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R语言线性趋势检验：Cochran Armitage 检验

Cochran Armitage检验是一种线性趋势检验，常用于自变量是有序分类变量，而因变量是二分类变量的资料，可以用来检验自变量和因变量存不存在线性趋势。...注意和Cochran-Mantel-Haenszel检验区分，CMH检验是研究两个分类变量之间关联性的一种检验方法。...关于CMH检验的内容可以参考之前的推文：R语言卡方检验方法总结换句话说，在2 x 2表格数据的基础上，引入了第三个分类变量，称之为混杂变量。...使用DescTools包中的CochranArmitageTest()函数进行检验： DescTools::CochranArmitageTest(df) ## ## Cochran-Armitage...下面是CMH检验的一个补充。默认的CMH检验只能进行3个变量的检验，vcdExtra中的CMHtest()可以进行两个变量的CMH检验。

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Cochran-Armitage趋势检验在关联分析中的应用

Cochran-Armitage trend test，简称为CAT趋势检验，是由William Cochran和Peter Armitage提出的一种分析两个分类变量关联性的检验方法，和卡方检验不同的是...简而言之，该方法适用于处理2 x K的分类数据，这里的K是一个有序变量, K最小值为3。该方法用来探究有序变量在各组中的发生率和对应的排序之间是否存在线性关系，有点类似逻辑回归。...两组间的差异通过N1 x R2 - N2 x R1来体现，通过系数t来对k的不同取值进行加权，即将原始的差异结果乘以一个系数。T这个统计量看作是两组间差异量加权后的总和。...和卡方检验相比，其检验效能更佳，上述示例在R中分析的代码如下 ? 卡方检验p值不显著，而CAT趋势检验的p值显著。...CAT检验称之为趋势卡方检验，作为传统卡方检验的一种有效补充，在关联分析中广泛使用，加强了检验的效能，可以更好的挖掘关联信号。 ·end·

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Cochran-Mantel-Haenszel检验在关联分析中的应用

Cochran-Mantel-Haenszel, 简称CMH检验，是分析两个二分类变量之间关联性的一种检验方法，在2 x 2 表格数据的基础上，引入了第三个分类变量，称之为混杂变量。...由于投票者的分层现象，直接采用卡方或者费舍尔精确检验进行分析是不太合适的。在上述模型中，投票者的分层就是一个典型的混杂变量，对于这样的数据可以采用CMH检验进行分析。...该检验的统计量公式如下 ? 服从自由度为1的卡方分布，上述数据在R中进行CMH检验的代码如下 ? pvalue值大于0.05. 说明性别和候选者之间没有关联。...如果直接对总体结果进行卡方或者费舍尔精确检验的话，得到的结论相反，计算过程如下 ? 从这个数据可以看出，对于分层样本，有必要进行CMH检验。...当然对于分层数据，除了CMH检验外，逻辑回归也是一个很好的解决方法，而且更加通用，可以将混杂变量当做回归分析中的协变量来进行处理。

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【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper

做临床数据分析的时候我们经常会用卡方检验或者Fisher精确检验去看看不同的临床特征在两组里面有没有显著差异。...接下来我们就来用R代码做卡方检验，算出P值先来对年龄做卡方检验 ################# #Age ################# table=matrix(c(51,66,66,189...Low") rownames(table)=c("=55") table 跟Table2里面的数据保持一致 chisq.test(table) 这里算出来的卡方值和p值跟Table2中是一致的...一般当某个组的样本数少于5个的时候，做卡方检验就会出现这种情况。...解决方法是用Fisher精确检验 fisher.test(table) 你会发现这个时候就没有warning了，并且p值跟文中的是一样的，这是巧合吗？

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费舍尔精确检验在关联分析中的应用

和卡方检验类似，费舍尔精确检验同样也是分析两个分类变量关联性的假设检验，适用于样本个数很小的情况。...在卡方检验中，对应的统计量只有在样本数量足够大的情况下才符合卡方分布，所以卡方分布中做了近似处理，近似认为对应的统计量服从卡方分布，而费舍尔精确检验在分析对应的p值时没有做任何的近似处理，所以称其计算出来的...费舍尔精确检验的核心思想是利用超几何分布来计算对应事件发生的概率，首先来了解下超几何分布。...和超几何分布的计算公式对比就可以看出，费舍尔精确检验将数据分布看做是一个不放回抽样的结果，在进行假设检验时，还需要选择单边检验还是双边检验的问题。...对于如下所示的allel分布 Allele A a Case 30 15 Control 28 12 在R中的计算过程如下 ? 通过超几何分布可以也可以计算出费舍尔精确检验对应的p值，过程如下 ?

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「R」R检验中的“数据是恆量”问题

这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...之前我学习和自己分析时就遇到过，尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题（这类数据明显不服从正态分布），可以使用正态性检验，或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的，如果一样就不要这个了。...所遇到的问题：分析两个样本之间是否存在差异，每个样本三个重复。现在用的是t.test，但有些样本三个重复的值一样（比如有0,0,0或者2,2,2之类的），想问下像这种数据应该用什么检验方法呢？...以下是我的回答：数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

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R中的常用的检验方法

1.独立样本的t检验 t.test调用格式1：其中是一个数值型变量，x为二分变量 t.test(y~x， data) t.test调用格式2：其中有y1,y2为数值型变量。...2.非独立样本的t检验如，年长的男性与年轻的男性失业率概率是否相同，此时，年龄与失业率是有关的，所以是非独立的。非独立样本的t检验假定组间差异呈正态分布。...3.卡方独立性检验卡方检验可以使用chisq.test()函数对二维表的行变量或者列变量进行检验。...############################################################## 以下为在真实病例中的应用，检验两种不同的疾病与年龄，性别以及发病部位有无显著差异...性别以及发病部位与两种病的关系用卡方独立检验： a<-xtabs(~class+sex,data) b<-xtabs(~class+part,data) chisq.test(a) chisq.test

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R中的假设检验方法

现在因为我们有五种治疗方法，那么我们需要检验每一个小组是否都是服从正态分布，可以通过方差分析或回归的方法消除小组也即因子变量的影响，使用方差分析组内方差或回归后的残差来做Q-Q图（由于每个小组自由度不一定相同...⑵t-检验 t检验是很常用的一种两组来自正态总体的数据比较检验方法，在R中进行t检验的为t.test()函数。...在R中可以使用wilcox.test()函数来进行秩和分析，其使用方法与t.test()类似。...在R中可以使用fisher.test()函数进行fisher精确检验，其使用方法如下所示： diet=c("yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes","yes",...在R中皮尔森卡方检验可以使用卡方检验的chisq.test()函数，示例如下： A=c(52, 19) B=c(39, 3) data=rbind(A, B) colnames(data)=c("cancer

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「R」频数检验

（独立检验）通常用于解决这样问题的统计检验方法，分为精确检验与近似检验两种。...期望分布比较组别精确精确二项检验 Fisher精确检验近似卡方拟合优度独立卡方检验注意：精确二项检验仅能用于有两个水平的单变量。...拟合优度检验（期望频率）卡方检验想要检验假设：结果列result（忽略条件condition）中的两个值在总体中几乎相等（50%-50%）。...R中的CMH检验可以处理比2x2xK维度更高的数据，例如你处理3x3xK列联表。在接下来的例子里有三个变量：Location，Allele和Habitat。...我们可以使用精确校正的McNemar检验替换这种校正方式，前者更加的精确，可通过exact2x2包获取。

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R8在Android手Q中的应用

R8作为一个新工具，鲁棒性不如proguard，在面对手Q这个庞然大物时，出现了一些问题，本文主要分享一下R8在手Q应用遇到的问题，供后面有需要的同学参考。...但我们经过对比测试，打开R8后构建耗时有6分钟左右的优化，因此开启了R8在手Q应用的故事。...二、R8整体流程目前在手Q中使用的R8版本为2.1.75 ，官网的r8版本已经到了3.2.35，因为AGP版本的限制（目前手Q版本为4.1.3），无法单独升级R8，否则会有错误，因此本文对R8的分析都是基于...手Q补丁问题手q生成补丁过程中，有一个关键的步骤是Dex Diff ，即找出新Dex和旧Dex的差异，然后根据Diff去生成patch。...四、总结后面Android端混淆的主流工具慢慢会替换成R8，因此手Q对R8的应用也是不得不做的事情。任何工具在手Q这个庞然大物面前应用需要花费的更多成本。

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R语言卡方检验方法总结

这篇文章涵盖了孙振球，徐勇勇《医学统计学》第4版卡方检验章节中的所有内容。课本电子版和配套数据已上传到QQ群，需要的朋友加群下载即可。...双向无序分类资料的关联性检验双向有序分组资料的线性趋势检验多个样本率间的多重比较 Cochran-Mantel-Haenszel 卡方统计量检验频数分布拟合优度卡方检验不同类型卡方检验的选择...课本中关于四格表资料的卡方检验的方法选择以及R x C表资料的检验方法选择做了非常好的总结，在这里一并和大家分享一下：四格表资料的方法选择：当 n(样本量)≥40 且所有的T(期望频数)≥5时，用χ2...四格表资料卡方检验的专用公式/四格表资料卡方检验的校正公式/配对四格表资料的卡方检验/四格表资料的Fisher精确概率法，都可以用方法1可直接解决。...频数分布拟合优度卡方检验使用课本例7-13的数据。 R语言做卡方拟合优度检验非常简单，关键是概率的计算，这里我们直接用课本中的概率。

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plink中casecontrol关联分析细节解析

统计case/control两组中minor和major allele的频数，得到如下所示的表格 Allele A a Case a b Control c d 对于上述的2 X 2数据，使用卡方和费舍尔精确检验来进行关联分析...输出结果保存在后缀为assoc和assoc.fisher两个文件中，卡方分析结果如下所示 ? 费舍尔精确检验分析结果如下所示 ?...，TREND则通过Cochran-Armitage趋势检验计算p值。...费舍尔精确检验输出结果如下所示 ? AFF表示在case组中allel/genotype的频数，UNAFF则表示control组中的分布。...plink中的费舍尔精确检验是一个双边检验的结果，用R语言验证的结果如下 ?

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R语言数据分布检验的小例子

from=search&seid=2721954210688527324 娱乐之余，记录一下视频中涉及到的统计学知识点。...image.png 第一个小知识点：R语言里产生符合均匀分布的随机数的函数是runif() https://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html...image.png 为了验证这个想法使用Kolmogorov-Smirnov Test检验（简称K-S检验）验证数据是否符合均均分布第二个知识点：R语言只中K-S检验的函数是ks.test() https...://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/stats/html/ks.test.html 假设检验的原假设H0是数据符合指定分布，P值小于0.05拒绝原假设 >...接下来是k样本Anderson-Darling检验主要作用是检验几个样本是否来自同一总体 R语言里的实现函数是ad.test() install.packages("nortest") library

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R语言T检验的简单小例子

T检验是用来检验两组数据之间均值是否有差异的一种方法，比如下面我们用到的数据包括20个男生和20个女生的体重数据。...于是在理想的群体中随机抽取20个男生和20个女生测量体重，记录数据。这时候的统计检验方法就可以选择T检验。...本篇文章的内容参考https://www.datanovia.com/en/lessons/how-to-do-a-t-test-in-r-calculation-and-reporting/how-to-do-two-sample-t-test-in-r...，结果中p-value小于0.05，拒绝原假设，接受备择假设alternative hypothesis，备择假设是true difference in means is not equal to 0，...这个做的是Welch Two Sample t-test，如果要做学生式T检验，可以在t.test()函数里加var.equal=T参数 > t.test(women_weight,men_weight

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R in action读书笔记（6）-第七章：基本统计分析（中）

要在频数统计中将NA视为一个有效的类别，请设定参数useNA="ifany"。. 使用gmodels包中的CrossTable()函数是创建二维列联表的第三种方法。...CrossTable() 函数仿照SAS中PROC FREQ或SPSS中CROSSTABS的形式生成二维列联表 > CrossTable(Arthritis$Treatment,Arthritis$Improved...Fisher精确检验可以使用fisher.test()函数进行Fisher精确检验。Fisher精确检验的原假设是：边界固定的列联表中行和列是相互独立的。...3.Cochran-Mantel—Haenszel检验 mantelhaen.test()函数可用来进行Cochran—Mantel—Haenszel卡方检验，其原假设是，两个名义变量在第三个变量的每一层中都是条件独立的...> mantelhaen.test(mytable) Cochran-Mantel-Haenszel test data: mytable Cochran-Mantel-Haenszel

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R语言Poisson回归的拟合优度检验

p=6304 在这篇文章中，我们将看一下Poisson回归的拟合优度测试与个体计数数据。...在这篇文章中，我们将看到测试通常不会按预期执行，因此，我认为，应该谨慎使用。偏差拟合度检验由于偏差度量衡量了模型预测与观察结果的接近程度，我们可能会考虑将其作为给定模型拟合度检验的基础。...在R中执行拟合优度测试现在看看如何在R中执行拟合优度测试。...有1000个观测值，我们的模型有两个参数，因此自由度为998，由R作为残差df给出。...因此，我们有充分的证据表明我们的模型非常适合。通过仿真检验泊松回归拟合检验的偏差优度为了研究测试的性能，我们进行了一个小的模拟研究。我们将使用与以前相同的数据生成机制生成10,000个数据集。

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R语言实现定性资料的秩和检验

介绍定性资料比如等级，毒性，应答等，可以以具有分级的因子的形式表示，比如(+ ++， +++)，分别对应因子的1,2,3种水平，这样不同组样本只要看这些数据的等级的排列是否一致就可以判断这两个群体的分布是否有差异...(秩和检验)。...# 进行检验计算p值和zscore pvalue <- wilcox.test(毒性 ~ 分组, data = dt)$p.value zscore <- qnorm(pvalue/2) #...默认wilcox双尾检验所以要除以2，如果你wilcox做的是单尾检验，这里不用除以2 print(zscore) 参考资料 https://stats.stackexchange.com/questions.../330129/how-to-get-the-z-score-in-wilcox-test-in-r

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【SAS Says】基础篇：基本统计、相关分析与回归分析

、输出美化的东西，本节终于要介绍一点SAS做统计的知识了，不过，在基础篇中我们只大概介绍一下，更多统计分析的东西放在进阶篇中。...Means可以产生平均页数及90%的置信区间： ? 结果为： ? 3. 用proc freq检验分类数据 PROC FREQ,是base SAS的一部分，可以产生很多统计量来检验分类数据的相关性。...’s Q test,and kappa statistics CHISQ：用卡方统计量检测一致性和同类性。...就这个例子来看，球飞出去的长度确实和击球人的身高有关系，模型是显著的，但是两者之间的关系不是很明显（R-square=0.3758），可能年龄、经验会是比身高更好的预测变量。 7....如果使用了类似means这样的语句，那么其结果将接在后面。 7中想要检验是否组与组之间的升高有区别，使用proc anova语句如下： ? 第一部分给出了分类变量的信息： ?

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【SAS Says】基础篇：8. 相关、回归等初步统计

SAS是一个专业的统计软件，前面我们介绍了很多数据管理、输出美化的东西，本节终于要介绍一点SAS做统计的知识了，不过，在基础篇中我们只大概介绍一下，更多统计分析的东西放在进阶篇中。...N 非缺失变量值的个数 VAR 方差 NMISS 缺失值变量个数 PROBT t统计量概率分布 MEDIAN 中位数 T t统计量 Q1(P25) 25%分位数 Q3...8.3 用proc freq检验分类数据 PROC FREQ,是base SAS的一部分，可以产生很多统计量来检验分类数据的相关性。...就这个例子来看，球飞出去的长度确实和击球人的身高有关系，模型是显著的，但是两者之间的关系不是很明显（R-square=0.3758），可能年龄、经验会是比身高更好的预测变量。...如果使用了类似means这样的语句，那么其结果将接在后面。 7中想要检验是否组与组之间的升高有区别，使用proc anova语句如下： ? 第一部分给出了分类变量的信息： ?

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「R」基本统计分析

---- 频数表和列联表本节着眼于类别型变量的频数表和列联表，以及相应的独立性检验、相关性的度量、图形化展示结果的方法。除了使用基础安装中的函数，还将使用到vcd包和gmodels包中的函数。...独立性检验书中描述了3种检验：卡方独立性检验、Fisher精确检验和Cochran-Mantel-Haenszel检验。...Fisher精确检验使用fisher.test()函数进行Fisher精确检验，Fisher检验的原假设是：边界固定的列联表中行和列是相互独立的。...独立样本t检验针对两组的独立样本t检验可以用于检验两个总体的均值相等的假设。这里假设两组数据是独立的，并且从正态总体中抽得。...两组的比较若两组数据独立，可以使用Wilcoxon秩和检验（也称为Mann-Whitney U检验）来评估观测是否是从相同的概率分布中抽得的。

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