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测序数据组装的常用工具

该软件可以同时接受多组paired-end、mate-pairs和unpaired reads数据的输入。...因此参数值为正的浮点数或者auto、off，默认为off，当为auto时使用保守策略自动计算阈值。...gap与实际填补的gap长度差异最大值，默认50bp -L：用于搭建scaffold的最短contig长度，默认为K+2 -u：搭建scaffold前不屏蔽coverage过高/过低的contig，默认屏蔽...短插入片段(<2k)默认值为3，长插入长度序列默认值为5 map_len=32 #可选参数，map_len该参数规定了在map过程中reads和contig的比对长度必须达到该值（比对不容mismacth...--num_threads 20 --min_contig 300 & 其中参数含义如下所示： -o，--out：结果输出路径 -r，--read：输入的序列数据，fasta格式 (reads长度<=500

2.3K20
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【面试高频系列】LCS 问题与 LIS 问题的相互关系，以及 LIS 问题的最优解证明

示例 1： 输入：target = [5,1,3], arr = [9,4,2,3,4] 输出：2 解释：你可以添加 5 和 1 ，使得 arr 变为 [5,9,4,1,2,3,4] ，target...示例 2： 输入：target = [6,4,8,1,3,2], arr = [4,7,6,2,3,8,6,1] 输出：3 提示： 1 <= target.length, arr.length <=...其中一个经典的性质就是：当其中一个数组元素各不相同时，最长公共子序列问题（LCS）可以转换为最长上升子序列问题（LIS）进行求解。...同时最长上升子序列问题（LIS）存在使用「维护单调序列 + 二分」的贪心解法，复杂度为 。...本质是利用「当其中一个数组元素各不相同时，这时候每一个“公共子序列”都对应一个不重复元素数组的下标数组“上升子序列”，反之亦然」。 我们可以使用题目给定的两个数组（ 和 ）理解上面的话。

1.3K30

5.3 SPPNet

SPP层对特征进行池化，并产生固定长度的输出，这个输出再喂给全连接层 注：在CNN之前，SPP一直是各大分类比赛和检测比赛的冠军系统中的核心组件，分类或者检测中都会用到 R-CNN模型 SPPNet...map 2、让SS算法得到候选区域与feature map直接映射，得到候选区域的映射特征向量(这是映射来的，不需要过CNN) 3、映射过来的特征向量大小不固定，所以这些特征向量塞给SPP层(空间金字塔变换层...)，SPP层接收任何大小的输入，输出固定大小的特征向量，再塞给FC层4、经过映射+SPP转换，简化了计算，速度/精确度也上去了 1、SPP层怎么可以接收任意大小的输入，输出固定的向量？...4×4的feature map SPP突出的优点 1、SPP能在输入尺寸任意的情况下产生固定大小的输出，而以前的深度网络中的滑窗池化(sliding window pooling)则不能...使用真实标注的窗口去生成正例。负样本是那些与正例窗口IoU不超过30%的候选窗口。如果一个负样本与另一个负样本IoU超过70%就会被移除。对于全部20个分类训练SVM小于1个小时。

30810

找到字符串中所有字母异位词（LeetCode 438）

示例 1： 输入: s = "cbaebabacd", p = "abc" 输出: [0,6] 解释: 起始索引等于 0 的子串是 "cba", 它是 "abc" 的异位词。...示例 2： 输入: s = "abab", p = "ab" 输出: [0,1,2] 解释: 起始索引等于 0 的子串是 "ab", 它是 "ab" 的异位词。...关于数据结构的选择，可以使用 map 存储字母及其出现的个数。 时间复杂度： 这种解法的空间复杂度很高 O(len(s)*len(p))。 空间复杂度： O(len(p))。...p 的长度相同，所以我们可以在字符串 s 中构造一个长度为与字符串 p 的长度相同的滑动窗口，并在滑动中维护窗口中每种字母的数量；当窗口中每种字母的数量与字符串 p 中每种字母的数量相同时，则说明当前窗口为字符串...在算法的实现中，我们可以使用数组来存储字符串 p 和滑动窗口中每种字母的数量。 当字符串 s 的长度小于字符串 p 的长度时，字符串 s 中一定不存在字符串 p 的异位词。

23810

golang学习笔记之一 - 基础知识与概念

/* 输出 [q w e r] [113 119 101 114] 0 q 1 w 2 e 3 r a apple b banana c car */ map定义 /* 声明变量，默认 map 是 nil...共用时10s } // 使用并发 func goroutine() { go say("hello333") say("world444") // 同时输出，共用时5s，因为是两个不同的...数组声明：由于长度也是数组类型的一部分，因此[3]int与[4]int是不同的类型，数组也就不能改变长度。...map是无序的，每次打印出来的map都会不一样，它不能通过index获取，而必须通过key获取 map的长度是不固定的，也就是和slice一样，也是一种引用类型 内置的len函数同样适用于map...，在多个go-routine存取时，必须使用mutex lock机制 map的初始化可以通过key:val的方式初始化值，同时map内置有判断是否存在key的方式 map也是一种引用类型，如果两个

19430

1165. 单词环(spfa求负环)「建议收藏」

如果字符串 A 的结尾两个字符刚好与字符串 B 的开头两个字符相匹配，那么我们称 A 与 B 能够相连（注意：A 能与 B 相连不代表 B 能与 A 相连）。...=22（重复部分算两次），总共使用了 3 个串，所以平均长度是 223≈7.33。...输入格式 本题有多组数据。 每组数据的第一行，一个整数 n，表示字符串数量； 接下来 n 行，每行一个长度小于等于 1000 的字符串。 读入以 n=0 结束。...输出格式 若不存在环串，输出”No solution”，否则输出最长的环串的平均长度。 只要答案与标准答案的差不超过 0.01，就视为答案正确。...数据范围 1≤n≤105 输入样例： 3 intercommunicational alkylbenzenesulfonate tetraiodophenolphthalein 0 输出样例： 21.66

14910

前端学数据结构与算法（十一）：看似简单又让人抓狂的二分查找算法

示例 1: 输入: [1, 3, 5, 6], 5 输出: 2 示例 2: 输入: [1, 3, 5, 6], 2 输出: 1 示例 3: 输入: [1, 3, 5, 6], 7 输出: 4 示例...4: 输入: [1, 3, 5, 6], 0 输出: 0 这题的示例已经描述的很清楚了，如果正好右这个元素，就返回这个元素的下标。...示例1： 输入: [1,1,2,3,3,4,4,8,8] 输出: 2 示例2： 输入: [3,3,7,7,10,11,11] 输出: 10 注意: 您的方案应该在 O(log n)时间复杂度和 O(...] 2.1 - 中间元素与前一个元素相同时，唯一不同的那个元素在左侧部分，因为既然都是偶数，哪边有相同的元素，哪边就是奇数数组了，下一次查找截止的位置为mid - 2。...还有就是当遇到有序、查找这两个关键词，很容易就能想到使用二分查找法先试试。如果是无序的呢？那就和最后一个题目一样，排序之后再找即可。

43730

每日算法题：Day 14（数据结构）

例如输入字符串abc,则打印出由字符a,b,c所能排列出来的所有字符串abc,acb,bac,bca,cab和cba。 输入一个字符串,长度不超过9(可能有字符重复),字符只包括大小写字母。...例如输入一个长度为9的数组{1,2,3,2,2,2,5,4,2}。由于数字2在数组中出现了5次，超过数组长度的一半，因此输出2。如果不存在则输出0。...思路： 首先，第一个思路，我们不考虑空间复杂度，这种在笔试时最好用，使用一个哈希表，然后遍历，由于unordered_map中不允许重复的key，因此每遍历到相同的key，value就加一。...STL内部实现时，首先分配一个非常大的内存空间预备进行存储，即capacituy（）函数返回的大小，当超过此分配的空间时再整体重新放分配一块内存存储，这给人以vector可以不指定vector即一个连续内存的大小的感觉...当动态添加的数据超过vector默认分配的大小时要进行整体的重新分配、拷贝与释放 3 资源分享 欢迎关注我的个人公众号 （算法工程师之路），公众号内有大量视频资料和电子书资料以及算法笔记，回复关键字即可获取

50620

腾讯技术团队出品的《面向开发人员梳理的代码安全指南-Go安全指南》

、defer处理系统异常，避免出错信息输出到前端 defer func () { if r := recover(); r !...1.6.3【推荐】不使用弱密码算法 在使用加密算法时，不建议使用加密强度较弱的算法。 // bad crypto/des，crypto/md5，crypto/sha1，crypto/rc4等。...1.7 正则表达式 1.7.1【推荐】使用regexp进行正则表达式匹配 正则表达式编写不恰当可被用于DoS攻击，造成服务不可用，推荐使用regexp包进行正则表达式匹配。...1.1.1【必须】按类型进行数据校验 所有外部输入的参数，应使用validator进行白名单校验，校验内容包括但不限于数据长度、数据范围、数据类型与格式，校验不通过的应当拒绝 // good import...，由于多个协程同时使用同一个变量会产生数据竞争，造成执行结果异常。

1.2K20

LeetCode-面试题48-最长不含重复字符的子字符串

# LeetCode-面试题48-最长不含重复字符的子字符串 请从字符串中找出一个最长的不包含重复字符的子字符串，计算该最长子字符串的长度。...示例1： 输入: "abcabcbb" 输出: 3 解释: 因为无重复字符的最长子串是 "abc"，所以其长度为 3。...示例2： 输入: "bbbbb" 输出: 1 解释: 因为无重复字符的最长子串是 "b"，所以其长度为 1。...示例3： 输入: "pwwkew" 输出: 3 解释: 因为无重复字符的最长子串是 "wke"，所以其长度为 3。...对于acb而言下一个字符r不是重复的字符，其在dp[j-1]之外，所以dp[j] = dp[j-1]+1 当dp[j-1]>=j-i，说明字符在dp[j-1]区间之中，含有重复字符，则dp[j]的左边界由第一次出现的重复字符的位置觉得

25120

论文阅读学习 - AffordanceNet for Object Affordance Detection

Mask R-CNN中的 RoI 对齐层，对于每个 RoI，RoIAlign 从图片 feature map(如，VGG 的 conv5_3 层的输出) 中提取和池化特征，得到固定尺寸 7×7 的 feature...affordance map；其最后一层接 softmax 层以输出 multiclass affordance mask. 2.1 RoIAlign 基于 Mask R-CNN....Faster R-CNN-RPN，RPN 与 backbone 网络共享权重，并输出在不同 size 的 bounding boxes(RoI/object proposal)； 对于每个 RoI，采用...给定输入图片，采用 VGG16 作为 backbone 网络来提取深度特征； RPN 与 backbone 网络共享权重参数，并输出候选 bounding boxes(RoIs)； 对于每个 RoI，采用...resized 短边长度为 600 个像素；长边长度不超过 1000 个像素；超过 1000 个像素的，设置为 1000.

1.1K30

【day09】LeetCode（力扣）每日一刷

/ 示例 1： 输入：arr = [15,88], pieces = [[88],[15]] 输出：true 解释：依次连接 [15] 和 [88] / 示例 2： 输入：arr = [49,18,16...输入：root = [3,9,20,null,null,15,7] 输出：[[3],[9,20],[15,7]] / 示例 2： 输入：root = [1] 输出：[[1]] / 示例 3...： 输入：root = [] 输出：[] 解题思路： 层序遍历，考验的是广度优先搜索，使用队列来实现； 将树的节点按照层次来处理，根节点独自为第一层。...将同一层的节点按顺序入队，出队时用集合存放起来，同时判断是否存在孩子，存在则左右孩子依次入队。 当同一层节点全部出队，集合便记录下来了本层的层序遍历节点顺序，同时下一层的节点也全部一次入队了。...= nums.length-1,mid,num; while(L <= R){//数组左边界与有边界未错位时 mid = L+((R-L) >> 1); //获取中间下标

37920

fasterrcnn详解_faster RCNN

，因为它要把输入的所有像素点连接起来,需要指定输入层神经元个数和输出层神经元个数，所以需要规定输入的feature的大小。...如果原图输入是224×224，对于conv5出来后的输出，是13x13x256的，可以理解成有256个这样的filter，每个filter对应一张13×13的activation map.如果像上图那样将...activation map pooling成4×4 2×2 1×1三张子图，做max pooling后，出来的特征就是固定长度的(16+4+1)x256那么多的维度了.如果原图的输入不是224×224...总结而言，当网络输入的是一张任意大小的图片，这个时候我们可以一直进行卷积、池化，直到网络的倒数几层的时候，也就是我们即将与全连接层连接的时候，就要使用金字塔池化，使得任意大小的特征图都能够转换成固定大小的特征向量...比较简单的思路就是： 注意：只有当Proposal和Ground Truth比较接近时（线性问题），我们才能将其作为训练样本训练我们的线性回归模型，否则会导致训练的回归模型不work（当Proposal

68921

LeetCode-剑指offer

示例 1: 输入：s = "abaccdeff" 输出：'b' 示例 2: 输入：s = "" 输出：' ' 解答 方法1：哈希表/Map 遍历字符串 s ，使用哈希表统计各字符出现次数。...空间复杂度 O(N) ： 最差情况下，即当树为满二叉树时，最多有N/2 个树节点 同时 在 queue 中，使用 O(N) 大小的额外空间。...空间复杂度 O(N) ： 最差情况下，即当树为满二叉树时，最多有 N/2 个树节点同时在 queue 中，使用 O(N) 大小的额外空间。...返回值： 即 isSame(root.left, root.right) ; isSame(L, R) ： 终止条件： 当 L 和 R 同时越过叶节点： 此树从顶至底的节点都对称，因此返回 true ；...提示：输入输出格式与 LeetCode 目前使用的方式一致，详情请参阅 LeetCode 序列化二叉树的格式。你并非必须采取这种方式，你也可以采用其他的方法解决这个问题。

1.2K20

【深度学习】深度图像检测算法总结与对比

接下来就和R-CNN类似，训练SVMs时对于所有proposal进行严格的标定（可以这样理解，当且仅当一个候选框完全包含ground truth区域且不属于ground truth部分不超过e.g,候选框区域的...ROIs Pooling顾名思义，是Pooling层的一种，而且是针对RoIs的Pooling，他的特点是输入特征图尺寸不固定，但是输出特征图尺寸固定； 什么是ROI呢？...4.2 RPN与Faster-R-CNN特征共享 RPN在提取得到proposals后，作者选择使用Fast-R-CNN实现最终目标的检测和识别。...YOLO使用了24个级联的卷积（conv）层和2个全连接（fc）层，其中conv层包括3*3和1*1两种Kernel，最后一个fc层即YOLO网络的输出，长度为S*S*(B*5+C)=7*7*30.此外...使用VOC2012测试不同算法的mean Average Precision，YOLO的mAP=57.9%，该数值与基于VGG16的RCNN检测算法准确率相当。

67640

算法笔记(一)

示例 1: 输入: [1,3,5,6], 5 输出: 2 示例 2: 输入: [1,3,5,6], 2 输出: 1 示例 3: 输入: [1,3,5,6], 7 输出: 4 示例 4: 输入: [1,3,5,6...不要使用额外的数组空间，你必须仅使用 O(1) 额外空间并「原地」修改输入数组。 元素的顺序可以改变。你不需要考虑数组中超出新长度后面的元素。...return j + 1; // 返回有效数组的长度 }; 时间复杂度：O(n) 空间复杂度：O(1) 解析： 当遍历的值与j相等时，意味着是「重复元素」，因此不进入判断直接跳过； 当不相等时进入判断...示例： 输入：s = 7, nums = [2,3,1,2,4,3] 输出：2 解释：子数组 [4,3] 是该条件下的长度最小的子数组。 思路： 首先考虑使用暴力法破解，通过两层循环来累加进行判断。...： 使用num <= tar而不是l < r || t < b作为迭代条件，是为了解决当n为奇数时，矩阵中心数字无法在迭代过程中被填充的问题。

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