R:基于数据矩阵和阈值数据帧创建布尔矩阵_基于矩阵数据帧索引和第二数据帧值创建字典_从pandas中的数据帧和矩阵创建新矩阵 - 腾讯云开发者社区

“向量”——一维 “表格”——二维 matrix 矩阵-二维，只允许一种数据类型 data.frame 数据框-二维，每列只允许一种数据类型 list列表：可装万物 1.数据框来源（1）用代码新建（...2）由已有数据转换或处理得到（3）读取表格文件（4）R语言内置数据（没有赋值就可以直接使用的数据，例如iris） 2.新建数据框* 读取文件 df2<-read.csv("gene.csv") df2...#读取"gene.csv"文件，赋值df2 3.数据框属性 4.数据框取子集 df1$gene #"$"前是数据框名称后是列名；提取该列的向量 #按名字取子集 df1 行，列图片 5.数据框修改...取子集，赋值 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #修改全部行名 #只修改某一行/列的名 colnames(df1){2} <- "CHANGE..." #修改一个列名 6.两个数据框的连接按照共同的列名取交集，后连接两个数据框列中有交集时既可以使用，自动连接矩阵新建和取子集矩阵画热图 pheatmap::pheatmap(m) #热图结果默认聚类

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R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

数据框数据框的创建数据框来源主要包括用代码新建(data.frame)，由已有数据转换或处理得到(取子集、运算、合并等操作)，读取表格文件(read.csv,read.table等)及R语言内置数据函数...，否则就是修改向量，默认添加到最后df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1修改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中的向量出现在环境内，本身有名称，无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...m <- matrix(1:9, nrow = 3) #生成一个向量，并将其分为3行，生成的数据框行名和列名为[1,]等colnames(m) <- c("a","b","c") #加列名或行名均可以此实现...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列，数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵，可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1

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R语言数据结构(二)矩阵

数据结构是指在计算机中存储和组织数据的方式，不同的数据结构有不同的特点和适用场景。R语言中的常用数据结构，包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...关于数据结构的使用，我们将分四篇文章分别介绍每种数据结构的操作方法和代码示例。...为方便大家理解记忆，对每种数据结构的基本操作概括为四大类：创建数据结构往里面添加数据从里面查询数据对里面的数据进行修改这篇文章我们将介绍矩阵的使用矩阵矩阵是R语言中的一种二维数据结构，它是由一系列相同类型的元素组成的矩形数组...矩阵有两个维度，分别表示行数和列数，可以用dim()函数来获取。矩阵应用举例：创建矩阵创建矩阵的一种常用方法是使用matrix()函数，它可以将一个向量或多个向量组合成一个矩阵。...rbind()和cbind()函数，它们可以将多个向量或矩阵按行或按列组合成一个新的矩阵。

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数据框、矩阵和列表20230202

一、向量、矩阵、数据框和列表的区别 1）向量：一维 2）矩阵：二维，只允许一种数据类型 3）数据框：二维，每列只允许一种数据类型 4）列表：容纳各种数据类型 ps：数据类型的判断：clss（）...23 0.02 3 gene3 down 50 0.07 4 gene4 down 2 0.05 （后加上要增加新列的列名） 4、修改行名和列名...] [,2] [,3] [1,] 1 4 7 [2,] 2 5 8 [3,] 3 6 9 (2)转置（行变列，列变行） t(矩阵名称...t(m) [,1] [,2] [,3] [1,] 1 2 3 [2,] 4 5 6 [3,] 7 8 9 (3)矩阵和数据框的转化...as.data.frame() as.matrix() 最后用class() 明确一下数据类型（4）矩阵画热图图片四、列表（1）列表的新建 > l<-list(m1=matrix(1

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R语言基础-向量、矩阵、数据框、列表相关操作

三个a分别对应了k1，12个随机数中的前三个值，那条线是三个值的中位数（不是平均值哦）3.向量、数据框、矩阵、列表#先简单介绍下这些名字吧。# 1.向量是组成数据框以及矩阵的基本单位。...#数据框可以由不同数据类型的向量组成，但矩阵不行。...# 2.用坐标df1[2,2] #取数据框中第2行、第2列## [1] "up"df1[2,] #取数据框中第2行，由于取行会保留数据框的一部分属性，因此行名和列名会反馈给你。...','r2','r3','r4')colnames(df1)[2] = 'CHANGE' 3.1.6 两个数据框的链接#随便建两个数据框test1 <- data.frame(name = c('jimmy...8m[,1]## [1] 1 2 3m[2,3]## [1] 8m[2:3,1:2]## [,1] [,2]## [1,] 2 5## [2,] 3 63.2.2 矩阵转置和转换

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R语言 | GEO数据库表达矩阵标准化

✴️前言：我们从GEO数据库下载得到表达矩阵，在进行各种分析之前，首先要做的就是对数据进行标准化。...但并不是所有数据都需要进行标准化，GEO中有些数据是已经标准化了的，有些则没有，需要我们进行一个判断，判断的方法，我在后文会讲到。众所周知，GEO数据分为芯片数据和测序数据。...（比较小）一般这种数据都是经过log2转化后的标准化矩阵，不需要再进行标准化步骤，可以直接用于差异分析。...除了用肉眼判断，其实还有一种更可靠的方法，就是用R代码来进行判断： ex <- exprSet #把需要判断的矩阵命名为ex qx <- as.numeric(quantile(ex, c(0., 0.25...*我也准备了两份标准化代码，分别是log2标准化和Z-score标准化，后台回复log2和Z可获得R代码下载链接。

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GEO芯片数据提取表达矩阵和临床信息

', getGPL = F) #网速太慢，下不下来怎么办 #1.从网页上下载/发链接让别人帮忙下，放在工作目录里 #2.试试geoChina,只能下载2019年前的表达芯片数据 #library(AnnoProbe...geoChina("GSE7305") #选择性代替第8行 #研究一下这个eSet class(eSet) length(eSet) eSet = eSet[[1]] class(eSet) #(1)提取表达矩阵...exp exp <- exprs(eSet) dim(exp) range(exp)#看数据范围决定是否需要log，是否有负值，异常值 exp = log2(exp+1) #需要log才log boxplot...后面要根据它来找探针注释 gpl_number <- eSet@annotation;gpl_number save(pd,exp,gpl_number,file = "step1output.Rdata") # 原始数据处理的代码

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R语言基础教程——第3章：数据结构——矩阵

矩阵矩阵是一个二维数组，只是每个元素都拥有相同的模式（数值型、字符型或逻辑型）。可通过函数matrix创建矩阵。...和ncol用以指定行和列的维数，dimnames包含了可选的、以字符型向量表示的行名和列名。...1 创建矩阵 #创建1:16的矩阵，行为4行，先按行排列 mat = matrix(1:16,nrow = 4,ncol = 4,byrow = TRUE) ?...c()创建向量 b de 2 4g 10 12> mat[-1,-2] #除去第一行和第二列不取，其他全取 a c df 5 7 8g 9 11 12h 13 15 16>...[1] 4.733165e-30> diag(mat) #求矩阵的对角线元素[1] 1 6 11 16> mat2 = matrix(rnorm(16),nrow = 4) #rnorm表示在R中生成标准正态分布

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Day5：R语言课程（数据框、矩阵、列表取子集）

学习目标演示如何从现有的数据结构中取子集，合并及创建新数据集。导出数据表和图以供在R环境以外使用。...1.数据框数据框（和矩阵）有2个维度（行和列），要想从中提取部分特定的数据，就需要指定“坐标”。和向量一样，使用方括号，但是需要两个索引。在方括号内，首先是行号，然后是列号（二者用逗号分隔）。...---- 注意：有更简单的方法可以使用逻辑表达式对数据帧进行子集化，包括filter()和subset()函数。这些函数将返回逻辑表达式为TRUE的数据帧的行，允许我们在一个步骤中对数据进行子集化。...list1[[1]] [1] "ecoli" "human" "corn" 引用该向量的第一个元素，使用： list1[[1]][1] [1] "ecoli" 也可以对数据框和矩阵执行相同的操作...R函数进行数据处理。

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R编程（二：基本数据类型及其操作之因子、矩阵、数据框和列表）

rings_vector <- planets_df$rings 将 rings 列下的全部元素给新的向量通过筛选分类下的布尔型数据，可以针对该数据筛选出目标数据。...当通过名称对数据框进行选择的子集不存在时，R会帮我们创建一个新的内容。排序 order() 会将其中的元素按照大小顺序排列，并按照大小顺序返回元素所在的位置数据。...tibble，或者直接通过tibble 像创建数据框般创建tibble 数据框： t.bp <- tibble( `序号`=c(1,5,6,9,10,15), `收缩压`=c(145, 110,...R 会为每个独立的向量分配一个整数，创建一个value-label 对，value 对应向量中的元素，label 对应分配的数字。...R lists 一个R的列表包括了各种类型的变量，并将他们放置在同一个列表当中，这些变量可以是矩阵、向量、数据集，甚至是其他的列表。

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R语言 | GEO数据库的下载以及表达矩阵和临床信息的提取

---- 0.安装R包如果是第一次使用，要先在RStudio里安装好这些包 install.packages("AnnoProbe")#用于下载GEO数据的包 BiocManager::install...载入R包然后载入我们需要用到的包 library(AnnoProbe)#用于下载GEO数据的包 library(GEOquery)#从GEO数据集中提取表达矩阵或临床信息的包 library(tidyverse...，它是”list“数据类型 3.提取表达矩阵和临床信息 exprset <- data.frame(exprs(gset[[1]]))#exprs用于提取表达矩阵信息 expMatrix <- gset...expMatrix1 <- exprs(gset[[1]])#提取第一个平台的表达矩阵 expMatrix2 <- exprs(gset[[2]])#提取第二个平台的表达矩阵 expMatrix <-...cbind(expMatrix1, expMatrix2)#两个表达矩阵合并为一个总矩阵 pdata1 <- pData(gset[[2]])#提取第一个平台的临床数据 pdata2 <- pData(

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MADlib——基于SQL的数据挖掘解决方案（6）——数据转换之矩阵分解

MADlib提供了低秩矩阵分解和奇异值分解两种矩阵分解方法。一、低秩矩阵分解矩阵中的最大不相关向量的个数，叫做矩阵的秩，可通俗理解为数据有秩序的程度。...因此低秩矩阵分解有时也叫UV分解。假设A是一个m x n的矩阵，则U和V分别是m x r和n x r的矩阵，并且1<=r<=min(m,n)。 1....（3）利用madlib.lmf_igd_run函数实现建立输入表并生成输入数据 -- 创建用户索引表 drop table if exists tbl_idx_user;...其中percentage称为“奇异值平方和占比的阈值”，一般取90%，k是一个远小于m和n的值，这样也就达到了降维的目的。 2....（4）基于用户的协同过滤算法UserCF生成推荐所谓UserCF算法，简单说就是依据用户的相似程度形成推荐。定义基于用户的协同过滤函数。

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MADlib——基于SQL的数据挖掘解决方案（4）——数据类型之矩阵

对于稀疏矩阵表，row_id和col_id列逻辑类似于关系数据库的联合主键，要求非空且唯一。value列应该是标量（非数组）数据类型。...norm_type) （5）创建函数 -- 创建一个指定行列维度的矩阵，用1初始化元素值。...单一节点的矩阵数据被用于分解计算。这种操作只适合小型矩阵，因为计算不是分布到个多个节点执行的。 2. 矩阵操作函数示例先执行下面的脚本创建两个稠密表示的矩阵测试表并添加数据。...（9）创建单位矩阵 drop table if exists mat_r; select madlib.matrix_identity(4,'mat_r'); select * from mat_r...例如，我们可能有一个数据矩阵，其中行代表病人，而列代表病人的特征（身高、体重和年龄）和他们对特定药物治疗的反应（如血压的变化）。

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Python数据相关系数矩阵和热力图轻松实现教程

,召回率(Recall),准确率(Accuracy)详述与实现一、FP、FN、TP、TN 你这蠢货，是不是又把酸葡萄和葡萄酸弄“混淆“”啦！！！...在机器学习中, 混淆矩阵是一个误差矩阵, 常用来可视化地评估监督学习算法的性能.。混淆矩阵大小为 (n_classes, n_classes) 的方阵, 其中 n_classes 表示类的数量。...有监督的机器学习会对训练数据打标记，试想一下如果训练标记错误，那么将会对测试数据的预测产生影响，因此这里将那些正确打标记的数据成为ground truth。...解释下上面这几个数字的意思： C2= confusion_matrix(y_true, y_pred, labels=[“dog”, “cat”])中的labels的顺序就分布是0、1，negative和positive...) as f: 以上这篇Python数据相关系数矩阵和热力图轻松实现教程就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考。

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聊一个基于波士顿矩阵的数据业务分析案例

一提到案例分析就头疼的小伙伴们，分享BCG的经典波士顿矩阵，再也不怕案例分析啦！制定公司层战略最流行的方法之一就是BCG矩阵。...BCG矩阵的发明者、波士顿公司的创立者布鲁斯认为“公司若要取得成功，就必须拥有增长率和市场分额各不相同的产品组合。组合的构成取决于现金流量的平衡。”...这一步的数据可以从企业的经营分析系统中提取。 2. 评价各项业务的竞争地位。BCG是用“相对市场份额”这个指标来表示竞争力的。这一步需要做市场调查才能得到相对准确的数据。...所以和上面的市场增长率的标准线确定一样，由于评分等级过于宽泛，可能会造成两项或多项不同的业务位于一个象限中或位于矩阵的中间区域，难以确定使用何种战略。...F、G两个品牌市场销售下降严重，有被C、D品牌替代的趋势，且在竞争中处于下风，并出现了滞销和亏损现象。针对上述情况，根据波士顿矩阵原理，采取如下措施： 1.

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R语言POT超阈值模型和极值理论EVT分析|附代码数据

与单变量情况相反，没有用于对超过阈值的双变量超出进行建模的有限参数化。POT允许对双变量GPD进行6种参数化：对数模型，负对数模型和混合模型-以及它们各自的不对称版本。...但是，对于完整的描述，用户可能希望查看软件包的小插图和软件包的html帮助。...qgpd(0.95, 0, 1, 0.2) y <- rbvgpd(100, mo ##评估不超过（5,14）的可能性 pbvgpd(c(3,15), mode GPD 拟合 ##最大似然估计（阈值...= 0）： mle <- fgpd(x, 0) ##最大似然估计（阈值= 0）： pwu <- fgpd(x, 0, "pwmu") ##最大拟合优度估算器： adr <- fgpd(x, 0, "mgf...confint(mle, prob = 0.95) 对数似然（参数）： confint(mle, "shape") ---- 本文摘选《 R语言POT超阈值模型和极值理论EVT分析》 ---

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R语言股市可视化相关矩阵：最小生成树|附代码数据

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R语言股市可视化相关矩阵：最小生成树|附代码数据

p=17835最近我们被客户要求撰写关于最小生成树的研究报告，包括一些图形和统计输出。本文在股市可视化中可视化相关矩阵：最小生成树在本文示例中，我将使用日数据和1分钟数据来可视化股票数据。...), ' '))plot.cor(ret, 0.5)辅助函数：#*****************************************************************#函数创建相关矩阵...本文选自《R语言股市可视化相关矩阵：最小生成树》。...+ GARCH交易策略Python基于粒子群优化的投资组合优化研究R语言Fama-French三因子模型实际应用：优化投资组合R语言动量和马科维茨Markowitz投资组合(Portfolio)模型实现...R语言基于递归神经网络RNN的温度时间序列预测R语言神经网络模型预测车辆数量时间序列R语言中的BP神经网络模型分析学生成绩matlab使用长短期记忆（LSTM）神经网络对序列数据进行分类R语言实现拟合神经网络预测和结果可视化用

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数据科学和人工智能技术笔记一、向量、矩阵和数组

np.array([[1, 2, 3, 4], [5, 6, 7, 8], [9, 10, 11, 12]]) # 查看行和列数...的mat数据结构对于我们的目的而言不太灵活，应该避免。...将字典转换为矩阵 # 加载库 from sklearn.feature_extraction import DictVectorizer # 我们的数据字典 data_dict = [{'Red':...7, 8, 9]]) # 返回矩阵的行列式 np.linalg.det(matrix) # -9.5161973539299405e-16 计算均值、方差和标准差 # 加载库 import numpy...vectorized_add_100(matrix) ''' array([[101, 102, 103], [104, 105, 106], [107, 108, 109]]) ''' 矩阵的加和减

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从零开始的异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框约等于表格：1.数据框不是一个具体文件，只是R语言内部的一个数据；2.数据框每一列只能有一种数据类型图片新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...#取第二列 df1[c(1,3),1:2] # 取第一行和第三行以及第一列和第二列，注意逗号前后不同的向量，分别表示取得行和列！！！...增加一列在$后面写一个不存在的列名表示增加一列 df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1",..."r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" # | 或符号前后不可以连接字符，只能用于数字，逻辑值两个数据框的连接 test1 <...,"b","c") #加列名 m m[2,] #矩阵取子集不支持使用$ m[,1] m[2,3] m[2:3,1:2] m #矩阵中的重要函数 t(m) #行列的转置，行变列，列变行，行名和列名都跟着变换

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R语言-03数据框、矩阵和列表

R语言数据框、矩阵、列表的创建、修改、导出

R语言数据结构(二)矩阵

数据框、矩阵和列表20230202

R语言基础-向量、矩阵、数据框、列表相关操作

R语言 | GEO数据库表达矩阵标准化

GEO芯片数据提取表达矩阵和临床信息

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Day5：R语言课程（数据框、矩阵、列表取子集）

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