首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

2023.4生信马拉松day7-R语言综合应用

parentheses -(3)管道符%>%可以更加简洁明了;%>%表示向后传递,把管道符前面所有的东西作为后一个函数一个参数;管道符号永远在中间,后面一定有东西; # 连续步骤 # 1.多次赋值...:安装R满分操作——根据一个包是否已安装来决定要不要安装这个包; if(!...——现学就行~ # 生成一个表达矩阵 set.seed(10086) #为了让模拟分析结果可重现,给rnorm设计一个随机数种子,保证它每次生成随机数都是那一组; exp = matrix(rnorm...★★ 1. iner_join 两个表格按照共同一列取交集,连接结果是二者交集 2.left_join 以左边表格为主,左右都有的连接保留,右边没有的NA填充 3. right_join 以右边表格为主...,顺序不同;对比之后发现是按排序前原本先后顺序列出(因为要一个一个检查是否是最大/最小前十个);如果先arrange一下再%in%就可以跟老师顺序一样了。

3.6K80

【生信技能树培训笔记】R语言基础(20230112更新)

数据框要求每一列只能有一种数据类型,且数据框只是R语言内部一个数据,不是一个文件。- 数据框单独拿出来一列一个向量,视为一个整体。一个向量可以出自数据框一列,也可以代码生成。...重复函数rep(),规律序列seq(),随机数rnorm()举例:rep('x',times=3)[1] "x" "x" "x"> seq(from=3, to=21, by=3)[1]...:seq(from=... , to= ... , by=... )参数:from,to 指定序列起始最大结束by 指定序列增量也可以length.out参数指定输出向量长度,则by通过指定长度计算得出...本着熟悉代码原则,按照这种思路进行尝试,以下2种方式得出相同结果:seq(1,15,2)c(1:7)+1 #首先取出7个奇数再变成偶数> 1 2 4 6 8 10 12 14(seq...#取数据框最后一列(不知道具体列数)> df1[,ncol(df1)] #函数ncol()求出数据框总列数,最后一列即为第“总列数”列。

3.9K51
您找到你想要的搜索结果了吗?
是的
没有找到

(数据科学学习手札58)在R中处理有缺失数据高级方法

一、简介   在实际工作中,遇到数据中带有缺失是非常常见现象,简单粗暴做法如直接删除包含缺失记录、删除缺失比例过大变量、0填充缺失等,这些做法会很大程度上影响原始数据分布或者浪费来之不易数据信息...,因此怎样妥当地处理缺失一个持续活跃领域,贡献出众多巧妙方法,在不浪费信息和不破坏原始数据分布上试图寻得一个平衡点,在R中用于处理缺失很多,本文将对最为广泛被使用mice和VIM包中常用功能进行介绍...3、自编函数计算各个变量缺失比例   为了计算出每一列变量具体缺失比例,可以自编一个简单函数来实现该功能: > #查看数据集中每一列缺失比例 > miss.prop <- function(x)...m: 生成插补矩阵个数,mice最开始基于gibbs采样从原始数据出发为每个缺失生成初始以供之后迭代使用,而m则控制具体要生成完整初始数据框个数,在整个插补过程最后需要利用这m个矩阵融合出最终插补结果...: 因为mice中绝大部分方法是拟合方式以含缺失变量之外其他变量为自变量,缺失为因变量构建回归或分类模型,以达到预测插补目的,而参数predictorMatrix则用于控制在对每一个含缺失变量插补过程中作为自变量哪些其他变量

3K40

数据可视化:认识Numpy

在目前团队中,模型团队,主要是做一些策略研究,量化工程内容,使用最广泛还是padas库,堪称神库。...NumPy官网为:https://numpy.org/ 在这里,你可以找到所有关于NumPy最权威资料,包括最新版本Api,但是官网是纯英文,阅读难度有点大,一定挑战性。...注意:在二维数组中因为行和列,表示所有的元素,但是有时候仅仅只是想对行或者对列进行操作,那么这时候会定义轴,axis表示,axis=0表示从上往下,表示列,axis=1从左往右,表示行。...:根据指定形状和数据类型生成全是指定填充数组,参数比zeros和ones多了一个fill_value ,这个就是指定填充数。...NumPy常用操作 1.数组转置 学过线性代数同学对这个不会很陌生,在线性代数中有矩阵转置操作。就是行与列对调。原来第一行变成第一列,原来一列变成第一行,以此来推,就是转置操作。

24830

Numpy数组

# 获取 所有行 第1列到第3列数据,(不包含第3列) arr[:,0:2] # 同样也可以获取第3列之前所有数据,(不包含第3列) arr[:,:2] # 获取第2列之后所有数据,(包含第2列)...,本质是一样,Pandas中一列其实就是NumPy数组。...2.Numpy 数组缺失处理 缺失处理处理分两步:第1步判断是否有缺失将缺失找出来,第2步对缺失进行填充。 在NumPy中缺失 np.nan 表示。...''' # 创建一个含有缺失数组 arr = np.array([5,4,np.nan,7]) arr # 判断缺失 np.isnan(arr) # 0 填充 arr[np.isnan(arr...# 对整个数组进行求最大 arr.max() # 对数组每一行进行求最大 arr.max(axis = 1) # 对数组一列进行求最大 arr.max(axis = 0) 3.条件函数 where

4.9K10

拓端tecdat|R语言聚类有效性:确定最优聚类数分析IRIS鸢尾花数据和可视化

它包括三个鸢尾花品种,每个品种50个样本,以及一些属性。其中一个花种与其他两个花种是线性可分离其他两个花种之间不是线性可分离。...一个是热图,另一个是聚类数目与(=BC/WC)。 modelData$results[2,] # 针对BC/WC聚类 # 那么,这些数值中哪一个最大?...给定一个数字向量或数据框架一列 根据其最小最大生成统一随机数 runif(length(x), min(x), (max(x)))# 2....通过在每一列上应用函数生成随机数据apply(iris[,-5], 2, genx) # 3....计算随机数据集霍普金斯统计量hopkins_stat ---- 最受欢迎见解 1.R语言k-Shape算法股票价格时间序列聚类 2.R语言中不同类型聚类方法比较 3.R语言对用电负荷时间序列数据进行

91710

python数据科学-数据预处理

对缺失处理两种方法,一种是直接对某一列缺失进行处理,一种是根据类别标签,分类别对缺失进行处理。 我们先看如何在没有类别标签情形下修补数据。...这里需要注意是删除某一个缺失时,需要把和该一个维度/行也一起删除,但是其他可能对数据整体影响比较大,所以这种方法时候要慎重。...fillna()一般情况下会给定一个常数,会把数据集中所有缺失替换成该常数,比如fillna(0);也可以实现对不同列中缺失进行不同替换,比如df.fillna({1:0.5,3:1})表示将第一列...,而忽略了声音较小那一部分,实际中声音小也需要被听到,为了防止这种声音大盖过声音小现象发声,我们采取了一定限制,就是把所有的声音按照一定规则限制在某一个区间内(在这个区间内,能够保证不管声音大小都会被听到...),你声音再大也不能超过这个限制最大

1.5K60

R语言数据结构(二)矩阵

数据结构是指在计算机中存储和组织数据方式,不同数据结构不同特点和适用场景。R语言中常用数据结构,包括向量、矩阵、数组、列表和数据框。...矩阵两个维度,分别表示行数和列数,可以dim()函数来获取。矩阵应用举例:创建矩阵创建矩阵一种常用方法是使用matrix()函数,它可以将一个向量或多个向量组合成一个矩阵。...matrix()函数参数:data:表示要组合成矩阵数据,可以是一个或多个向量。nrow:表示矩阵行数,必须是一个正整数。ncol:表示矩阵列数,必须是一个正整数。...例如:# 访问m1矩阵第一行第二列元素m1[1, 2]# [1] 4# 访问m2矩阵第二行所有元素m2[2, ]# [1] 10 11 12# 访问m3矩阵中除了第一列以外所有元素m3[,...m4矩阵每个元素加上一个随机数m4 <- m4 + runif(n = length(m4))m4# [,1] [,2] [,3] [,4] [,

30920

挑战NumPy100关,全部搞定你就NumPy大师了 | 附答案

(★☆☆) 创建一个大小为10空向量,第五个为1 (★☆☆) 创建一个为从10到49向量[10,11,12...49] (★☆☆) 反转一个向量(第一个元素变为最后一个) (★☆☆)...如何在一个既有数组周围添加边框(0填充) (★☆☆) ? 17. 下方表达式结果是什么?...使用5种不同方法提取一个随机数组里整型数据部分 (★★☆) 37. 创建一个5x5矩阵,行从0到4 (★★☆) 38. 已知一个生成器函数, 可以生成10个整数....创建一个结构化数组,其x和y坐标覆盖[0,1] x [0,1]区域 (★★☆) 47. 打印每个numpy标量类型最小和最大可表示 (★★☆) 48. 如何打印数组所有?...设有一个任意数组,编写一个函数,以给定元素为中心, 提取具有固定形状子部分(必要时可以固定来做填充)(★★★) ? 81.

4.7K30

R常用基本 函数汇总整理

搜索包含制定字串或pattern命令 R.Version() 查看系统情况和版本 compareVersion() source() 执行R脚本 demo() 运行R演示脚本...使用Rrnorm函数产生样本量为1000标准正态分布采样,每一种normality test函数分别检验其正态性,算出一个p-value;循环10000次,每一种test都产生一个长为10000由...,返回一个list dimnames() 返回或设置对象每一维名字 row.names() 返回或设置矩阵类对象名称 colnames() 返回或设置矩阵类对象名称...mapply rapply eapply range() 返回所有指定对象最大和最小 pretty() 计算一数值序列等分位点 deparse() 以字符形式按原样输出表达式...frame中不包含NA行号

1.9K30

Python数据分析常用模块介绍与使用

,即生成数组中最后一个元素不会超过或等于终止。...((m,n))方法生成m行,n列0数组; 使用np.ones((m, n))方法生成m行,n列填充值为1数组; 使用np. eyes (m, n)方法生成m行,n列对角线位置填充为1矩阵;...,由最后一位参数是元组还是列表决定 关于rand 在PythonNumPy库中,rand函数用于生成指定形状随机数数组,这些随机数是从[0, 1)均匀分布中随机抽取得到。...可以是一个整数,也可以是一个整数元组。 返回一个具有指定形状随机数数组。...行 describe() 返回所有数值列统计信息,即返回DataFrame各列统计摘要信息,如平均值、最大、最小等 max(axis=0) /min(axis = 0) 默认列方向各列最大/最小

16610

基于随机森林方法缺失填充

本文中主要是利用sklearn中自带波士顿房价数据,通过不同缺失填充方式,包含均值填充、0填充、随机森林填充,来比较各种填充方法效果 ?...="constant", fill_value=0) # 0进行填充 X_missing_0 = imp_0.fit_transform(X_missing) 随机森林填充 如何填充 假设一个具有...缺失越少,所需要准确信息也越少 填补一个特征,先将其他特征缺失0代替,这样每次循环一次,有缺失特征便会减少一个 图形解释 假设数据有n个特征,m行数据 ?...填充过程 for i in sortindex: # 构建新特征矩阵和新标签 df = X_missing_reg # 所有的操作都在df上进行,只是最后得到填充值作用在X_missing_reg...= i], pd.DataFrame(y_full)], axis=1) # 新特征矩阵df中,对含有缺失列,进行0填补 # 检查是否0 pd.DataFrame(df_0

7.1K31

数据清洗&预处理入门完整指南

在本文中,也附上数据集前几行数据。 ? 我们了数据集,需要创建一个矩阵来保存自变量,以及一个向量来保存因变量。...为了创建保存自变量矩阵,输入语句: X = dataset.iloc[:, :-1].values 第一个冒号表示提取数据集全部行,「:-1」则表示提取除最后一列以外所有列。...最后「.values」表示希望提取所有。接下来,我们希望创建保存因变量向量,取数据最后一列。...这里一个冒号表示包含所有行,而「1:3」则表示我们取索引为 1 和 2 列。不要担心,你很快就会习惯 PTYHON 计数方法。 现在,我们希望调用实际上可以替换填充缺失数据方法。...多尝试一些不同填充策略。也许在某些项目中,你会发现,使用缺失所在列中位数或众数来填充缺失会更加合理。填充策略之类决策看似细微,其实意义重大。

1.3K30

二维码生成原理及解析代码

线性关系为: [图片] Version 最大是 40,故尺寸最大是(40-1)*4+21 = 177,即 177 x 177 矩阵。...Mode):说明该二维码中包含了多种编码格式; 特殊行业编码(FNC1 Mode):主要是给一些特殊工业或行业,如GS1条形码等; 2.3 数据编码示例说明 分别用一个数字编码与字符编码示例,...这两个二进制转成十进制,分别为 236 与17,具体不知道为什么选这两个……关于每一个Version每一种纠错级别的最大Bits限制,可以参看 QR Code Spec 第35页到44页 Table...对齐图案与尺寸大小无关,一定是一个 5×5 矩阵。...图6.4 对齐图案例程 1 下图 6.5 是最近老妈怂恿支付宝抢红包时给我发来二维码,该二维码中只有一个对齐图案, 故 Version 应在 V2——V6 之间。

8.7K104

小白学Python - Python制作 2048 游戏

如果您对游戏不熟悉,强烈建议您先玩一下游戏,以便了解游戏基本功能。 如何玩2048: 1.一个4*4网格,可以填充任意数字。最初,两个随机单元格中填充 2。休息单元是空。...当我们按下任意键时,单元格元素会沿该方向移动,这样,如果该特定行(向左或向右移动情况下)或列(向上和向下移动情况下)包含任何两个相同数字,它们就会得到加起来,该方向极端单元该数字填充自身,其余单元再次变空...5.但是,如果在游戏过程中没有剩余空单元格可以 2 填充,则游戏结束。 在上面的过程中,您可以看到 2048 游戏图形用户界面的快照。所有的逻辑都在主代码中。...程序中所有逻辑都在注释中详细解释了。强烈建议仔细阅读所有评论。 下面有两个 python 文件,一个是 2048.py,其中包含主要驱动程序代码,另一个是logic.py,其中包含所有使用函数。...r = random.randint(0, 3) c = random.randint(0, 3) # 当循环遇到随机选择单元格为空(或者包含零)时,循环将会终止。

21120

数据清洗&预处理入门完整指南

在本文中,也附上数据集前几行数据。 ? 我们了数据集,需要创建一个矩阵来保存自变量,以及一个向量来保存因变量。...为了创建保存自变量矩阵,输入语句: X = dataset.iloc[:, :-1].values 第一个冒号表示提取数据集全部行,「:-1」则表示提取除最后一列以外所有列。...最后「.values」表示希望提取所有。接下来,我们希望创建保存因变量向量,取数据最后一列。...这里一个冒号表示包含所有行,而「1:3」则表示我们取索引为 1 和 2 列。不要担心,你很快就会习惯 PTYHON 计数方法。 现在,我们希望调用实际上可以替换填充缺失数据方法。...多尝试一些不同填充策略。也许在某些项目中,你会发现,使用缺失所在列中位数或众数来填充缺失会更加合理。填充策略之类决策看似细微,其实意义重大。

98910

数据清洗&预处理入门完整指南

在本文中,也附上数据集前几行数据。 我们了数据集,需要创建一个矩阵来保存自变量,以及一个向量来保存因变量。...为了创建保存自变量矩阵,输入语句: X = dataset.iloc[:, :-1].values 第一个冒号表示提取数据集全部行,「:-1」则表示提取除最后一列以外所有列。...最后「.values」表示希望提取所有。接下来,我们希望创建保存因变量向量,取数据最后一列。...这里一个冒号表示包含所有行,而「1:3」则表示我们取索引为 1 和 2 列。不要担心,你很快就会习惯 PTYHON 计数方法。 现在,我们希望调用实际上可以替换填充缺失数据方法。...也许在某些项目中,你会发现,使用缺失所在列中位数或众数来填充缺失会更加合理。填充策略之类决策看似细微,其实意义重大。

1.4K20

Python数据清洗 & 预处理入门完整指南!

在本文中,也附上数据集前几行数据。 我们了数据集,需要创建一个矩阵来保存自变量,以及一个向量来保存因变量。...为了创建保存自变量矩阵,输入语句: X = dataset.iloc[:, :-1].values 第一个冒号表示提取数据集全部行,「:-1」则表示提取除最后一列以外所有列。...最后「.values」表示希望提取所有。接下来,我们希望创建保存因变量向量,取数据最后一列。...这里一个冒号表示包含所有行,而「1:3」则表示我们取索引为 1 和 2 列。不要担心,你很快就会习惯 PTYHON 计数方法。 现在,我们希望调用实际上可以替换填充缺失数据方法。...也许在某些项目中,你会发现,使用缺失所在列中位数或众数来填充缺失会更加合理。填充策略之类决策看似细微,其实意义重大。

40010

转录组表达矩阵为什么需要主成分分析以及怎么做

在样本中有些维度,在所有的样本中变化都不明显(有些基因表达在不同样本中没有差异),极端时在所有样本中该维度都相等,该维度方差接近于零。...将这些样本组织成样本矩阵形式,即每行为一个样本,每一列一个维度(如基因表达量),得到样本矩阵S: ? 将样本矩阵进行中心化,即保证每个维度均值为零,让矩阵一列除以减去对应均值即可。...2.计算样本矩阵协方差矩阵 ? 3.对协方差矩阵进行特征分解,选取最大p个特征对应特征向量组成投影矩阵 对角化协方差矩阵C,矩阵C是对称矩阵,对称矩阵对角化就是找到一个正交矩阵P。...R实现简单PCA分析 R包含有很多实现PCA分析函数,区别主要在于特征分解方法不同。...,一个特定种子可以产生一个特定伪随机序列,这个函数主要目的, #是让你模拟能够可重复出现,因为很多时候我们需要取随机数这段代码再跑一次时候, #结果就不一样了,如果需要重复出现同样模拟结果的话

7.9K51

数据清洗预处理入门完整指南

在本文中,也附上数据集前几行数据。 ? 我们了数据集,需要创建一个矩阵来保存自变量,以及一个向量来保存因变量。...为了创建保存自变量矩阵,输入语句: X = dataset.iloc[:, :-1].values 第一个冒号表示提取数据集全部行,「:-1」则表示提取除最后一列以外所有列。...最后「.values」表示希望提取所有。接下来,我们希望创建保存因变量向量,取数据最后一列。...这里一个冒号表示包含所有行,而「1:3」则表示我们取索引为 1 和 2 列。不要担心,你很快就会习惯 PTYHON 计数方法。 现在,我们希望调用实际上可以替换填充缺失数据方法。...多尝试一些不同填充策略。也许在某些项目中,你会发现,使用缺失所在列中位数或众数来填充缺失会更加合理。填充策略之类决策看似细微,其实意义重大。

1.2K20
领券