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R:如何在树状图中识别和标记聚类组(由hclust创建)?
在树状图中识别和标记聚类组是通过以下步骤实现的:
首先,使用hclust函数创建树状图。hclust是一种层次聚类算法,它将数据集中的样本按照相似性进行分组,并生成一个树状图。
根据树状图的结果,可以使用cutree函数将树状图切割成不同的聚类组。cutree函数需要指定一个高度阈值或者聚类组的数量来切割树状图。
一旦树状图被切割成聚类组,可以使用标记或者颜色来标识不同的聚类组。这可以通过在树状图上绘制不同的标记或者颜色来实现。
在R中,可以使用plot函数来绘制树状图,并使用参数如pch、col或者labels来指定标记、颜色或者标签。
对于树状图中的每个聚类组,可以使用identify函数来标记或者注释。identify函数允许用户在图形上选择一个或多个点,并在其上添加标记或者注释。
总结起来,识别和标记聚类组的步骤如下:
使用hclust函数创建树状图。
使用cutree函数将树状图切割成聚类组。
使用plot函数绘制树状图,并使用标记、颜色或者标签来标识不同的聚类组。
使用identify函数在图形上标记或者注释聚类组。
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问答
(569)
视频
沙龙
1
回答
R
:如
何在
树状
图中
识别
和
标记
聚
类
组
(
由
hclust
创建
)?
、
、
我已经使用
hclust
来
识别
我的数据中的集群,并确定这些集群的性质。- apply(z,2,sd)d <- dist(nor, method = "euclidean")使用aggregate,我可以看到这三个集群包括一个gg
和
hh变量均为低值的集群,一个gg和平均hh值较低的集群,以及一个gg
和
hh值较高的集群
浏览 13
提问于2018-09-08
得票数 1
回答已采纳
2
回答
如何使用
R
中的"factoextra“包中的fviz_dend函数更改
树状
图的标签?
、
、
、
我正在
创建
一个闪亮的应用程序,它以谷类数据集为例展示了不同的
聚
类
技术,例如分层
聚
类
和
k-means
聚
类
。我使用"factoextra“包中的fviz_dend函数来
创建
我的
树状
图。我在下面附加了一张使用fviz_dend函数的当前
树状
图的图片
和
一张我使用base
R
中的plot函数
创建
的
树状
图的图片。请注意,
由
浏览 709
提问于2019-10-16
得票数 0
1
回答
R
:用相似矩阵还是不同矩阵进行
聚
类
?
和
可视化的结果
、
、
、
我有一个相似矩阵,我用Harry-a工具
创建
了一个字符串相似矩阵,我想用它绘制一些
树状
图,看看是否能在数据中找到一些集群/
组
。,计算指定的相似性度量,并将相似值矩阵写入输出”)我也尝试使用proxy包,同样的问题,我得到的
组</em
浏览 2
提问于2017-07-12
得票数 0
回答已采纳
1
回答
为什么
R
中的文本
聚
类
变得模糊了?
、
、
、
、
问:为什么文本挖掘数据的
聚
类
树状
图变得模糊/messy (见下图链接)?概要:我首先从一个Mongo数据库中获取了大约5500篇电子扫描文章的原始数据,并将其作为Json对象保存在磁盘驱动器中(在这里没有显示,使用Cran Mongolite包获取
R
)。这里显示的是标准文本处理(使用Cran TM包)来清除“”、“
和
”、“ing”、“”、“:”等)。这导致了随后的分层
聚
类
,这种
聚
类
看起来很模糊/混乱,因为Json对
浏览 5
提问于2016-05-12
得票数 0
1
回答
可视化集群
、
、
我已经使用
hclust
()进行了聚类分析,现在我希望将这些
聚
类
绘制到地图上。数据的X
和
Y坐标可用。最后,我得到了数据点的x,y坐标,以及在该特定点必须可见的特定数字(数据所属的集群)。我已经绘制了
树状
图,但我希望使用可用的x,y坐标来绘制点。 假设一个数据属于
组
: 1,它的坐标是x1
和
y1,我希望将该点
标记
/
标记
为1,以表明该特定点属于集群:1。我对
R
来说真的很陌生。
浏览 0
提问于2014-03-13
得票数 0
1
回答
层次聚类分析帮助
树状
图
、
、
我编写了一个代码来生成一个
树状
图,正如您在图像中看到的那样,使用
hclust
函数。所以,我想帮助解释这个
树状
图。注意,这些点的位置是接近的。这个
树状
图的结果是什么,你能帮我吗?labels=Points_properties$Propertie, pos=2)d<-distm(coordinates[,2:1])fit.average<-
hclust
浏览 4
提问于2022-06-23
得票数 3
回答已采纳
1
回答
CLUSTERGRAM对象的置换向量(MATLAB)
、
、
MATLAB版本
R
2011a。我想获得行的置换向量
和
集群
图中
的列,就像我可以使用函数那样:>> [~,~,permrows] = dendrogram(linkage(x,'average','euclinkage(x','average','euc')) 6 7 8 9 2 1 3 4 5 10 我发现
聚</
浏览 4
提问于2012-06-13
得票数 4
回答已采纳
1
回答
基于皮尔逊距离的微阵列数据热图
、
、
我一直在尝试在
R
中为一些微阵列数据生成热图,并在很大程度上基于在线指令成功地生成了一个热图,但它并不完全符合我的要求。我想要的是基于皮尔逊距离而不是欧几里德距离对数据进行
聚
类
,但我遇到了一些困难。", ColSideColors=c("red","blue") [data.test.factors],col=redgreen,labRow="",hclustfun=function(x)
hclust
(x,method="complete&
浏览 2
提问于2011-07-17
得票数 3
回答已采纳
1
回答
如何用dendextend
标记
层次
聚
类
树中的一个观察值?
、
我想
创建
一个相对较大的数据集(>3000个)的层次
聚
类
树。不幸的是,由于在终端节点包含了如此多的标签,树看起来非常杂乱,并且包含了许多不必要的信息。因此,为了减少混乱,我只想
标记
一个感兴趣的观察结果。我已经删除了所有标签,但我不知道如何检索
和
添加我感兴趣的标签。 对于这个MWE,让我们假设,我想将字母k添加到我的
树状
图中
。20) names(df) <- letters[length(df)]
浏览 9
提问于2020-12-16
得票数 0
回答已采纳
1
回答
评估点是否表现出空间聚集(使用
R
)
、
、
、
、
这同时也是一个理论
和
实践的问题。我有一个包含一系列点的x,y,z坐标的df。这些点是
由
图像分割生成的3D表面上的点。我试图解决的问题是,这些点是否随机分布在这个曲面上,或者它们是否表现出某种聚集性。我在
R
中测试这个。 dist_df <- dist(df_mat
浏览 0
提问于2018-04-21
得票数 1
1
回答
手工
创建
树状
图:如何修复plot.
hclust
中的“合并”矩阵有无效内容?
、
我正在手动
创建
一个
hclust
对象(即
创建
一个具有所需插槽的列表,然后将其
类
更改为
hclust
)。已知了合并模式、分叉高度、叶节点的顺序
和
叶节点的标签。我的目标(以及测试手段)是绘制出最终的
树状
图。我无法用参数
创建
可绘制的
hclust
对象。下面是一个可重复的
R
代码块,我使用它生成并绘制我的
树状</e
浏览 0
提问于2019-10-27
得票数 1
回答已采纳
1
回答
R
中具有图核的图
聚
类
、
、
我有一
组
大小不同的9张有向图,我想使用图
聚
类
来
创建
一个
树状
图,说明它们的结构相似性,类似于在NetConfer网络比较工具中所做的工作。据我所读,图核似乎是一种公认的量化图之间相似性的方法,而包图核使得许多图核方法在
R
()中可用。该包承诺“使用
由
包计算的内核矩阵,我们可以轻松地执行诸如classifi阳离子、回归
和
对图结构样本的
聚
类
等任务”1。 但是,我不知道如何通过
聚
类
方法使用内
浏览 1
提问于2020-06-24
得票数 0
3
回答
如何根据定义的
组
对
树状
图的标签进行着色?(在
R
中)
、
、
、
、
我在
R
中有一个24行10,000列的数字矩阵。这个矩阵的行名基本上是文件名,我从中读取了24行中的每一行对应的数据。除此之外,我还有一个包含24个条目的单独因子列表,指定这24个文件所属的
组
。主要分为3
类
:醇类、碳氢化合物
和
酯类。,看看矩阵中的数据是如何
聚
类
的。现在我想在
树状
图中
根据它们所属的
组
,即酒精,碳氢化合物或酯,对文件名进行着色。我看了论坛上张贴的不同例子,比如 ,但无法为我的数据实现它。我不确定如何将row.names
浏览 3
提问于2015-06-29
得票数 5
回答已采纳
1
回答
如何对
R
中的数据矩阵进行分层
聚
类
?
、
、
我正试图将从科学数据中产生的数据矩阵进行
聚
类
。我知道我希望如何完成
聚
类
,但不知道如
何在
R
中完成这一壮举。28请考虑A1,A2,A3是一个单一治疗的三个复制,与B
和
C因此,我想分层次地对这个矩阵进行
聚
类
,以查看列之间的所有差异,具体来说,我将
创建
一个
树状
图(树
浏览 1
提问于2013-08-08
得票数 4
回答已采纳
1
回答
指定三个集群组,但将
树状
图
组
划分为四个
、
、
、
、
我用三个生态数据集生成了
树状
图,使用了相同的代码,但每个数据集的对象都是唯一的。
树状
图中
的每一片叶子都是一个调查区,物种的存在/丰富程度推动了
聚
类
的进行。 我把
树状
图分成3
组
,每组进行颜色编码。这对于使用欧几里得距离聚
类
的所有三个数据集
和
使用Bray距离的两个数据集都很好。然而:第三个数据集在使用Bray时将两片叶子聚在一起,并强制颜色代码进行循环,尽管指定了k= 3,但仍然
创建
了k=4
组
浏览 8
提问于2022-05-18
得票数 0
回答已采纳
1
回答
在
R
中绘制漂亮
和
对齐的彩色
树状
图
、
、
、
、
我正在使用Sparcl包()来绘制
R
中的
树状
图。在我的具体问题中,我是根据一个标准对
组
进行
聚
类
,我想通过基于另一个标准的着色来可视化(其目的是表明集群与另一个特性重合(或不重合)。我已经在Sparcl包中做到了这一点,突出了我想强调的节点:d <- dist(as.matrix(df)) hc =
hclust
但不能为任何分支着色)(在图片中这是"Dendrogr
浏览 6
提问于2015-12-16
得票数 1
1
回答
scipy的cut_tree()不返回所请求的簇数,并且用枕
和
快速簇获得的连接矩阵不匹配
、
、
、
、
我正在使用与模块函数相关的包在Python 3中进行
聚
类
分层
聚
类
(Python 3)实验,我发现了函数令人费解的行为。我没有问题地对数据进行
聚
类
,得到一个链接矩阵,Z,使用linkage_vector()
和
method=ward。我使用的
由
10680个矢量组成,每个矢量都有20个维度。所以,我再次运行了前面代码中所示的
聚
类
过程,但是这次只使用了包含至少一个副本的55个向量的数据子集。True 因此,that集群<em
浏览 3
提问于2017-10-04
得票数 2
回答已采纳
4
回答
用ggplot2实现点阵
树状
图的再现
、
、
、
、
library(latticeExtra)x <- t(as.matrix(scale(mtcars)))row.ord <- order.dendrogram(dd.row) col.ord <- order.dendrogram
浏览 4
提问于2011-07-13
得票数 36
回答已采纳
1
回答
在
R
中,是否有一种方法可以在venn
图中
显示分层
聚
类
、
我试图将分层集群显示为、venn图、或任何其他有用的显示(除了)、
树状
图。我希望能够在许多不同的视图类型中显示我的数据。目前这样做将绘制一个
树状
图:plot(x) 或在本例中显示集群数据的任何其他有意义的内容。最好我希望能够在闪亮的中做到这一点,但是一个简单的
R
示例就足够了。提前谢谢你。
浏览 3
提问于2014-10-21
得票数 4
回答已采纳
2
回答
我应该使用哪种集群技术?
、
这种双
聚
类
技术将首先生成用户集群,然后生成页面clusters.after,它将用户集群
和
页面集群结合起来生成双集群。现在,我不知道应该使用哪种集群技术来实现此目的。最好的
聚
类
将从该矩阵生成一致的双色图。
浏览 2
提问于2014-05-07
得票数 0
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