核心软件包是ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr和forcats,它们提供了建模、转换和可视化数据的功能。
除了函数,减少重复代码的另一种工具是迭代,它的作用在于可以对多个输入执行同一种处理,比如对多个列或多个数据集进行同样的操作。
可以看到如往常一样,中文字符也是以方块的形式展示,但是如果我们点击Export将其导出为pdf格式可以看到中文字符正常显示了,如下图所示。
本文的写作由来是知识星球一个朋友对如何在 tidyverse 系列包中使用公式函数(单侧公式)不太熟悉,所以通过本文分享一下我的心得。
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DataFrame DataFrame 是一个表格或者类似二维数组的结构,它的各行表示一个实例,各列表示一个变量。 一. DataFrame数据流编程 二. 数据读取 readr/httr/DBI 1
许多Functional Class Scoring (FCS)方法,如GSEA, GSVA,PLAGE, addModuleScore, SCSE, Vision, VAM, gficf, pagoda2和Sargent,都会受数据集组成的影响,数据集组成的轻微变化将改变细胞的基因集富集分数。
今天在使用连接操作时发现:虽然都是合并操作函数,dplyr 包里的 *_join() 和基础包里面的 merge() 存在差异,不同的数据结构,结果也会存在偏差。
《R for Data Science》: http://r4ds.had.co.nz/
逻辑运算是数学运算的重要组成部分,但其更是计算机计算的底层设置。作为一门数据处理语言,逻辑运算在R中承担着非常非常重要的作用。本专题就专门为大家整理一下R语言中的逻辑运算:TRUE/FALSE.
在前面的推文中我们介绍了数据预处理的重要性以及演示了caret包中的数据预处理方法:
R语言做机器学习的当红辣子鸡R包:mlr3和tidymodels,之前用十几篇推文详细介绍过mlr3
部分人可能会因为镜像的问题失败,解决方法https://mp.weixin.qq.com/s/XvKb5FjAGM6gYsxTw3tcWw
❝最近看到一篇论文通过系统发育树添加饼图来展示数据,本节来简单介绍一下如何绘制一个类似的图。下面小编通过一个小案例来进行展示,图形过程仅供展示用,希望各位观众老爷能够喜欢,代码可直接复制粘贴运行。 ❞
Hadley (羞涩脸):“那总比别人叫他们 Hadley-verse好吧!” ╮(╯▽╰)╭
tidyHeatmap基于ComplexHeatmap,遵循图形语法,最大的好处是直接使用长数据画热图,这是目前其他画热图的R包所不具备的。
通常 dplyr 和 R 更适合对列进行操作,而对行操作则显得更麻烦。这篇文章,我们将学习围绕rowwise() 创建的 row-wise 数据框的 dplyr 操作方法。
purrr中有多个迭代函数,可以用于快速解决循环迭代的问题,purrr中常用的迭代函数有map、map2、walk、reduce等等。
刚开始接触R语言是因为单细胞数据分析的需要,那时完全是零基础,学习过程是边抄别人的代码,边理解这些代码的含义,遇到了比较多的坑,包括软件安装,环境配置,R包安装,代码换了参数就报错等。这种纯实战虽然可以快速“上手”,但是没有基础很难提升,而且很难写出自己的代码。
在开发 UCSCXenaShiny 的基础上,我将其中支持的 UCSCXena TCGA/CCLE 单基因数据下载函数进行了整理,构建了一个单一的入口。这样即使用户无需加载 Shiny,也能够简单自在的下载 癌症单基因数据了。
很多人推荐《R语言实战》这本书来入门R,当然,这本书非常不错,我也是通过这本书开始接触的R。这种入门的学习路径属于base R first,学习的流程基本是先了解变量的类型、数据的结构,再深入点就会学到循环与自定义函数。有些类似于先认识编程,再按照数据处理、可视化、统计分析等应用方向开始下一个学习的旅程。
由于一个知识星球的小伙伴急需学习如何从 PDF 文档中提取表格,所以先插这个课,「使用 R 语言处理 netCDF 数据」系列的课程下次再发新的哈。本课程介绍了如何使用 R 语言从 WHO(世界卫生组织)的官网上下载新冠疫情的每日报告以及如何从这些报告中的表格里面提取数据。
在对数据进行可视化之前我们往往需要进行数据转换以得到可视化所需要的数据内容与格式。这里我们使用dplyr包操作2013年纽约市的航班起飞数据集(2013)。
本文利用Iris数据集训练了多组机器学习模型,并通过预测大量的拟合数据绘制出了每个模型的决策边界。
tidyverse就是Hadley Wickham将自己所写的包整理成了一整套数据处理的方法,包括ggplot2、dplyr、tidyr、readr、purrr、tibble、stringr、forcats。出版有《R for Data Science》(中文版《R数据科学》),这本书详细介绍了tidyverse的使用方法。
1. 写在前面 点图用处非常广泛,可以展示变量的分布情况,变量之间的相关性,回归结果等 本期介绍的是ggstatsplot包中绘制dotplot,scatterplot相关函数 2. 用到的包 rm(list=ls()) library(tidyverse) library(ggstatsplot) library(ggsci) 3. 示例数据 dat <- mpg 图片 4. dotplot展示样本分布 4.1 初步绘制 用到的函数是ggscatterstats 由于因子太多,我们在这里用filter函
我们看一下不同cyl和cty的manufacturer分布情况。 当然你也可以使用purrr包批量绘制,前面几期都讲过了, 这里就不赘述了
本期“大猫的R语言公众号”由“村长”供稿。村长,数据科学、指弹吉他及录音工程爱好者,浙大金融学博士在读,在data.table包和MongoDB的使用上有较多经验。
CytoTRACE的iCytoTRACE函数需要调用python去除批次效应,因此需要先设置好python环境
Yan Holtz 和Conor Healys两个人关系很好,一起在业余时间开发了这个网站。基于R和Python做的源代码,这里我们不仅可以得到大量优秀的源代码,同时我们可以得到一张决策树,用于知道如何使用代码。这两个人相当厉害了,不仅仅给大家了工具,还叫大家如何使用。作为无私的分享,如果对大家有用,请在文章中致谢他们。如果我们需要交流代码,和谁交流呢?那必须是Yan Holtz,这位主要负责代码部分。Conor Healys负责图形设计工作。
上面的例子summary的变量是disp,分组变量是cyl和am,使用三个点这里传递了任意个参数
今天给大家推荐一个专门用于不确定性可视化的绘图工具-R,可以方便的绘制一些统计图表的相关指标。详细介绍如下:
同时对数据框的多列执行相同的函数操作经常有用,但是通过拷贝和粘贴的方式进行的话既枯燥就容易产生错误。
从数据到图表 有什么样的数据做什么样的图 作者提供了一张树状图,帮助并引导我们找到合适自己数据的的可视化方式 What kind of data do you have? Pick the main
有了泛癌的数据之后就可以进行各种分析了,当然这些都是在R语言的基础上进行的。如果你不会R语言,也可以通过各种各样的网页工具实现。
倾向性评分有4种应用,前面介绍了倾向性评分匹配及matchIt和cobalt包的使用:R语言倾向性评分:匹配
基因集可视化是很常见的分析内容,山脊图使用较少,原因可能是默认生成的图片不美观。本文提供山脊图的美化后的效果图,供选择。
tidyverse是一组处理与可视化R包的集合(人称“极乐净土”,但我并不喜欢这个称呼),其中ggplot2与dplyr最广为人知。
原文:https://themockup.blog/posts/2020-09-04-10-table-rules-in-r/ Rmd[1]
Tidyverse中包含一个purrr程序包,之前在看数据处理分析时候,一直看到别人的code中,涵盖purrr,map函数,但是一直不知道这个是干什么的,现在发现purrr真的是极大的加速了数据处理流程,减少了code的编写。
近期写R代码,经常用dplyr::case_when结合stringr::str_detect进行条件判断。
作者:李誉辉,四川大学研究生,研究方向为:数据分析与可视化,机器学习,网络爬虫;擅长:R语言
在 YAML 文件中用 number_sections: TRUE 参数设置自动编号:
R-Ladies是一个世界性的促进R语言社区性别多样性的组织,本文分析了这个组织的粉丝成员分布信息。
其实map 除了对向量有用,也可以作用于数据框或矩阵类型,相当于把其中的每一列作为一个单独的元素来看,有点像按列的apply:
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