问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist <- objects(packageName)...= 0) funlist <- funlist[-idx] # 创建一个数据框保存数据 objectlist <- data.frame(name = funlist, primitive...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
lpSolve 包和运输问题 运输问题(transportation problem) 属于线性规划问题，可以根据模型按照线性规划的方式求解，但由于其特殊性，用常规的线性规划来求解并不是最有效的方法。...lpSolve 包和指派问题 指派问题(assignment problem) 属于0 - 1 整数规划，是一种特殊的整数规划问题。...R中，lpSolve包提供了函数lp.assign() 来求解标准指派问题，其用法如下： lp.assign(cost.mat,direction = "min", presolve = 0, compute.sens...在实际应用中，常会遇到各种非标准形式的指派问题，有时不能直接调用函数，处理方法是将它们化为标准形式(胡运权, 2007)，然后再通过标准方法求解。...同运输问题一样，LINGO 在解决指派问题时，也必须通过各种命令建立数据集、模型、目标函数、约束函数等，比较繁琐，相比之下，R两三句代码就可以快速解决问题，较之LINGO 软件，的确方便快捷了许多。
之前我学习和自己分析时就遇到过，尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题（这类数据明显不服从正态分布），可以使用正态性检验，或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的，如果一样就不要这个了。...所遇到的问题： 分析两个样本之间是否存在差异，每个样本三个重复。现在用的是t.test，但有些样本三个重复的值一样（比如有0,0,0或者2,2,2之类的），想问下像这种数据应该用什么检验方法呢？...，我们需要解决的就是这个问题。...为什么出现这问题？如果解决？以下是我的回答： 数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...，如果出问题，返回相应的NA，这样我们可以算完后再检查数据。
plyr包是Hadley Wickham为解决split – apply – combine问题而写的一个包。...教程，可以参考官方文档：http://plyr.had.co.nz/ 3.2.2 dplyr dplyr是一个强大的R包，用于处理，清理和汇总非结构化数据，使得R中的数据探索和数据操作变得简单快捷，也是出于...教程，可以参考官方文档：https://tidyr.tidyverse.org/ 3.2.4 lubridate R语言的基础包中提供了两种类型的时间数据 Date类型，仅包括日期数据，它不包括时间和时区信息...Lubridate包可以减少在R中操作时间变量，内置函数提供了很好的解析日期与时间的便利方法。lubridate 包是 Hadley Wickham开发的用于高效处理时间数据的 R 包。...可以方便的与ggplot进行涂层叠加，实现在R中的地图绘制需求。 ggmap包中的函数 get_map：ggmap包中最基本函数，用来下载地图。 geocode：用来返回某地的经纬度。
ChAMP 包提供了完整的分析illumina甲基化芯片的pipeline, 和普通的Bioconductor 包的安装一样，代码只有简单的两行 source("http://bioconductor.org.../biocLite.R") biocLite("ChAMP") 我用的电脑是windows 操作系统，64位的R-3.4.3，安装过程中除了网速较慢，花费一点时间安装之外，并没有出现任何的问题。...dll 文件就是windows操作系统下的动态链接库，在加载R包的过程中，如果这个R包有对应的动态链接库，那么就会加载进来。...解决方案就是设置环境变量R_MAX_NUM_DLLS, 不管是什么操作系统，R语言对应的环境变量都可以在.Renviron文件中进行设置。...ChAMP的功能确实是更加的强大和完整，同时也意味它的依赖包会特别的多，从而出现dll文件达到上限的错误。本文记录的解决方案，适合于任何操作系统，希望可以帮助到大家。
下图就是刷新项目，让maven重新下载jar包的 1、打开maven的setting文件 2、在setting 文件里加上这个 nexus...url>http://repo.maven.apache.org/maven2 central 3、操作第一张图的步骤...，刷新maven项目成功解决这个问题
安装 在R里跑下面这句，包就安装好了。...初印象 library(nCov2019) x <- get_nCov2019() 加载包之后，用一条语句，拿到当前最新的数据，每天都可以跑一下，拿到最新的数据。...打印一下你拿到的数据，它会显示中国确诊的人数，以及这个数据的更新时间： > x China (total confirmed cases): 14489 last update: 2020-02-02...19:22:51 更新时间很重要，因为数字是不断在更新，比如你使用当前的数据来画图，你想在图上加个时间注释，为了让这事变得更容易，nCov2019包提供了time方法，返回数据更新时间： > time...由于使用下标被我设计为访问各地的数据，那么要访问中国每日的统计数据，就得用别的方法，于是我定义了summary，你只要一summary就出来： > summary(x) date confirm
下面的例子摘自慕课网：闭包-慕课网 闭包 在函数内部定义的函数和外部定义的函数是一样的，只是他们无法被外部访问： def g(): print 'g()...'...return g 像这种内层函数引用了外层函数的变量（参数也算变量），然后返回内层函数的情况，称为闭包（Closure）。...闭包的特点是返回的函数还引用了外层函数的局部变量，所以，要正确使用闭包，就要确保引用的局部变量在函数返回后不能变。...): return i*i fs.append(f) return fs f1, f2, f3 = count() 你可能认为调用f1()，f2()和f3...= f(i) fs.append(r) return fs f1, f2, f3 = count() print f1(), f2(), f3()
与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...基于模型的方法:mclust 基于密度的方法:dbscan 基于画图的方法:plotcluster,plot.hclust 基于验证的方法:cluster.stats 2、分类 常用的包： rpart...： arules：支持挖掘频繁项集，最大频繁项集，频繁闭项目集和关联规则 DRM：回归和分类数据的重复关联模型 APRIORI算法，广度RST算法：apriori,drm ECLAT算法：采用等价类，RST...深度搜索和集合的交集：eclat 4、序列模式 常用的包：arulesSequences SPADE算法：cSPADE 5、时间序列 常用的包：timsac 时间序列构建函数：ts 成分分解:decomp...其他：aggregate,merge,reshape 9、与数据挖掘软件Weka做接口 RWeka:通过这个接口，可以在R中使用Weka的所有算法。
尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...在包函数中使用 aes() 和 vars() 为了使用ggplot2创建图形，你很可能至少要使用一次aes()函数。如果你的图形使用了分面操作，你可能也会使用vars()用来指向绘图数据。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有，则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中，而该字节码可能与安装的ggplot2不一致！
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除此之外，还可以去读刘思喆的《153分钟学会R》。这本书收集了R初学者提问频率最高的153个问题。为什么叫153分钟呢？...首先，画图入门可以读《R Graphics》，个人认为这本是比较经典的，全面介绍了R中绘图系统。该书对应的有一个网站，google之就可以了。...然后，是《Applied Econometrics with R》，该书对应的R包是AER，可以安装之后配合使用，效果甚佳。计量经济学中很大一部分是关于时间序列分析的，这一块内容在下面的地方说。...该书介绍了各种时间序列分析的经典方法及实现各种经典方法的R代码，该书有中文版。如果不想买的话，建议去作者主页直接下载，英文版其实读起来很简单。时间序列分析中有一大块儿是关于金融时间序列分析的。...7数据挖掘 现在相关的书籍已经比较多了,可见一文中推荐的几本书。 8附注 与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。
这是《Bioconductor 中的 R 包安装教程》的第二篇，完整的文章可以点击阅读原文查阅。...以 DiffBind 包为例，DiffBind==3.4.0 是基于 Bioconductor==3.14（对应 R-4.1）开发的；我们在 Bioconductor==3.13（对应 R-4.0）中执行...，我这里用的是清华大学的，第二行，设定 install.packages 从 CRAN 和 Bioconductor 中搜索包，其实你还可以让它支持比如 R-Forge 以及各种第三方的仓库。...安装体积比较大的 R 包 安装 CRAN 或者 Bioconductor 中一些体积比较大的 R 包，如果网络不太好，经常可能会出现包下载不完（Timeout of 60 seconds was reached...： getOption('timeout') # [1] 60 options(timeout=100) 以上，就是这一次 Bioconductor R 包安装和使用的全部内容，希望对大家有所帮助
1.文档编写目的 ---- 继上一章如何在Redhat中配置R环境后，我们知道对于多数企业来说是没有外网环境的，在离线环境下如何安装R的包，能否搭建R的私有源对R的包进行管理。...本文档主要讲述如何在Redhat中安装R的包及搭建R的私有源。...1.Linux已安装Apache2服务并正常运行 2.R已安装完成并正常使用 2.Package的安装 ---- R的Package安装主要分为在线安装和离线安装两种方式，如下： 1.在线安装 在R的控制台输入...搭建需要注意，PACKAGES文件中记录了所有包的描述信息，且每个包只有一个版本。...挚友不肯放，数据玩的花！ 温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。 ---- 推荐关注Hadoop实操，第一时间，分享更多Hadoop干货，欢迎转发和分享。
image-20230125113311867 值得一提的是，这篇文章的通讯作者Jin，也是R包CellChat的第一作者。...（C）scAB 能够从推断的细胞加载矩阵 H 中同时检测粗粒和细粒表型相关细胞状态。每个细粒细胞状态由每个学习模式中的表型相关细胞组成，粗粒表型相关细胞状态由所有细粒细胞状态的表型相关细胞的联合定义。...二. scAB的代码实现 scAB R包github在 https://github.com/jinworks/scAB....R包加载： library(Seurat) library(preprocessCore) library(scAB) Step2....一个小问题是，因为这个算法依赖NMF非负矩阵和相关系数矩阵，导致运行速度比较慢，测试数据只有8000多个细胞，但运行整个流程需要花好数个小时，因此如果有python版本的话，会不会更适合当前的大样本单细胞数据
上个帖子介绍了整合单细胞数据和Bulk数据的最新方法scAB，整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB。...除了scAB以外，衔接单细胞数据和Bulk测序数据的方法还有Scissor， scPrognosis 和DEGAS 等工具。本系列文章计划依次介绍这些算法，提供给大家更多的选择。...）：为了横向比较Scissor和scAB算法，本文采用scAB包的示例数据，最后将Scissor的结果和scAB算法的结果进行对比。...加载示例数据 这里采用scAB包的示例数据进行演示： 可参考：整合单细胞数据和Bulk数据的多种方法（一）：R包scAB library(Seurat) library(preprocessCore)...这里要强调一下Scissor R包的运行速度是真的快。而scAB运行这个8000个细胞的示例数据，需要花费好几个小时，效率上相差甚远。 Step4.
与数据挖掘有关或者有帮助的R包和函数的集合。...： arules：支持挖掘频繁项集，最大频繁项集，频繁闭项目集和关联规则 DRM：回归和分类数据的重复关联模型 APRIORI算法，广度RST算法：apriori, drm ECLAT算法： 采用等价类...，RST深度搜索和集合的交集： eclat 4、序列模式 常用的包： arulesSequences SPADE算法： cSPADE 5、时间序列 常用的包： timsac 时间序列构建函数： ts 成分分解...: decomp, decompose, stl, tsr 6、统计 常用的包： Base R, nlme 方差分析: aov, anova 密度分析: density 假设检验: t.test, prop.test..., unstack 其他：aggregate, merge, reshape 9、与数据挖掘软件Weka做接口 RWeka: 通过这个接口，可以在R中使用Weka的所有算法。
什么是模块 使用python编写的代码（.py文件） 已被编译为共享库或DLL的C或C++扩展 包好一组模块的包 使用C编写并链接到python解释器的内置模块 为何要使用模块 实现代码和功能的复用...，所以需要在程序的开头表明所有的引入的包和模块 python的优化手段是：第一次导入后就将模块名加载到内存了，后续的import语句仅是对已经加载大内存中的模块对象增加了一次引用，不会重新执行模块内的语句...而且可读性极其的差，在交互式环境中导入时没有问题。 因为这样的会导致原本的函数被覆盖 ........，以此来提高程序的结构性和可维护性 注意事项 关于包相关的导入语句也分为 import 和 from ... import ......import导入文件时，产生名称空间中的名字来源于文件，import 包，产生的名称空间的名字同样 来源于文件，即包下的 __init__.py ，导入包本质就是在导入该文件 包A和包B下有同名模块也不会冲突
第一篇目录 TCGA数据源 查看有多少不同的癌症数据集 查看任意数据集的样本列表方式 查看任意数据集的数据形式 选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息 选定样本列表获取临床信息 综合性获取 从cBioPortal...下载点突变信息 从cBioPortal下载拷贝数变异数据 把拷贝数及点突变信息结合画热图 同理还可以下载所有其它TCGA的数据进行后续分析。...for Systems Biology Next-Generation Clustered Heat Maps, MD Anderson Cancer Center 其中cBioPortal更是被包装到R包里面...：http://www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言的cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...查看任意数据集的数据形式 ## 而后获取可以下载哪几种数据，一般是mutation，CNV和表达量数据all_dataset <- getGeneticProfiles(mycgds, stad2014
您可以在任何可以安装R和Java的计算机上使用纯R脚本和标准SQL访问Elasticsearch数据。...您可以使用适用于Elasticsearch的CData JDBC驱动程序和RJDBC软件包来处理R中的远程Elasticsearch数据。...通过使用CData驱动程序，您可以利用为经过行业验证的标准编写的驱动程序来访问流行的开源数据R语言。...加载RJDBC包 要使用该驱动程序，请下载RJDBC软件包。...类路径：将其设置为驱动程序JAR的位置。默认情况下，这是安装文件夹的lib子文件夹。 DBI函数（例如 dbConnect 和dbSendQuery ）提供了用于在R中写入数据访问代码的统一接口。
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