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R 语言中矩阵计算

作者:张丹(Conan) 来源:http://blog.fens.me/r-matrix/ 前言 R 是作为统计语言,生来就对数学有良好支持。矩阵计算作为底层数学工具,有非常广泛使用场景。...用R语言很好地封装了,矩阵各种计算方法,一个函数一行代码,就能完成复杂矩阵分解等操作。让建模人员可以更专注于模型推理和业务逻辑实现,把复杂矩阵计算交给R语言来完成。...本文总结了 R 语言用于矩阵各种计算操作。 1....K.matrix(r, c=r) ,返回阶数为 p=r*c 方阵,对于 r 行 c 列矩阵 A,计算 A 和 t(A) 直积。 计算公式: ?..., H.matrices(r, c=r) 使得 r 阶 c 阶子列表分量,计算从 r 行和 c 列单位矩阵列向量外积导出方阵。

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win10 uwp 获取窗口坐标和宽度高度 获取可视范围获取当前窗口坐标和宽度高度获取最前窗口范围

本文告诉大家几个方法在 UWP 获取窗口坐标和宽度高度 获取可视范围 获取窗口可视大小 Windows.UI.ViewManagement.ApplicationView.GetForCurrentView...().VisibleBounds 获取当前窗口坐标和宽度高度 Window.Current.Bounds 获取最前窗口范围 通过 Win32 Api 获取最前窗口范围 IntPtr hWID...E5%8F%A3%E7%9A%84%E5%9D%90%E6%A0%87%E5%92%8C%E5%AE%BD%E5%BA%A6%E9%AB%98%E5%BA%A6.html ,以避免陈旧错误知识误导...,同时有更好阅读体验。...欢迎转载、使用、重新发布,但务必保留文章署名林德熙(包含链接: https://lindexi.gitee.io ),不得用于商业目的,基于本文修改后作品务必以相同许可发布。

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R tips:手动获取函数源码

R函数分为普通函数、S3方法和S4方法。 普通函数源码获取细节 普通函数源码手动获取比较简单,只需要在console中输入函数名,打印一下即可。...<- as.character(substitute(name)) # get(name, envir = asNamespace(pkg), inherits = FALSE) #} 在R中...,base包::、[ 等操作符,colnames%、%$%等操作符都是函数,由于他们不是合法R变量名称(只包含数字、英文字母...S3方法源码 S3方法源码获取可以手动构造一下函数名称,然后在console中打印它即可,之所以需要手动构造方法名称是因为一个S3泛型函数直接打印并不是真正源码细节。...S4方法源码 不同于S3方法,S4方法源码无法通过构造函数名称来获取,但是methods包(R官方S4类包,默认自动导入)中提供了getMethod方法来获取源码。

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《剑指offer》– 回溯法:矩阵路径、机器人运动范围

一、矩阵路径 1、题目描述: 请设计一个函数,用来判断在一个矩阵中是否存在一条包含某字符串所有字符路径。路径可以从矩阵任意一个格子开始,每一步可以在矩阵中向左,向右,向上,向下移动一个格子。...例如 a b c e s f c s a d e e 这样3 X 4 矩阵中包含一条字符串”bcced”路径,但是矩阵中不包含”abcb”路径,因为字符串第一个字符b占据了矩阵第一行第二个格子之后...除在矩阵边界上格子之外,其他格子都有4个相邻格子。重复这个过程直到路径上所有字符都在矩阵中找到相应位置。 (2)由于回朔法递归特性,路径可以被开成一个栈。...(3)由于路径不能重复进入矩阵格子,还需要定义和字符矩阵大小一样布尔值矩阵,用来标识路径是否已经进入每个格子。..., j + 1, str, k + 1, flag)){ return true; } flag[index] = 0; return false; } } 二、机器人运动范围

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R语言 数据框、矩阵、列表创建、修改、导出

#ex2 <- read.csv("ex2.csv") #读入该文件后会发现原文件第一列被错误当作数据而非行名,且列名.变成了-,R语言将列名特殊字符-转化了,该编号可能与其他数据中编号无法匹配,ex2...默认添加到最后df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1修改行名和列名rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #修改所有行名...= ls())load(file = "soft.Rdata") #使Rdata中向量出现在环境内,本身有名称,无需赋值矩阵和列表矩阵矩阵内所有元素数据类型必须相同*警惕因数据类型不同导致矩阵强制转换引起报错...#取子集方法同数据框t(m) #转置行与列,数据框转置后为矩阵as.data.frame(m) #将矩阵转换为数据框列表列表内有多个数据框或矩阵,可通过list函数将其组成一个列表l <- list(m1...="y.Rdata")class(y)# $不支持矩阵,因此不能在这里使用class(y[,1])mean(as.numeric(y[,1]))#矩阵只允许一种数据类型,单独更改一列数据类型没有意义,

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Python图像处理库-PIL获取图像数值矩阵

# RGB 我们知道 RGB 图像实际上是由三个相同形状数值矩阵横向拼接而成,数值矩阵每个元素值范围为 (0, 255)。...如何获取这些数值矩阵呢?PIL 提供了 PIL.Image.getdata(band = None) 方法,用来获取 Image 对象中这些数值矩阵。...,即 RGB 中 R 通道; 当 band = 1 时,返回第二个通道数值,即 RGB 中 G 通道; 当 band = 2 时,返回第三个通道数值,即 RGB 中 B 通道; print(list...这种获取和操作图像像素方式比较麻烦,并且在深度学习中,图像完整数值矩阵可能更为常用。...print(img_array[:, :, 0].shape) # R通道数值矩阵 # (1920, 1920) print(img_array[:, :, 1].shape) # G通道数值矩阵

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R获取数值向量分位数值

如果我们手上有一个数值向量,怎么用R获取这个向量各个分位数值呢?...我们来看个具体例子 a=1:10 summary(a) 我们可以得到下面的结果,summary(a)一共得到6个数值,分别是a最小值,1/4分位数,中值(2/4分位数),均值,3/4分位数和最大值。...第一四分位数 (Q1),又称“较小四分位数”,等于该样本中所有数值由小到大排列后第25%数字。 第二四分位数 (Q2),又称“中位数”,等于该样本中所有数值由小到大排列后第50%数字。...quantile(a,c(0,0.25,0.35,0.5,0.75,1)) 接下来我们看看数值矩阵 b=matrix(1:20,nrow=4) summary(b) 默认会算出每一列最小值,1/4...如果我们要取出每一列中值,直接使用下面的方法是得不到数值,是一个字符串。

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使用R获取DNA反向互补序列

前面跟大家聊了一下☞R如何reverse一个字符串,其实这个只能实现反向,那怎么样才能实现互补呢?其实获取DNA反向互补序列这个事情本身并不是很难。...我这里只是想结合R语言来解决我们生物信息里面的一些小问题,帮助大家理解R。...就可以得到反向互补序列了 接下来我们用R语言来实现这个功能,我还是给大家介绍两种不同方法。一种是比较原始一点方法。第二种是站在前人肩膀上,使用已有的R包来实现。...1.使用strsplit,rev,paste等R自带函数来实现 DNA='ATTTAGCGATGCGGCTATGCTATCGGA' #定义互补配对表 from=c("A","T","G","C",...(to)=from #字符串拆分成字符串向量 sep_DNA=unlist(strsplit(DNA,"")) #获取互补序列 complementary_DNA=to[sep_DNA] #获取反向序列

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根据用户id获取对应组织管理范围 - qps限频断层

监控排查发现资源负载瓶颈不在链路上面,反馈给产研同学,主要 看带宽 11:09 王,带宽限制500兆掉200多兆,理论瓶颈出现在这里 11:10 带宽曲线图与QPS曲线图一致 11:14 切换数据库-3监控图,1/2数据库是没负载,...25 疑问掉坑是否导致数据库代码占满 11:26 m,数据库没看到其他详细日志,重压下,打印日志 11:27 加完日志,下午继续排障 11:30查看根据时间查询表数据是有索引 11:40 麒琳,tcemgdb...,产研这边适配工作,tce平台没了,需要确认,目前没办法,要资源没资源,要啥没啥,等后面有资源有了在查,跟产品反馈下以后把mgdb移到tce上面去 11:42 我们这边资源有限 ,目前只能调优 11:...里面没有这三个域名解析 14:33 问题已定位 【起因回顾】 11月8日该接口排障已通过strace工具进行日志对账,排查发现pod没有pod没有写host 研发同学,通过strace命令跟了下服务,看了下他耗时那段时间是在干什么...,发现他在请求dns,然后比对了下异常和正常机器里面的dns,发现dns没有houst 在后面的交接中腾讯产研同学没有跟道一产研同学说明改host问题,导致道一同学在部署时候没注意到 【复测结果】

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R语言实现单细胞测序表达矩阵复原

单细胞测序成为当下热门领域,很多新观点以及新机制通过单细胞测序得到确认以及放大。但是单细胞测序同时存在很大噪音,因此如何校正单细胞测序所带来噪音也成为研究重点。...故学者们开发了很多相应算法去解决这个问题例如:MAGIC,scImpute等,今天给大家介绍另外一个在R语言中实现算法SAVER,于2018年发表在nature method: ?...Pred.genes.only 指是否对仅特定基因进行评估。 Estimates.only 指只是显示评估后表达矩阵。...: 我们这次选择运行环境是ubuntu系统下3.6.1版本R语言: cortex.saver <- saver(cortex, ncores =12) ?...至此这个包就介绍完毕,虽然很简单,但是拼是计算机性能,建议直接使用Linux系统下R语言,因为widnows容易中断。

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aseml3r 和 asreml4r 关于外部逆矩阵调用比较

asremlw和asremlr都不能构建G逆矩阵或者H逆矩阵,幸运是外界有很多软件可以构建,比如synbreed,blupf90,sommer等,我也写了几个可以构建H矩阵和H逆矩阵函数(链接),这样就可以引入外界构建好矩阵...asreml4r上线后,增加了好几个功能,比如支持基因组大数据分析,内存管理更优,多性状模型进行了进一步优化。但是语法也变化了不少,让人很不习惯,这里记录一下其调用外部函数异同点。...如果有什么问题,邮件联系:dengfei_2013@163.com asreml3r 要点 id 是A矩阵,G矩阵或者H矩阵rowname或者colname,用于给hinv添加为rowNames属性...(行列形式三元组) 运行时间大约7分钟 asreml4r 现在asremllic都是4版了,语法有了变化。...要点 id 是A矩阵,G矩阵或者H矩阵rowname或者colname,用于给hinv添加为rowNames属性 attr(hinv,"rowNames"), 添加rowNames属性 外部导入矩阵

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使用R语言cgdsr包获取TCGA数据

第一篇目录 TCGA数据源 查看有多少不同癌症数据集 查看任意数据集样本列表方式 查看任意数据集数据形式 选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因信息 选定样本列表获取临床信息 综合性获取 从cBioPortal...:http://www.cbioportal.org/cgds_r.jsp 这里就介绍如何使用R语言cgdsr包来获取任意TCGA数据吧。...查看任意数据集数据形式 ## 而后获取可以下载哪几种数据,一般是mutation,CNV和表达量数据all_dataset <- getGeneticProfiles(mycgds, stad2014...综合性获取 只需要根据癌症列表选择自己感兴趣研究数据集即可,然后选择好感兴趣数据形式及对应样本量。...就可以获取对应信息: library(cgdsr) library(DT) mycgds <- CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/")

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