尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...如果你使用roxygen2[1]，那么你可以利用注释代码块 #' @importFrom ggplot2 （注意，这对数据集mpg不起作用）。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
ggplot 中 scale 的使用 ggplot画图是画图中的战斗机，但是往往在我们用ggplot2画图时候，需要根据需求更改坐标，图例等，最常见的就是更改x，y坐标系的名称。...在ggplot2中，坐标系与比例尺和参考线是自动生成的，并且生成得很好。...我们会使用scale_color_和scale_fill_来更改调色板，今天我们就来介绍如何在ggplot中调整比例尺，调整中断和标签，修改轴和图例等。...强大的 Scale包，可以实现在ggplot基础上，对图形进行微调及更改。...for discrete axes demo_datetime for data / time axes # install.packages devtools::install_github("r-lib
R语言ggplot2如果要做散点图可以用自带的一些形状 如果想用其他形状，有一个R包是ggstar https://cran.r-project.org/web/packages/ggstar/vignettes...ggstar这个R包的整体结构暂时还看不明白，但是定义形状的部分自己能够修改。...在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...代码中添加上一段代码 else if (starshape == 28){ data.frame(x=c(0,-1,-2,-1,0,1,2,1,-1,-1,1,1,0),...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中
遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色，对应的推文是跟着Nature Genetics学画图：R语言ggtree给进化树的枝分组映射颜色 第一步是准备进化树文件...image.png 加载需要用到的R包 library(treeio) library(ggtree) library(ggplot2) 读取树文件和分组信息 tree<-read.tree("practice.tree...image.png 这个结果右侧的图例最下方式有一个NA的，如果不想要那个NA加一行代码 scale_color_discrete(na.translate=FALSE) 参考链接是 https://stackoverflow.com...image.png 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 需要示例数据和代码 点赞 点击在看 然后在后台留言 20210605 就可以了 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python...做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
有读者询问如何对散点图拟合非线性的曲线。实际上我们通常看到的无论是直线拟合还是各种曲线拟合都属于广义线性模型。 这里我们构造一组数据来看看如何使用 ggplot2 来拟合数据。...<- data.frame( x = x, y = y ) 使用 ggplot2 绘制散点图： library(ggplot2) p <- ggplot(df, aes(x, y)) +...geom_point() p 我们先直接利用 geom_smooth() 对散点进行平滑拟合，默认使用的是 loess 方法。...，我们可以通过 R 支持的公式来设定如何拟合散点。...，然后使用线条添加在图上也是可以的。
patchwork是基于ggplot2的拼图包，因为ggplot2本身没有强大的拼图语法，而一般使用的gridExtra与cowplot的拼ggplot2图形都存在不少问题。...我关注这个包蛮久了，现在Github上的Star数已经远超大部分的R包，但似乎还没有发布到CRAN。我的工作看似跟作图相关，写的博文大多数也如此，但实际对图形的掌控力并不咋的，所以还是要多多学习。...下面进入正题，掌握好ggplot2与patchwork的基本用法，一般的图形都可以搞定了，并必要搞的很复杂。解决问题是关键，认真工作也是关键，画图看起来是，其实不是。.../patchwork") 导入： p_load(patchwork) # 或 # library(patchwork) 例子 patchwork的使用灰常简单，使用+把要拼的图加在一起就可以了。...我们不用创建对象，也可以像ggplot2本身使用一样相加。
Laya 缩放功能的实现 在 laya 中实现滚轮对选中对象的缩放，涉及到以下两个模块: 事件 容器坐标 1. 事件 在 Laya 中， Event 是事件类型的集合。...(e: Event) { // 此种形式获取 sp, 并未明确指定绑定事件的 sp，触发事件时，需冒泡查找, 不推荐使用 let sp = e.target as Laya.Sprite...这样可以避免同一个对象多次绑定的问题， 在 laya 中,事件管理器是允许同一个对象的同一个方法事件进行多次绑定的，这样容易造成许多意向不到的 bug, 所以务必 只在使用时进行绑定，用完立马解除绑定...注意，如鼠标移动事件、MouseUp 事件一般使用 Stage 来触发。...因此，对象在容器中的坐标为局部坐标，转换为全局需要逐层向父容器变换，知道跟容器 Stage 为止。 同时要注意： 在移动、缩放对象时不要改变对象坐标，改变容器坐标，实现对象的改变。
目 正文 自定义ggplot2图的图例。这里我们要修改非数据组件，通常通过theme（）命令来完成。 此页面受到ggplot2（？theme）帮助页面的强烈启发。...另外，请访问非常强大的ggplot2文档以获取更多信息。...image.png 修改图例中的分类名字 basic+labs( colour = "name1", shape = "name2" ) ?...image.png 删除图例中的一类 basic + guides(shape=FALSE) ?...或者使用0和1之间的相对坐标放置在图中。 #1: no legend basic + theme(legend.position = "none") ?
最近为了计算文档间的相关性需要用到对数的计算，在网上找到下面的方法： 其中的关键是：1 java标准包提供了自然对数的计算方法，2 其他的对数计算可以转换为自然对数的计算。...如果你想算底不同的对数又该如何做呢？很遗憾，我们还没有办法计算以10为底或以2为底的对数。 但是它们却是在计算对数时用的最多的。 ...10为底的对数就变为非常简单了： double log = Logarithm.log(100, 10); // log is 2.0 512的以2为底的对数是： double log = Logarithm.log...double log10(double value) { return log(value, 10.0); } ---------------- SciMark 基准由许多在科学计算应用中建立的通用计算要素组成...注意这个实现没有使用不安全代码，这会使它运行速度提高 5 至 10 个百分点。
ggtext让ggplot2图像也可以使用html、markdown及css语法，丰富了ggplot2文本的表现力。...在panel区域，也就是类似于原生的geom_text或者geom_label的图层所作用的区域，可以使用geom_richtext或者geom_textbox来扩展文本标注的表现力。...一般情况下不使用element_textbox，而是使用element_textbox_simple，它和element_textbox是一样的，只不过更加容易使用，很多默认参数都已经设置好了。...element_box在使用上非常有意思的一个地方是可以修改分面图的strip格式，如下图所示。...(~class)控制的），那么可以将原始的数据的class格式化为一个html的标记，下图就是将strip的字体颜色映射为mpg中的cyl变量，当然了由于class中存在多种cyl信息，因此被拆分成了多个子图
因此，我们只需要根据这些类分配不同的宽度。我们在下面使用 mutate 来创建宽度，并使用case_when来分配宽度。后者在SQL用户中是众所周知的。...相反，包使用 s2 库中的球面几何运算符。在我们的例子中，这会破坏代码，因为某些河流线具有无效的球形几何图形。 一个快速的解决方法是通过sf：：sf_use_s2（FALSE）关闭此功能。...理想情况下，我们希望使用无效的球面几何来修复要素，以便 s2 可以对其进行处理。这就是我们在上面的块中应用 s2：：s2_rebuild（） 的原因。...边界框 在我们用ggplot2做魔术之前再走几步。我们的目标包括欧洲和中东，因此我们希望确保我们主要占领欧洲。我们通过制作一个边界框来做到这一点。让我们使用 WGS84 坐标定义边界框的参数。...在本教程中，您学习了如何导入河流空间文件以及如何在 R 中制作欧洲的炫酷河流地图。随时检查完整代码这里，克隆存储库并根据需要重现、重用和修改代码。
最近在学习R语言包的开发流程，看了之前分享过的关于吉普力工作室电影的配色包的代码，觉得里面的代码并不复杂，没准我也可以搞一个。...模仿这个包的代码，我尝试把NBA各个球队logo配色整理成了R语言ggplot2包作图的时候可以使用的配色函数。...颜色来源于链接 https://usteamcolors.com/nba-colors/ 首先将颜色整理成为一个yml格式的文件，基本文件格式如下 image.png 这里颜色最多的是太阳队，有7个可选...(name = name,direction = direction),...) } scale_color_nbalogo_d<-scale_colour_nbalogo_d 使用这些颜色 首先是读取颜色.../Rpackagedev/ggNBAlogo/",pattern = "*.R",full.names = T) lapply(x,source) 接下来使用太阳队和雷霆队的配色来举个例子 library
这篇主要比较R语言的data.talbe和python的pandas操作数据框的形式， 学习两者的异同点， 加深理解两者的使用方法。...1. data.table VS pandas 这里使用R语言的data.tablet包和python的pandas进行对比....使用R语言, 通过data.table创建数据框. library(data.table) set.seed(123) DT <- data.table(V1=c(1,2),V2=c("A","B","...2.2 行列筛选 选择V2等于A的列 DT[V2=="A"] ? 也可以使用下面这种形式 DT[V2=="A",] ?...3.4 pandas保存文件 如果是R的思维： write.csv(object, "file.csv") 但是pandas的风格是 object.to_csv("file.csv") 正确有效的代码：
使用Python对数据的操作转换 在Python中，将列表的值转换为字典的键可以使用以下代码： #!...我们创建一个包含键、值的列表，然后使用循环和字典推导式来创建字典，其中列表中的每个值对应于字典中的一个键和一个值。...我们首先在字典中为每个键初始化一个列表，然后可以使用字典键和列表方法来添加由多个值组成的列表。...然后使用 for 循环遍历原始数据中的每个字典。...在循环中，使用 item['key'] 和 item['value'] 分别获取当前字典的键和值，并使用 new_dict[key] = value 将其存储到新的字典中，最后输出新的字典即可。
配色来源于论文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2 里面图的颜色看起来非常舒服，摘下来作为自己数据可视化作图的备选项 第一个图 image.png...八个配色 library(ggplot2) cols<-c("#88c4e8","#db6968","#982b2b","#0074b3", "#e5ce81","#f47720",
在R中loess 函数是以lowess函数为基础的更复杂功能更强大的函数。...在实际应用中，往往先选定f值，再根据f和n确定q的取值，一般情况下f的取值在1/3到2/3之间。q与f的取值一般没有确定的准则。...增大q值或f值，会导致平滑值平滑程度增加，对于数据中前在的细微变化模式则分辨率低，但噪声小，而对数据中大的变化模式的表现则比较好；小的q值或f值，曲线粗糙，分辨率高，但噪声大。...family，如果是gaussian则使用最小二乘法，如果是symmetric则使用双权函数进行再下降的M估计； method，是适应模型或者仅仅提取模型框架； control进一步更高级的控制...object，使用loess拟合出来的对象； newdata,可选数据框，在里面寻找变量并进行预测； se,是否计算标准误差； 对NA值的处理 实例 生物数据分析中，我们想查看PCR
在ggplot2中很容易出现一个修改坐标轴范围的问题，喜欢用ggplot2画图的需要注意一下。...ylim和coord_cartesian都是调整坐标轴范围，但是它们的结果是有可能不一样的，看下面的一个例子： data(diamonds) p <- ggplot(data = diamonds, aes...image 截取0到60的部分： ? image 可以看到第二张图跟原图是不一样的，比如Fair的第一个box原数据最高是超过60的，但是截取之后不到60了。这是一个不太容易注意到的坑。...这里是因为ylim是直接处理的数据导致的，比如例子中不在范围的数据就直接被移除。同等操作应该用coord_cartesian来实现。...coord_cartesian指定参数控制图形特定区域放大显示，只影响图形展示，不影响内部数据的值。即使用原数据作图，再对图形进行变动。
R适用于统计分析，绘图的一款编程软件，R属于开源，自由，免费的软件。随着生物信息学的发展，R语言在数据分析和绘制图形上都有着十分重要的优势。尤其是现在大部分科研绘图，都使用R语言来完成的。...那么下面我就用所学R知识不多的情况下教大家绘制这幅SCI配图。 本次绘图工具：RStudio。 RStudio是R的集成开发环境，界面更加丰富实用，使用起来更加方便。...本次绘图所使用的R包：ggplot2和ggpointdensity ggplot2是R语言绘制图形一个十分重要也是非常基础的一个包，使用ggplot2再加上R自带的base画图基本可以完成所有图形的绘制...1.获取和设置工作路径 使用setwd()和getwd()来获取和设置自己的工作路径。...ggpointdensity) 3.导入数据 data = read.csv("1_zd_aodPM25.csv") 4.使用ggplot2开始画图 p2 = ggplot(data, aes(x=
Ingest pipeline 允许文档在被索引之前对数据进行预处理，将数据加工处理成我们需要的格式。例如，可以使用 ingest pipeline添加或者删除字段，转换类型，解析内容等等。...要使用 ingest pipeline，集群中必须至少有一个具有 ingest 角色的节点。...类别 处理器 作用 数组处理 append 添加元素 数组处理 sort 对数组中的元素进行排序 数组处理 join 将数组中的每个元素拼接成单个字符串 数组处理 foreach 遍历处理数组中的元素...client 字段中； GET 是 HTTP 的请求方法，使用 %{WORD:method} 匹配数字和字母，赋值到 method 字段中； /index.html 是请求的 URI 路径，使用 %{...如果我们仅仅想让某些字符串在匹配时充当“占位”的角色，并不想让它出现在最终的文档中，那么就可以使用 ? 修饰符来忽略最终结果中的匹配项。除了使用 ?
为什么使用dataloader进行批训练 我们的训练模型在进行批训练的时候，就涉及到每一批应该选择什么数据的问题，而pytorch的dataloader就能够帮助我们包装数据，还能够有效的进行数据迭代，...如何使用pytorch数据加载到模型 Pytorch的数据加载到模型是有一个操作顺序，如下： 创建一个dataset对象 创建一个DataLoader对象 循环这个DataLoader对象，将标签等加载到模型中进行训练...关于DataLoader DataLoader将自定义的Dataset根据batch size大小、是否shuffle等封装成一个Batch Size大小的Tensor，用于后面的训练 使用DataLoader...shuffle=TRUE时，每下一次读取数据时，数据的顺序都会被打乱，然后再进行下一次，从而两次数据读取到的顺序都是不同的，而如果设置shuffle=False，那么在下一次数据读取时，不会打乱数据的顺序...，也因此两次读取到的数据顺序是相同的，并且我们通过借助tensor展示各种参数的功能，能为后续神经网络的训练奠定基础，同时也能更好的理解pytorch。
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