将一个R对象转化为data.table，R可以时矢量，列表，data.frame等，keep.rownames决定是否保留行名或者列表名，默认FALSE,如果TRUE,将行名存在"rn"行中，keep.rownames...的列名，old是旧列名或者数字位置，new是新列名 setcolorder(x,neworder) 重新安排列的顺序，neworder字符矢量或者行数 set(DT,rownum,colnum,value...不然就是"," col.names,给列名，默认试用header或者探测到的，不然就是V+列号; encoding，默认"unknown"，其它可能"UTF-8"或者"Latin-1"，不是用来重新编码的...前面三个选项都是用新的特定C代码写的，较快 buffMB,每个核心给的缓冲大小，在1到1024之间，默认80MB nThread,用的核心数。...with 默认是TRUE，列名能够当作变量使用，即x相当于DT$"x",当是FALSE时，列名仅仅作为字符串，可以用传统data.frame方法并且返回data.table，x[, cols, with
sep 列之间的分隔符； sep2 分隔符内再分隔的分隔符，功能还没有应用； nrow 读取的行数，默认-l全部，nrow=0仅仅返回列名； header 第一行是否是列名...不然就是"," col.names 给列名，默认试用header或者探测到的，不然就是V+列号; encoding 默认"unknown"，其它可能"UTF-8"或者"Latin-1"，...前面三个选项都是用新的特定C代码写的，较快; buffMB 每个核心给的缓冲大小，在1到1024之间，默认80MB; nThread 用的核心数; showProgress 在工作台显示进程...，也支持pattern函数，下面会提到，如果缺失，非id变量会被赋值；如果measure.vars和id.vars都没有赋予，全部非数字列会作为id.vars，剩余作为measure.vars；如果measure...如果TRUE，在工作台产生交互信息，默认options(datatable.verbose=TRUE) 对于前面的DT，我现在将f和d开头的列名的列作为测量变量，如下 pattern函数下面会讲
函数可以避免此前的错误a<-fread("soft.txt",data.table = F)class(a)#但其不会有行名，且其会有一个data.table的数据结构多出来，可以设置data.table...df1[3,3] <- 5 #为第3行第3列数据赋值5df1df1$score <- c(12,23,50,2) #为列名为score的列赋值新向量 df1新增列*新增列名与已有的列名不能一样，否则就是修改向量...name，只取出列名有交集的merge(test1,test3,by.x = "name",by.y = "NAME") #test1与test3的共同列列名不一致，需要分别指出作为公共列的列名也可以借助....读取exercise.csv这个文件，赋值给test。...(iris)])# 2.提取内置数据iris的前5行，前4列，并转换为矩阵，赋值给a。
> 1: T01 SupCar #> 2: M01 JeepX #> 3: M02 AircraftX #> 4: M03 Runner 我们可以替换原有列，生成新的data.table...这样挺麻烦的，因此data.table包提供了对列进行原地赋值的符号:=，例如product_stats开始是这样的： product_stats #> id material size weight...#> 0.132 0.018 0.150 作为对比，我们使用data.table来完成这个任务，使用setDT()将数据框转换为data.table，该函数可以原地转换，不需要复制，并可以设定键。...为演示，我们先创建新的data.table，命名为market_data，其中date列是连续的。...，而是使用market_data[, (columns) := list(...)]来动态设定列，其中columns是一个包含列名的字符向量，list(...)是每个列对应的值： price_cols
DT数据集按照x分组，然后计算v变量的和、最小值、最大值。 （2）dplyr函数利用%>%（链式操作）来改进： 链式操作是啥意思呢？...4、修改列名、行名 #把名字为"old"的列，设置为"new" > setnames(DT,"old","new") #把"V2","V3"列，设置为"V2.rating","V3.DataCamp"...除了行，就是列的问题了。在data.table操作列，真的是费劲。。。 常规来看， data[，....(x)] 还有 data$x 如果有很多名字很长的指标，data.table中如果按列进行遍历呢？ data[,1]是不行的，选中列的方式是用列名。...2016-11-28补充： 留言区大神给了一个比较好的选中列的方式，其中主要就是对with的使用： data.table取列时，可以用data[,1,with=FALSE]取data的第一列
rm(list=ls()) gc() 2、索引切片聚合 data.table中提供了将行索引、列切片、分组功能于一体的数据处理模型。...(carrier,tailnum)] #但心里要清楚列索引接受的条件是含有列表的列表，而且这里的列表作为变量给出，而非data.frame时代的字符串向量。 行列同时索引毫无压力。...列索引的位置不仅支持列名索引，可以直接支持内建函数操作。 mydata[,.(flight/1000,carrier,tailnum)] 支持直接在列索引位置新建列，赋值符号为:=。...注意以上新建列时，如果只有一列，列名比较自由，写成字符串或者变量都可以，但是新建多列，必须严格按照左侧列名为字符串向量，右侧为列表的模式，当然你也可以使用第二种写法。...以上语法加入了新的参数.SDcols和.SD,咋一看摸不着头脑，其实是在按照carrier,origin,dest三个维度分组的基础上，对每个子块特定列进行均值运算。
因此不能x=load("example.Rdata"),变量不能被赋值给其他变量。...save(test,file="example.Rdata)加载：load("example.Rdata")总结：1）.R 是脚本文件2）.Rdata 是变量信息3）.Rproj 是包括路径三、保留列名和行名保留列名...：header=T, 表格自带的列名会变成真正的列名。...图片图片因此可以得知，fill=T虽然可以读入文件，但是也会导致“问题文件”的读入错误，因为它的默认值是sep=" ",会把一整个空格认为也是分隔符，导致第五列的内容被错误的放入了空着的第四列。...("ex2.csv")图片图片data.table包：fread（）1） 非常方便，可以准确读取一些“问题文件”，例如刚刚有缺失空列的soft.txt，最好带上参数 data.table=F,可以确保产生干净的数据框
#读取csv格式read.csv("")#第1列作为行名，不检查列名ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)一个规则：数据框不允许重复的行名...解决办法：图片#读取text格式read.table()#将第1行作为列名ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T)soft <- read.table("soft.txt...")#当遇到文件中有缺失的数据不在同一列时，read.table函数只识别一个空格，会导致数据错乱图片soft2 <- read.table("soft.txt",header = T,sep = "\...t")图片#导出为csvwrite.csv(soft,file = "soft.csv")将soft保存为Rdata并加载。.../load("../1_data_pre/xxx.Rdata")图片图片#使用前需要加载R包"data.table"a=data.table::fread("soft.txt",data.table=F
> plot(iris[,1],col = iris[,5]) #按照第五列给每个点分配颜色 > plot(iris[,2],col = iris[,5]) > plot(iris[,3],col =....txt 用read.table(" ") > ex1 <- read.table("ex1.txt") > ex1 <- read.table("ex1.txt",header = T) #文件里的第一行作为列名...-------注意，数据框不允许有重复的行名，也就是第一列不能有重复值------ 图片 3.读取soft.txt >soft <- read.table("soft.txt") #代码报错 因为数据不方正...，看用不用headerheader=T---- # 2.查看有多少行、多少列 > dim(x) [1] 50 20 # 3.查看列名 > colnames(x) [1] "geneA" "geneB"...::fread("soft.txt",data.table = F)#读取很智能，不会导致窜列 #### 4.rio包 可以读取任何形式，但有问题的文件仍有问题,根据文件的后缀读取,特殊 >import
我们将介绍的示例是常见的数据分析和操作操作。因此，您可能会经常使用它们。 我们将使用Kaggle上提供的墨尔本住房数据集作为示例。...data.table) melb <- fread("datasets/melb_data.csv") 示例1 第一个示例是关于基于数据集中的现有列创建新列。...我们使用计数函数来获得每组房屋的数量。”。N”可作为data.table中的count函数。 默认情况下，这两个库都按升序对结果排序。排序规则在pandas中的ascending参数控制。...data.table中使用减号获得降序结果。 示例5 在最后一个示例中，我们将看到如何更改列名。例如，我们可以更改类型和距离列的名称。...inplace参数用于将结果保存在原始数据帧中。 对于data.table，我们使用setnames函数。它使用三个参数，分别是表名，要更改的列名和新列名。
函数的参数能够按位置顺序赋值，而不用显式指定参数名，但指定参数名是最佳实践。 第二个参数header，表示数据的第一行，即列名。第三个参数sed，表示数据的分隔符。...col_names默认为TRUE，指定文件的第一行为列名。...注意，数据读取为tbl_df对象，它是tbl的扩展，也是data.frame的扩展。tbl是data.frame的特殊类型，它在dplyr包中定义。每列的数据类型显示在列名的下面，这是个很好的功能。...02 fread函数 另一个读取大量数据的函数是data.table包的fread函数。第一个参数是读取的文件路径或者URL。header参数表示文件的第一行是列名，sep指定分隔符。...该函数读取速度比read.table函数快，结果为data.table对象。data.table对象是data.frame的扩展，其是data.frame的优化。
（2）在数据框类型数据的行取子集时、导入TXT文件时，注意一下数值型数据的行/中，有没有藏着字符型数据。马虎了就会影响后续数据处理。...可以让R不修改行列名字，PS：R语言中行列名字中不能有特殊字符； 2）row.names = 1”这个参数意思时不能把第一列作为行名；PS：R语言中行名不能重复，如果将有重复的A列设为行名，需要先不将...row.name参数添加进来，处理A列的重复值（去重复、两行取平均值合并为一行），再设置为行名。...save(a,file = "exam.Rdata") load("exam.Rdata") 2、判断两个数据是否相同（数据内容和数据结构） identical(a,a1) 3、列名的批量修改 library...4、本地安装，将R包zip文件下载下来，然后放在工作路径中 devtools::install_local(“xxxx.zip”) 5、window电脑可能会存在的权限问题 6、R包不会用，有作者的第一手教程
上一期讲到task的col_roles信息，这个是用来储存各列角色的，接下来咱们用实例学习如何操作该对象： library(mlr3) mtcars[1:5,1:3] # 查看mtcars数据集（前五行...，前三列），该数据集列名就是车的型号 #我们把mtcars的前3列转化为“data.table”，并保留行名 data = as.data.table(mtcars[, 1:3],keep.rownames...= "mpg") # 当保留原数据集的行名时，task的feature就会多出一个名叫“rn“的列，代表rownames task$feature_names # [1] "cyl" "disp"..."rn" # 我们可以把rn这一列作为name这个角色 task$set_col_roles("rn", roles ="name") # 当把“rn“设置为”name“角色后，它就不存在于feature...只保留1到3行的数据 task$head() # 查看数据 task$cbind(data.table::data.table(foo =letters[1:3])) # 按列合并数据，也即添加一列新数据
test ))模板ggplot2特殊语法：列名不带引号，行末写加号属性设置（颜色、大小、透明度、点的形状、线型等）ggplot(data = iris)+ geom_point
主要步骤 ggplot2 数据处理成矩阵形式，给行名列名 hclust聚类，改变矩阵行列顺序为聚类后的顺序 melt数据，处理成ggplot2能够直接处理的数据结构，并加上列名 ggplot_tile进行画图...gplots 数据处理成矩阵形式，给行名列名 调制颜色并用heatmap.2画热图（heatmap.2函数内部用hclustfun 进行聚类） R语言代码 library(ggplot2) library...rownames(data) <- unlist(wdt[,1]) hc<-hclust(dist(data),method = "average") #对行进行聚类 rowInd<-hc$order #将聚类后行的顺序存为...rowInd hc<-hclust(dist(t(data)),method = "average") #对矩阵进行转置，对原本的列进行聚类 colInd<-hc$order #将聚类后列的顺序存为...colInd data<-data[rowInd,colInd] #将数据按照聚类结果重排行和列 dp=melt(data) #对数据进行融合，适应ggplot的数据结构，以进行热图的绘制 colnames
，作为列名；#2.读取ex2.csvex2 <- read.csv("ex2.csv")ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F)#...# check.names检查列名是否有特殊字符；##row.names第一列作为行名；#注意：数据框不允许重复的行名rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1)rod...列名是什么dim(soft)colnames(soft)#5.将soft导出为csvwrite.csv(soft,file = "soft.csv")#6.将soft保存为Rdata并加载。...用于读取导出文件的R包图片示例#data.tableinstall.packages("data.table")library(data.table)soft = data.table::fread("...soft.txt")class(soft)soft = data.table::fread("soft.txt",data.table = F)class(soft)#rioinstall.packages
，可以设置，不是数据#1.读取ex1.txtex1 <- read.table("ex1.txt") # 列名变成了表格的正式内容，数值列因列名的加入变成了字符ex1 <- read.table("ex1....txt",header = T) # 文件有列名的话让列名归位#2.读取ex2.csvex2 <- read.csv("ex2.csv") # 行名当成了第一列并加了列名x；列名中_特殊字符被转化为....ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) # 设置第一列为行名；不自动检查列名## 注意行名不能重复，如果报错可以把去除重复值（两行求平均合并...其他读取/导出文件的R包 import最推荐#用data.table来读取library(data.table)ex1 = fread("ex1.txt")class(ex1)## [1] "data.table...,data.table = F)##不支持直接设置行名，设置行名用下面函数实现library(tibble)ex2 = column_to_rownames(ex2,"V1") # 把V1列设为行名#riolibrary
T) #通常读取txt格式文件，header参数表示将文件的第一行作为列名，默认为F 图片 图片 读取csv文件 #2.读取ex2.csv ex2 <- read.csv("ex2.csv") 图片...ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) #row.names= 表示第一列为行名，注意行名不能重复，如果行名有重复，需要处理处理数据...# check.names= 表示检查看列名是否存在特殊符号，F表示保持原文件的符号 #注意：数据框不允许重复的行名 rod = read.csv("rod.csv",row.names = 1) rod...列名是什么 dim(soft) colnames(soft) 将数据框导出成表格文件 #5.将soft导出为csv write.csv(soft,file = "soft.csv") #导出成csv格式...图片 将一个项目的不同部分分别存在不同的文件夹 图片 图片 图片 # data.table包中的fread函数 soft = data.table::fread("soft.txt",data.table
该软件包还使用户能够灵活地将重新格式化的文件导出为制表符分隔的 VCF 或 R 本机对象，例如 data.table、GRanges 或 VRanges 对象。...这只能作为最后的手段。 force_new_z 当“Z”列已经存在时，默认使用它。要从 P 设置为 TRUE 覆盖并计算新的 Z 分数列。 compute_n 是否插补 N。...return_data返回data.table， GRanges或VRanges直接返回给用户。否则，返回保存数据的路径。默认值为 FALSE。...mapping_file MungeSumstats 有一个预定义的列名映射文件，该文件应涵盖最常见的列标题及其解释。...但是，如果 youf 文件中的列标题丢失，我们提供的映射不正确，您可以提供自己的映射文件。必须是 2 列数据框，列名称为“未更正”和“已更正”。
，文件也可以读入，建议不加分隔符 fread可以自动检测注释，并且跳过注释行 默认skip=0，会跳过不规则的行，因此有注释行时，可以走默认的skip参数 转换成矩阵时可以保留某一列为rowname... as.matrix作用于data.table时会调用as.matrix.data.table，有一个rownames参数可以指定保留为行名的列 矩阵转换成data.table时可以保留列名 在...as.data.table函数中同样有一个rownames参数，设置为T可以将行名保留下来作为data.table的一列 不建议set和for循环一起使用 虽然set可以在内存上直接改变数值，但在R... 类似于集合运算，data.table中fintersect, fsetdiff, funion，fsetequal函数能对不同数据框的行求交集，差集，并集等 可以直接对列按分隔符进行分割 应用...tstrsplit函数可以将一列按照分隔符分成多列，函数返回的是一个列表，举例：DT[, c("c1", "c2") := tstrsplit(x, "/", fixed=TRUE)][]，将x列按照/
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