温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。...本文档主要讲述如何在CDSW中使用R语言绘制直方图和饼图，并使用Hive数仓作为数据源。...[513wpbc23f.jpeg] [o7z3kp7h2k.png] [xss6nl7z7g.jpeg] 3.编写R绘制直方图代码 ## 加载R运行依赖包 library(ggplot2) library...编写R绘制饼图代码 ## 加载R运行依赖包 library(ggplot2) library(gcookbook) library(data.table) library(DBI) library(rJava...温馨提示：要看高清无码套图，请使用手机打开并单击图片放大查看。 ---- 推荐关注Hadoop实操，第一时间，分享更多Hadoop干货，欢迎转发和分享。
森林图常见于元分析，但其使用绝不仅如此，比如我现在想要研究的对象有诸多HR结果，我想要汇总为一张图，森林图就是个非常好的选择。...ggpubr包提供的森林图是针对变量分析绘图，我也尝试使用了metafor包的forest画图函数，但太灵活了，我除了感觉文档画的不错，但实际使用却很难得到想要的结果。...安装： install.packages("forestplot") 文本 森林图可以与文本连接起来并自定义。...文本表 下面是一个使用文本表的例子： library(forestplot) #> 载入需要的程辑包：grid #> 载入需要的程辑包：magrittr #> 载入需要的程辑包：checkmate #...使用表达式 data(HRQoL) clrs <- fpColors(box="royalblue",line="darkblue", summary="royalblue") tabletext <
昨天我们介绍了使用Excel进行直方图的绘制，今天我们来介绍R语言和Python下的绘制方法。 ?...R语言篇 首先我们来介绍R语言下的直方图绘制，因为R语言是专门用于的统计分析软件，所以在不调用任何包的情况下就可以进行直方图的绘制。...相对于R来说，我们在Python中进行直方图的绘制要略复杂一点，需要调用matplotlib这个第三方库进行绘制。...查看函数参数的使用说明的方法和R也是类似的，输入【help(plt.hist)】就可以了。...总结 R&Python VS Excel 结合昨天的内容，大家已经发现了，在R和Python中，绘制直方图的时候，我们并不需知道数据的取值范围情况，软件会帮我们自动分好组。
学习文档: https://cran.r-project.org/web/packages/NMF/vignettes/heatmaps.pdf Heatmap引擎 NMF包中的热图引擎是由aheatmap...函数实现，其余的热图函数都是基于它的修改。...接着，我们使用NMF模型来分解矩阵。 res = nmf(X, 3, nrun = 10) 混合系数矩阵：coefmap NMF结果的混合系数矩阵可以使用coefmap()函数进行绘制。...par(opar) 基底矩阵：basismap 基底矩阵可以使用basismap函数进行绘制，默认的行为是添加basis注释通道，每一行显示主导的基底组分，即每一行有最高负载的基底组分。...：aheatmap 还有很多自定义画热图的例子，使用下面的命令查看。
前面我也给大家简单介绍过 ☞R计算mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图 ☞R语言绘图：复杂散点图绘制 相信大家在读paper的时候也见到过下面这种类型的图 这张图在传统的相关性散点图的基础上还多了一个直方图...今天我们就来带大家来重现这样的图。...#安装psych包 install.packages("psych") #加载psych包 library(psych) #使用psych包自带的数据集sat.act #查看前6行 head(sat.act...) 首先我们用默认参数来画图看看效果 #绘制SATV和SATQ之间的相关性散点图和直方图 with(sat.act,scatter.hist(SATV,SATQ)) 这个是默认参数画出来的图，问题还是比较多的...mRNA和lncRNA之间的相关性+散点图 ☞R语言绘图：复杂散点图绘制
云雨图介绍 我们使用r语言中ggplot2包绘制云雨图，云雨图可以看做是核密度估计曲线图、箱线图和抖动散点图的组合图表。...我们可以使用自定义的半小提琴函数geom_flat_volin()、箱型图函数geom_boxplot和抖动散点图函数geom_jitter()叠加实现。...设置工作路径和导包并且导入数据 setwd('你的工作路径') #导包 library(ggplot2) #导入数据 data <- read.csv('data1.csv') 2.3 ggplot2库实现图形绘制...2.3.1绘制半提琴图 2.3.2绘制抖动散点图 2.3.3叠加箱线图 2.3.4实现坐标翻转 2.3.5去除边框调整字体等微调 theme_bw()+ theme(panel.grid.major...大家以后有需要可以使用云雨图。
import collections import matplotlib.pyplot as plt import networkx as nx G = nx...
R.package heatmap():用于绘制简单热图的函数 heatmap.2():绘制增强热图的函数 d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包 ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的...R&bioconductor包（非常适用于基因组数据分析） 首先使用ggplot2画简单热图 data <- as.data.frame(matrix(rnorm(9*10),9,10)) rownames...使用paste对行列名简单命名。 melt函数将data转化为gene-id列，sample-variable列，以及表达值-value列。 ? ?...scale_fill_gradient2('legend name', low = 'blue', high = 'red', mid = 'white') #修改图例名字以及图中颜色 大神Y叔也有画热图的
今天我们介绍在R语言中如何绘制Circos图。 首先我们看下Circos的官网（http://circos.ca/），其实他们提供了自己的绘制工具包，为了更加方便绘制Circos。...我们利用了R语言中的circlizeR包进行Circos的绘制。 ? 1. Install.packages(“circlize”)#安装R包。 2. R包的载入之后的状态 ? 3....circos.genomicInitialize 基因染色体分布图形绘制不带条图 circos.genomicHeatmap 绘制热图 circos.genomicDensity 基因密度图绘制 circos.genomicLabels...首先绘制第一个track，并使用circos.points为其中一个cell添加其他颜色点 circos.initialize(letters[1:8], xlim = c(0,1)) circos.track...以上就是Circos的绘图原理，当然如果想更加漂亮的绘制Circos还需要颜色的搭配。如果想把多个Circos进行整合可以直接使用函数layout(),结果如下图： ?
火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。...今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...简单使用 2.1 输入数据格式 首先，我们先来介绍一下 EnhancedVolcan o 输入数据格式。...EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里。
我这里只说 2 种常用方式，它们互相排斥： 使用 par() 函数设定 mfrow 或者 mfcol 进行控制。 使用 layout() 函数。...如果使用 mfrow，那么图像区域会被按行依次使用；如果使用 mfcol，那么图像区域会按列依次使用。...layout() 将图片内部区域分割为一组行和列，但行高和列宽度可以分别控制，并且每个子图可以占据超过一行或一列的位置。 layout() 用矩阵作为参数来表示上述的思想，矩阵的值就是子图的序号。...如果某子图序号多次出现，那么该子图就会占据多个区域。 layout(matrix(1:4, byrow=TRUE, ncol=2)) layout.show(4) ?...更多的操作查看文档啦~ 这里其实只要知道 layout() 函数，以及通过矩阵设定子图排列的思想使用起来就简单的。 更复杂的操作就要学习 grid 了，可能未来的某天我会学习并写写。
使用pheatmap包绘制热图 一般而言，pheatmap较heatmap.2等更为简洁以及易于理解，对于初学者而言是一款不错的热图绘制软件。...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE treeheight_row=0, treeheight_col=0 # 在热图格子里展示文本 pheatmap(test...cluster_row = FALSE, cluster_col = FALSE是否聚类,#可设置参数display_numbers将数值显示在热图的格子中，可通过number_format设置数值的格式...#pheatmap还能够根据特定的条件将热图分隔开； # cutree_rows, cutree_cols：根据行列的聚类数将热图分隔开； pheatmap(test,cutree_rows=2,cutree_cols
在Meta分析中森林图比较常见，其主要是是以统计指标和统计分析方法为基础，用数值运算结果绘制出的图型。...森林图的类型主要包括以下两种： 1. 二值变量的森林图 当研究对象为二值变量（如发生与不发生）时，采用RR和OR作为统计学指标。...连续性变量的森林图 分析指标是连续变量，也称数值变量，可选择加权均数差(WMD)或标准化均数差(SMD)为合并统计量。...以上就是森林图的理论知识。接下来我们介绍其是如何在R语言中实现的。 首先我们需要导入R包forestplot。具体的安装载入不再赘述。 下面我们看下其主要的函数forestplot。 ?...Graph.pos主要是定位森林图所在的位置。通过数字来确定为第几列。 hrzl_lines以list形式设置表中线的类型以及长度。
对于网络图，其实我们并不陌生，用的比较普遍的是Cytoscape这个软件。不过，我们今天的主角是R包---igragh。...一、安装并加载所需R包 install.packages("igraph") library(igraph) 二、使用方法 对于图 graph 这种数据结构而言，最基本的元素包括节点（node） 和 边...有向图 ?...##小贴士： · 无向图之间的连接使用-，或者---,这个长度是任意的，如graph_from_literal(A-B) 和 graph_from_literal(A-----B) 等价 ， 多个顶点可以直接相连...· 使用+作为箭头； · 有向图中，如果顶点之间没有箭头（+），则表示这两个点不相连，双向的箭头可以使用一个或者两个+代替； 左右滑动查看完整内容 # graph_from_data_frame
火山图是用于差异表达分析结果可视化的一种有效方法。...今天，我们来介绍一个用于增强火山图绘制的强大 R 包：EnhancedVolcano ，该包拥有强大的绘图功能，用户可以简单的通过设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，此外通过可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象...使用 EnhancedVocalno 包绘制的火山图基本可以直接用于文献发表，可以说非常简单又实用的一款神器了。 1. 下载与安装 R 版本：3.6.1。...简单使用 2.1 输入数据格式 首先，我们先来介绍一下 EnhancedVolcan o 输入数据格式。...coord_cartesian(xlim=c(-6, 6)) + ggplot2::scale_x_continuous( breaks=seq(-6,6, 1)) EnhancedVolcano 包绘制火山图就先介绍到这里
箱图 简单点数就是像一个箱子的图，用于表征数据的分布。 百度定义：箱形图（Box-plot）又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。...在各种领域也经常被使用，常见于品质管理。它主要用于反映原始数据分布的特征，还可以进行多组数据分布特征的比 较。...箱线图的绘制方法是：先找出一组数据的最大值、最小值、中位数和两个四分位数；然后， 连接两个四分位数画出箱子；再将最大值和最小值与箱子相连接，中位数在箱子中间。...数据 使用R自带的数据 代码 导入数据,不想解释各行各列没什么意义，分为两类，一个单一箱图，一个并列的箱图 input1<- mtcars[,c('mpg')] input2 <- mtcars ?...做一个单一的箱图，就是只是一个mpg boxplot(input1, main = "Box plot", ylab = "mpg"，xlab='x')!
base：ggplot2：ggpubr：2）拼图包par里面的mfrowgrid.arrangecowplotcustomLayoutpatchwork二、基础包绘图函数图片ps：高级绘图函数是指可以绘制出一张图...,5]) #以iris表格第一列作为x轴，第三列作为y轴，根据品种来绘制不同颜色> text(6.5,4,label="hello"） #添加文字，并加上坐标图片三、ggplot2绘图（最常用的绘图R包...，data是用于画图的数据2⃣️geom_point是绘制点图3⃣️mapping=aes() 开始映射，即x轴的数据是Sepal.Length，y轴数据Petal.Length，不需要加引号（以上代码的数据的映射放在了具体的...）图片ggplot() 的映射可以在全局使用，geom_function的映射只能在局部使用7）柱状图/直方图 （y轴无需映射）ggplot(data = diamonds) + geom_bar(...mapping = aes(x = cut)) #常用于统计个数，y轴会根据x轴自动计算图片也可以把count改成prop,计算百分比>ggplot(data = diamonds) + geom_bar
热图是我们展示数据时常用的图形，今天小编教大家使用"pheatmap" 快速绘制热图。 首先，我们需要准备输入文件。比如，我想绘制热图来比较30个基因在6个组织里的表达情况。 ?...如图所示，第一列为基因名，第一行为不同组织的名称，整理好后保存为制表符分隔的txt格式，准备好输入文件后我们就可以开始绘制热图啦。...## 安装R包 install.packages("pheatmap") ## 加载R包 library("pheatmap") ## 输入文件 exp <- read.table("input.txt...cellwidth：热图每格的宽度。 cellheight：热图每格的高度。 cluster_cols：对列进行聚类。 cluster_rows：对行进行聚类。 执行完代码后，热图就绘制好啦！ ?...pheatmap还有许多其他功能，具体使用方法大家可以参考： https://www.jianshu.com/p/1c55ea64ff3f 参考资料： https://cran.r-project.org
前面给大家讲了☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比，有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。...我们还是以☞【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比中的数据为例 #读入数据 a <- read.table(file="sample_bacteria_percentage.txt",sep="\...稍微宽一些，可以放置<em>图</em>注 par(mar=c(5,4,4,10)) #<em>绘制</em>堆积柱形<em>图</em>，样本名字垂直摆放，利用rainbow生成20种颜色 barplot(as.matrix(a),las=2,col=rainbow...png(file="after.png",width=540,height=400) #设置图片右边空白宽度，稍微宽一些，可以放置图注 par(mar=c(5,4,4,10)) #绘制堆积柱形图，样本名字垂直摆放...) dev.off() 就可以得到如下两张突击柱形图 删除行之前 删除行之后
在多组学联合分析中，需要用得到九象限图来对两个组学获得得基因结果进行可视化，例如下面这样得，因此这两天主要是对这个内容进行整理。...图形绘制#=====================# 绘制所有点散点图，注意可以修改X轴和y轴范围；# 可利用type = "n",记得改坐标轴范围大小plot(x,y,pch=16,cex = 1,...cex.lab=1.2,main=main ,col="grey80", xlab="gene expression", ylab="ribo expression")#利用次级函数绘制不同象限的图...bty = "n",cex = 0.8,text.font = 2)#dev.off()总结代码里面很多是参数是可以换的，其实还是数据得质量怎么样，如果数据质量好一些，图片结果应该还是很漂亮得，上面得图得代码还是基本得
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