方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...移除包含箭头 <- 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
「other」 「列表中包含的其他矩阵，维度同R和G一致」 「genes」 「包含探针信息的数据框，每个荧光点必须要对应一行，可以有任意列」 「targets」 「含有RNA样本信息的数据框，行对应芯片数量...G,Gb,R,Rb head(RG$G) RG$G->G paste0("c",1:ncol(G))->colnames(G) dim(RG$G);dim(RG$Gb);dim(RG$R);dim(RG...，要从MAList的genes里面提取 head(MA$genes,20) #两种方法1.是使用probeid列，转换成基因名称，之前有很多教程了这里不做介绍 MA$genes$ProbeName->...的行名一致 #反正结果是ids每行的probe_id与dat的rownames一致 ids=ids[match(rownames(dat1),ids$ID),] head(ids) #以下去重方法是保留相同基因名称中中位数最大的...为否，即取出不重复的项，去除重复的gene ，保留每个基因最大表达量结果 dat1=dat1[ids$ID,] #新的ids取探针id这一列，将dat按照取出的这一列中的每一行组成一个新的dat rownames
（五）、文件权限的命令 1、chmod chmod是一个合成词，是change和modify的合并。...r（read）对应4，w（write）对应2，x（execute）执行对应1； 语法：chmod [{ugoa}{+-=}{rwx}][文件或目录] u（user拥有者）、g（group所属组）、o（other...2）、对test.txt的权限为：user去掉写权限，group加上执行权限，other权限等于只读 chmod u-w,g+x,o=r test.txt 2、sudo 以root的身份执行命令（输入用户自己的密码...（不能保留源文件） 2)、gzip -9 file1 最大程度压缩file1文件为gzip格式。...1)、bzip2 -k file1 -k表示保留源文件 压缩file1文件为bzip2格式。
保留FDR＜0.01的基因 logFC.cut = 1 #设置过滤参数2，保留logFC＞1的基因) write.csv...如试验组 TableCond1 条件1对应的表达矩阵，行代表样本名，列代表基因名 TableCond2 条件2对应的表达矩阵，行代表样本名，列代表基因名 typeOrder typeOrder R中具体示例...TCGAanalyzeLevelTab（）输出的结果，具体内容可参见上方的输出结果截图 ntopgenes 在PCA中绘制的差异基因数目，如200 group1 条件1对应的样本barcodes列表 group2...条件2对应的样本barcodes列表 R中具体示例： #由于在TCGAanalyze_LevelTab（）中，我们已经得到了一些参数，故可将参数直接带入主成分分析的函数中。...hight.color 突出显示的gene的颜色 name.size 设置为“significant”或highlighted”名称的字体的大小 R中具体示例： #为了做图的需要，突出显示FC≥8的
'\t'就能保留原有的样子。...import re regStr = r'.*' result = re.match(regStr, "test<...M 多行匹配，影响^和$ re....()) findall 匹配所有符合规律的内容，返回包含结果的列表 import re rList = re.findall('\d+', "查找数字：1245注册时11112中1") for r in...11112中1") for r in rList: print(r)
放弃自以来对工作树中跟踪文件所做的任何更改 --merge # 重置索引并更新工作树中和HEAD之间不同的文件，但保留索引和工作树之间不同的文件...如果和HEAD之间的文件有本地更改，则重置会中止 【rm】 语法： git rm [-f | --force] [-n] [-r] [--cached] [--ignore-unmatch...>], --no-column # 在列中显示分支列表 -r, --remotes # 列出或删除（如果与-d...名称和对象名称到现有的内容.git/FETCH_HEAD。...远程”存储库 # 名称指的是存储库列表，作为配置文件中的远程数据的值 <refspec
在R中，library函数的表现有点特殊，传给它的参数变量不是类似于常规R表达式的即时执行，而是像是被‘冻结’了一样。...recode) #[1] 1 2 3 4 5 #Levels: 1 2 3 4 5 可以发现因子变量已经从a b c d e转变为1 2 3 4 5了。 {}和 :=可以用于构建形参名称 !!...也是可以替换形参名称的 R中的函数的参数名称默认也是无法修改的，比如： var_name <- "test" list(var_name = 1) #$var_name #[1] 1 list(test...= 1) #$test #[1] 1 可以发现在定义向量时，var_name作为形参同样没有被执行，而是原样保留到结果向量中。...enquo()的快捷方式，经常用在对dplyr包中的函数的包装中，效果相当于原样传递参数值： mean_by_group <- function(dat, group, var){ var_name
参考：李东风老师的R 语言实战 1. tidyverse 系统简介 假设数据以 tibble 格式保存。...，再转换回长列表，比如： 这个数据的问题是 x, y 应该放在两列中却合并成一个了，2018 和 2019 应该放在一列中却分成了两列。...R 数据整理（六：根据分类新增列的种种方法 1.0） 其他函数 slice dplyr 包的函数 slice(.data, ...) 可以用来选择指定序号的行子集，正的序号表示保留，负的序号表示排除。...84 3.4 tibble 中的列表列 nest 与unnest 对于数据框，我们可以使用split 将数据框按某列拆分为多个数据框，并储存在列表中。...实际上，tibble 允许存在数据类型是列表 (list) 的列，子数据框就是以列表数据类型保存在 tibble 的一列中的。
(图片名称和格式)")后缀不可以写错，必须是存在的图片格式通用-三段论第一段：保存的函数及文件名 > pdf("test.pdf(文件名称.pdf)")#❓pdf可以查看有哪些可以保存的格式第二段：作图代码...1.9 拼图R包patchwork：堪比R语言领域的“美图羞羞”语法简单，兼容ggplot2拼图比例设置简单，具体见下图和下图二维码。1.10 练习?...x### 1.检测字符串长度str_length(x)#返回42（字符串的长度）length(x)#返回1（向量的元素）### 2.字符串拆分str_split(x," ")#为何拆分成列表？...列表第几个元素，就是拆分出向量的第几个元素class(str_split(x," "))#列表x2 = str_split(x," ")[[1]];x2#提取出向量y = c("jimmy 150","...select()#筛选列filter()#筛选行2.4 连续的步骤x1 <- select(iris,-5)x2 <- as.matrix(x1)x3 <- head(x2,50)pheatmap::pheatmap
，再返回一个新的向量，这个新的向量的长度和原来的一样长，向量元素的名称也是一样的；输出向量的类型由map函数的后缀来表明： map() makes a list. map_lgl() makes a logical...# # [[3]] # [1] 14 6 9 14 18 第一个参数就是函数构成的列表，或者是函数名构成的字符向量；第二个参数是一个列表，每个元素都是一个参数列表，位置和输入的函数相对应：...=="a") #[1] 1 head_while()和tail_while从前面和后面取满足条件的元素： x <- sample(10) x # [1] 4 3 7 10 5 1 2 8...John 30 M #> 2 Mary NA F A accumulate和reduce类似，但是保留了中间的结果： accumulate(c(1,2,3,4...类似，但更加安全，因为如果列表中类型不匹配的话这个函数就会报错，而unlist不会： a <- list(c(1,2,3),c("x","y")) unlist(a) #[1] "1" "2" "3"
# 只显示前3行的第一列和第二列，保留分隔符 -d指明分隔符 bash> cat groups.txt | head -n 3 | cut -d';' -f1 -f2 205;"真要瘦不瘦不罢休" 28...'{l+=1} END{print l}' awk还可以完成类似于group by的功能，这个脚本就要复杂一点 # 因为命令太长，下面用了shell命令续行符"\" # 统计每行的名称长度[去掉前后两个引号...";1 # 现在我们来聚合一下所有小组的各自积分，然后排序取前5名 # 用grep过滤只保留包含hot_group的行 # 筛选字段，只保留小组ID和积分字段，因为小组ID前后有引号，所以得用substr...去掉引号 # 用awk的聚合功能累积各小组的积分 # sort -n -r按积分数字倒排，再head -n 5取前5名展示出来 bash> cat rank_items.txt| grep hot_group...27;2801 # 接下来我们将上面的结果和groups.txt文件join起来，以显示小组ID对应的名称 # -t指定分隔符，两个输入分隔符必须一致 # -1 1 -2 1表示取第一个输入文件的第一个字段和第二个输入文件的第一个字段来
dserver.sh,并在启动过程中提示配置root账号密码，以及节点名称，节点名称在后续操作中需要用到 ....： name ：此元素定义集群的名称。...默认值为多数 ，它使用（N / 2）+ 1计算 ，其中N是集群中可用主节点的数量。在计算大多数时，不考虑复制节点。...如果启用，则当节点脱机时，同步消息将保留在分布式队列中。当它回到在线时，通过轮询队列中的所有同步消息来启动同步阶段。 servers ：用于指定集群中节点的角色（主节点或副本节点）。...默认情况下，使用星号*表示服务器中的所有节点都是主节点。因为我们打算构建一个包含两个主器件和一个副本的集群，所以我们将通过指定每个节点的名称和集群中的角色来修改此参数进行匹配。
前言 在[[15-R编程01-基本数据类型及其操作之向量]] 中，我就已经简单的提过，可以通过unique 或duplicated 非常暴力的实现去重。 那么我们可不可以有更好的策略呢？...其实非常简单，直接利用tidyverse 套件里的group_by 函数，接着直接用summarise 对结果计算： gistics.BT_final_1 <- gistic.BT.cytoband[,...c(5,6,9,10)] head(gistics.BT_final_1) gistics.BT_final % group_by(Unique_Name...：[[35-R数据整理07-使用tidyr和dplyr处理数据框2]] 将重复名称进行顺序标记 比如给重复的这三个名称加上1:n,n 是重复的次数： 思路如下： 将表格元素按照是否重复拆分； 将重复元素的表格...，按照名称进行拆分为列表； 利用lapply 遍历列表中的每个数据框，按照顺序给数据框添加1:n 标记，并加上名称列中； 合并先前的内容； ## duplicated or not duplicated_label
:/sbin/nologinlp:x:4:7:lp:/var/spool/lpd:/sbin/nologinUID为0表示系统管理员1-99保留给系统预设账号100-499保留给一些服务使用500-65535...-r-- 1 root root 0 3月 8 17:31 testgrp-rw-r--r-- 1 root root 0 3月 8 17:31 testgrp3-rw-r--r-- 1 root...::删除用户userdel [-rf} username-r :连同使用者的家目录也一起删除-f：即使用户登录，也进行强制删除，同时将用户家目录和邮箱等一起删除，哼危险设置密码passwd [-lunxwS...5 个字段； -d 主目录：修改用户的主目录，即修改 /etc/passwd 文件中目标用户信息的第 6 个字段，需要注意的是，主目录必须写绝对路径； -e 日期：修改用户的失效曰期，格式为.../etc/group 文件； -l 用户名：修改用户名称； -L：临时锁定用户（Lock）； -U：解锁用户（Unlock），和 -L 对应； -s shell：修改用户的登录
用户和组相关的配置文件 1.1. /etc/passwd 文件 （1行7列） 1.2. /etc/shadow 文件（1行9列） 1.3. /etc/group 文件（1行4列） 1.4....保留字段： linux的保留字段，目前为空，以备linux日后发展之用。 1.3. /etc/group 文件（1行4列） 用户组配置文件，用户组的所有信息都存放在此文件中。...:: 下面是/etc/gshdow每个字段的含义： 群组名称： 就是群组名称 群组密码： 组管理员列表： 组管理员的列表，更改组密码和成员 以当前组为附加组的用户列表： (分隔符为逗号) 1.5....1970年1月1日算起，多少天后帐号失效 保留字段 /etc/group文件格式 一共分为4列： 群组名称：就是群组名称 群组密码：通常不需要设定，密码是被记录在 /etc/gshadow GID：就是群组的...ID 以当前组为附加组的用户列表(分隔符为逗号) /etc/gshdow文件格式 一共分为4列： 群组名称：就是群组名称 群组密码： 组管理员列表：组管理员的列表，更改组密码和成员 以当前组为附加组的用户列表
用法： hdfs dfs -chown [-R] [OWNER][:[GROUP]] URI [URI ]Copy copyFromLocal 作用：将本地文件拷贝到hdfs上 可选参数： -p 保留访问和修改时间...-p选项将保留文件属性topx。 如果-p没有指定参数，则保留时间戳、所有权和权限。 如果指定了-pa，则保留权限，因为ACL是权限的超集。 确定是否保留原始名称空间扩展属性与-p标志无关。.../hadoop/dir1Copy du 作用：显示给定目录中包含的文件和目录的大小或文件的长度(如果只是一个文件)。...setfacl 作用：设置文件和目录的访问控制列表。...新的表项被添加到ACL中，现有的表项被保留。 -x:删除指定的ACL表项。 其他ACL表项保留。 –set:完全替换ACL，丢弃所有已有的表项。
.keep_all = T（把其余的列对应的值都保留下来） Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1...14 #do.call 将列表里的元素进行批量的操作；cbind是按列拼接起来（向量长度得是相同的） 长脚本管理方式 if(T){} #运行{}中的代码;可折叠 if(F){} #跳过{}中的代码...1000) #每个基因的方差排序 每行计算方差,取后1000个 names(tail(sort(apply(test,1,var)),1000)) # 将后1000个的基因名称提取出来 对列表/向量中的每个元素...$z [1] 30 29 28 27 返回值是列表，对列表中的每个元素（向量）求均值(试试方差var,分位数quantile) > lapply(test,mean) #输出结果仍为列表 $x [1]...5 tony group2 4.5 > semi_join(test1,test2,by="name") #半连接，基本用不上 把test1中的name也在test2中包含的人取出来
尽管有许多包和Web应用程序可以绘制韦恩图，但没有R包提供提取这些子集的细节并将其与数据框中的用户数据集结合起来的功能。...今天小编给大家介绍的是 VennDetail，这是一个 R 包，用于生成高质量的韦恩饼图并允许提取子集详细信息。 R包安装 if (!...通过比较 db/db 糖尿病小鼠和进行吡格列酮治疗的db/db 小鼠，在三种不同的组织、肾皮质、肾小球和坐骨神经中获得了三个DEGs数据集。...参数 any 和 group 提供了两种不同的方式来突出显示子集。any 确定要显示在组数中的子集（1：仅包含在一个组中的子集；2：由任何两个组共享的子集）。...group 要求用户指定要突出显示的子集。
swim成员协议为组中的每个进程提供了一个本地维护的列表，称为成员列表，该列表包含组中的其他非故障进程。...然后，这些目标中的每一个都代表 M i向 M j发送一个ping ，并在收到一个ack时k``k通知 M i。...SWIM 传播组件 传播组件只是将故障更新多播到组的其余部分。所有收到此消息的成员都将 M j从其本地成员列表中删除。关于新成员或自愿离开的信息以类似的方式被多播成员。...最后，这篇博文特意保留了数学以使高级思想变得简单，但如果您有兴趣深入研究，请务必阅读本文以更好地了解误报率的上限、检测故障的平均时间和网络负载 流程图 状态机: 图片 源码流程图 图片 源码分析...to leader group_map update bcast making Excluded 参考 IEEE: https://ieeexplore.ieee.org/document/1028914
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