Tidyverse 是 Rstudio 公司推出的专门使用 R 进行数据分析的一整套工具集合,里面包括了readr,tidyr, dplyr,purrr,tibble,stringr, forcats,ggplot2 等包。https://github.com/tidyverse/
做数据分析以及制作表格的时候,会遇到长宽格式数据之间相互转换的问题,之前介绍了如果在Hive是使用sql语句实现,现介绍一下如何在R语言中实现长宽格式数据相互转换。
在数据分析过程中,不同的软件通常对数据格式有一定的要求,例如R语言中希望导入的数据最好是长格式数据而不是宽格式数据,而SPSS软件经常使用宽格式数据。平时数据分析的时候,无法保证导入的数据一定是什么格式,因此需要了解长宽格式数据之间如何相互转换。
长型数据和宽型数据在数据分析中非常常见 ,其中宽型数据更具可读性,长型数据则更适合做分析。
在R中很多内置函数,用于数据框的基本操作,比如转换、分组、排序、拼接等,常见的函数有rbind(),cbind(),dplyr(),tidyr(),reshape2,tidyverse(),base()等,其中,base()是R语言内置包,无需安装。数据处理是ggplot2绘图的基础,同时也是R语言中花费时间较多的工作之一,提高数据处理的效率能够很快的得到可靠美观的图片。
是用于清洗数据的工具,如dplyr一样,其中每一列都是变量,每一行都是观察值,并且每个单元格都包含一个值。 “ tidyr”包含用于更改数据集的形状(旋转)和层次结构(嵌套和“取消嵌套”),将深度嵌套的列表转换为矩形数据框(“矩形”)以及从字符串列中提取值的工具。它还包括用于处理缺失值(隐式和显式)的工具。
很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构,再深入点就会学到循环与自定义函数。有些类似于先认识编程,再按照数据处理、可视化、统计分析等应用方向开始下一个学习的旅程。
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
今天这篇是R语言 with Python系列的第三篇,主要跟大家分享数据处理过程中的数据塑型与长宽转换。 其实这个系列算是我对于之前学习的R语言系列的一个总结,再加上刚好最近入门Python,这样在总结R语言的同时,对比R语言与Pyhton在数据处理中常用解决方案的差异,每一个小节只讲一个小知识点,但是这些知识点都是日常数据处理与清洗过程中非常高频的需求。 不会跟大家啰嗦太多每一个函数的详细参数,只列出那些参数中的必要设定,总体以简单实用为原则。如若需要详细了解每一个函数的内部参数,还是需要自己查阅官方文档
用R画带ErrorBar的分组条形图 本文介绍了如何用R画出带error bar的分组条形图。 笔者近期画了一张带error bar的分组条形图,将相关的代码分享一下。 感谢知乎网友青山屋主的建议,提示笔者要严谨区分技术重复和生物学重复,所以笔者对文章做修改后重发。如果各位有任何建议,欢迎指正。 本文旨在给出一种利用R对生物学重复数据画带error bar的分组条形图的方法。 所用数据是模拟生成的:分成三个组,每个组进行了若干次生物学重复;测量的是3种基因的表达量。数据的部分内容如下: ## g
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介绍tidyr包中五个基本函数的简单用法:长转宽,宽转长,合并,分割,NA简单填充。
oncoplot (瀑布图)经常出现在肿瘤研究中的Fig1 ,可以展示多种变异类型的全景图。
实际上,但凡学过一点点R语言的,都知道如何下载这样的R语言源代码压缩包文件来进行安装。实际上,这个包的 的官方说明书也写的很清楚:http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/
t检验相信大家应该都不陌生。不管是大学里面的数理与统计,还是研究生阶段的生物统计学,里面都会提到t检验。
论文中提供的是宽格式数据,如果使用ggplot2作图需要转换成长格式,这里本来想尝试一下tidyr包中的pivot_longer()函数了,帮助文档没有看明白。没有搞定,还是直接使用reshape2中的melt()函数吧
今天介绍的可视化内容是关于如何快速、便捷的绘制「热力图」,使用到的工具为-「tidyHeatmap」。
2023-11-10,Galaxy生信云平台 UseGalaxy.cn 新增 12 个工具。
R中许多函数希望输入的数据是长格式而不是宽格式。然而像 SPSS 软件经常使用宽格式数据。
安装 R 现在最新版的 R 语言是 3.6.2 版本 (2019 年 12 月 12 日发布),该发行版的名字是 Dark and Stormy Night (漆黑暴风夜 ??),事实上只要用 3.0
要纵向合并两个数据框,可以使用 rbind( )函数。被合并的两个数据框必须拥有相同的变量,这种合并通常用于向数据框中添加观测。例如:
之前介绍了如何将多个性状的箱线图放在一个图上,比如learnasreml包中的fm数据,它有h1~h5五年的株高数据,想对它进行作图。
部分人可能会因为镜像的问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw
DataFrame DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构,它的各行表示一个实例,各列表示一个变量。 一. DataFrame数据流编程 二. 数据读取 readr/httr/DBI 1
刚开始接触R语言是因为单细胞数据分析的需要,那时完全是零基础,学习过程是边抄别人的代码,边理解这些代码的含义,遇到了比较多的坑,包括软件安装,环境配置,R包安装,代码换了参数就报错等。这种纯实战虽然可以快速“上手”,但是没有基础很难提升,而且很难写出自己的代码。
假设数据以 tibble 格式保存。数据集如果用于统计与绘图,需要满足一定的格式要求,(Wickham, 2014) 称之为 整洁数据 (tidy data),基本要求是每行一个观测,每列一个变量,每个单元格恰好有一个数据值。这些变量应该是真正的属性,而不是同一属性在不同年、月等时间的值分别放到单独的列。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
相信经常做数据分析的同学都听说过Cohort 分析,特别是互联网运营中,用于分析客户存留等场景,以往这种分析大都借助SQL+Excel完成。
microRNA作为一种重要的调控因子,是长短约22nt的短链RNA,能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因,从而反向调节目的基因的表达。而实际调控过程中不仅仅是简单的microRNA-mRNA的沉默机制,还有更为复杂的调控网络,一些非编码的RNA同样存在与microRNA的结合位点,在细胞中起到miRNA海绵(miRNA sponge)的作用,进而解除miRNA对其靶基因的抑制作用,升高靶基因的表达水平,也因此构建了庞大的ceRNA网络(ceRNETs),这一作用机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)机制。
你是否想过为什么图书馆的管理员能够将几千本几万本的书籍进行快速的管理?你是否好奇习近平总书记的政府工作报告,随着时间的推移,他传达的信息有什么变化?如何从海量的科研文献中提取导致某疾病的关键蛋白/基因?如何针对用户的网络行为,分析情感特征,根据用户的检索要求或者购买需求,提供相关的信息资料或意向产品?如何根据预先设定的主题类别,对大量的文档进行分类,方便阅读和查找?还在苦恼于毕业典礼照集的几千位校友照中寻找自己的学位授予照片?
为什么要用 Python 呢? 我喜欢用 Python 来处理机器学习问题的一个重要原因是 Python 吸取了 R 社区的优点,同时还将其进行了优化打包。我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库,因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。 glm, knn, randomForest, e1071 -> scikit-learn R 语言的一个缺点是每个机器学习算法都有一个相应的软件包,这大大提升了用户的学习成本。Python 中的scikit-le
我喜欢用 Python 来处理机器学习问题的一个重要原因是 Python 吸取了 R 社区的优点,同时还将其进行了优化打包。我一直认为编程语言的能力取决于它的软件库,因此本文将着重介绍我经常使用的一些关于机器学习算法的 R 包和 Python 中的替代包。
如今数据分析如火如荼,R与Python大行其道。你还在用Excel整理数据么,你还在用spss整理数据么。
核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。
tidyHeatmap基于ComplexHeatmap,遵循图形语法,最大的好处是直接使用长数据画热图,这是目前其他画热图的R包所不具备的。
可以看到如往常一样,中文字符也是以方块的形式展示,但是如果我们点击Export将其导出为pdf格式可以看到中文字符正常显示了,如下图所示。
文章来源:"Preoperative immune landscape predisposes adverse outcomes in hepatocellular carcinoma patients with liver transplantation" (2021,npj Precision Oncology),数据与代码全部公开在https://github.com/sangho1130/KOR_HCC。
逻辑运算是数学运算的重要组成部分,但其更是计算机计算的底层设置。作为一门数据处理语言,逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算:TRUE/FALSE.
18例患者有肿瘤活检样本,一半是atezo+paclitaxel组,一半是paclitaxel化疗组,2例患者在疾病进展后有肿瘤样本。Responder(R;n=9,包括CR/PR样本)或Non-responder(NR;n = 12,包括SD/PD样本),在联合治疗组获得了4例PR和7例SD,而在化疗组获得了5例PR,3例SD和2例PD, 1例not available。 这么看来,同样的11例患者,化疗组疗效更好啊,也不论PD-L1的表达。不过联合治疗组DCR 100%了
整理数据的本质可以归纳为:对数据进行分割(Split),然后应用(Apply)某些处理函数,最后将结果重新组合(Combine)成所需的格式返回,简单描述为:Split - Apply - Combine。plyr包是Hadley Wickham为解决split – apply – combine问题而写的一个包。使用plyr包可以针对不同的数据类型,在一个函数内同时完成split – apply – combine三个步骤。plyr包的主函数是**ply形式的,函数名的第一个字符代表输入数据的类型,第二个字符代表输出数据的类型,其中第一个字符可以是(d、l、a),第二个字母可以是(d、l、a、_ ),不同的字母表示不同的数据格式,d表示数据框格式,l表示列表,a表示数组,_则表示没有输出。
作为专业人员,要不断的学习新事物,多多读书思考,克服浮躁情绪,才可以让自己的内心清澈如池水。不断的注入活水(新知识),才能滋润心灵焕发神采,才能达到比较高的境界!
先构造一个练习数据集,假设有15个病人,每个病人有年龄、性别、症状、是否有RNA-seq和WES测序等信息。
API是获得Web数据的重要途径之一。想不想了解如何用R调用API,提取和整理你需要的免费Web数据呢?本文一步步为你详尽展示操作流程。
参见:https://mp.weixin.qq.com/s/oxElKitqQjwtD8HkpKk_JQ
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
今天分享R语言中的柱形图,所有图表语法都基于ggplot2包中的ggplot函数完成 。 其实R语言本身就带有各种作图函数,比如plot、bar、pie等,而且语法非常简单明了,为什么还要用ggplot2这种语法独立性很强、自成体系的作图包来作图呢? 一个例子就能感受到: plot(mpg$cty,mpg$hwy)#R语言内置散点图函数(无需加载任何辅助工具包) ggplot(mpg,aes(cty, hwy)) + geom_point(colour="steelblue")+labs(x = "City
玩转(整理)数据的原则是明确的:让数据变的更好用(符合下层函数参数的格式要求),方便用户查找和阅读。简而言之:易阅读,方便用。
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