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沙龙
2
回答
R
中
染色体
文件
的
循环
问题
r
、
loops
这是我正在运行
的
命令,目标是遍历22个
染色体
文件
。
浏览 12
提问于2021-10-08
得票数 0
1
回答
遗传算法求解旅行商
问题
的
对抗性。在同一条路线上
的
相反路径之间
genetic-algorithm
、
traveling-salesman
我很确定我
的
问题
肯定已经被调查过了,但我缺少帮助我搜索文献
的
行话。我正在写一个遗传算法来解决一类旅行商
问题
(TSP)。像标准
的
TSP一样,我
的
变体没有方向
的
概念。在标准
的
TSP
中
,由于需要形成一条返回起始城市
的
线路,因此对于任何最优解,都应该有两条相等
的
最优路线,即该线路周围
的
两条相反
的
路线。在遗传算法
中
,我会想象有时会出现相同(或相似)路径<e
浏览 0
提问于2015-12-15
得票数 1
1
回答
如何根据
R
中
另一个
文件
的
多个条件选择
文件
行?
r
、
conditional-statements
、
bioinformatics
我根据file1
中
的
一列过滤file2。但是,我还需要说明file2
中
的
第二篇专栏文章,我不知道如何做到这一点。
文件
1行提取
的
条件是,对于
文件
2
中
同一
染色体
上
的
变体,只选择
染色体
位置大于5000或小于任何
染色体
位置
的
行。Variant2 1 20000 Variant3 8
浏览 3
提问于2020-02-06
得票数 0
回答已采纳
1
回答
通过相应
的
列表对多个数据帧进行子化时出现
问题
r
、
subset
我正在尝试从
染色体
/位置数据帧中提取区域,这些区域与描绘组蛋白位置
的
染色体
位置
的
相关列表相对应。按
染色体
显示原始mapinfo数据集
的
子集:在这一点上,我可以使用下面的代码行,以便通过
染色体
单独设置我想要
的
区域: > CHR1<- eval(parse(text=paste0('subset(subs$chr1,',Mcode
浏览 2
提问于2016-12-22
得票数 0
2
回答
BASH使用从另一个
文件
的
一列传来
的
值递归地生成堆积
文件
linux
、
bash
、
loops
、
awk
、
samtools
我正在尝试从File1和File2这两个
文件
中使用samtools生成堆积
文件
。chr${c}.这些
文件
由两列组成,第一列仅显示
染色体
编号,第二列显示该
染色体
上
的
位置。112051chr2 146288chr2 147822chr2 148525chr2 158188
浏览 28
提问于2018-01-01
得票数 0
1
回答
当我尝试添加不同
的
对象时,列表仅包含最后两个对象
java
、
list
、
object
、
arraylist
、
genetic-algorithm
我创建新
的
染色体
并添加到列表
中
(我确信
染色体
是不同
的
,因为我在添加之前打印了它们),但最后当我打印列表或获取随机索引时,只有两条最后
的
染色体
。(通常在交互期间,我会从当前一代
的
两条随机
染色体
创建两条新
的
染色体
,以便通过交叉创建新
的
一代)。
浏览 0
提问于2018-05-19
得票数 0
1
回答
R
如何将来自for
循环
的
数据组合到一个txt
文件
中
r
、
for-loop
、
text-files
我有一个
循环
.write.table(exp,file="list.txt",col.names=FALSE,row.names=TRUE,sep="\t")现在,这个
循环
将只给我一个txt,其中包含来自最后一个
循环
(
染色体
Y)
的
数据。我想要
的
是
浏览 1
提问于2012-02-24
得票数 0
3
回答
在Python
中
链接子进程
python
、
subprocess
您好,我有一个关于在python
中
链接子进程
的
输入和输出
的
问题
。我试图通过跳过一个步骤
的
输出来简化程序,将其传递给另一个子进程,而不是将其输出到
文件
中
。然后打开另一个进程在该
文件
上运行。例如,第一个过程使用SAMTOOLS从一个大
的
bam
文件
中
输出一个特定
的
染色体
。所以..。bigfile.bam被读入并输出
染色体
22.bam 下一个子过程使用B
浏览 3
提问于2012-01-31
得票数 3
回答已采纳
1
回答
循环
内
循环
vcftools bash
bash
、
vcf-variant-call-format
、
vcftools
我正在尝试使用vcftools包来计算weir和cockerham
的
fst。我想在第一个例子
中
循环
两对种群,然后在1000基因组项目的所有变体上
循环
这些种群:每个
染色体
包含一个单独
的
vcf
文件
。例如,对于pop1和pop2,对于pop3和pop4,计算
染色体
1-10
的
fst。每个人口
文件
(例如,LWKfile )都包含属于此人口
的
个人
的
列表。--weir-fst-pop /
浏览 6
提问于2020-12-31
得票数 2
1
回答
在
R
中使用NSGA-II
的
二进制编码GA
r
、
genetic-algorithm
我想在
R
中使用NSGA-II。有这样
的
软件包: nsga2
R
和mco。但这些软件包不支持二进制编码
的
染色体
。在我
的
适应度函数
中
,由于我
的
问题
的
结构,我需要二进制
染色体
来获得最优解。有没有办法在nsga2
中
对
R
使用二进制编码
的
染色体
(或者使用不同
的
算法)?谢谢。
浏览 2
提问于2017-06-07
得票数 1
1
回答
Python:如何在输出
中
输出正确
的
染色体
名称?
python
、
bioinformatics
、
regular-language
当我试图修改
染色体
名不跟随我输入
的
文件
染色体
名
的
代码时,我遇到了这个错误。基本上,下面的代码是读取输入
文件
并通知较短序列
的
位置,并根据
文件
中提供
的
信息输出位置序列。例如,在chr4: 154742507-154742714
中
,值151表示第一个碱基
的
位置,而'CCCAGGCTGG‘
的
位置是173-182。因此,使用下面的代码应该能够通过添加173到154742507返回确
浏览 0
提问于2015-09-19
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何在linux
中
编写遍历多个
文件
的
代码?
linux
、
bash
其目的是使用以下
文件
运行plink :每个
染色体
,snp ID,以及一个仅包含1个ID
的
文件
,这是一个个体
的
ID。在plink
中
运行这些
文件
最终为给定
染色体
的
每个个体生成一个vcf
文件
。我有22个
染色体
文件
,1个snp
文件
(总是一样
的
)和500个单独
的
文件
。对于每个个体,我
的
目标是为每个<em
浏览 13
提问于2019-03-16
得票数 1
2
回答
如何在一个
循环
中创建多个pdf
r
、
pdf
、
for-loop
xlim=c(0,400),ylim=c(0,400),pch=20,col='black',main='Tiles',xlab='exp',ylab 'Control') }我该怎么做呢?
浏览 0
提问于2012-02-24
得票数 0
回答已采纳
1
回答
chromoPlot错误-读取
的
数据多于
文件
中
的
数据
r
、
genetics
我正在尝试使用
R
中
的
chromoPlot包来可视化
染色体
片段。根据guide,我应该制作一个定义感兴趣
的
染色体
的
染色体
文件
和一个包含感兴趣
的
片段
的
数据
文件
然后 library(chromoMap) chromoMap("FF Chromosome Map/DB/chromosome_file.txt","FF Chromosome
浏览 19
提问于2019-12-26
得票数 0
1
回答
小波包分解、特征选择和支持向量机
genetic-algorithm
、
svm
、
wavelet
、
feature-selection
我想了解更多关于使用小波包分解、特征选择和支持向量机
的
故障检测模型。你可以在这里阅读一些相关
的
论文: 我
的
问题
是在“特征选择”步骤
中
,我们需要选择小波包节点(及其计算
的
均方根值)作为最终SVM分类器
的
特征。在支持向量机
中
,我们还需要知道每个向量(+1,-1)
的
标签,但如何在特征选择过程
中
获得该标签。我真的不太了解遗传算法(GA)使用10倍支持向量机,就像上面的论文一样。有人能给我解释一下吗?
浏览 0
提问于2012-07-29
得票数 0
回答已采纳
2
回答
将SNP映射到CDS
的
Python脚本
python
、
bioinformatics
我正在尝试制作一个程序来识别包含
的
。它从两个
文件
中
填充两个字典,一个包含SNP,另一个包含
文件
。从GFF3
文件
中
填充
的
一个dicts包含CDS名称和它们作为元组
的
位置。2092988'), 'PRELSG_1338600_3': ('1542760','1542853'), 'PRELSG_0013000_1': ('1275531',
浏览 5
提问于2017-04-10
得票数 1
回答已采纳
4
回答
从一个
文件
中
获取区域,该
文件
是其他
文件
中区域
的
一部分(无
循环
)
perl
、
matlab
、
sed
、
awk
我有两个
文件
: regions.txt:第一列是
染色体
名称,第二列和第三列是起始和结束位置。换句话说,从regions.txt
中
的
第一行开始,如果coverage.txt中有一行具有相同
的
染色体
,start-coverage为>= start-region,end-coverage为<= end-region在所有coverages.txt
中
完成搜索后,打印区域
染色体
、开始、结束和已找到
的
所有分数
的
平均值
浏览 1
提问于2012-10-13
得票数 6
回答已采纳
1
回答
这个算法如何与轮盘赌轮
的
选择相对应?
genetic-algorithm
、
roulette-wheel-selection
我正在尝试实现轮盘赌轮
的
选择。我理解这个算法: 我不明白
的
是,这如何对应于这样做: ( 44票
的
答案)。这对我来说是有意义
的
,但上面的那个就不行了。
浏览 4
提问于2019-02-12
得票数 0
回答已采纳
2
回答
循环
执行相同
的
步骤以创建图
r
我
的
数据集dart是一个维度为1981 x 278
的
矩阵。第一列包含从1到21
的
染色体
编号,第二列是标记名称,第三列是距离(CM)。任何帮助或意见都将不胜感激。<- (cor(dart2))^2;mark <- rownames(
r
浏览 2
提问于2011-11-25
得票数 0
1
回答
从与第二个
文件
匹配
的
文件
中提取行,并将它们合并为单个
文件
。
text-processing
、
awk
、
cat
我有一份
文件
,里面有一些职位,1425416871425419101425445331425486741425603861 142535977 77 NA205071 142535979 77 NA20507 或者另一个个体
的
例子138
浏览 0
提问于2018-05-04
得票数 0
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