntp服务器，如果你没有ntp server,下面步骤不用执行...etc/ntp.conf /dev/null 2>&1 :22,24s/^/#/ :25,25s/^/\rserver 172.16.3.51\rserver 172.16.3.52\r/...安装fedora的YUM源，我们需要一些devel包。...然后安装devel包,记住之需要安装devel包即可，其他都是多余。

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文献笔记五十四：全基因组关联分析鉴定拟南芥中控制种子大小的调节因子

--maf 0.05 --recode --out 172sample_maf_filter 给每个snp位点添加ID bcftools view -h 172sample_maf_filter.recode.vcf...> head bcftools view -H 172sample_maf_filter.recode.vcf | grep "^#" -v | awk '{$3=$1"_"$2;print $0}'...beagle.25Nov19.28d.jar gt=172sample_maf_filter_snpID.vcf out=172sample_out ne=172 基因型填充需要很长时间，这里先用没有填充的做接下来的分析...SNP_Density.pvalue.jpg 这个rMVP包好厉害，一条命令MVP.Report(df)所有图就全部生成了文章开头提到的两篇简书文章还用rMVP这个R语言包做了全基因组关联分析，另外找时间来重复这部分内容...还有一部分内容是用R语言的glmnet包做岭回归分析分析，这部分内容暂时还没有思路！

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R tips: rlang中的expression操作符

在R中，library函数的表现有点特殊，传给它的参数变量不是类似于常规R表达式的即时执行，而是像是被‘冻结’了一样。...这是一个rlang包中定义的一个操作符函数。它的本质原理在于：R在运行代码时，会先将代码解析成叫做expression的中间态，然后再执行expression即可获取代码结果。...操作在tidyverse系列包中很常见，比如可以将因子变量的水平值重新编码的函数fct_recode： ### 定义一个因子变量 test_factor <- factor(letters[1:5])...var_name =" 但是会报错，原因是因为在R中=操作符要求比较严格，如果是引号括起来就没有问题了，但是括起来的时候，!!...var_name := 1))) #$test #[1] 1 列表可以使用list2函数，但是如果是向量的话，rlang包是没有c2函数的，这个时候可以先用list2处理，然后unlist函数转换为向量

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R数据科学|第十一章内容介绍

使用forcats处理因子因子在 R 中用于处理分类变量。从历史上看，因子远比字符串更容易处理。因此，R 基础包中的很多函数都自动将字符串转换为因子。...准备工作使用forcats包来处理因子，这个包提供了能够处理因子的工具，其中还包括了处理因子的大量辅助函数。...x2 <- c("Dec", "Apr", "Jam", "Mar") （2）其对月份的排序没有意义。...修改因子水平可以使用fct_recode()函数，它可以对每个水平进行修改或重新编码。该函数会让没有明确提及的水平保持原样，如果不小心修改了一个不存在的水平，那么它也会给出警告。...我们将其修改为较为详细的排比结构： gss_cat %>% mutate(partyid = fct_recode(partyid, "Republican, strong" = "Strong republican

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R语言ggtree+msa可视化进化树+多序列比对的结果

这两天看用vcf文件做单倍型网络的内容，找到了一篇plos one上的论文论文题目是 A workflow with R: Phylogenetic analyses and visualizations...论文中提供的fasta格式的文件读取vcf文件 library(vcfR) vcf.example<-read.vcfR("popgenome/KiwifruitPathogenFiltered.recode.vcf...branch.length = "none")+ geom_tiplab()+ #theme_tree2()+ xlim(0,10) image.png 关联fasta序列内容这里使用到的是msa这个R包...rep("lightskyblue1", 1), "red")) image.png msa这个包是第一次接触...，还没有学会其中函数的用法，先知道有这个功能，等到用到的时候再来学习吧

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在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析

数据操作将由data.table程序包完成。将提及的智能电表数据读到data.table。...将工作日的字符转换为整数，并使用recode包中的函数car重新编码工作日，以适应一周中出现的情况：1.星期一，…，7星期日。...DT[, week_num := as.integer(car::recode(week, "'Monday'='1';'Tuesday'='2';'Wednesday'='3';'Thursday...\（R ^ 2 \）–调整后的R平方（越高越好）。我们可以看到R-sq。（adj）值有点低... 让我们绘制拟合值：我们需要将两个自变量的相互作用包括到模型中。...证明GCV程序（lambda和EDF的估计）工作正常。因此，让我们在案例（模型）中尝试ti方法。

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在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析

数据操作将由data.table程序包完成。将提及的智能电表数据读到data.table。...将工作日的字符转换为整数，并使用recode包中的函数重新编码工作日：1.星期一，…，7星期日。...DT[, week_num := as.integer(car::recode(week,"'Monday'='1';'Tuesday'='2';'Wednesday'='3';'Thursday'='...4';'Friday'='5';'Saturday'='6';'Sunday'='7'"))] 将信息存储在日期变量中，以简化工作。...证明GCV程序（lambda和EDF的估计）工作正常。因此，让我们在案例（模型）中尝试ti方法。

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Linux常用命令笔记

php5-intl php-pear php5-imagick php5-imap php5-mcrypt php5-memcache php5-ming php5-ps php5-pspell php5-recode...3274 tar z- 用gzip对存档压缩或解压 x-从存档展开文件 v-详细显示处理的文件 f-指定存档或设备 chmod + 更新源: sudo apt-get update 更新已安装的包sudo...apt-get upgrade 账号和密码文件 ls -al /etc/passwd /etc/shadow -rw-r–r– 1 root root 1611 2011-12-16 05:30 /etc.../passwd # 保存的是账号 -rw-r—– 1 root shadow 947 2011-12-16 05:30 /etc/shadow # 账号的密码等信息 /etc/passwd root:x...密码过期的宽恕时间：如果在5中设置的日期过后，用户仍然没有修改密码，则该用户还可以继续使用的天数账号失效日期，过了这个日期账号就不能用了保留的以上面最后用户letuknowit为例（15400对应的日期为

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在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析|附代码数据

数据操作将由data.table程序包完成。将提及的智能电表数据读到data.table。...将工作日的字符转换为整数，并使用recode包中的函数重新编码工作日：1.星期一，…，7星期日。...rDT[, week_num := as.integer(car::recode(week, "'Monday'='1';'Tuesday'='2';'Wednesday'='3';'Thursday...'='4'; 'Friday'='5';'Saturday'='6';'Sunday'='7'"))]将信息存储在日期变量中，以简化工作。...证明GCV程序（lambda和EDF的估计）工作正常。因此，让我们在案例（模型）中尝试ti方法。

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「Workshop」第二十三期使用forcats包对因子进行操作

forcats 这个包是用来处理因子的，是tidyverse包的核心，提供了处理分类变量的工具。...factors 简单的例子：(R for data science) 先创建一个变量包含月份信息 > x1 <- c("Dec", "Apr", "Jan", "Mar") > x2 <- c("Dec...", "Apr", "Jam", "Mar") > sort(x1) [1] "Apr" "Dec" "Jan" "Mar" 我们可以看到X2当你拼写错误时，并没有什么提醒，并且sort后的结果并没有按照月份的顺序来...%>% factor() %>% fct_inorder() > f2 [1] Dec Apr Jan Mar Levels: Dec Apr Jan Mar forcats 下面详细介绍一下这个包的用途...fct_expand(f, letters[1:6]) [1] c c c b c a c c c c b c b b a a b a a a Levels: a b c d e f fct_drop:删除没有用到的因子水平

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GAPIT使用plink数据进行GWAS分析

另外，如果还没有安装GAPIT软件，可以参考这篇博文：如何安装GWAS软件包：GAPIT 1. GAPIT软件的基因型数据格式：hmp 「hmp格式：」 2....plink --bfile c --recodeA --out --re # 生成0-1-2的基因型数据 plink --bfile c --recode --out file # 生成map数据，用于...raw文件命名然后准备两个文件：re.raw和file.map文件，用下面R代码，生成GAPIT运行的文件格式。...运行示例代码，比较GAPIT和GEMMA的MLM模型的结果： source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R") source("http://zzlab.net...主要分享R语言，Python，育种数据分析，生物统计，数量遗传学，混合线性模型，GWAS和GS相关的知识。 ❞

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【学习】《R实战》读书笔记（第四章）

PPV课R语言读书会以“学习、分享、进步”为宗旨，通过成员协作完成R语言专业书籍的精读和分享，达到学习和研究R语言的目的。...一个工作例子案例：研究男女管理者领导他们组织的差异。数据集（数值5、4、3、2和1分别表示强烈反对、反对、中立、支持、强烈支持）如图1所示。...图3：R逻辑运算符号基于逻辑运算符号关系来改变变量中内容，逻辑值为真，则可以修改。拓展可以了解within()函数和car包中的recode()函数。重命名变量重命名变量名，可以采用方法。...方法二：包reshape中的rename()函数。方法三：names()函数。缺失值数据集往往是不完整，因为各种缘由存有缺失值。使用is.na()函数检查缺失值。.../ 2 《R in action》第一部分第四章本栏目文章由PPV课R语言读书会提供，转载请注明来自PPV课R语言读书会。

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多样本vcf文件转换成R语言韦恩图输入格式

那么如何将手头的vcf文件转换成R语言里做韦恩图要求的数据格式呢？想了几天有了一些想法，记录在这里。...从总vcf文件中提取出5个样本的信息重新组成一个vcf文件 ~/mvcf-subset --exclude-ref -c WS-2,WS-4,WS-5,WS-12,WS-17 412_all_cp.recode.eva.vcf...，在linux系统下没有遇到任何报错，如果自己的vcf文件比较大，运行的时间可能会长一点。...韦恩图R代码参考如何使用R来绘制韦恩图（Venn Diagram） setwd("../.....最近又发现一个新的R语言包用来做韦恩图 VennDetail github 主页 https://github.com/guokai8/VennDetail 简单用法 install.packages(

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Linux达人必备：一文掌握全网最全文件操作命令！120+命令

pwd：显示当前工作目录。 ls -l：以详细形式查看文件和目录信息（使用长列表格式输出）。 ls -lt：使用长列表格式输出，按时间排序，最先输出最新的。...grep Aug -R /var/log/*：在指定目录及其子目录中递归查找包含关键词 Aug 的行。...recode ..HTML page.html：将文本文件转换为 HTML 格式文件。 recode -l | more：显示所有支持转换的格式。...chown -R user1 directory1：递归地将目录 directory1 及其下所有文件和子目录的所有权改为用户 user1。...格式压缩包： zip file1.zip file1 zip -r file1.zip file1 file2 dir1 解压 zip 格式压缩包： unzip file1.zip---- 参考文档：

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单细胞必学R包！~（二）（寻找marker及注释细胞）

1写在前面昨天又是不睡觉的一天，晚上还被家属讲了一通，理由是我去急诊了，没有在办公室待着，他老公疼没人去看。我的解释是只有我一个值班医生，不可能那么及时，而且也不是什么急症啊。...2用到的包 library(tidyverse) library(monocle3) library(garnett) 3示例数据还是上一次运行完的结果哦，不知道大家有没有保存。...>% group_by(cell_group) %>% top_n(1, pseudo_R2...>% group_by(cell_group) %>% top_n(3, pseudo_R2...as.character(clusters(cds_subset)[colnames(cds_subset)]) colData(cds_subset)$assigned_cell_type <- dplyr::recode

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跟着PNAS学画图：R语言ggplot2分面的堆积柱形图，有点类似展示群体结构k的那个图

但是整篇论文我还没有看明白，所以先不给大家介绍结论了。...40,60) "#eec21f", # [60,80) "#A14500" # [80,111) ) pal_safe_five <- c( "#eec21f", # default R...4.0 yellow "#009C9C", # light shade of teal: no red, equal green and blue "#df356b", # default R...pal_safe_five_ordered <- pal_safe_five[c(5,2,1,3,4)] pal_four <- pal_safe_five_ordered[c(2,5,3,4)] 加载需要的R包...country %>% magrittr::is_in(c("SWE", "USA", "JPN", "RUS"))) %>% mutate( name = name %>% fct_recode

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Linux经常用到的命令你知道有哪些？

返回上两级目录 cd - 返回上次所在的目录 cd 进入个人的主目录 cd ~user1 进入个人的主目录 pwd 显示工作路径 ls 查看目录中的文件...复制一个目录下的所有文件到当前工作目录 cp -a /tmp/dir1 ....zip -r file1.zip file1 file2 dir1 将几个文件和目录同时压缩成一个zip格式的压缩包 unzip file1.zip 解压一个zip格式压缩包 YUM 软件包升级器...fileunix.txt 将一个文本文件的格式从MSDOS转换成UNIX unix2dos fileunix.txt filedos.txt 将一个文本文件的格式从UNIX转换成MSDOS recode.....HTML page.html 将一个文本文件转换成html recode -l | more 显示所有允许的转换格式备份 dump -0aj -f /

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《Python Cookbook》读书笔记(二)

>>> recode='343534534532423435346547543534534534534564634534' >>> int(recode[12:14]) * float(recode[10...:13]) 13608.0 >>> a = slice(12,14) >>> b = slice(10,13) >>> int(recode[a]) * float(recode[b]) 13608.0...(r['lname'],r['fname'])) [{'fname': 'David', 'lname': 'Beazley', 'uid': 1002}, {'fname': 'John', 'lname...大部分的操作都能正常工作。...ChainMap与带有作用域的值，比如编程语言中的变量(即全局变量、局部变量等)一起工作时特别有用。

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R语言从入门到精通：Day5

同时，有些操作符前后有空格，有些又没有，到底该怎么写才对？除此之外，R语言的换行和缩进似乎也不像python那么严格。那我们平时自己写代码的时候应该遵循什么样的规则呢？...这个文档是Google’s R Style Guide，众所周知，医生在临床上工作有临床指南，那程序员工作也有“指南”，上面的这个文档就是我们写R代码的指南。...话不多说，我们进入这次课程的主要内容，上节课中完成了R语言中的数据导入工作，那么这次课程的主要内容就是给大家介绍一些数据管理和操作的基本函数或语句。...其中，car包中的recode()和doBy包中的recodevar()、R语言中自带的cut()，这三个函数都是很受欢迎的变量重编码函数。...*plyr包是一个集合了很多数据集操作函数的R包，大家可以查看其帮助文档进一步学习。 ?

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【视频】广义相加模型（GAM）在电力负荷预测中的应用

还有一点自然的波动，如果没有的话，所有的点都将是完美的。我们将此称为“残差”（ϵ）。...将工作日的字符转换为整数，并使用recode包中的函数重新编码工作日：1.星期一，…，7星期日。...DT\[, week_num := as.integer(car::recode(week, "'Monday'='1';'Tuesday'='2';'Wednesday'='3';'Thursday...'='4'; 'Friday'='5';'Saturday'='6';'Sunday'='7'"))\] 将信息存储在日期变量中，以简化工作。...证明lambda和EDF的估计工作正常。因此，让我们在案例（模型）中尝试ti方法。

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文献笔记五十四：全基因组关联分析鉴定拟南芥中控制种子大小的调节因子

R tips: rlang中的expression操作符

R数据科学|第十一章内容介绍

R语言ggtree+msa可视化进化树+多序列比对的结果

在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析

在r语言中使用GAM（广义相加模型）进行电力负荷时间序列分析

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