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TwoSampleMR实战教程之提取IV结局信息

在读取完暴露文件并去除掉存在连锁不平衡SNP后,我们接下来要做一件事就是提取IV结局信息,完成这一步主要有两种方法: (1)利用TwoSampleMR获取MR base提供结局信息 (2)读取自己结局...利用TwoSampleMR获取MR base提供结局信息 首先咱们先提取IV信息并去除存在连锁不平衡SNP,这里咱们还是以BMI作为暴露,但是ID号需要改成'ieu-a-835',这主要是因为之前...之前理论学习,我曾和大家解释过人群混杂会带来估计结果偏倚,因此我们需要选择遗传背景一致的人群进行MR研究(如暴露和结局GWAS都是欧洲人群中进行)。...从自己GWAS结果中提取IV结局信息 米老鼠从DIAGRAM研究中下载了与'ieu-a-26'对应完整GWAS数据然后提取IV,代码如下: #install.packages('data.table...结果没有phenotype、beta和se信息,因此米老鼠先将它读取到R,然后转换格式。

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Python 网络抓取和文本挖掘 - 3

XPath 是一种查询语言,用于HTML/XML文档定位和提取一些片段。XPath也是一个W3C标准。XPath只能处理DOM,所以必须先将HTML或XML文档加载解析成DOM。...Python可以用lxml保etree来 执行DOM解析和XPath查询。 1. 示例文件 <!...3. xpath路径 对于HTML文档 ,可以用到达该节点顺序来描述它位置,如示例文件元素,它XPath为"/html/body/div/p/i",提取该文档节点数据,这个是绝对路径...语句为:  //a/acenstor::div//i 表示这条路径i是一个div后代,同时这个div又是一个a祖先,从文档树结构看,只有第2个div具备这个特性。...提取节点元素    python中用lxml可以方便获得元素标签名、内容t和属性,分别对应是lxml.etree._Element类tag、text属性和items()方法。

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xpath进阶用法

一、简介   xpath作为对网页、对xml文件进行定位工具,速度快,语法简洁明了,在网络爬虫解析内容过程起到很大作用,除了xpath基础用法之外xpath还存在着非常之多进阶用法,本文将对笔者日常使用积累...  xpath/..表示向上一级,这里我们用xpath按照下图中路径提取a标签里内容: ?...若想同时包含所有祖先节点及自己本身,则可使用ancestor-or-self: tree.xpath("//meta[@class='keywords']/ancestor-or-self::*/text...2.9 定位某一节点后代节点   类似2.8,只不过这里我们来定位某一节点之下所有后代节点,使用descendant: '''获取class为tags标签下所有后代节点中a标签href信息'''...规则a标签href与text()内容,就可以传入规范正则命名空间,并利用match来匹配自定义正则语句,如下: tree.xpath(r"//a[@class='tag' and ns:match

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爬虫入门指南(1):学习爬虫基础知识和技巧

它通过模拟浏览器行为,访问指定网页,并从中提取所需信息。爬虫工作核心是发送HTTP请求、获取网页内容、解析网页结构并提取数据。...解析网页内容:爬虫利用解析技术(如XPath、正则表达式等)对HTML源代码进行解析,从中提取需要信息存储数据:爬虫将提取数据进行存储,可以保存到本地文件或写入数据库。...XPath:XPath是一种用于XML和HTML文档中进行选择语言。XPath使用路径表达式来选择节点节点集合。...XPath轴(Axis): 轴用于节点之间建立关联,常见轴包括: # 选择所有祖先节点 xpath_expression = "//book/ancestor::node()" # 选择所有祖先节点和当前节点自身...接下来,我们使用XPath路径表达式来选择所需节点,并通过xpath()方法提取出标题和作者等信息。 效果如图:

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左手用R右手Python系列16——XPath与网页解析库

“|”符号代表或条件,无论是正则还是函数逻辑符号中都是如此,XPath也是如此,使用Xath分割两个单XPath表达式,即可同时返回符合两个条件所有信息。...://www.raindu.com/tags/ggplot2/"/> 因为rss页面的代码结构并不十分复杂,每一篇文章信息结构都是相同,这里我将其中一篇文章及其祖先节点提取出来...你会惊讶发现,除了”raindu’s home”这个记录之外,剩余信息和上述”//title”路径查询结果是一样,第一条是因为”raindu’s home”原始xml是feed一个直接子节点...原始xml文档,有很多id属性和link属性,而且这些节点分布不同层级节点内部。...原始文档,每一篇本科均有分类信息,我们想要找出含有ggplot2类别的节点并获取其链接,则公式可以写成如下形式。

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网页解析

网页解析完成是从下载回来html文件中提取所需数据方法,一般会用到方法有: 正则表达式:将整个网页文档当成一个字符串用模糊匹配方式来提取出有价值数据 Beautidul Soup:一个强大第三方插件...lxml:解析html网页或者xml网页 不同解析办法只是匹配方式不同,按道理来说几种方法可以相互替换,正则表达式语法就不做赘述,这里介绍一下Python一个库Beautidul Soup,它能将...对象组成列表),至于节点内容提取则需要借助get方法(提取属性)或者ger_text()方法(提取文本段落)。...lxml lxml是Python一个解析库,可以用来解析html或者xml同时支持xpath以及css两种解析方式,解析效率比较高,目前BeautifulSoup已经支持lxml解析方式,可以实例化前声明一下即可...bs4BeautifulSoup('lxml').select()方法实现,该方法会执行一个css选择 find 利用 DOM 来遍历元素,并基于祖先和家族关系找到它们,而 cssselect 方法利用

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深度剖析倍增算法求解最近公共祖先(LCA)细枝末节

如LCA(6,7)=3,因节点6和节点7 互不为祖先节点6LCA(6,7)左子树节点7LCA(6,7)右子树。...先移动指向9指针,让其移动和7深度一致节点6。然后,同时移动两个指针,直到遇到相同节点3。 Tips: 根节点深度为 1。 使用矩阵存储信息,可以很方便写出相应算法。...使用邻接表存储树时,为了方便,可以为每一个节点设置一个指向父节点指针。上述算法可统称为朴素算法,其特点在于算法实现过程,需要一步一步移动指针。 本文主要讲解使用培增法求解最近公共祖先。 3....如上所述,向上跳跃时,采取由大到小方案更能提升查询性能。也就是说,向上跳跃过程,尽可能一步迈大点。 向上跳几次? 现在继续探讨另一个问题,一个节点向上跳到其父节点,需要跳几次。...因每一个节点都需要缓存其祖先信息,显然需要一个二维数组记录这些信息。现设定数组名为 father[i][j],i表示节点编号,j表示 2 指数。

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C++ 倍增算法求解最近公共祖先(LCA)

如查询9和7两节点祖先。如下图所示,9深度为3,7深度为2。先移动指向9指针,让其移动和7深度一致节点6。然后,同时移动两个指针,直到遇到相同节点3。 Tips: 根节点深度为 0。...使用矩阵存储信息,可以很方便写出相应算法。使用邻接表存储树时,为了方便,可以为每一个节点设置一个指向父节点指针。上述算法可统称为朴素算法,其特点在于算法实现过程,需要一步一步移动指针。...如上所述,向上跳跃时,采取由大到小方案更能提升查询性能。也就是说,向上跳跃过程,尽可能一步迈大点。 向上跳几次? 现在继续探讨另一个问题,一个节点向上跳到其父节点,需要跳几次。...因每一个节点都需要缓存其祖先信息,显然需要一个二维数组记录这些信息。现设定数组名为 father[i][j],i表示节点编号,j表示 2 指数。...其实这个道理也简单,以2 倍增表达式满足: 21=20+20。 22=21+21。 23=22+22。 …… 2j=2j-1+2j-1。

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学习 XQuery:XML数据查询关键

它是基于 XPath 表达式构建它是一种从 XML 文档查找和提取元素和属性语言。...XQuery 应用XQuery 可用于以下情况:提取信息以用于 Web 服务生成摘要报告将 XML 数据转换为 XHTML搜索 Web 文档以获取相关信息XQuery 示例让我们通过看一个示例学习一些基本...总结XQuery 是一种强大 XML 查询语言,可用于 XML 文档查找和提取信息XQuery FLWOR 表达式什么是 FLWORFLWOR 是一个缩写,代表 "For, Let, Where,...XQuery 术语节点 XQuery ,有七种类型节点:元素、属性、文本、命名空间、处理指令、注释和文档(根)节点。原子值:没有子节点或父节点节点。项目:原子值或节点。...节点关系:父节点、子节点、兄弟节点祖先节点和后代节点。XQuery 语法XQuery 基本语法规则XQuery 是区分大小写同时要求元素、属性和变量必须是有效 XML 名称。

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XPath定位深入学习(二)

XPath 是一门 XML 文档查找信息语言。XPath 可用来 XML 文档对元素和属性进行遍历。     ...XPath 是 W3C XSLT 标准主要元素,并且 XQuery 和 XPointer 同时被构建于 XPath 表达之上。     ...     8、following-sibling 选取当前节点之后所有同级节点      9、preceding   选取文档当前节点开始标签之前所有节点      10、following  ...选取文档当前节点结束标签之后所有节点      11、self  选取当前节点      12、attribute  选取当前节点所有属性      13、namespace 选取当前节点所有命名空间节点..., 该祖先节点由其上下文节点节点以及父节点节点等等诸如此类节点构成,所以ancestor轴总是包含有根节点,除非上下文节点就是根节点本身.

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Python爬虫Xpath库详解

前言 前面,我们实现了一个最基本爬虫,但提取页面信息时使用是正则表达式,这还是比较烦琐,而且万一有地方写错了,可能导致匹配失败,所以使用正则表达式提取页面信息多多少少还是有些不方便。...那么,页面解析时,利用 XPath 或 CSS 选择器来提取某个节点,然后再调用相应方法获取它正文内容或者属性,不就可以提取我们想要任意信息了吗? Python ,怎样实现这个操作呢?...使用 XPath XPath,全称 XML Path Language,即 XML 路径语言,它是一门 XML 文档查找信息语言。...它最初是用来搜寻 XML 文档,但是它同样适用于 HTML 文档搜索。 所以在做爬虫时,我们完全可以使用 XPath 来做相应信息抽取。本节,我们就来介绍 XPath 基本用法。 1....第二次选择时,我们又加了限定条件,这次冒号后面加了 div,这样得到结果就只有 div 这个祖先节点了。

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Python3网络爬虫实战-28、解析库

上一节我们实现了一个最基本爬虫,但提取页面信息时我们使用是正则表达式,用过之后我们会发现构造一个正则表达式还是比较繁琐,而且万一有一点地方写错了就可能会导致匹配失败,所以使用正则来提取页面信息多多少少还是有些不方便...那么页面解析时,我们利用 XPath 或 CSS 选择器来提取到某个节点,然后再调用相应方法去获取它正文内容或者属性不就可以提取我们想要任意信息了吗?...XPath使用 XPath,全称 XML Path Language,即 XML 路径语言,它是一门XML文档查找信息语言。...按序选择 有时候我们选择时候可能某些属性同时匹配了多个节点,但是我们只想要其中某个节点,如第二个节点,或者最后一个节点,这时该怎么办呢?...第二次选择我们又加了限定条件,这次冒号后面加了 div,这样得到结果就只有 div 这个祖先节点了。

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LCA详解_lca软件

如果节点v已经被访问过,则根据后序遍历特点(左右根),节点u和v最近公共祖先一定是由v所在集合S和节点v这个集合W(这个集合只要u)公共祖先。...根据后序左右根特点,假设v是右子树,u是根,那么两个集合祖先显然集合S祖先就是u(根);假设u是右子树,v是左子树,因为左右子树最近公共祖先就是根,而根又是左子树集合公共祖先,所以两个集合祖先还是集合祖先...如果节点v没有被访问过,那我们就不用做处理,等到下次访问到节点v时,节点u已经被处理了,按上面的方式进行理。 实际实现过程,我们需要记录集合祖先。...比如,我们要查询节点4所集合祖先节点时,只需要先找到4所集合代表r,然后找到ancstor[r]值就是这个集合祖先值。...本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。

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2020-08-30:裸写算法:二叉树两个节点最近公共祖先

2.存储节点 思路 我们可以用哈希表存储所有节点节点,然后我们就可以利用节点节点信息从 p 结点开始不断往上跳,并记录已经访问过节点,再从 q 节点开始不断往上跳,如果碰到已经访问过节点,...那么这个节点就是我们要找最近公共祖先。...算法 从根节点开始遍历整棵二叉树,用哈希表记录每个节点节点指针。 从 p 节点开始不断往它祖先移动,并用数据结构记录已经访问过祖先节点。...同样,我们再从 q 节点开始不断往它祖先移动,如果有祖先已经被访问过,即意味着这是 p 和 q 深度最深公共祖先,即 LCA 节点。...复杂度分析 时间复杂度:O(N),其中 N 是二叉树节点数。二叉树所有节点有且只会被访问一次,从 p 和 q 节点往上跳经过祖先节点个数不会超过 N,因此总时间复杂度为 O(N)。

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Hadoop学习指南:探索大数据时代重要组成——HDFS(下)

1.2 网络拓扑-节点距离计算 HDFS写数据过程,NameNode会选择距离待上传数据最近距离DataNode接 收数据。那么这个最近距离怎么计算呢?...节点距离:两个节点到达最近共同祖先距离总和。 例如,假设有数据中心d1机架r1节点n1。该节点可以表示为/d1/r1/n1。利用这种标记,这里给出四种距离描述。...首先,我们做个假设,如果存储NameNode节点磁盘,因为经常需要进行随机访问,还有响应客户请求,必然是效率过低。因此,元数据需要存放在内存。...这样又会带来新问题,当在内存元数据更新时,如果同时更新FsImage,就会导致效率过低,但如果不更新,就会发生一致性问题,一旦NameNode节点断电,就会产生数据丢失。...上以文件形式存储磁盘上,包括两个文件,一个是数据 本身,一个是元数据包括数据块长度,块数据校验和,以及时间戳。

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二叉树子节点最近父节点

查找二叉树子节点最近共同父节点 分析 实现 算法复杂度 其他算法 题目升级 给定一个二叉搜索树, 找到该树两个指定节点最近公共祖先。...百度百科中最近公共祖先定义为:“对于有根树 T 两个结点 p、q,最近公共祖先表示为一个结点 x,满足 x 是 p、q 祖先且 x 深度尽可能大(一个节点也可以是它自己祖先)。”...说明: 所有节点值都是唯一。 p、q 为不同节点且均存在于给定二叉搜索树。...,二叉搜索树变成了一个类似于链表结构,而p , q p,qp,q是最底端两个节点那么搜索p , q p,qp,q节点时间复杂度都可以达到n nn(n nn为树节点个数),时间复杂度为O ( n...其他算法 对于上述算法来讲需要遍历两次树结构来获取跟节点到指定节点路径,然后倒叙获取路径数组第一个相同节点即可最近父节点.但事实上,可以尝试将两次查找合并在一起,对于当前节点c u r r e n

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四种采集方式

四种采集方式比较 抓取方法 速度 使用难度 备注 正则表达式 快 困难 常用正则表达式在线正则表达式测试 lxml 快 一般 需要安装C语言依赖库唯一支持XML解析器 Beautiful 较快/较慢...XML解析器和html5lib。...使用正则表达式 如果你对正则表达式没有任何概念,那么推荐先阅读《正则表达式30分钟入门教程》,然后再阅读我们之前讲解Python如何使用正则表达式一文。...使用XPath和Lxml BeautifulSoup使用 BeautifulSoup是一个可以从HTML或XML文件中提取数据Python库。...遍历文档树 获取标签 获取标签属性 获取标签内容 获取子(孙)节点 获取父节点/祖先节点 获取兄弟节点 搜索树节点 find / find_all:字符串、正则表达式、列表、True、函数或Lambda

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