偶然间在github 上发现的这个链接，示例数据和代码都有，很好的R语言学习素材 链接是 https://github.com/blmoore/blogR ，主要内容有 image.png 光看这个可能有些枯燥...，我们来看结果图 image.png image.png image.png image.png image.png image.png 这些看起来是不是还挺酷炫的，接下来的推文争取把这些图片对应的代码全部重复一遍...大家感兴趣的话可以自己研究研究 我们直接运行画图代码 加载ggplot2 library(ggplot2) 最基本的热图 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c...调整热图的颜色和图例 ggplot(mdf, aes(y=state, x=year, fill=c)) + geom_tile(colour="white", #linewidth...欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记
画热图的数据 image.png 用来添加文本的数据 image.png 如果还有其他文本需要添加，可以再准备一份数据 image.png 加载需要用到的R包 library(ggplot2...) library(tidyverse) #install.packages("see") library(see) ggplot2 是用来作图的 tidyverse 是用来做数据整理的 see 这个包里有很多配色函数...读取热图的数据作图 dfa<-read.csv("20211007.csv") head(dfa) pivot_longer(dfa, !...小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记...今天推文的示例数据和代码可以在后台留言20211007获取
去除了坐标轴上标题、标签、坐标线 B_black<-ggplot(mpg,aes(year,hwy)) + geom_dotplot(binaxis = 'y',stackdir='center...轴和y轴都没有对齐，我们在align_plots命令中加入对齐参数，然后再画图 水平对齐align = 'h' pl=align_plots(A,B_black,align = 'h') ggdraw...第2种思路：先使用align_plots设置2附图为垂直、水平对齐，使用ggdraw命令画1个空画布，然后使用draw_plot命令不断往上加，这个像极了PS中的操作，也和ggplot2风格一样。...这幅图的overlap并没有将x轴和y轴对齐，而是将图片缩小、然后放在右上角，所以，我们并不要align_plot对齐x轴和y轴，直接使用ggdraw和draw_plot即可。...，来实现图层的叠加，如果需要图片的x轴和y轴都对齐的话，那么需要使用图片对齐命令align_plots，对图片进行对齐，生成一个list，然后再画图。
对生信分析中得到的一些基因，进行KEGG富集分析，达到对基因进行注释和分类的目的。 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制文献级别的KEGG富集分析气泡图。...一 载入数据集和R包 library(ggplot2) pathway = read.csv("KEGG.csv",header=TRUE,check.names = FALSE) head(pathway...可在以下几个方面进行优化： A：标题，横纵坐标轴； B：按照通路上基因的多少定义点的大小； C：根据P值定义点的颜色； 2.2 修改点的大小 #按照Gene个数定义点的大小 ggplot(pathway...，^添加上标 x="Pvalue", ##自定义标轴 y="Pathway name", title="Pathway enrichment")+ ##自定义坐标轴 ?...四 参考资料 ggplot2：数据分析与图形艺术 好了，更换成自己的数据集即可以自己动手绘制KEGG通路气泡图了。
R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码，而且还要反复修改、预览，很是费时费力。...通用选项 General options Use FormatR 选项可以设置输出R代码的格式，勾选时的可读性更高，这可是R界大神，统计之都和R语言大会创始人谢益辉写的包。...Vjust：Y轴刻度值垂直位置调整，默认0.5为相对刻度线居中对齐，0为相对刻度线下对齐；1为相对刻度线上对齐 Angle：坐标轴角度，如标签过长，可调为30度或45度旋转，避免文字重叠的同时还可以节约空间...可以修改子标题(Subtitle)和图注(Caption)中的内容。...此包为R语言绘图的细节调节提供了极大帮助。 而且调好样式之后，点击done就能马上输出规范的代码，方便可重复计算和进一步修改。这就是代码的强大之处。
在BBC数据团队开发了一个R包，以ggplot2内部风格创建可发布出版物的图形，并且使新手更容易到R创建图形。 例如： ? 加载所有所需的R语言包 通常在R中创建图表需要安装和加载某些软件包。...image.png 这就是bbc_style（）函数实际上是在做什么。 它本质上修改了ggplot2的主题功能中的某些参数。例如，第一个参数是设置绘图标题元素的字体，大小，字体和颜色。...bbplot软件包的第二个功能finalise_plot（）将使标题和副标题左对齐，并在图的右下角添加带有源和图像的页脚。...左对齐/右对齐文本 参数'hjust'和'vjust'指示水平和垂直文本对齐方式。 它们的值可以在0到1之间，其中0左对齐，而1右对齐（或垂直对齐的底部和顶部对齐）。...例如，如果要创建带有很多条形图的条形图，并要确保每个条形图和标签之间有一定的呼吸空间，则可能是这种情况。 如果您确实保留了较大高度图的边距，那么轴和标签之间的间隙可能会更大。
为了方便清洗可重复数据和绘制图表，BBC数据团队用R对数据进行处理和可视化，经年累月下于去年整理绘图经验并开发了R包-bbplot，帮助我们画出和BBC新闻中一样好看的图形。...'bbplot') 安装bbplot软件包 bbplot不在CRAN上，因此必须使用devtools直接从Github安装它（编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取...对于折线图而言，折线的颜色或条形图的颜色，并不是从bbc_style（）函数中直接实现的，而是需要在其他标准ggplot（ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)）图表函数中明确设置...它实质上修改了ggplot2主题功能（ggplot2学习笔记之图形排列）中的某些参数。 例如，第一个参数是设置图标题元素的字体、大小、和字体颜色。...它能按照BBC图形的标准将标题和副标题左对齐，在绘图的右下角添加页脚，也可以在左下角添加来源。它还可以将图表保存到指定的位置。
输入数据格式 (使用火山图的输入数据为例) 火山图需要的数据格式如下 id: 不是必须的，但一般的软件输出结果中都会包含，表示基因名字。...label: 可选列，一般用于在图中标记出感兴趣的基因的名字。非-行的字符串都会标记在图上。...R语言统计和绘图系列都已解释过，不再赘述 # 文末也有链接可直达之前的文章，新学者建议从头开始 volcanoData <- read.table(text=volcano, sep=";", header...X轴的区间使图对称。...vjust是垂直对齐方式，0底对齐，1为顶对齐，0.5居中，0-1之间可以取任意值。
R高级|cowplot包拼图（4）：ggdraw和draw_* R高级| cowplot包拼图（5）：theme R高级| cowplot包拼图（6）：plot_grid又见plot_grid 前面所讲的图形都是简单图形的拼接...，所谓简单，指得是两幅图的布局相同，但是如果两幅图的布局不同，那么利用align来拼图就不行了，这个时候需要使用axis参数，来对齐x轴和y轴。...0、构图 图A library(ggplot2) library(cowplot) mpg$year = as.character(mpg$year) A <- ggplot(mpg,aes(year...2、使用axis参数 当两个图形的布局不同时，align参数就不行了，这个时候需要使用axis参数。axis参数是在align参数基础上使用的，也就是说axis参数和align参数一起用。...画1行的时候，底部和顶部对齐 plot_grid(A,B,nrow = 1,align = 'hv', axis = 'b') 画成1列的时候左右两侧对齐 plot_grid(A,
基因在分子内的起始和结束位置分别映射到xmin和xmax。这些开始和结束位置用于确定箭头指向的方向。基因组信息molecule映射到y轴。...make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因...用geom_gene_label()标记基因 把基因名字所在的列名字映射到label属性可以在图上标记每个基因的名字。...正负链基因分开展示 forward属性可以用于在同一张图分开正负链基因的展示。...使用geom_subgene_label()给子区域在图上加标签，它的工作原理类似于geom_gene_label()，但主要的区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax
本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。...# 在最开始读入数据时，一般只指定x和y，其它后续指定 p <- ggplot(data_m, aes(x=variable,y=ID)) # 热图就是一堆方块根据其值赋予不同的颜色，所以这里使用...p ## 如果你没有使用Rstudio或其它R图形版工具，而是在远程登录的服务器上运行的交互式R，需要输入下面的语句，获得输出图形 （图形存储于R的工作目录下的Rplots.pdf文件中）。...# 简单说，hjust是水平的对齐方式，0为左，1为右，0.5居中，0-1之间可以取任意值。vjust是垂直对齐方式，0底对齐，1为顶对齐，0.5居中，0-1之间可以取任意值。...调整背景和背景格线以及X轴、Y轴的标题。
ggplot2是基于grid的绘图工具，它绘制的图像其实是由多个grob（grid graph object）组成的，比如一张点图，它的标题是titleGrob，点图的基本单元包括pointsGrob。...还可以定义多行或者多列的比例，使用rel_widths或者rel_heights来指定。 align参数用于对齐多个图的元素，可以对水平、垂直方向进行对齐。...其实只需要简单修改就可以实现不同比例的拼图，比如让左右两图的宽度是2:1，那么只需要设置好新建gtable的宽度为2null和1null即可。如下图所示。...这里的0.6是相当于整个绘图区域而言（下图灰色部分），而不是第一张图的坐标轴显示区域， 其值是相对值，最宽最高代表值为1。...不同于cowplot嵌图，在这里可以指定图片只嵌到坐标轴指示的panel区域。让嵌入的图是主图的panel区域的40%大小。
_(下划线) 上标用^ （尖号） 斜体 \it 黑体 \bf << \ll >> \gg 正负 \pm 左箭头 \leftarrow 右箭头 \rightarrow 上箭头 \uparrow 上圆圈（....) >> 属性值=get(句柄，属性) 其他一些属性说明如下： Box 属性: 表示是否需要坐标轴上的方框，选项可以为 'on' 和 'off', 默认的值为 'on'。...NextPlot 属性: 表示坐标轴图形的更新方式，'replace' 是默认的选项，表示重新绘制，而'add' 选项表示在原来的图形上叠印，它相当于直接使用 hold on 命令的效果。...XTick 和 XTickLabel 属性: XTick 属性将给出 x 轴上标尺点值的向量，而 XTickLabel 将存放这些标尺点上的标记字符串。...---- 5 simulink绘图 在实际中也有很多同学是用的simulink来进行仿真出图，simulink自带的scope其实出图效果不好，一般是建议把simulink额数据导出matlab的变量区
例如：col=c("red","blue")需要绘制三条线，那么三条颜色分别为red、blue、red col.axis：坐标轴刻度文字的颜色，不是坐标轴的颜色 col.lab：坐标轴标签(名称)的颜色...，则直接使用at的值 col：线条和刻度的颜色 lty：线条类型 las：因子坐标轴的标签的字体平行(=0)或者垂直(=2)坐标轴 tck：刻度线的长度(默认值-0.01，负值表示刻度在图形外，正值表示刻度在图形内侧...2.3Ggplot2绘图 ggplot2（http://ggplot2.tidyverse.org/reference/）是专门用来绘制数据图形的R软件包，与其他R语言包相比，其语法相对独特，是基于图形语法...qplot()更简单一些但是参数较少，下面通过一个简单的例子来介绍ggplot2图形构建方法： attach(mtcars) #加载R内置示例数据 library(ggplot2) ggplot(mtcars...⑵直方图 在ggplot2中，geom_histogram()可以在图层上添加直方图，stat_density()可以在图层上添加密度曲线，我们使用ggplot内置的示例数据mpg做直方图，如下所示：
R语言绘图系统 除了统计分析之外，R语言还具有强大的数据可视化功能，这里面除了一些常用的基本函数如plot()，还有‘grid’、‘lattice’和‘ggplot2’等各种包。...在这里我主要介绍一些基本的绘图功能以及相关概念，方便大家后续自行学习其它绘图R包。 让我们先简单画一张图表！...第一个参数是X，第二个参数是Y abline(lm(mpg~wt)) #abline()函数主要是画一条直线 title("Regression of MPG on Weight") #给图添加上标题...上面的图主要是一个散点图加上拟合直线，每一个点代表一种类型的汽车，X轴变量是wt（汽车重量），Y轴变量是mpg（每加仑汽油所跑的英里数），这两个变量实际上是描述汽车性能的两个参数。...plot()去查看plot函数的详细参数和功能 ； R语言绘图是一个庞大的体系，原则上可以画出任何图形，希望大家多去挖掘这个宝库。
比如公司不同部门的组织结构，不同洲的国家包含关系等，包括热力图（含相关系数图）、节点链接图、树形图、冰柱图、旭日图等。...) #设置axes对象的x轴和y轴标签，并设置标签的字体样式和对齐方式（很重要的属性，要熟悉） ax1.set_xticks(range(0, 12, 2), labels = x_ticks[::2]...plotnine是非常优秀的绘图库，与matplotlib库相比，plotnine绘制语句更加简单。...但plotnine主要是R语言中过渡而来，笔者研究并不是很多，在此仅做一些基本的展示。...+ scale_fill_cmap(cmap_name = 'jet_r') #设置x轴标签和名称 + scale_x_continuous
一般来说学校对于学术论文的图像都有一定的要求，比如线性、字体大小等，本文将讲解怎么出高清的图和绘制符合要求的图。..._(下划线) 上标用^ （尖号） 斜体 \it 黑体 \bf << \ll >> \gg 正负 \pm 左箭头 \leftarrow 右箭头 \rightarrow 上箭头 \uparrow 上圆圈（....) >> 属性值=get(句柄，属性) Box 属性: 表示是否需要坐标轴上的方框，选项可以为 'on' 和 'off', 默认的值为 'on'。...NextPlot 属性: 表示坐标轴图形的更新方式，'replace' 是默认的选项，表示重新绘制，而'add' 选项表示在原来的图形上叠印，它相当于直接使用 hold on 命令的效果。...XTick 和 XTickLabel 属性: XTick 属性将给出 x 轴上标尺点值的向量，而 XTickLabel 将存放这些标尺点上的标记字符串。
导语 GUIDE ╲ 说起R语言的拼图，可能大家一点都不陌生，比如常用的“cowplot”和“patchwork”。gridExtra包也提供了一个拼图函数”grid.arrange“。...： 拼图R包讲解 01 cowplot cowplot是R语言中最常用的拼图软件之一。...，展现二维属性，然后在X轴和Y轴处再分别做个副图，单独展现它们的一维属性。...，似乎刻度线对齐的挺好，但仔细一看会发现进化树和条形图的y轴标签顺序都不对！...那如果我们使用aplot来重新画这张图呢： Y轴坐标终于能完美对齐了！
---- R语言绘图系列： R语言可视化及作图1--基础绘图（par函数，散点图，盒形图，条形图，直方图） R语言可视化及作图2--低级绘图函数 R语言可视化及作图3--图形颜色选取 R语言可视化及作图...4--qplot和ggplot2美学函数 R语言可视化及作图5--ggplot2基本要素和几何对象汇总 R语言可视化及作图6--ggplot2之点图、条形图、盒形图、直方图、线图 * 1....() #使用geom_text绘制标签散点图 使用geom_label绘制标签散点图 p+geom_label() 绘制点，并通过nudge参数对标签进行x轴和y轴上的平移 p+geom_point(...(x=4,y=40),label='y==1.2+x^2',parse = TRUE,size=7) #如果parse=FAKSE,图形上显示的就直接是y == 1.2 + x^2，而不是图上的公式。...标题绘制 标题主要有五种：主标题，副标题，角注，x轴标签和y轴标签 p <- ggplot(mtcars,aes(mpg,wt,color=factor(cyl)))+geom_point() p+ggtitle
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