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R语言】R因子(factor)

R因子用于存储不同类别的数据,可以用来对数据进行分组,例如人性别有男和女两个类别,根据年龄可以将人分为未成年人和成年人,考试成绩可以分为优,良,,差。...R 语言创建因子使用 factor() 函数,向量作为输入参数。...levels:指定各水平值, 不指定时由x不同值来求得。 labels:水平标签, 不指定时用各水平值对应字符串。 exclude:排除字符。 ordered:逻辑值,用于指定水平是否有序。...这个顺序也是有讲究,一般是按字母顺序来排列。我们也可以按照自己需要来排列因子顺序。...关于这个参数后面我们还会给大家举个更实际,跟临床数据相关例子。 R因子使用还是更广泛,例如做差异表达分析时候我们可以根据因子将数据分成两组。

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RR 方差分析ANOVA

因此回归分析章节中提到lm()函数也能分析ANOVA模型。不过,在这个章节,我们基本使用aov()函数。最后,会提供了个lm()函数例子。...R默认类型I(序贯型)方法计算ANOVA效应(类型II和III分别为分层和边界型,详见R实战(第2版)202页)。...RANOVA表结果将评价: A对y影响 控制A时,B对y影响 控制A和B主效应时,A与B交互影响。 一般来说,越基础性效应需要放在表达式前面。...单因素方差分析 单因素方法分析,你感兴趣是比较分类因子定义两个或多个组别因变量均值。...glht.png par语句增大了顶部边界面积,cld()函数level选项设置了使用显著水平。 有相同字母组说明均值差异不显著。

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R tips: R颜色配置方案

数据可视化不可避免就是要选择一些颜色方案,颜色方案除了手动设置之外,在R也有自动生成颜色方案工具。...RHCL配色方案 HCL本意是和RGB HSV等一样颜色空间术语,由于这里所用颜色方案在R是hcl.pals函数,所以就称为HCL配色方案了。...HCL相比较HSV等颜色空间一个重要优点就是颜色视觉明度是均一,在R也是推荐使用hcl颜色方案,不推荐使用rainbow等颜色方案了。...,常用于着色离散变量; sequential颜色方案色调较少,体现了颜色连续过渡,可以用于着色连续变量; diverging和divergingx也是颜色连续过渡,但是不同于sequential...") # [1] "#1B9E77" "#D95F02" "#7570B3" 不同于hcl配色方案,RColorBrewer颜色方案数量是固定,不会对颜色进行自动插值,比如Dark2配色一共只有

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Rsweep函数

函数用途 base包sweep函数是处理统计量工具,一般可以结合apply()函数来使用。...当我们我们需要将apply()统计出来统计量代回原数据集去做相应操作时候就可以用到sweep()。...函数参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列其他维度进行操作...,与apply用法一样 STATS:需要对原数据集操作用到统计量 FUN:操作需要用到四则运算,默认为减法"-",当然也可以修改成"+","*","/",即加、乘、除 check.margin:是否需要检查维度是否适宜问题...…… 下面我们结合几个具体例子来看 #创建一个4行3列矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行均值

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【LeetCode 周赛】很有意思 T2

美丽下标对数目(Easy) https://leetcode.cn/problems/number-of-beautiful-pairs/ 题解一(暴力) 两层扫描,同时检查前驱匹配配对数。...那么我们问题就转换为是否存在 k,使得 nums1 - k*nums2 二进制位 1 个数为 k。...if (k == (nums1 - k * nums2).bitCount()) return true 然而,这个思路是有陷阱,比如说操作 4 次后二进制位 1 个数只有 3 个,按照上面的思路是非法...,但事实上我们依然可以通过操作 4 次来清零(-1、-4、-8 ⇒ 将 -8 拆分为 2 次 -4,总操作次数就是 -1、-4、-4、-4); 最少操作次数:每次将二进制位 1 消除; 最多操作次数...综上所述,令 x 为 num1 - k * num2,y 为 x 二进制位 1 个数,从 1 开始枚举 k,那么当满足 y ≤ k 且 x ≥ k 时,必然可以通过 k 次操作清零。

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RR检验“数据是恆量”问题

之前我学习和自己分析时就遇到过,尝试使用判断方式事先检查它是不是数据存在问题(这类数据明显不服从正态分布),可以使用正态性检验,或者直接判断是不是样本组内数据是完全一样,如果一样就不要这个了。...所遇到问题: 分析两个样本之间是否存在差异,每个样本三个重复。现在用是t.test,但有些样本三个重复值一样(比如有0,0,0或者2,2,2之类),想问下像这种数据应该用什么检验方法呢?...以下是我回答: 数据是恒量是无法做t检验,因为计算公式分母为0(不懂看下统计量t计算公式,一般标准差/标准误为分母,所以恒量是不能算)。...,如果一样,则输出原始结果,再筛选其中差异大基因 。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

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R线性回归分析

回归分析(regression analysis) 回归分析是研究自变量与因变量之间关系形式分析方法,它主要是通过建立因变量Y与影响它自变量Xi(i=1,2,3...)之间回归模型,来预测因变量Y...发展趋势。...简单线性回归模型 Y=a+b*X+e Y——因变量 X——自变量 a——常数项,是回归直线在纵轴上截距 b——回归系数,是回归直线斜率 e——随机误差,即随机因素对因变量所产生影响...回归分析函数 lm(formula) formula:回归表达式y~x+1 lm类型回归结果,一般使用summary函数进行查看 预测函数 predic(lmModel,predictData...,level=置信度) 参数说明: lmModel:回归分析得到模型 predictData:需要预测值 level:置信度 返回值:预测结果 data <- read.table('data.csv

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ChAMP R包安装事故

/biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用电脑是windows 操作系统,64位R-3.4.3,安装过程除了网速较慢,花费一点时间安装之外,并没有出现任何问题。...(now), ...): 无法载入共享目标对象‘D:/work/R-3.4.3/library/mvtnorm/libs/x64/mvtnorm.dll’:: `已达到了DLL数目的上限......dll 文件就是windows操作系统下动态链接库,在加载R过程,如果这个R包有对应动态链接库,那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统,R语言对应环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...这个文件可以保存在任意目录下,文件中就一句话,内容如下 R_MAX_NUM_DLLS=500 500表示允许最多dll文件数目,设置好之后,重新启动R, 然后输入如下命令 normalizePath

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Rstack和unstack函数

我们用R做数据处理时候,经常要对数据格式进行变换。例如将数据框(dataframe)转换成列表(list),或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠,就像下面这张图展示这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样功能呢?下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框第二列分组信息,将第一列数据划分到各个组,是一个去堆叠过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体例子 例如现在我们手上有一个数据框,里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 内容,第一列是重量,第二列是不同处理方式...df = PlantGrowth unstacked_df = unstack(df) unstacked_df 结果如下,因为这里ctrl,trt1和trt2样本刚好都是10个,所以这里结果看上去还像是一个数据框

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