添加显著性标记用到的是ggsignif包中的geom_signif()函数 在昨天推文的基础上，如果是利用带重复的原始数据作图，然后利用geom_signif()函数作图的时候我遇到了报错，暂时还不知道如何解决...相当于是用原始数据先算了平均值和标准差 这里的赋值符号他直接用的等于号=，而没有用<- 给因子变量指定水平 df$Genotype<- factor(df$Genotype, levels=(c(...) df$Material<- factor(df$Material, levels=(c("Shredded paper","Square", "Bedding", "Twist"))) 加载需要的R...包 library(ggplot2) library(ggsignif) 簇状柱形图的代码 ggplot(df, aes(x=Material, y = Mean, fill=Genotype))...annotate()函数是差不多了，代码比较繁琐，而且还需要额外单独做显著性分析。
研究者常常要比较两组数据是否有统计学差异，并且要将这种差异在图形上通过线和注释标注出来。 ? ggplot2包是一个很好的可视化包，ggsignif包是ggplot2包的一个扩展包。...安装R包 install.packages("ggplot2") # 安装包 install.packages("ggsignif") # 安装包 library(ggplot2) # 加载包 library...如上图所示，可以看到两组是有统计学差异的，但是图中的P值使用的是科学计数法，其实还可以使用*或注释来表示。 通过添加参数map_signif_level=TRUE，可以将统计学差异表示为*符号。...3.2 多组两两比较 还是使用上面的数据集数据。 我们在图上添加3组数据两两比较的统计学差异P值。...请注意：一般根据数据是否符合正态分布，选择合适的统计方法，上面的数据集我统计学方法都是默认的，可以使用函数中的test参数来指定统计学方法。
"ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com "ggplot2添加p值和显著性 - 简书 (jianshu.com)")") 前言 之前提到过两个快速出图的R包：58-R可视化...ps：其实这里虽然数据本身是按照正态划分，但分组以后的数据呢？其实最好再对分组之后的每个数据做一个正态性检验。这里我只是举个例子，实际应用中参数方法还应考虑方差齐性等。...不得不说，虽然审美层面我对其的一些做法并不认同，但可视化领域，它真的是老师般的存在。 多组比较 主要使用方法stat_compare_means。如果需要检验两组以上数据是否存在差异，使用该方法。...关于annotations 参数的详细用法，可以参考：Chapter 5 How to Annotate a Graph Using GG Signif[3] 带颜色的标记 需要注意的是，ggplot...=6,test=wilcox.test,step_increase=0.2) 一些思考 可问题是，如果我color 与x 均映射的多个组别希望进行比较，应该如何设定呢？
CS4: 做出来的图中的一些文字标记进行一定的修补等。...需要的R 包即具体实现过程： install.packages('ggplot2') #安装ggplot画图包 library(ggplot2)#导入ggplot包 然后就是要读取数据了,为了方便初学者...发现目标图中，下标都单独拿出来形成了legend，这是想到其实ggplot直接作box plot就可以直接搞定，但是数据格式略有不同，准备的数据为： ?...image.png 箱图2： 带p value的箱图的绘制 先要安装另外两个包：ggsignif这个显著性检验的包 install.packages('ggsignif') 和ggthemr包：...各类检验适用 的情况如下： ? ggsignif主要的一个函数是geom_signif()，使用方法和ggplot2中其他的geom_***()一样，作为图层添加到图形中就可以，他的主要参数为： ?
下图中标示了箱线图中每条线和点所表示的含义，应用到了分位数的概念。...1 boxplot函数（R自带） 最方便的方法就是用boxplot函数，不需要依赖任何包 boxplot(data$Value, ylab="Value") ?...同样的，我们可以对箱线图添加抖动点，但是分组之后，并不能直接添加抖动点，需要增加两列信息来辅助画抖动点 # 增加dist_cat和scat_adj ，用于画抖动点data% mutate...3 ggpubr (带显著性的箱线图) 生成数据 # 均值为3，标准差为1的正态分布c1<- rnorm(100,3,1)# Johnson分布的偏斜度2.2和峰度13c2<- rJohnson(100...，它可以直接帮你画出箱线图、密度分布图、直方图、点图、偏差图，最重要的是画这些图的同时标上significance levels，使用起来也比较简单。
他的老师希望能把一个基因集里所有的基因（一个通路里面的，或者上下调最显著的基因列表）都做箱线图，表现在两个组中的表达情况。...一个基因集中的基因往往超过十个，这次就不能像之前那样一个个的画图拼接，必须要用循环做图了。...，所以“今西”小伙伴使用了如下所示的代码： i =2 colnames(gencounts)[i] # 不报错，但是绘图是失败的后面的aes_string的差异 # 这里需要着重强调 aes 和 if...✦ 几何对象（Geometric objects, geoms）代表在图中实际看到的点、线、多边形等。...前面我们介绍了绘图小白神包： 新手绘图一站式R包ggstatsplot 新手绘图一站式R包之ggpubr 另外推荐5个ggplot2资源 ggplot2作者亲自写的书 链接：https://ggplot2
在图形解读之Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图中，我们提出图形解读的一般原则：从图的基本构造入手，拆解图的横轴、纵轴、几何对象和对象属性的含义，理解图的每一部分代表什么，然后再整体解读图中的差异点...比如右图中PF4基因在Cluster 7里面的各个细胞中表达显著高，可以视作Cluster 7的Marker基因。...有的，基因的相对表达变了，有的降了，有的升了，但整体一致，如下面连线的小提琴图所示。 ? 图源：易生信PPT 为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的？ 什么？你做的差异基因方法不合适？...箱线图绘制方法 R语言学习 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图） R语言 - 箱线图一步法 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色) 推荐使用功能强大的在线绘图网站-ImageGP...- 富集分析和表达数据可视化 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D 学习津贴 单篇留言点赞数的第一位（点赞数至少为8）可获得我们赠送的在线基础课的9折优惠券。
14个组中，有一多半都和他们一样，做的是维基百科页面访问量分析。 为什么会这样呢？ 因为我在布置作业的时候，很贴心地给了一个样例，是我之前写的一篇教程《如何用R和API免费获取Web数据？》。...因为 ggplot2 的作者，是大名鼎鼎的 R 语言大师级人物 Hadley Wickham 。 他创造 ggplot2，并非为 R 提供另一种绘图工具，而是提供另一种绘图方式。...调用返回值的 content 属性： r.content 这一屏幕，密密麻麻的。 其中许多字符，甚至都不能正常显示。这可怎么好？...但是，咱们不能把它们都当成字符串来处理啊。 例如日期，应该按照日期类型来看待，否则怎么做时间序列可视化？ AQI的取值，如果看作字符串，那怎么比较大小呢？ 所以我们需要转换一下数据类型。...为了让图中的中文正常显示，我们需要指定中文字体，这里我们选择的是开源的“文泉驿微米黑”。 数据可视化结果，如下图所示。 png 怎么样，这张对比图，绘制得还像模像样吧？
然而，图形语法的翻译在ggplot2中没有对应关系（它的作用是由内置的R功能发挥的）。...因为即使我们使用了许多缺省值，ggplot2的显式语法语法也相当冗长，这使得快速尝试不同的绘图变得困难。它还模仿plot()函数的语法，使ggplot2对于熟悉Base R图形的用户更容易使用。...曲线也有置信带，我们可以设置se=FALSE来关闭置信带。...实际上，在ggplot2中，除了颜色之外，我们还可以使用大小、形状、笔划（边界的厚度）和填充（填充颜色）来区分适当绘图中的分组。...4.3.3.3 使用坐标系统来调节和限制X轴和Y轴 坐标系的用途是在计算机屏幕上调整从坐标到二维平面的映射。在ggplot2中可用的不同坐标系中，笛卡尔坐标系和极坐标系是最常用的坐标系。
介绍 gghalves可以通过ggplot2轻松地编写自己想要的一半一半（half-half plots）的图片。比如：在散点旁边显示箱线图、在小提琴图旁边显示点图。...默认为NULL，使用ggplot()中aes()指定的映射。 data 指定数据框。默认为NULL，使用ggplot()中的数据。...这里小编对代码进行详细解释，喜欢的伙伴，可以按照解释自己理解，并用到自己实际所需的复合图中。 先将数据的统计摘要进行计算存到了summ_iris中，包含了均值，标准差，数量标准误差。...这里比较有趣的是，作者还通过geom_point和geom_errorbar加入和汇总信息以及对应的误差项。...最后使用ggpubr包的geom_signif加入显著性结果，ggsave保存图片。
所以这个不靠谱的up主现在又可以重启这个公众号啦。 在这里要感谢所有给大猫留言和加大猫微信的读者，和你们的讨论让我受益良多~毕业之后等大猫发毕业照23333 问 题：为什么ggplot2有这个硬伤？...稍微对ggplot2有所了解的小伙伴都知道，ggplot2中是无法同一张图中画出两个y轴的，也即，下面这张图用“正常”的ggplot是画不出来的（大猫会在最后给出一个奇技淫巧的实现办法）： ?...我尊重并喜欢ggplot2对于“正确作图理念”的坚持。我相信ggplot2正在向大家普及什么是符合规范的数据可视化技巧。 ? B ut ... 但是故事没完！...确实上面的这些批评意见很有道理——我可以不给客户看，但我自己在做数据分析的时候画给自己总行了吧？...毕竟很多时候在做时间序列分析的时候，我们需要把多个不同量纲的变量画在同一个图中来快速获得变量之间的联动关系。退一万步讲：我可以不用，但你不能没有。 S o ...
这个R教程讲解如何使用R和ggplot2包创建线图。 在一个线图中，观察值都按照x排列并连接起来。 可以使用函数geom_line()、geom_step()或geom_path()。...ggplot2 line plot - R software and data visualization 基本的线图 数据 这里使用的数据来自数据集ToothGrowth，描述了不同剂量药物下牙齿的生长情况...D1 10.0 ## 6 OJ D2 29.5 len : 牙齿长度 dose : 药物剂量，以毫克为单位 (0.5, 1, 2) supp : 添加类型 (VC or OJ) 创建线图 在下面的图中...阅读ggplot2图例： ggplot2 legend[5] 带数值型x轴的线图 如果x轴的变量是数值型，我可以可以将它根据自己的需要看做连续值或转换为因子变量。...带误差棒的线图 下面函数为每一个组别计算感兴趣变量的均值和标准差： #+++++++++++++++++++++++++ # Function to calculate the mean and the
： 大家记住哦，画图是让自己的数据可视化 我给大家介绍下常见的可视化R包： 一、基础绘图函数 ①、复习plot()函数 提个小问题：图中6.5和4是什么？...= 'hello') dev.off() #关闭画板 ②、先观察下面两个函数，后面会详细介绍： 二、ggplot2包 大家看看学习目录，这是我们接下来要学习的内容 1、入门级绘图模板 大家记住上面的模板...包语法要简单： 两两之间的比较： #3.ggpubr 新手友好型 ggplot2简化和美化 褒贬不一 library(ggpubr) ggscatter(iris, x="Sepal.Length...", y="Petal.Length", color="Species") 四、图片的保存 三段式： 五、阿榜给大家带来一个被叫做神器的R包 为什么它会被叫做神器..., y = Petal.Length, color = Species)) ## Q1 能不能自行指定映射的具体颜色
继上次使用tmap包制作含有指北针(compass)和比例尺(scale bar)以及南海小地图的添加，详细内容分别见如下两篇文章：R-tmap 绘制带指北针和比例尺的空间地图和 R-tmap+grid...虽然tmap包有着类似于ggplot2绘图语法，但对习惯使用ggplot2绘图的小伙伴怎不怎么友好。那么今天本期推文就使用 ggspatial 包实现指北针和比例尺的添加。...主要涉及的知识点如下： sf包shp文件读取及转换投影 ggplot2 + ggspatial 实现指北针和比例尺的添加 sf 读取shp文件并转换投影 我想经常使用R处理空间数据的小伙伴们对sf包一定特别熟悉...由于其投影精度高，变形小，而且计算简便（各投影带坐标一致，只要算出一个带的数据，其他各带都能应用），因此在大比例尺地形图中应用，可以满足军事上各种需要，并能在图上进行精确的量测计算(来源于百度)。...这里提一下：有的小伙伴说R添加字体比较麻烦，我是这么添加的： #添加字体 windowsFonts( Cinzel = windowsFont("Cinzel"),#这里使用的是字体的主题名称
export 包 Y叔公众号biobabble分享的文章《我不会用illustrator，只会用PPT》，主要功能是可以将R生成的图片导出为ppt, word, excel等格式 ballr 可以抓取NBA...，比如某篇论文的图片配色非常喜欢，可以直接提取并且用到自己想画的图中——infigure ggridges Geoms to make ridgeline plots with ggplot2 山脊图...VennDetail 用来画韦恩图的包，但是自己的R版本是3.4.2，暂时还不能够安装 重新试了一下，使用函数install_github()可以安装 R-cmplot https://github.com...为什么会用这个名字呢？...下面是帮助文档里的例子 ? image.png hrbrthemes 为ggplot2补充一些主题，好像主要是字体方面的，帮助文档中的一个例子 ?
除了基础图形，grid、lattice和ggplot2软件包也提供了图形系统，它们克服了R基础图形系统的低效性，大大扩展了R的绘图能力。...四种常见的作图系统中，ggplot2包基于一种全面的图形“语法”，提供了一种全新的图形创建方法。这个包极大地扩展了R绘图的范畴，提高了图形的质量。...不像其他的R包，ggplot2凭借其自身就可以被认为一种综合图形编程语言。它有自己的学习曲线，有时这个曲线比较陡，但是坚持住，这些努力都是值得的。 图2，线性拟合结果图 ? 图3，“分组”示例图 ?...图6，小提琴图和箱线图的组合 ? 讲到这里，必须要强调使用ggplot2的最终目的还是为了更好的理解数据。而为了理解数据，在一个图中画出两个或更多组的观察值通常是很有帮助的。...如果我想要把图13里面在右边的图例换个位置，那也不是一件难事，如图14。 图14，图例修改示意图 ?
大家好，又见面了，我是你们的朋友全栈君。 6月份一直在忙期末考试，今天来迅速的学习下ggplot2包的简单绘图。...R的基础包里面也有很多画图函数，例如plot();barplot();qqplot(); 但是还有大名鼎鼎的ggplot2包，用这个包的函数画出的图比较漂亮，而且使用灵活。...以下用的数据是一份毕业生数据，来自王斌会主编的《数据分析与R语言建模》的练习数据，一共48个样本点，9个属性 一、数据 在ggplot2中，接受的数据集必须是以data.frame格式的。...，第二种和第三种都是按照性别这个变量分颜色，第三种比较好记忆，相当于先画好图，再加上带颜色的散点。...(aes(y = cut)) #修改默认的y的映射关系, 注意图中y轴名称仍然以默认的price表示 dp + geom_point(aes(color = NULL))#删除默认的color映射关系
但是我依然能够达到自己的目的，自定义所需的指标数据，自定义输出的数据地图的填充颜色、标签等外观和格式。...在正式开始之前，必须确保你的R语言环境中已经安装以下包： ggplot2 plyr maptools 如果还未安装，需要先安装:install.packages("ggplot2","plyr","maptools...") 然后下载地图的作图数据文件：（该文件获取途径比较难，所以我会直接共享在网盘里，点击文末阅读原文获取。）...下面是正式作图步骤： 1、加载所需要的R包： library(ggplot2) library(plyr) library(maptools） 2、读入作图数据： china_map = readShapePoly...以上代码及其输出的热力数据地图是使用R中的经典数据可视化包——ggplot2包完成的。其中通过多个图层叠加（图层之间用“+”实现连接）。
大数据文摘出品 编译：睡不着的iris、陈同学、YYY 不知道如何在地图上可视化网络图？下面这篇博客将使用R中的igraph、ggplot2或ggraph包来介绍三种在地图上可视化网络图的方法。...当我们对节点（nodes）为地理位置的网络图进行可视化时，比较有效的做法是将这些节点绘制在地图上并画出它们之间的连接关系，因为这样我们可以直接看到网络图中节点的地理分布及其连接关系。...准备工作 首先，我们需要加载下面的库： library(assertthat) library(dplyr) library(purrr) library(igraph) library(ggplot2...比较麻烦的是，我们不能在同一个图形属性上定义两种不同的标度，即使这个图形属性要用于不同的几何对象（比如在我们这个例子里：“尺寸”这个图形属性被同时用于节点的大小和边的线宽）。...这样我们就可以对节点和边使用不同的标度了。默认情况下，ggraph将根据你指定的布局算法放置节点。
因为之前自己已经学习过R语言基础的一些内容，包括：数据类型与数据结构、函数与R包、R语言作图基础等，今天的学习内容主要是《R数据科学》这本书的第一章——使用ggplot2进行数据可视化。...1.1准备工作ggplot2是tidyverse的一个核心R包，首先需要加载tidyverselibrary(tidyverse)此处用到内置数据mpg（mpg是一个数据框）复习数据框的概念：变量（列）...facet_wrap的帮助页面。nrow和ncol的功能分别是什么？还有哪些选项可以控制分面的布局？为什么函数facet_grid()没有变量nrow和ncol？...为什么要在本章前面的示例中使用这句代码？不显示图例（4）geom_smooth()函数中的se参数的作用是什么？...哪些参数可以控制它的行为？（5）在比例条形图中，我们需要设定group = 1，这是为什么呢？换句话说，以下两张图会有什么问题？
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