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ICML 2022 | LIMO: 一种快速生成靶向分子的新方法

今天给大家介绍来自美国加州大学团队发表在ICML2022上的文章。该论文提出了一种能够加快分子生成速度的LIMO模型。LIMO采用了变异自动编码器生成分子的的潜在表示,并且通过网络进行分子的属性预测,以实现更快的基于梯度的分子属性反向优化。综合实验表明,LIMO在基准任务上表现出竞争性,在生成具有高结合力的类药化合物的新任务上明显优于当前最先进的技术,并对两个蛋白质目标的结合力达到纳摩尔范围。作者利用更精确的基于分子动力学的绝对结合自由能计算,展示了生成的分子基于对接的结果,并表明模型生成的一个类药物化合物对人类雌激素受体的预测K D值(结合亲和力的度量值)远超过了早期的典型候选药物和大多数FDA批准的药物对其各自目标的亲和力。

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支持向量机1--线性SVM用于分类原理

在机器学习中,支持向量机(SVM,也叫支持向量网络),是在分类与回归分析中分析数据的监督式学习模型与相关的学习算法。是由Vapnik与同事(Boser等,1992;Guyon等,1993;Vapnik等,1997)在AT&T贝尔实验室开发。支持向量机是基于统计学习框架与由Chervonenkis(1974)和Vapnik(1982,1995)提出Vapnik–Chervonenkis理论上的最强大的预测方法之一。给定一组训练实例,每个训练实例被标记为属于两个类别中的一个或另一个,SVM训练算法创建一个将新的实例分配给两个类别之一的模型,使其成为非概率二元线性分类器。SVM模型是将实例表示为空间中的点,这样映射就使得单独类别的实例被尽可能宽的明显的间隔分开。然后,将新的实例映射到同一空间,并基于它们落在间隔的哪一侧来预测所属类别。

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【机器学习】支持向量机

本文介绍了支持向量机模型,首先介绍了硬间隔分类思想(最大化最小间隔),即在感知机的基础上提出了线性可分情况下最大化所有样本到超平面距离中的最小值。然后,在线性不可分的情况下,提出一种软间隔线性可分方式,定义了一种hinge损失,通过拉格朗日函数和对偶函数求解参数。其次,介绍线性模型中的一种强大操作—核函数,核函数不仅提供了支持向量机的非线性表示能力, 使其在高维空间寻找超平面,同时天然的适配于支持向量机。再次,介绍SMO优化方法加速求解支持向量机,SMO建立于坐标梯度上升算法之上,其思想与EM一致。最后,介绍支持向量机在回归问题上的应用方式,对比了几种常用损失的区别。

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《斯坦福算法博弈论二十讲》学习笔记(持续更新)

纳什均衡是否可以由一种算法或者一个策略型参与者自己很快计算出来呢?部分简单的博弈中,可以使用线性规划、迭代学习等算法求解纳什均衡。这些算法的结果使得我们相信纳什均衡对于零和博弈有很好的预测能力。 但是在非零和双人博弈中,并不存在能计算纳什均衡的快速算法。计算双人博弈的纳什均衡是一个少有的、自然的且展现出中等计算困难度的问题。 只有存在有效算法快速求解均衡,均衡对于博弈的预测能力才具有意义。博弈中也可能存在多个纳什均衡,均衡的不唯一性也削弱了均衡的预测能力。对于计算机从业者来说,严格均衡的不可计算性使得我们开始研究计算可行的均衡概念,例如相关均衡、粗糙相关均衡。

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