简介 平常在各种R语言群里，总会遇到关于安装R包的问题，例如：搭载在github上的R包，由于网速（外网）原因而无法下载该怎么办？...网上好多解决方案都是基于R gui的，但现实中使用Rstudio这个IDE会更多些。接下来以gmm包在Rstudio下安装为例： 教程 使用bing搜索该包，找到相应网站[1]。...关键词：R包名称+R，或者可以再加上CRAN。 ? 搜索技巧：R包名称+R 找到Downloads板块，下载对应的压缩包 这里以mac为例 ?...参考资料 [1] gmm包对应网站: https://cran.r-project.org/web/packages/ggm/index.html
解决R语言排序问题的方法： order from base arrange from dplyr setorder and setorderv from data.table arrange from...## dplyr sort(dd, f = ~ -z + b) ## taRifx dd[with(dd, order(-z, b)), ] ## base R
问题之书 一、序 二、三、如何认识、组织和提出自己的问题 四、Rtudio中基础R问题汇总 已经太久没有遇到很基础性的问题，因此很多刚开始学代码时候的问题已经忘了。...因此写这部分并没有那么容易，要拼命回忆可能的常见问题。 对于代码问题，你一定要相信的是： 一定是自己的问题！代码一定没问题！ 一定是自己的问题！代码一定没问题！ 一定是自己的问题！代码一定没问题！...4.1 先解决一半问题 千万不要害怕！一半问题都是自己吓自己造成的。 只要你不怕，恭喜你，问题就已经解决了一半啦！...R中读入文件的时候，read.table()或read.csv()最常用。...路径中有中文 虽然Rstudio可以识别中文，大部分时候没有问题，但是还是在一些情况下可能报错，比如开发R包的时候。如果确认是字符的问题，可以试试全英文路径。
这是一般做基因差异表达分析在使用t检验或者其他统计检验中常出现的一个问题。...之前我学习和自己分析时就遇到过，尝试使用判断的方式事先检查它是不是数据存在问题（这类数据明显不服从正态分布），可以使用正态性检验，或者直接判断是不是样本组内的数据是完全一样的，如果一样就不要这个了。...所遇到的问题： 分析两个样本之间是否存在差异，每个样本三个重复。现在用的是t.test，但有些样本三个重复的值一样（比如有0,0,0或者2,2,2之类的），想问下像这种数据应该用什么检验方法呢？...为什么出现这问题？如果解决？以下是我的回答： 数据是恒量是无法做t检验的，因为计算公式分母为0（不懂的看下统计量t的计算公式，一般标准差/标准误为分母，所以恒量是不能算的）。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友询问如何使用「pheatmap」绘制相关性热图，小编之前已经写过各种ggplot2风格的热图，但是对于pheatmap却是很少涉及，这一节就来介绍一下「pheatmap...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(psych) library(pheatmap) library(magrittr) # devtools::install_github...绘图，因此在此需要将长数据转换为宽表 ❞ #将相关系数矩阵转换为宽格式，行名为环境变量，列名为物种，值为相关系数 rvalue % select(1, 2, 3) %>% pivot_wider...(names_from = "genus", values_from = r) %>% column_to_rownames(var = "env") # 将显著性符号矩阵转换为宽格式，行名为环境变量...，列名为物种，值为显著性符号 pvalue % select(1, 2, 5) %>% pivot_wider(names_from = "genus", values_from
可以阅读《R 数据科学》查看完整教程。...《R 数据科学》电子书：https://r4ds.had.co.nz/ tidyverse 包重构了 R 语言处理数据的语法，比默认的 R 函数更加方便，相当于一套新的语法，使用起来更加方便...gather：宽数据变成长数据； spread：长数据变成宽数据； unite：将多列按指定分隔符合并为一列 目前最新的版本中主要提供 pivot_longer，pivot_wider...names_to = 'new') #长数据变宽数据 x <- pivot_longer(table4a, cols = 2:3, names_to ="year",values_to = "cases") pivot_wider...(x, names_from = year,values_from = cases) table2 pivot_wider(table2, names_from = type,values_from =
加载R包 library(tidyverse) library(psych) library(pheatmap) library(magrittr) # devtools::install_github...symbols = c("***", "**", "*", "", " "))) %>% set_colnames(c("env", "genus", "r"...pheatmap绘图，因此在此需要将长数据转换为宽表 #将相关系数矩阵转换为宽格式，行名为环境变量，列名为物种，值为相关系数 rvalue % select(1, 2, 3) %>% pivot_wider...(names_from = "genus", values_from = r) %>% column_to_rownames(var = "env") # 将显著性符号矩阵转换为宽格式，行名为环境变量...，列名为物种，值为显著性符号 pvalue % select(1, 2, 5) %>% pivot_wider(names_from = "genus", values_from
dos2unix: converting file XXX.sh to Unix format ..
刚给朋友实验读取excel文件出错了，我的电脑却没有问题。...谷歌了下，在这个网页中找到了方案http://stackoverflow.com/questions/10940224/gdata-package-perl-issue，说perl的解释器问题。...在电脑中安装perl后还是有问题，说不存在某个文件。由于耗时太久，我也不好意思霸占着继续我的技术癌。 这里给出我找到的解决方案，供为参考。
今天在处理 UCSCXenaShiny 的 R 包 check 时发现报出 Note: found 162 marked UTF-8 strings 这种字符串编码问题（具体 action 报告[1]）...继续搜索发现该问题是出在包中引入的数据对象上，就是我们放在包里的数据存在编码问题。...，然后检查是否该问题还存在。.../runs/2181920523 [2] 问答: https://stackoverflow.com/questions/29043932/how-to-handle-example-data-in-r-package-that-has-utf...-8-marked-strings/66776929#66776929 [3] 问答: https://stackoverflow.com/questions/50843750/r-string-encoding-from-unknown-ascii-to-utf
在命令行中运行 Rscript 在 R 脚本文件所在的文件夹中，在空白处按住 Shift 键，并且点击鼠标右键，在弹出的对话框菜单中选择“在此处打开命行窗口”，直接进入命令行窗口界面，并进入改目录。...在打开的命令行窗口中输入Rscript test.R 运行脚本文件，如果提示找不到“Rscript”命令，则说明上面步骤中的环境变量设置是有问题的（如果重新设置环境变量，命令行窗口要重新打开）；执行成功就说明可以执行...R脚本了。
R中的绘图命令可以分为高水平（High level） 、 低水平 （Low level） 和交互式（Interactive）三种绘图命令。...绘制图形后，使用 legend函数，help(“legend”) 5 R 如何做双坐标图？...在 R 中可以通过绘图参数 par(new = TRUE)使得绘制第二个绘图 (hight-level plot) 时保留第一个绘图区域，这样两张绘图会重叠在一起，看起来就是双坐标图。...This is a really long title that i can not type it properly” , width = 50 ) ,collapse= “\n”)) 9 怎样将 R...11 在 word 里如何使用 R 生成的高质量绘图？ 矢量绘图的效果是最好的，比如 eps、pdf，而不是位图（png、jpg、tiff等）。
tidyr 包以一种比较简洁统一的格式实现数据长宽格式的转换，其中，函数 pivot_wider( ) 用于把长格式数据转换为宽格式，而函数 pivot_longer( ) 用于把宽格式数据转换为长格式...上面的结果也可以用下述命令得到： library(tidyr) wide pivot_wider(as.data.frame(Indometh), names_from...= time, values_from = conc) wide 注意在上面的函数 pivot_wider( ) 中，我们用函数 as.data.frame(...在对医学数据进行分析之前，通常情况下应先把数据集转换为长格式，因为 R 中的大多数函数都支持这种格式的数据。...tidyr 包中的 gather() 和 spread() 同样可以用于长型、宽型数据类型转换，详见 Cookbook for R。
回归有一个很重要的整体解释力度的参数就是R2，也就是可决系数。...在python中，我们回归一般采用的是statsmodels这个模块，但是回归的时候获得的R2其实有那么点学问，有时候设置错参数可能得到的R2大家会觉得怪怪的。这里就给大家排个雷。...每一组内部，其实就是有没有hasconstant这个参数，以及这个参数设置的问题。数据中，rate列作为y，plf_ttm作为x。大家不用在乎这是什么，只要关注后面的R2的结果就可以了。...我们分别获取了第一组的情况下的三种回归的r2和回归的结果。我们看到两点： 1.r2来看，第二种和第三种是一样的。而第一中明显高于后面两种。这是为什么呢？...，r2层面，显示定义常数项的效力大于隐式定义的。
import com.baomidou.dynamic.datasource.spring.boot.autoconfigure.DynamicDataSourceProperties; import io.r2dbc.spi.ConnectionFactories...; import io.r2dbc.spi.ConnectionFactory; import io.r2dbc.spi.ConnectionFactoryOptions; import io.r2dbc.spi.Option....*; @Configuration public class R2dbcConfig { @Bean public ConnectionFactory connectionFactory...于是按照警告提示的timezone配置发现不生效、换成serverTimezone依旧不行 搜issue，没有(这里其实是搜错仓库了，正确的仓库是这个https://github.com/mirromutth/r2dbc-mysql...，在readme里就提到了时区配置) 翻阅文档，没找到：https://r2dbc.io/ 看警告的代码行数dev.miku.r2dbc.mysql.MySqlConnection:451 然后发现调用
写 在前面 本期大猫课堂将继续上期的R Tricks系列。在这一期中，大猫将向大家介绍“Gaps & Islands Problem”。这是在处理时间序列或者基因组数据中常见的一项任务。...提 出问题 话说有个擅长使用SQL的小伙伴在StackOverflow上提出了这样一个问题，他说，Gaps & Islands问题在SQL中能很容易解决，那么在R中也能高效解决吗？...实际上，大猫听说在处理基因数据的时候也常遇见这个问题，但是大猫自己没有接触，欢迎有经验的小伙伴分享经历哦。 那么，如何处理Gaps & Islands问题呢？...原问题大家可以访问以下链接：http://stackoverflow.com/questions/30629894/how-to-solve-gaps-and-island-problems-in-r-and-performance-vs-sql...关于如何巧用cumsum函数，大猫在上一期的《R Tricks：如何巧为分组观测编号》中也有详细讲解哦。 我是大猫，咱们下期见！
简介 最近有读者问我，如何查看R语言某包中某函数的源代码呢？我第一时间给出了自己比较常用的方法（见方法一），今天打算做个这方面的推文，于是又查了些资料，才发现原来水好深！...方法一 打开查R包的相关网站，比如：https://rdrr.io/ ? 查R包的相关网站 输入你的R包名称或者相应的函数，这里以nlme包中的lme()为例。 ?...nlme源代码 方法二 Stack overflow[1]中给出了一些更加高效的方式，在R控制台输入相应函数，即可得到对应函数的源代码了。 这里小编做个知识点整理，自己也学一波。...https://stackoverflow.com/questions/19226816/how-can-i-view-the-source-code-for-a-function [2] Advanced R:...https://adv-r.hadley.nz/
最后新建一个 R 脚本，加载参数模拟结果并绘图。最终可视化结果如下： ? 这里的每行图形来自一个Rdata（一组参数），整幅图中包含了三组不同参数的结果。...在每个 R 脚本中存储所有 Rdata 和数据集 代码如下： write.xlsx(sheets, paste("....新建了一个R脚本,绘制图形 文件名叫 plot_all.r。主要功能是将刚才每个不同参数的脚本得到的数据绘制图形，然后使用相应的包将他们合成一个图。代码缩略图可见文末，这里先介绍各个函数的功能。...具体教程参考：R语言统计与绘图：给组合图形添加ABCD小标签；R可视乎｜合并多幅图形；R语言ggplot2作图一些好看的颜色搭配；paletteer包：拥有2100多个调色板！...如果图形中包含中文，可以使用 showtext 包解决该问题，代码如下： library(showtext) showtext.auto() 整个流程还有一个思路：将所有函数构建成一个大的函数，只需要改变相应参数即可
>>>> 一、问题 什么是异常值？如何检测异常值？请伙伴们思考或者留言讨论。 >>>> 二、解决方法 1. 单变量异常值检测 2. 使用局部异常因子进行异常值检测 3....检验时间序列数据里面的异常值 >>>> 三、R代码实现 1、单变量异常值检测 这一节主要讲单变量异常值检测，并演示如何将它应用到多元（多个自变量）数据中。...5、思考 试着思考其他的异常值检验算法，并查询R中其他的包是否可以很好的检测到异常值。
今天遇到了一个百思不得解的问题，记录一下，欢迎交流讨论。为了简化问题，我把数据删除到两行，并把问题最小化了。...打印出来才发现问题所在，正数多了个空格(如蓝色空格所示)，导致结果错误，但是单独放一行上去结果是OK的。就是这么神奇有没有，怎么解决呢，as.numeric转化成数值试试？...function(row){ print(as.numeric(row[3])) as.numeric(row[3]) > 0 } apply(pca_test, 1, test_func) 问题解决啦
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