大家应该很熟悉windows下的R语言，并且也知道如何安装R包。但是呢，如果对于我们这种Linux小白很好奇那些只有在Linux下才能用的包怎么能让我们在windows下体验下呢。...那么，作为神一样的R语言简直无所不能，他们开发了Rtool，这个工具不仅是为创建R包用的，同时也可以让那些以gz结尾的R包可以安装在windows环境下。...今天我们就来介绍下R语言与Rtool结合后是如何玩转R包的。...接下来将是见证奇迹的时刻了，填充好title后再次运行编译程序： ? 那么我们的R包建好了，当然R包也是gz结尾的，意味着只有Linux下是好用的。...既然这样，那么我们正好可以来试验下我们R结合Rtool的强大。直接在window是下导入我们建好的R包，不过提前声明的是如果导入Linux下的R包最好是本地导入，而不是直接在线下载，那样是不会成功的。
3次，就应该写成函数或使用循环 3、默认参数 作者可以为参数设置默认值，不是所有的参数都要出现在代码里，没有出现的是默认值 二、R包 1、定义：多个函数打包存放的“容器”，包括函数、数据、帮助文件、描述文件等...2、作用：实现特定的功能，你需要什么功能，安装相应的R包就行。说人话就是使用智能手机，需要使用微信与人聊天，你就按照微信APP，需要上腾讯视频看电视剧，你就安装腾讯视频APP。...R包，使用 “BiocManager::install()来安装 （3）github网站，是R包作者写的，没有经过审核，使用”devtools::install_github...几乎不使用，使用时需要写明R包的作者，就是指明选择谁写的R包。...说人话，智能手机安装的腾讯视频，只要你不卸载，就一直在你的手机里，需要看电视剧是打开APP，看完电视了你退出APP，再次看电视时还需要再次打开APP。所有“加载”R包就相当于打开APP。
R语言的Blogdown包可以非常方便的帮助我们构建自己的个人网页，作者Yihui Xie 专门给这个R包写了一本书 链接是 https://bookdown.org/yihui/blogdown/...image.png 自己最近在学习这个R包构建个人网页，在youtube上找到了一个非常好的视频教程，手把手教学，每一步都有详细的介绍。...PLpZT7JPM8_GbPiX4ibrP7ogl7GyEofZMj image.png 总共16个视频，每个视频在10到20分钟，可以先把视频整体看一遍，然后再按照视频中一步一步操作 以下是我按照视频教程做的自己的网页的截图...个人感觉如果申请硕士博士在自己的简历里放上一个个人主页链接，瞬间档次提升不少 哈哈哈，尤其是申请国外的硕博的话。...大家如果访问youtube不方便的话，我把视频教程扒下来放到了B站，大家可以到我的B站账号看。虽然教程是英文的，听不懂也没关系，按照视频中的操作一步一步来就行。不用听懂。
调出函数library() require()内置基础包basedatabase：存放数据集utils：工具函数grDevices：绘图相关graphics：R绘图函数stats：与统计相关的函数methods...：一般定义方法和类splinesstats4tcltk试例help(package"R包名称") #查看R包详情信息library(help="R包名称")ls(package:R包名称) #列出包中所有函数...data（package=R包名称）#列出包中包含的所有数据集detach(package:R包名称) #移除R包remove.package(R包名称) #卸载R包R包批量迁移installed.package...() #显示所有已安装R包
当我们在使用很多R包的时候总会有些包里面的函数引发我们的好奇心，总想去看看他们具体怎么实现的，今天我们就来讲下如何去解析一个别人写好的R包。 1....我们先知道我们想去解析的R包的名字，比如“InformationValue”。 2. 打开R语言的官网R包的列表，然后利用浏览器的检索检索下我们找的包的位置，然后进入R包的详细介绍页面。 ? 3....在R包详细页面我们可以看到图中标出的位置，那就是R包的源代码文件，下载源代码问价，解压后文件的结构如下图： ? 4. 接下来就是激动人心的时刻了，进入R/目录，迎面而来是R语言代码文件了。 ? 5....我们首先打开主函数文件“Main.R”,然后就可以在R文件中检索我们想要的主函数名称。 ? ? 6. 当然，我们有时候并不满足于看看主函数，更想深入看其子函数程序，那也是没问题的，如图： ?...至此，我们便可以在R/目录下随心所欲查看R包的所有源程序。
R语言是一个强大的数据分析工具，其强大之处在于有各种各样的R包帮助其实现各种各样的功能。...通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...接下来我将和大家分享R包的具体安装： 1）首先获取下载的R包的名字，比如下载metafor这个R包，可以先在官网（https://www.r-project.org/）上找到这个包，了解一下这个包的详细内容和使用说明...') 这里需要注意的是，下载Bioconductor的R包需使用BiocManager包里的install函数。...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
本文简要介绍其实现的R包metricTester Link: https://github.com/eliotmiller/metricTester 安装 1library(devtools) 2install_github...这个包已经被CRAN移除了，需要手动下载本地安装后再装metricTester。...下载地址： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/spacodiR/ 另外R版本也有影响。我用4.0.2装不上，但是3.6.1可以。 ?...一个最简单的例子 1#构建一个出生率0.1，死亡率0的系统发育树 2tree <- geiger::sim.bdtree(b = 0.1, d = 0, stop = "taxa", n = 50)...3#模拟对数正态分布 4sim.abundances <- round(rlnorm(5000, meanlog = 2, sdlog = 1)) + 1 5#构建模拟群落 6cdm <- simulateComm
问题描述 为了程序的正常运行，进行异常处理是有必要的，甚至于有时候，我们会主动的抛出异常，然后让程序进行异常捕获，再进行进一步的处理。...解决方法 代码只需一行，即 print(traceback.format_exc()) 即可，这样即可打印详细的信息，这个详细信息比你捕捉完异常打印args详细多了，详细到具体第几行，如果你在一个大型程序里...可以清楚的看到 ‘=’ 号上方和下方打印的异常详细程度是不同的。...从上图我们可以看到，我们无法通过args获取异常名，但是可以通过traceback获取 补充知识：python 输出完成异常信息 如下所示： import traceback try: 1/0...print_exc() 还可以接受file参数直接写入到一个文件 还可以将信息写入到文件 traceback.print_exc(file=open(‘error.txt’,’a+’)) 以上这篇Python 输出详细的异常信息
下面是2月优秀学员投稿 超多朋友咨询R语言可视化的配色问题，我也简单整理了一下，希望对大家有帮助！...首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处，其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。...首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可： library(ggsci) cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4) cl library(scales)...Rcolorbrewer 专注于调色的R包：RColorBrewer，首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数： library(RColorBrewer) display.brewer.all...grDevices 跟前面的专注于调色的R包：RColorBrewer有点类似，也是内置了各种各样的配色体系。
自杀式R包 只能安装成功一次，再次重复安装就会报错。 R包的依赖处理非常奇怪，随着安装R包的数量变多，有较大概率会遇到R包依赖崩溃的情况。...如果大家搜索过这个错误会发现遇到这个问题的人还挺多的，而且看起来他们的解决方案相对是没有切合问题本质或者是比较偶发的解决方案：如重新安装一个R包，修改R包的载入顺序等等。...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...调整R包的依赖项优先级和R包的DESCRIPTION文件有关系： R包结构 R包源码一般是一个压缩包的形式，后缀名tar.gz。...Suggests依赖项的包可以缺失，而Depends和Imports中的依赖项是需要先于当前包安装的。当前包载入后，所有Depends中的R包也会被载入。
要融入社区，第一步当然是要撰写一个自己的包。...创建虚拟环境 virtualev venv 启用 virtualev : source venv/Script/activate 构建项目代码 简单，快速构建框架原型和骨架，记得包之间需要 __init...构建好架构后，可以开始编写单元测试代码，pytest是个简单易用的库，可以帮助我们快速完成单元测试构建。 构建安装脚本，编写 setup.py 文件 完成代码构建和测试就可以开始进入构建安装包环节。...license__ = "MIT" __keywords__ = ["Baidu", "map"] __requires__ = ["requests",] with open("README.rst", "r"...long_description 包的详细描述，后续上传到pypi，可以用于显示在主页上的描述 find_packages():这个函数会默认在和setup.py同一目录下搜索各个含有init.py的包
安装R语言的包的方法： 1....自动安装（在线安装） 在R的控制台,输入 install.packages("gridExtra") # 安装 gridExtra install.packages("stepNorm", contriburl...手动安装（离线安装） Windows: 下载package.zip文件 打开R的菜单栏->Packages->“Install package from local zip file…” 选择package.zip...文件 Linux上安装R包（离线安装）: 下载package.tar.gz文件 在Shell终端（注意不是R）输入: sudo R CMD INSTALL package.tar.gz 注意：需要sudo...查看全部安装的R包： .packages(all.available=T) 查看某个安装的R包： library("XML") help(package="XML")
本文是本学期第一篇，聊一聊什么是好的R包。这个问题源于年前一个同学，她在学习R语言，然后拿着一张总结的一些R包的图片问我：还有没有更好的包？当时就把我问蒙了，问她什么是更好的包？...有关真正辣鸡的R包及抄袭别人R包发SCI文章毕业的事情，可以围观Y叔(公众号biobabble)的一系列文章。...那么什么是好的R包呢，对于我们这些只需要用R来做生信分析的人来说，如果功力没有那么深厚，看不懂R包的源代码，确实需要找到一些普遍都在使用且坚持更新的包，不仅仅不容易出错，而且网上这些包的学习资料也更多。...其实每个月生信类的杂志都会出很多新的R包的文章，但是大部分都没什么人用。能在网上留下痕迹的都是经过大家检验的。...对于R包在文献中的使用 6万多篇论文总共用到了2400个R程序包，其中也只有31个引用超过了100次。以这个标准来看，98.7%的炮灰率啊。。。
plyr包的主函数是**ply形式的，函数名的第一个字符代表输入数据的类型，第二个字符代表输出数据的类型，其中第一个字符可以是(d、l、a)，第二个字母可以是(d、l、a、_ )，不同的字母表示不同的数据格式...教程，可以参考官方文档：http://plyr.had.co.nz/ 3.2.2 dplyr dplyr是一个强大的R包，用于处理，清理和汇总非结构化数据，使得R中的数据探索和数据操作变得简单快捷，也是出于...Lubridate包可以减少在R中操作时间变量，内置函数提供了很好的解析日期与时间的便利方法。lubridate 包是 Hadley Wickham开发的用于高效处理时间数据的 R 包。...R包。...可以方便的与ggplot进行涂层叠加，实现在R中的地图绘制需求。 ggmap包中的函数 get_map：ggmap包中最基本函数，用来下载地图。 geocode：用来返回某地的经纬度。
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages() install.packages()是从镜像安装包，在括号中输入包的名称字符串就可以完成包的安装。...方法一：通过devtools包中的install_github函数。...本方法的缺点在于，因为要进行搜索，所以运行耗时较长。 除上述方法，通过本地安装包也是常用的方法之一。...但实际操作中，经常会遇到要安装一个包要先安装很多包的情形，因此本地安装方法有时可操作性较差，因此不在这里详细介绍。
准备 安装Rtools,RStudio install.packages(c("devtools", "roxygen2", "testthat", "knitr")) 创建包目录 打开RStudio...library("devtools") create_package("D:/yyds") 运行之后会自动打开另外一个界面，当前目录即为包目录。...修改Description 修改描述包的一些信息。...创建函数 可以手动创建函数： library("devtools") use_r("hd") 自动在R目录创建了名为hd.R的文件，这这里面就可以写函数的所有信息 前面写函数的注释信息，然后接着写函数的内容...将此函数导出至环境中，使用户可以使用，不写该标签的话用户不能使用，但是可以在该R脚本内调用（private？？)
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题，我看他用的blast的命令比较奇怪，一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。...library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast #寻找本地可用的blast...dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast(file.path(dir, "seqs.fasta")) bl ## 比对，并设置输出格式...seq为需要比对的序列 output <- predict(bl, seq, custom_format = "qseqid bitscore length")
Java 允许使用包（ package > 将类组织起来。借助于包可以方便地组织自己的代码，并将 自己的代码与别人提供的代码库分开管理。 使用包的主要原因是确保类名的唯一性。...事实上，为了保证包名的绝对 唯一性， Sun 公司建议将公司的因特网域名（这显然是独一无二的）以逆序的形式作为包 名，并且对于不同的项目使用不同的子包。...类的导入 从编译器的角度来看， 嵌套的包之间没有任何关系。 例如，java.utU 包与 java.util.jar 包 毫无关系。每一个都拥有独立的类集合。...将类放入包中 要想将一个类放人包中， 就必须将包的名字放在源文件的开头， 包中定义类的代码之 前。...默认包是一个没有名字的包。在此之前，我们定义的所有类都在默认 包中。 将包中的文件放到与完整的包名匹配的子目录中。
简介 缺失值在数据中无处不在，需要在分析的初始阶段仔细探索和处理。在本次示例中，会详细介绍naniar包探索缺失值的方法和理念，它和ggplot2和tidy系列使用方法非常相似，上手并不困难。...通过使用naniar包，可以达到以下效果： # 使用naniar可视化缺失值 library(naniar) ggplot(airquality, aes(x = Solar.R,...整洁的缺失数据：shadow matrix as_shadow()函数直接以数据框的形式返回是否是缺失值，输入什么样子输出就是什么样子！...如果不学习这个R包，我是真的想不到还可以这样搞缺失值！...这个包还有很多其他的用法，本次教程只是浅尝辄止，不得不说，包的作者真是太有才了，缺失值也能玩出花来！
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