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R语言计算一组数据的置信区间并画密度图进行可视化展示的简单小例子

什么是置信区间？我看了StatQuest 介绍置信区间的那一期视频，大体理解了，但是让我用语言表述出来，还有点不知道如何表达。...具体概念先不介绍了，主要还是实际操作今天的主要内容来自 How to Calculate Confidence Interval in R : Statistics in R : Data Sharkie...计算置信区间用到的函数是CI()函数，来自R语言包Rmisc R语言包Rmisc第一次使用需要先安装 install.packages("Rmisc") 计算某组数据均值95%的置信区间 x<-iris...样本越大，样本的均值越接近总体的均值，所以均值的置信区间就会越窄正好昨天的推文是画密度图是给指定的区间填充颜色 ggplot2画密度分布图按取值范围填充不同的颜色下面使用ggplot2画密度图展示并且展示均值...image.png 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本

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单细胞数据分析-R语言对分群结果的top基因循环做富集分析

在单细胞的数据分析当中，每个亚群的top基因是十分重要的，因为这一部分的基因主要是代表了这一亚群的高表达基因，为了后面的分群鉴定，主要是通过seurat的findallmarkers这个函数进行计算。...基因，准备来循环做GO和KEGG的富集分析。...，以上的代码没有发生报错的现象，因此我目前开始准备写循环，进行亚群的批量富集分析。...[循环后的文件夹结果] 总结主要是需要先把自己要做富集分析的cluster读到R中，然后进行循环语句的读写，R中的循环语句主要注意的是自己用的是什么数据，需要怎么读入文件中。...目前是批量完了，还没有报错，做完了，可以跟公司的结果进行对比，查看数据质量的重复性。

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讲讲Bootstrap是在干啥？

总第248篇/张俊红学过统计学的同学应该对置信区间都有了解，置信区间又叫估计区间，是从概率来讲某个随机变量可能取的值的范围。...在前面的文章《聊聊置信度与置信区间》中讲过为什么会有置信区间以及置信区间应该如何求取。在那篇文章中讲了当数据服从正态分布时，95%的置信区间就是均值加减1.96倍的标准差。...那很多时候数据是不符合正态分布，或者是我们不知道样本总体是否符合正态分布，但是我们又需要求取置信区间时，就可以用到我们的今天的主角--Bootstrap抽样的方法。...接下来我们通过一个例子来看下，首先生成一个长尾分布的数据： from scipy.stats import f dfn, dfd = 45, 10 r = f.rvs(dfn, dfd, size=10000...) sns.distplot(r) 在实际业务中很多数据其实都是符合长尾分布的。

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（数据科学学习手札02）Python与R在循环语句与条件语句上的异同

循环是任何一种编程语言的基本设置，是进行批量操作的基础，而条件语句是进行分支运算的基础，Python与R有着各自不同的循环语句与条件语句语法，也存在着一些相同的地方。...Python 1.for循环 '''通过for循环对列表进行遍历''' list1 = [i for i in range(10)] for i in range(10): print(list1...print(i) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 '''for循环在列表解析中的应用''' list = [str(i) for i in range(10)] print(list) ['0...', '1', '2', '3', '4', '5', '6', '7', '8', '9'] *for循环只能对可遍历的对象进行操作 2.while循环 i = 10 while(i>=0):...list[i]%2 == 0,print('偶数'),print('奇数')) 偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数偶数奇数 R

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临床试验统计篇-交叉设计方差分析原理

误差：总变异-（序列、受试者、制剂、周期变异）。 [平方和计算] 有感兴趣的读者可联系我取得原Excel计算表格。...点估计值置信区间计算：ln(Cmax)服从正态分布，则采用定量数据服从正态分布计算置信区间公式：Δ±1.895*SE，Δ=ln(Cmax)T-ln(Cmax)R，1.895为90%置信度下对应的正态分布横坐标值...故可计算点估计值的置信区间。双单侧t检验t值和p值计算 t值、power、p值计算：双单侧t检验时，构建t统计量，t=(T-R)-边界/SE，把T-R的效应计算出来。...故可得双单侧检验的t1、t2值。有t值，根据t分布，可用r语言pt函数根据上下限界值求得总power和双侧p值。...生物等效性评估的置信区间计算方法[J].

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R语言广义线性混合模型（GLMM）bootstrap预测置信区间可视化

) # 将自助法得到的置信区间的下限和上限添加到newdat数据框中 newdat$blo <- bb_se[1,] # 绘制原始数据、拟合线、预测区间和置信区间...计算预测值的方差（pvar1），进而得到预测区间。计算包含随机效应方差的总方差（tvar1），进而得到置信区间。使用bootMer函数进行自助法抽样，估计置信区间。...最后，绘制原始数据、拟合线、预测区间和置信区间。需要注意的是，这段代码假设随机效应只有一个随机截距。对于包含其他类型随机效应的模型，计算总方差时需要相应地进行调整。...在R中，可以使用bootMer函数（来自lme4包）或predictInterval函数（来自merTools包）来近似计算这些区间。...那里的想法是从模型中模拟N次新数据，然后获取一些感兴趣的统计数据。在我们的案例中，我们感兴趣的是通过推导自举拟合值来获取回归线的置信区间。bb$t是一个矩阵，其中列是观测值，行是不同的自举样本。

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R语言生态学进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化

数据 3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。 besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。...各支系图示这棵树总共有4大支系（Lineage），现在我需要做的分析都是需要分别做总的，以及4个支系的，也就是说同样的分析要做5次，针对5组不同的对象。...log的，95%置信区间的ltt plot,中间黑色线的是besttree的，要显示出来。...分别做总的，以及4个支系的，共5个图。...plot(trees) ,log='y') besttree # 95% ltt置信区间 ltt.ci<-function(tree.all){ ntip=length(tree.all

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R语言生态学进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化|附代码数据

数据 3500trees.nexus是nexus格式的文件，里面有3500棵树。 besttree.nexus也是nexus格式的文件，里面有1颗树，是从3500颗树中筛选出来的一致树。...各支系图示这棵树总共有4大支系（Lineage），现在我需要做的分析都是需要分别做总的，以及4个支系的，也就是说同样的分析要做5次，针对5组不同的对象。...log的，95%置信区间的ltt plot,中间黑色线的是besttree的，要显示出来。...分别做总的，以及4个支系的，共5个图。...plot(trees) ,log='y') besttree # 95% ltt置信区间 ltt.ci<-function(tree.all){ ntip=length(tree.all

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一元回归分析

上式表明, 与之间有线性关系,但受到随机误差的干扰. 数据对与通过试验或观察可得对数据（注 : 数据是成对的,不允许错位)....检验如下的平方和分解式是非常重要的,它在许多统计领域得到应用 : 其中是总平方和其自由度是回归平方和,其自由度是残差平方和,其自由度而是在的回归值...估计与预测当时是的点估计当时的置信水平由的置信区间是其中当时的预测区间是 ,其中注...对谈论的是置信区间,对谈论的是预测区间,两者是不同的,显然,预测区间要比置信区间宽很多....x.sort() # 置信度 limit = (1-alpha)*100 # 置信区间范围 plt.plot(x, fit(x)+tval*se_fit(x), 'r--', lw=2, label=

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数电设计–交通灯控制系统「建议收藏」

由于该电路的输出脉冲的周期T=(R1+2R2)C1ln2=0.69(R1+2R2)C1, 当T=1s时，R2=51KΩ、C1=10uF，取一个固定电阻47KΩ与一个5KΩ的电位器作为R1。...由于四种红绿灯的状态对应着不同的时间，故计数器需要通过在不同的情况下实现不同的置数，而不同的置数数据由数据选择器和QA决定。...由表6可知，第一个计数器的置数端的高两位都是0A，将其接地即可，第2位置数分别为0—>1—>0—>0, 由双4选1的数据选择器的输出端Y1依次选择输出。...利用双4选1数据选择器74LS153控制Y1、Y2， Y1Y2在10—00—01—00循环， B=QB，A=QA其中QB、QA是控制器的输出端， QBQA在01—10—11—11循环。...总原理电路如图19所示。三、实物制作原理图 PCB图实物图元件清单追加：仿真电路图简化版最后：需要资料的可以自行下载。

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R语言生态学：进化树推断物种分化历史：分类单元数与时间关系、支系图可视化

p=31434原文出处：拓端数据部落公众号我们围绕进化树技术进行一些咨询，分析生物类群在时间上的多样性是如何变化的。...各支系图示这棵树总共有4大支系（Lineage），现在我需要做的分析都是需要分别做总的，以及4个支系的，也就是说同样的分析要做5次，针对5组不同的对象。...log的，95%置信区间的ltt plot,中间黑色线的是besttree的，要显示出来。...分别做总的，以及4个支系的，共5个图。....R语言基于树的方法：决策树，随机森林3.python中使用scikit-learn和pandas决策树4.机器学习：在SAS中运行随机森林数据分析报告5.R语言用随机森林和文本挖掘提高航空公司客户满意度

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误码率仿真,蒙特卡罗方法,置信度

误码率，即给定条件下传输的错误概率，可以近似计算为错误码数和总码数之间的比值，因此很容易通过蒙特卡罗方法求解数值解。其基本原理见下节。 2....，那么我们一般关注的是 ? 在 ? 范围内的概率有多大。在回答这个问题之前，首先分析 ? 的概率分布。有 ? 其中 ? 是错误码字数， ? 是总码字数。...一个来自百度百科的简单的介绍为 “在统计学中，一个概率样本的置信区间（Confidence interval）是对这个样本的某个总体参数的区间估计。...置信区间展现的是这个参数的真实值有一定概率落在测量结果的周围的程度。置信区间给出的是被测量参数的测量值的可信程度，即前面所要求的“一定概率”。这个概率被称为置信水平。“ ——百度百科 ?...足够大，利用这种方法可以降低仿真时间（由于K满足要求后就跳出了循环）。 5. 参考 Monte Carlo method Confidence interval

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单因素方差分析及其相关检验

ANOVA 单因子方差分析 (1)问题与数据设某因子有r个水平,记为,在每一水平下各做m次独立重复试验,若记第i个水平下第j次重复的试验结果为,所有试验的结果可列表如下: ?...(5) 判断在成立下, ,对给定的显著性水平 , 其拒绝域为若则认为因子显著,即诸正态均值间有显著差异数据结构式及其参数估计（1）数据结构式其中为总均值, 为第个水平的效应..., 且为试验误差,所有可作为来自的一个样本,在上述数据结构式下要检验的假设检验可改写为不全为 (2) 点估计总均值的估计 ; 水平均值的估计主效应的估计...误差方差的估计 . (3) 置信区间 的 置信区间为首先生成一些虚假的选民年龄和人口统计数据，接着使用方差分析比较各组的平均年龄： import numpy as np import scipy.stats...检验统计量是其中: 为第个样本的含量, 为各样本含量之和, 为将原始数据经数据转换后的新的变量值。为第个样本的均数, 。为全部数据的总的均数。

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Linux命令（66）——as命令

1.命令简介 as命令是二进制工具集GNU Binutils的一员，是GNU推出的一款汇编语言编译器集，用于将汇编代码编译为二进制代码，它支持多种不同类型的处理器。....> 3.选项说明 @file:从文件中读取命令行选项，读取的选项将插入到原始@file选项的位置。 -a[cdghlmns]:开关列表。以下选项可以进行组合；如果使用=file选项，必须是最后一个。...忽略失败条件； -ad：忽略调试指令； -ah：包括高级源； -al：包括装配； -am：包括宏扩展； -an：忽略形式处理； -as：包括符号； =：设置列出文件的名字...； --alternate：以交互宏模式开始 --debug-prefix-map =:在旧目录中汇编文件时，记录调试信息，将其描述为新目录 --defsym =<value...-R:将数据段折叠到代码段 --statistics：打印汇编所用的最大空间和总时间 --strip-local-absolute： -v,-version：打印版本信息不退出 --version：打印版本信息并退出

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一个可以测试并发数和运行次数的压力测试代码。

◆ 背景最近在开发CoapServer端，以及模拟设备侧发送数据调用开发好的CoapServer的性能，进行压力测试。...自己没有找到合适的压力测试的工具，但是测试诉求相对比较简单，觉得用Java可以来控制测试。测试维度：一共模拟1W台设备，共计发送数据100W次模拟多台设备同时发送数据。...getIndex() { return ++count; } public static void main(String[] args) { //总访问量和并发量两重循环...main方法中的循环此时是控制运行数和并发数的上面run方法，是控制你要测试的代码的。可以自定义。...你该看看这个 Dubbo扩展点开发指南 Avue - 更加贴合企业开发的数据驱动前端开发框架用ClickHouse近乎实时地进行欺诈检测 2022年 6 款适用于 Linux 的最佳免费杀毒软件

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RNAseq|批量单因素生存分析 + 绘制森林图

本文将分别使用循环方式和ezcox进行批量单基因生存分析，以及使用ggplot2 和forestplot绘制单因素生存分析森林图。...一载入R包，数据仍然使用之前处理过的TCGA的SKCM数据，此外需要读入生存数据和临床数据 library(tidyverse) library(openxlsx) library("survival...二批量单因素分生存分析 1，使用循环的方式进行分析首先处理表达数据，注意基因名字的处理，tidyverse包非常值的狠狠学 module_exp <- as.data.frame(data.mat...，包括添加更多的信息，调整小数位数等；2，使用 ezcox 一行输出 ezcox是ShixiangWang大佬开发的R包，一行代码输出所需结果，参考使用 ezcox 进行批量 Cox 模型处理 -...三绘制森林图对于单因素的结果，经常出现的可视化方式就是绘制森林图。可以使用经典的forestplot-R包绘制（封装），或者使用ggplot2绘制（自由设置）。

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单因素和多因素cox回归分析

前面我们讲过一个R函数搞定风险评估散点图，热图，其中LASSO模型的输入就是单因素cox分析得到的显著与生存相关的基因。...我们用R的survival包自带的一套肺癌的数据来举例 #安装下面两个R包 install.packages(c("survival", "survminer")) #加载这两个R包 library...(coef)就是HR（hazard ratio，风险率），lower .95和upper .95为95%的置信区间 2.批量单因素cox回归分析一般我们的关注的特征都比较多，用上面的代码一个一个来做单因素...sapply(covariates, function(x) as.formula(paste('Surv(time, status)~', x))) #循环对每一个特征做...一个R函数搞定风险评估散点图，热图

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R语言系列第四期：③R语言表格数据率的比较

详情点击：R语言系列第四期：①R语言单样本双样本差异性检验R语言系列第四期：②R语言多组样本方差分析与KW检验在这个部分我们会介绍一系列用于分析表格数据的函数，我们会着重看prop.test()，binom.test...但是如果我们有一组这样的数据，往往更希望得到这个概率参数的置信区间，这里输出结果的结尾已经给我们算好了。除此之外，还可以利用函数binom.test()在二项分布下做检验。...但是95%的置信区间为[0.011531032,0.87310506]这个范围没有包含0，这个置信区间是比例之差的置信区间，它的结论是不可以认为两个医生的手术成功率是一样的阳性结果，二者的差异是由置信区间和假设检验使用的是不同的近似方法导致的...这个部分我们使用Altman的数据，这个例子记录了一组女性是否使用剖腹产生育孩子，以及对应产妇鞋子码数的数据，数据在R语言ISwR数据包里。...关于表格数据的统计分析就介绍到这里了，我们下期再见。参考资料： 1.《R语言统计入门（第二版）》人民邮电出版社 Peter Dalgaard著 2.

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R语言系列第四期：③R语言表格数据率的比较

详情点击：R语言系列第四期：①R语言单样本双样本差异性检验R语言系列第四期：②R语言多组样本方差分析与KW检验在这个部分我们会介绍一系列用于分析表格数据的函数，我们会着重看prop.test()，binom.test...但是如果我们有一组这样的数据，往往更希望得到这个概率参数的置信区间，这里输出结果的结尾已经给我们算好了。除此之外，还可以利用函数binom.test()在二项分布下做检验。...但是95%的置信区间为[0.011531032,0.87310506]这个范围没有包含0，这个置信区间是比例之差的置信区间，它的结论是不可以认为两个医生的手术成功率是一样的阳性结果，二者的差异是由置信区间和假设检验使用的是不同的近似方法导致的...这个部分我们使用Altman的数据，这个例子记录了一组女性是否使用剖腹产生育孩子，以及对应产妇鞋子码数的数据，数据在R语言ISwR数据包里。...关于表格数据的统计分析就介绍到这里了，我们下期再见。参考资料： 1.《R语言统计入门（第二版）》人民邮电出版社 Peter Dalgaard著 2.

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数据科学基础(九) 回归分析和方差分析

原样本经过线性变换不影响 r 值. 不描述因果关系....相关系数: 将原始数据根据其在总体数据中的平均降序位置分配一个等级 ( rank ), 这些等级变量之间的 Pearson 相关系数就是 Spearman 相关系数....参数估计的估计 \sigma^{2} 的估计参数检验及模型应用线性假设的显著性检验回归系数的置信区间 Y 的点估计参数估计 \beta_0,\beta_1 的估计 (采用最小二乘法...对于样本: image.png 各个样本间是独立的, 则 image.png 记检验假设: 假设检验采用的方法: 平方和分解: 总偏差平方和 S_T: 效应平方和:S_A:...比较在部分相等的情况, 比较的方法有两个作 \mu_i - \mu_j(i \ne j) 的区间估计 image.png 求得置信区间, 若置信区间包含零, 则认为没有显著差异.

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