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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

ggplot2可以用来创建优雅的图形,由于它的灵活,简洁和一致的接口,可以提供美丽、可直接用来发表的图形,吸引了许多用户,特别是科研领域的用户。ggplot2使用grid包来提供一系列的高水平的函数,并将其延伸为图形语法,即独立指定绘图组件,并将它们组合起来,以构建我们想要的任何图形显示。图形语法包含6个主要成分:data, transformations, element, scales, guide和 coordinate system。图层图形语法源于多层数据构建图形的想法。它定义了下表中的图形组分:data, aesthetic mappings, statistical transformations, geometric objects, position adjustment, scales, coordinate system 和 faceting(数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整、比例、坐标和面)。数据、几何映射、统计变换、几何对象、位置调整形成一个图层,一个图可以有多个图层。

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速读原著-TCP/IP(SLIP:串行线路IP)

RFC 893[Leffler and Karels 1984]描述了另一种用于以太网的封装格式,称作尾部封装(trailer encapsulation)。这是一个早期B S D系统在DEC VA X机上运行时的试验格式,它通过调整I P数据报中字段的次序来提高性能。在以太网数据帧中,开始的那部分是变长的字段(I P首部和T C P首部)。把它们移到尾部(在 C R C之前),这样当把数据复制到内核时,就可以把数据帧中的数据部分映射到一个硬件页面,节省内存到内存的复制过程。 T C P数据报的长度是5 1 2字节的整数倍,正好可以用内核中的页表来处理。两台主机通过协商使用 A R P扩展协议对数据帧进行尾部封装。这些数据帧需定义不同的以太网帧类型值。现在,尾部封装已遭到反对,因此我们不对它举任何例子。有兴趣的读者请参阅 RFC 893以及文献[ L e ffler et al. 1989]的11 . 8节。

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速读原著-TCP/IP(PPP:点对点协议)

由于串行线路的速率通常较低( 19200 b/s或更低),而且通信经常是交互式的(如 Te l n e t和R l o g i n,二者都使用T C P),因此在S L I P线路上有许多小的T C P分组进行交换。为了传送 1个字节的数据需要2 0个字节的I P首部和2 0个字节的T C P首部,总数超过4 0个字节(1 9 . 2节描述了R l o g i n会话过程中,当敲入一个简单命令时这些小报文传输的详细情况)。既然承认这些性能上的缺陷,于是人们提出一个被称作 C S L I P(即压缩S L I P)的新协议,它在RFC 1144[Jacobson 1990a]中被详细描述。C S L I P一般能把上面的4 0个字节压缩到3或5个字节。它能在C S L I P的每一端维持多达1 6个T C P连接,并且知道其中每个连接的首部中的某些字段一般不会发生变化。对于那些发生变化的字段,大多数只是一些小的数字和的改变。这些被压缩的首部大大地缩短了交互响应时间。

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